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- 师玮王建成刘忠军王少杰刘京典马灵灵路中臣李雪溶魏萌萌
- 一种用于薄壳山核桃EST-SSR标记的引物组及其试剂盒与应用
- 本发明提供了一种用于薄壳山核桃EST‑SSR标记的引物组及其试剂盒与应用，属于分子标记技术领域，所述引物组包括16对引物，其各引物的核苷酸序列如序列表SEQ ID No.1～SEQ ID No.32所示。本发明的引物组可...
- 莫正海娄文睿宣继萍胡龙娇廖盼华翟敏贾展慧
- 赤皮青冈叶EST-SSR标记引物及其制备方法和应用
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- 林立何月秋
- 基于EST-SSR标记的朱顶红种质资源鉴定被引量：1
- 2024年
- 以历年引进的朱顶红种质资源为试验材料,将其按照近似花品种和同名品种进行分组,其中近似花品种包括12个组合45个品种,同名品种包括12个组合31个品种,从已开发的EST-SSR标记中筛选多态性引物,对这些引进的朱顶红种质资源进行鉴定。结果表明:从朱顶红转录组开发的7对SSR标记中利用其中5对进行本次试验,通过近似花组合聚类结果分析得出,12个组合中,5个组合部分品种遗传相似系数较高,大部分组合及品种呈现错综复杂的亲缘关系;同名组合聚类结果为12个组合中有9个组合大部分品种聚在一起;‘橙色君主’、‘苹果花’和‘帆船’3个组合遗传背景复杂。部分组合亲缘关系可以看出,多组白色单瓣和红白条纹单瓣组合的遗传相似系数较高,多组重瓣和单瓣品种聚在一起。朱顶红具有丰富的遗传多样性,本研究为研究朱顶红品种间的亲缘关系,进行朱顶红种质资源鉴定提供参考。
- 吕文涛娄文睿娄晓鸣宣继萍
- 关键词：朱顶红EST-SSR标记聚类分析资源鉴定
- 蜜本南瓜EST-SSR标记开发及多态性分析被引量：1
- 2024年
- 为研究和开发蜜本南瓜EST-SSR标记,本试验以蜜本南瓜为材料,经RNA提取、cDNA文库构建和转录组测序,获得36.96 Gb序列数据,组装并去冗余后得到157 943条unigene。使用MISA (v1.0)软件进行SSR检测,结果表明59 365个SSR位点分布于41 097条unigene中,SSR分布频率为37.59%,发生频率为26.02%,平均分布距离为4 672 bp。单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸重复所占比例最高,三者占EST-SSR总数的90.37%,其中以二核苷酸重复最多(30.62%),其优势重复基序为AG/CT。以MB21、2202、M10B三个南瓜材料的DNA为模板进行多态性分析,结果表明30对引物中6对引物的扩增产物表现出良好的多态性。本研究开发了蜜本南瓜EST-SSR标记并分析其多态性,可为南瓜品种分子鉴定、遗传图谱构建和遗传多样性分析等提供理论基础。
- 杨也李胜辉张素勤耿广东
- 关键词：蜜本南瓜转录组EST-SSR多态性
- 脆木耳转录组EST-SSR标记特征及多态性分析
- 2024年
- 为开发脆木耳EST-SSR标记,本试验从脆木耳转录组测序数据挖掘SSR位点,并设计引物对木耳DNA进行多态性分析,为木耳的遗传育种提供理论基础。结果发现,在脆木耳转录组的52 954条unigene序列中共搜寻到4 600个SSR位点,SSR发生频率为6.85%,分布频率为8.69%。脆木耳SSR位点共包括112种重复基元;其中,二核苷酸和三核苷酸重复为主要类型,占SSR总数的92.86%。三核苷酸重复最多(66.64%),其优势重复单元为CCG/GGC (8.71%)。从设计引物中随机挑选30对进行PCR扩增,6对引物在3份木耳种质中均能扩增出清晰的目标条带。本试验所获得的EST-SSR可为木耳种质资源鉴定、遗传结构分析及遗传图谱构建等提供参考。
- 王艺琴张素勤郭豪田怀志熊兴伟刘进平耿广东
- 关键词：EST-SSR多态性
- EST-SSR标记在竹亚科植物纤维资源评价中的应用
- 2024年
- 开发一批用于竹亚科(Bambusoideae)植物的EST-SSR分子标记,利用其判定样本亲缘关系,结合已有的纤维原料竹种的开发研究数据,给出竹亚科植物纤维资源评价方法与筛选建议。从纤维原料竹种毛竹(Phyllostachys edulis)和早竹(Phyllostachys violascens)转录组中挖掘EST-SSR位点并设计引物,利用PCR-PAGE对50对候选引物进行筛选验证。使用生物信息学软件对条带迁移信息进行处理,得到17份竹样本的亲缘关系。比对近缘种在文献中的竹纤维数据,得出竹亚科植物纤维资源评价方法和筛选建议。结果表明,筛选出14对高通用性和多态性引物;有6对竹样本有较近的亲缘关系,且亲缘关系较近的品种,其竹纤维性能也较为相似。得出结论,在开发竹亚科植物纤维原料新品种时,可以从备选品种中,优先考虑纤维性能优良的品种的近缘种。
- 王炳智田英姿
- 关键词：纤维原料竹纤维EST-SSR亲缘关系
- 利用EST-SSR标记分析绿豆农家种及育成品种的遗传多样性
- 2024年
- 利用覆盖绿豆11条染色体的16个EST-SSR标记,对来自我国15个不同省市的156份绿豆农家种和53份育成品种进行遗传多样性分析。结果表明,16个标记总共检测出57个等位变异位点,平均等位变异数3.56,有效等位变异数(Ne)1.89,Shannon信息指数(PIC)0.70。与育成品种相比,绿豆农家种的观测等位变异数、Ne、期望杂合度和PIC较高,表明农家种的遗传多样性高于育成品种。Structure分析可以将所有材料分为3个组群,组群内资源有按地理来源聚集的趋势,3个组群内种质间的平均遗传距离相差不大。利用UPGMA法进行聚类分析,可将所有参试绿豆材料分为A、B、C三大类群,类群A集中了大部分育成品种,类群B和C则以农家种为主。12个不同地理来源资源群体的遗传一致度介于0.4706~0.9627。
- 王月影范保杰曹志敏王彦苏秋竹张志肖王珅时会影沈颖超程须珍刘长友田静
- 关键词：绿豆EST-SSR标记种质资源
- 基于转录组序列的青榨槭EST-SSR标记开发及通用性分析
- 2024年
- 青榨槭为目前重要的秋季彩叶园林绿化优良树种之一。本研究基于青榨槭叶片转录组数据进行了SSR标记分析,结果发现其中3744条unigene序列中含有3763个SSR位点,发生频率为6.93%,每11.89 kb含一个位点。优势重复序列类型为二核苷酸重复和三核苷酸,分别占总SSR位点的51.21%与46.93%;AG/CT与GAA/TTC分别是二核苷酸和三核苷酸的优势重复基元。654对引物中252对(38.53%)引物可成功扩增出目的条带,75对(11.47%)引物表现出多态性。75对多态性引物在槭属16个种质间转移率范围为83.75%~100%,平均转移率为90.08%,表明这75对标记具有较高的通用性。利用转录组开发青榨槭SSR标记可为青榨槭以及槭属种质资源研究、分子标记辅助育种等提供重要的遗传资源。
- 穆莹白云海吴静吴静窦德泉
- 关键词：青榨槭转录组SSR标记
- 基于EST-SSR标记的沙棘品种鉴定及指纹图谱构建被引量：3
- 2024年
- 以沙棘(Hippophae rhamnoides)优良品种“实优1号”为材料,对其叶片进行转录组测序,利用微卫星识别软件(microsatellite identification tool,MISA)和Primer 3(version 2.3.4)对获得的序列进行简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)位点挖掘和引物设计,以收集的42份沙棘品种为研究材料,开展聚合酶链式反应(PCR)和毛细管电泳检测,旨在开发一套多态性高、稳定性好和通用性强的表达序列标签微卫星(express sequence tags from simple sequence repeat,EST-SSR)引物,构建沙棘指纹图谱,从而实现沙棘品种的快速准确鉴定,并对沙棘品种间亲缘关系进行分析。“实优1号”转录组测序共获得6196个SSR位点,其中,重复基元类型为182种,SSR基序长度主要分布在10~21 bp区间,占全部SSR的81.58%,主要SSR重复类型为单核苷酸重复(48.72%)、二核苷酸重复(22.68%)和三核苷酸重复(18.85%)。利用筛选出的28对引物在42份沙棘品种中共检测出193个等位基因,等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)和Shannon信息指数(I)等遗传多样性参数的均值分别为6.964、3.495、0.617、0.671、0.623和1.384。UPGMA聚类分析表明,42份沙棘品种间的遗传相似性系数为0.601~0.990,当遗传相似性系数为0.694时,供试品种可分为2组;当遗传相似性系数约为0.7402时,供试品种可分为3组。优选6对引物构建指纹图谱,可以实现沙棘品种的快速准确鉴定。该研究可为沙棘的良种鉴定、指纹图谱构建以及遗传多样性和亲缘关系分析等提供分子水平的理论基础和数据支撑。
- 赵雨欣张哲文考惠霞孙永江辛智鸣赵喆董树斌程瑾
- 关键词：沙棘指纹图谱
