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- DNA损伤修复基因表达与甲基化对肝细胞癌预后的影响及风险评分模型构建
- 2024年
- 目的探讨DNA损伤修复基因表达与甲基化对肝细胞癌(HCC)预后的影响及风险评分模型构建。方法研究时间为2024年1月至5月,由TCGA、GTEx、GEO数据库获得数据集,采用Kaplan-Meier生存分析探讨DNA损伤修复基因对HCC患者生存预后的影响,利用单因素与多因素COX比例风险回归分析关键DNA损伤修复基因、年龄、性别、肿瘤分期等因素对患者预后的影响,构建并验证Nomogram预测模型,采用一致性系数(C-index)评估Nomogram预测模型的预测效果;采用Lasso回归法建立HCC生存预后的风险预后评分模型。利用HPA数据库验证结果与上述分析结果一致。结果8个差异表达DNA损伤修复基因(FEN1、RNASEH2A、MCM6、EXO1、RECQL4、MCM4、MCM3、MCM5)对HCC患者生存预后具有影响(均P<0.05);COX回归分析结果显示,MCM6、pTNM分期对HCC总生存率(OS)具有独立影响;列线图模型显示MCM6、pTNM分期与患者生存预后相关(均P<0.05,C-index=0.677);预后风险评分模型显示,RECQL4、EXO1和MCM6是影响HCC患者生存预后的关键基因。RECQL4、EXO1和MCM6基因启动子区甲基化水平随着HCC分级的升高而降低(均P<0.05)。结论DNA损伤修复基因在HCC的进展过程中发挥一定作用,RECQL4、EXO1和MCM6进入HCC患者生存预后的风险预后评分模型,MCM6对HCC患者生存预后具有独立的影响。
- 张杰王瑞平寇小妮樊晓丹边倩
- 关键词：肝细胞癌DNA损伤修复基因列线图
- 基于DNA损伤修复基因的膀胱癌预后风险模型构建及其在免疫治疗效果预测中的应用
- 2024年
- 目的本研究旨在探索构建一个基于DNA损伤修复相关基因(DDRGs)的预测膀胱癌患者生存预后及免疫治疗效果的风险模型。方法首先,从TCGA⁃BLCA数据集下载的RNA序列及临床信息,通过单变量Cox、最小绝对收缩与选择算法(LASSO)及多变量Cox分析,筛选出与DNA损伤修复相关的基因(DDRGs),构建预后风险模型;利用Kaplan⁃Meier生存曲线评估生存差异,通过接收者操作特征(ROC)曲线验证模型性能,并结合临床特征构建列线图进行验证。最后,对临床特征进行了分层分析,并进一步通过基因集富集分析(GSEA)、评估免疫状态和免疫检查点抑制剂(ICIs)的治疗效果。结果通过构建11个DNA损伤修复相关基因的风险模型,显示高风险得分的膀胱癌患者生存率明显低于低风险得分患者。免疫状态的分析揭示了高风险与低风险组之间存在显著差异,且低风险组患者对免疫检查点抑制剂的治疗效果更佳。结论基于DNA损伤修复构建的预后风险模型能有效预测膀胱癌患者的生存预后及其对免疫检查点抑制剂治疗的响应性。
- 罗鸿程张嘉豪何朝辉
- 关键词：膀胱癌DNA损伤修复预后模型免疫治疗
- 基于DNA损伤修复基因构建AML预后预测模型
- 2024年
- 目的构建基于DNA损伤修复(DNA Damage Response,DDR)基因的急性髓系白血病(Acute Myeloid Leukemia,AML)预后模型,为探索AML基因稳定性和精准治疗提供理论依据。方法利用TCGA和GEO数据库分别下载训练集和验证集;利用MSigDB数据库的DDR通路基因,根据训练集中DDR基因表达水平与总生存(Overall survival,OS)相关系数,构建Lasso回归模型并得出特征基因;多因素COX回归得出每个基因的相关系数,并计算DDR评分(risk score);在训练集和验证集中分别根据DDR评分截断值,将2组病例分为高危组(high risk)和低危组(low risk),并对2组临床特征和预后进行比较;绘制受试者工作特征曲线(receiver operating characteristic curve,ROC)评价该DDR基因集的DDR评分预测OS的灵敏度和特异度。结果以TCGA(n=157)AML数据集作为训练集,建立Lasso回归模型后得到10个特征基因,将这10个特征基因合集命名为“DDR基因集”;高危组和低危组比较发现,高危组含ELN2017不良组(Adverse)病例比例更高(P<0.05);高危组OS较低危组明显缩短(P<0.05);年龄≥60岁(HR:2.853;95%CI:1.909~4.263),ELN2017危险度分层为不良组(HR:1.63;95%CI:1.059~2.511)以及高DDR评分(HR:3.137;95%CI:2.075~4.744)是影响OS的独立危险因素;验证集中发现高危组OS较低危组明显缩短(P<0.05);绘制TCGA数据集的ROC曲线显示:1年AUC=0.709,3年AUC=0.755和5年AUC=0.759。结论DDR基因集灵敏和稳健,DDR评分可用于临床预测AML的预后。
- 刘琼曹灿汪颖卫珊珊唐晓磊陈玙
- 关键词：DNA损伤修复AML预后模型
- DNA损伤修复基因FANCI在肝细胞癌中的表达及作用研究
- 目的： 研究发现范可尼贫血补体I组（Fanconi anemia complementation group I，FANCI）的异常表达与癌症发生发展有关，FANCI 表达上调促进肿瘤生长并和癌症不良预后相关。但FAN...
- 尹子维
- 关键词：肝细胞癌DNA损伤修复基因肿瘤生长不良预后
- DNA损伤修复基因FANCI与肝癌预后和免疫浸润相关性被引量：2
- 2023年
- 【目的】探究DNA损伤修复基因FANCI在肝癌中的表达水平,及其与预后、临床分期、免疫浸润的关系。【方法】在本研究中,使用TCGA、GTEx、TIMER2.0及qRT-PCR法、蛋白质印迹法和免疫组织化学法研究FANCI在肝癌中的表达及其与不同临床分期之间的相关性;使用Kaplan-Meier Plotter数据库分析FANCI与肝癌预后的关系;使用TISIDB数据库探索FANCI与肝癌免疫细胞浸润及免疫检查点的关系;使用STRING数据库探索FANCI相结合的蛋白;使用TCGA及GTEx数据库进行GO及KEGG富集分析;通过细胞实验探索了FANCI在肝癌中的作用。【结果】与正常组织相比,肝癌组织FANCI的mRNA和蛋白表达水平上调(P<0.001);高表达FANCI的肝癌患者预后较差(P<0.001);肝癌组织中FANCI的表达与组织活化的CD4+T细胞数目、Th2细胞数目及免疫检查点基因的表达呈正相关,且FANCI高表达组的B细胞及巨噬细胞浸润水平明显较低(P<0.01);GO及KEGG富集分析显示FANCI相关基因富集在氨基酸跨膜转运体活性等多种生物过程中;细胞实验发现敲低FANCI后,肝癌的增殖、侵袭及迁移能力下降(P<0.05)。【结论】FANCI在肝癌组织中高表达,可能起抑制抗肿瘤免疫的作用,并作用于氨基酸跨膜转运等通路,与不良预后相关,敲低FANCI后,肝癌的增殖、侵袭及迁移能力得到抑制。
- 游莹梅美华谭宁歆陈怡丽池沛冬何晓顺黄俊琪
- 关键词：肝癌
- 第一部分：基于DNA损伤修复基因的表达分型揭示局部食管鳞癌的预后标志物和潜在免疫治疗靶点;第二部分：转录因子EN1通过调控Hedgehog信号通路促进食管鳞癌细胞增殖和迁移
- 第一部分基于DNA损伤修复基因的表达分型揭示局部食管鳞癌的预后标志物和潜在免疫治疗靶点 食管鳞癌是严重威胁人类健康的消化系统恶性肿瘤，发病率高、死亡率高。局部食管鳞癌的首选治疗策略是手术治疗，但仍有部分患者在术后会复发...
- 赵宁
- 关键词：食管鳞癌DNA损伤修复基因HEDGEHOG信号通路细胞增殖
- DNA损伤修复基因胚系突变乳腺癌新辅助化疗疗效分析被引量：5
- 2023年
- 目的:分析携带DNA损伤修复(DNA damage repair,DDR)相关基因突变的乳腺癌患者对基础蒽环类新辅助化疗方案(anthracycline,A)、蒽环联合紫杉类新辅助化疗方案(anthracycline-taxane,A-T)、蒽环联合紫杉和铂类新辅助化疗方案(anthracycline-taxane/carboplatin,A-TP)的疗效反应。方法:2003年10月至2015年5月,105例携带DDR基因胚系突变(非BRCA)的原发性乳腺癌患者在北京大学肿瘤医院分别接受A(n=69)、A-T(n=19)、A-TP(n=17)3种新辅助化疗方案。通过χ2检验或Fisher精确检验比较3组患者的病理完全缓解(pathological complete remission,pCR)率;采用Kaplan-Meier生存分析和Cox回归模型分析患者的乳腺癌特异生存(breast cancer-specific survival,BCSS)及无复发生存(recurrence-free survival,RFS)。结果:93.3%(98/105)的患者接受了4~8个周期的新辅助化疗。接受A、A-T、A-TP新辅助方案的3组患者的pCR率分别为11.6%、21.1%和35.3%。A-TP组pCR率显著高于A组(P=0.028),A-TP组pCR率也高于A-T组,但未达到统计学差异。经过65.6个月的中位随访,A-TP组的BCSS(HR=0.50,95%CI:0.09~2.73,P=0.41)和RFS(HR=0.51,95%CI:0.15~1.74,P=0.27)略优于A-T组,但无统计学差异。结论:DDR基因胚系突变患者应用A-TP新辅助化疗方案可显著提高pCR率,加入铂类药物或可提高患者的药物反应性及预后。
- 刘婧思陈久安孙洁姚璐张娟解云涛徐晔
- 关键词：乳腺癌DNA新辅助化疗
- 急性髓系白血病中DNA损伤修复基因突变特征及其预后意义
- 急性髓系白血病(Acute myeloid leukemia,AML)是以异常原始幼稚髓系细胞在骨髓及外周血克隆扩增和分化障碍为特征的具有高度异质性的血液系统恶性肿瘤。脱氧核糖核酸(Deoxyribonucleic ac...
- 申向东
- 关键词：急性髓系白血病DNA损伤修复基因突变临床预后
- DNA损伤修复基因突变与Ⅲ/Ⅳ期非小细胞肺癌含铂化疗疗效关系的研究
- 背景肺癌是全球和我国癌症相关死亡的首要疾病,5年生存率低于20%。非小细胞肺癌(Non-Small Cell Lung Cancer,NSCLC)在肺癌中占比约80%-85%。大多数患者在明确诊断时已处于NSCLC晚期阶...
- 吴天秀
- 关键词：化疗卡铂疗效
- 国人卵巢癌DNA损伤修复基因突变图谱分析
- 2022年
- 目的:同源重组修复(homologous recombination repair,HRR)基因BRCA1/2在卵巢癌的发生发展中起到了重要作用,相关研究比较深入,而对于其他DNA损伤修复(DNA-damage repair,DDR)基因突变在中国卵巢癌人群中的分布及其与患者临床特征之间的关系仍缺乏详细的探讨。方法:本研究纳入2019年6月至2020年6月在天津医科大学肿瘤医院接受手术治疗的卵巢癌患者122例,收集其外周血样本和67例对应肿瘤组织标本,利用二代测序技术检测19个DDR基因的变异情况、分布特点和临床病理相关性。结果:胚系DDR基因突变主要集中在HRR基因,占80.37%,致病性和可能致病性突变全部集中在HRR基因。携带胚系HRR(germline HRR,gHRR)突变的患者较BRCA突变的更多(31.15%vs.23.77%),且呈现家族聚集现象,病理类型以浆液性腺癌为主,并与铂类药物敏感性相关。肿瘤组织层面DDR基因突变中HRR基因突变率仅次于TP53,占39.39%。检出肿瘤组织HRR(tumor HRR,tHRR)突变的患者较gHRR突变的患者多5.97%。tHRR突变患者对铂类药物治疗敏感,且复发风险更低。结论:揭示中国卵巢癌DDR基因突变特征,提示基于二代测序的DDR多基因检测可指导卵巢癌患者的精准诊疗。
- 叶英楠王珂董莉程亚楠韩雷张蕊于津浦
- 关键词：卵巢癌DNA损伤修复基因基因检测
