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鉴定ATP结合转运蛋白家族中ABCB1作为动脉粥样硬化诊断生物标志物的研究
2025年
目的:ATP结合(ABC)转运蛋白基因家族影响动脉粥样硬化疾病的发展,通过基因表达综合数据库(GEO)数据挖掘,研究ABC转运蛋白基因家族中与动脉粥样硬化(AS)诊断相关的基因,以探索潜在的AS标志物。方法:共纳入4个备选数据集(GSE43292、GSE40231、GSE100927和GSE_(2)1545),共包含267例AS患者和204例对照进行分析。为了鉴定ABC家族基因,本研究采用ROC分析、t检验和Mann-Whitney U检验等统计学分析方法。利用检索相互作用基因/蛋白质数据库(STRING)通过注释、可视化和集成发现数据库(DAVID)进行蛋白质—蛋白质相互作用(PPI)网络创建和通路分析。并采用加权基因共表达网络分析(WGCNA)和基因集合富集分析(GSEA)进行功能分析。最后,对核心基因进行免疫浸润分析。结果:经过多轮筛选和确认,在48个基因中只有ABCB1(P<0.05,AUC>0.85)基因被保留。在STRING数据库中获得了21个与ABCB1直接相互作用的基因,利用Cytoscape 3.9.1软件构建PPI网络。对这21个基因进行了GO和KEGG富集分析,发现这些基因主要在各种代谢途径发挥作用。GSEA分析结果显示,ABCB1共在112条通路富集,其中40条与ABCB1高表达相关,72条与ABCB1低表达相关。WGCNA分析识别AS中与ABCB1表达相关的基因模块共有14个(β=3),其中绿松石模块与ABCB1相关性最强(Cor=0.98,P<0.001),该模块共包含了4517个基因。对该模块基因进行GO和KEGG富集分析,ABCB1在细胞黏附、血管生成、病灶黏附、ECM受体相互作用和PI3K-Akt信号通路相关。免疫浸润分析结果显示,在AS组中,活化的肥大细胞和M0、M1、M2巨噬细胞明显增加,而T淋巴细胞、灭活的NK细胞和单核细胞明显减少。结论:本研究发现ABCB1在AS患者中具有良好的诊断价值,且在AS患者中有显著表达。这些发现可能为未来AS的管理和治疗提供方向。
白雪王启彤吴宇碟程乐
关键词:动脉粥样硬化ABCB1
ATP结合转运蛋白家族与膀胱癌免疫治疗效果的关联性分析
2024年
目的基于IMvigor210和UNC-108(GSE176307)数据集分析探讨ATP结合(ABC)转运蛋白家族在膀胱癌患者免疫治疗中的临床应用价值。方法从IMvigor210数据集下载348例接受免疫治疗的膀胱尿路上皮癌患者的基因表达数据,将患者基于ABC转运蛋白家族基因表达水平进行共识聚类,分为聚类1和聚类2进行生存分析。通过单因素Cox回归分析筛选出对预后有影响的ABC转运蛋白家族基因,使用随机生存森林算法构建ABC评分预测模型,用于预测患者的生存期及免疫治疗反应,利用UNC-108数据集进一步验证模型的准确性。最后,采用ESTIMATE、ssGSEA算法评估患者的肿瘤微环境情况、oncoPredict算法预测患者对化疗药物顺铂的敏感性。结果筛选出9个ABC转运蛋白家族基因用于构建ABC评分预测模型。在IMvigor210队列中,Kaplan-Meier生存分析显示ABC评分低的患者总生存时间明显长于ABC评分高的患者(P<0.001);ABC评分模型对患者0.5年、1年和1.5年生存预测的受试者工作特征曲线下面积(AUC)分别为0.80、0.87和0.88;ABC评分对免疫治疗效果的预测能力的AUC为0.78,高于肿瘤突变负荷(AUC:0.72)和程序性死亡受体配体1(AUC:0.58)。ABC评分在UNC-108验证队列中也有着良好的预测效果。ABC评分与肿瘤微环境、多种免疫细胞、免疫表型、免疫评分、免疫检查点基因表达情况显著相关。结论ABC转运蛋白家族与膀胱癌的肿瘤微环境、免疫治疗效果关系密切,有望成为膀胱癌免疫治疗的新型生物标志物。
王廷正张青郭宏骞
关键词:膀胱癌ATP结合盒转运蛋白免疫治疗肿瘤微环境
ATP结合转运蛋白A5在胰腺癌中的预后意义及作用机制分析
费浩然
泥蚶转录因子c-Myc与下游ATP结合转运蛋白基因ABCA3启动子的结合鉴定
2023年
为了确定泥蚶转录因子c-Myc(Tgc-Myc)与下游ATP结合转运蛋白ABCA3(TgABCA3)基因启动子的结合关系。利用在线生物信息学网站预测以及凝胶电泳迁移(electrophoretic mobility shift assay,EMSA)和染色质免疫共沉淀(chromatin immunoprecipitation assay,ChIP)技术,对Tgc-Myc与TgABCA3启动子的结合位点进行分析。结果显示,TgABCA3启动子上的E-box顺式作用元件位于-40~-35 bp,Tgc-Myc能够与该序列特异性结合。转录因子Tgc-Myc通过调控TgABCA3基因转录,从而参与泥蚶应对重金属Cd胁迫的响应机制。
赵德风陈然肖国强滕爽爽
关键词:泥蚶ATP结合盒转运蛋白E-BOX
ATP结合转运蛋白A5在胰腺癌中的预后意义的生物信息学分析与验证被引量:1
2023年
背景与目的:ATP结合(ABC)转运蛋白家族的成员ABCA5在多种肿瘤中发挥着重要的作用。然而,ABCA5在胰腺癌中的研究尚不清楚。因此,本研究通过生物信息学分析及临床样本验证,探讨ABCA5在胰腺癌中的表达及与患者预后的关系,同时对ABCA5在胰腺癌中的可能作用机制进行分析。方法:使用TCGA和GEO数据库,分析ABCA5在胰腺癌组织及正常组织中的表达情况,并用Kaplan-Meier方法绘制生存曲线,Cox比例风险模型进行单因素与多因素分析。采用免疫组织化学法检测65例胰腺癌组织和癌旁组织中ABCA5的表达,并分析其与预后及胰腺癌临床病理特征的关系。使用TIMER、STRING和Gene MANIA数据库对ABCA5与免疫细胞浸润、蛋白互相作用网络(PPI)和基因-基因互作网络进行分析。利用基因富集分析(GSEA)和相关性分析对ABCA5在胰腺癌中可能参与的信号通路及其可能的作用机制进行探索。通过癌症药物敏感性基因组学(GDSC)分析ABCA5与治疗药物敏感性的关系。结果:在TCGA和GEO数据集中,ABCA5在胰腺癌组织中的表达明显低于正常组织(均P<0.05)。在TCGA和GSE62452数据集中,ABCA5低表达的患者生存时间明显缩短(均P<0.05);ABCA5的表达是胰腺癌患者预后的独立影响因素(HR=0.458,P=0.001;HR=0.439,P=0.017)。65例临床病例分析显示,ABCA5在癌组织与癌旁组织相比处于低表达水平,且ABCA5低表达患者的预后更差(均P<0.05),单因素与多因素Cox回归分析表明ABCA5的表达是胰腺癌患者预后的独立影响因素(HR=0.327,P=0.032)。TIMER数据库结果显示,ABCA5表达与免疫浸润密切相关。PPI蛋白互作网络显示,有14个与ABCA5相关的互作蛋白;基因-基因互作关系网络图得到20个与ABCA5相关的互作基因。基因富集分析与相关性分析结果显示,ABCA5在胰腺癌中可能与细胞周期和铁死亡有关。ABCA5高表达患者对5种治疗药物的IC50明显低于ABCA5低表达患者(均P<0.05)。�
费浩然孙丹仲成成杨海深司鑫鑫胡伟
关键词:胰腺肿瘤预后计算生物学
ATP结合转运蛋白B1与羧酸酯酶1基因多态性对达比加群酯药物谷浓度的影响被引量:1
2023年
目的探讨ATP结合转运蛋白B1(ABCB1)及羧酸酯酶1(CES1)基因多态性与服用达比加群酯的患者药物谷浓度的相关性。方法选取2018年3月-2021年11月在福州某医院诊断为非瓣膜性房颤的69例患者作为研究对象。检测患者ABCB1及CES1的单核苷酸多态性位点以及基因型,采用抗Ⅱa因子显色法测定患者服用达比加群酯后药物的谷浓度,分析ABCB1及CES1基因多态性与谷浓度的相关性,进一步研究相关位点对谷浓度达标的影响。结果本研究共发现11个单核苷酸多态性位点,且ABCB1 rs2235013与ABCB1 rs2235033处于连锁不平衡状态(D’=0.96,r2=0.82)。但ABCB1基因多态性对达比加群谷浓度无显著影响(P>0.05)。CES1 rs2302719突变型(TG,GG)患者的达比加群谷浓度高于野生型(TT)(51.98±8.06 vs 42.44±3.88,57.71±9.06 vs 42.44±3.88),并且CES1 rs2302719突变型(TG,GG)是患者谷浓度达标的保护因素,结果具有统计学意义(P<0.05)。结论ABCB1基因多态性对达比加群谷浓度的影响还需进一步探索。CES1 rs2302719次要等位基因(G)可增加达比加群谷浓度,并且不良反应的发生率可能更低。
张咪陈婷刘志宏宋洪涛胡涛桃
关键词:达比加群酯
ATP结合转运蛋白亚家族C成员8基因突变相关疾病研究进展
2023年
ATP结合转运蛋白亚家族C成员8 (ATP binding cassette subfamily C member 8,ABCC8)基因编码磺脲受体1 (sulfonylurea receptor 1,SUR1)亚基,该亚基是腺苷三磷酸(adenosine triphosphate,ATP)敏感性钾离子通道(ATP-sensitive potassium channel,KATP通道)的一部分。在胰岛β细胞中,SUR1亚基通过影响KATP通道调控胰岛素分泌。ABCC8的致病突变主要包括激活和失活突变两种类型,不同类型、相同类型不同结构域的突变引起疾病的临床表现、生化特征都不尽相同。对典型的临床表现及基因突变特点之间关系的深入认识有助于对该类疾病的精准诊断与治疗。
聂辰宇吕晓宇侯新国
关键词:新生儿糖尿病先天性高胰岛素血症
人胎盘ATP结合转运蛋白对格列本脲胎盘转运的影响
2022年
目的研究成熟胎盘ATP结合转运蛋白对格列本脲胎盘透过率的影响。方法建立人胎盘体外循环灌注模型40例,分为4组(n=10),分别用格列本脲、格列本脲和维拉帕米(PGP抑制剂组)、格列本脲和尼卡地平(BCRP抑制剂组)、格列本脲和吲哚美辛(MRPs抑制剂组)循环灌注3 h,计算各组格列本脲的胎盘透过率和清除指数。结果3 h循环结束后,4组格列本脲的平均胎盘透过率分别为(0.78±0.66)%、(2.17±0.90)%、(1.45±0.70)%、(3.65±2.10)%,与格列本脲组相比,加入抑制剂后各组格列本脲胎盘透过率均有增加(P<0.05),MRPs抑制剂组透过率高于PGP抑制剂组和BCRP抑制剂组(P<0.05);4组格列本脲相对透过率分别为(0.03±0.02)、(0.08±0.04)、(0.05±0.02)、(0.13±0.05),PGP抑制剂组和MRPs抑制剂组的清除指数均高于格列本脲组(P<0.05),且MRPs抑制剂组高于PGP抑制剂组(P<0.05)。结论PGP、BCRP、MRPs抑制剂均不同程度地参与了格列本脲的胎盘转运,其中,MRPs抑制剂的影响可能更为显著。
黄桦王晶晶李骞张峻
关键词:格列本脲乳腺癌耐药蛋白
ATP结合转运蛋白与药用植物次级代谢物转运的研究进展被引量:1
2021年
三磷酸腺苷结合(ATP-binding cassette,ABC)转运蛋白是生物体内分布最为广泛的蛋白家族之一。在调控植物生长发育、根系形态、次级代谢物转运、抗逆胁迫上发挥重要作用。在逆境中产生和累积的次级代谢物往往决定着药用植物的品质。因此,如何提高次级代谢物累积一直作为药用植物品质形成的研究领域热点。研究表明,次级代谢物的累积与ABC转运蛋白密切相关。近年来,随着基因组和转录组测序技术的不断发展,药用植物研究领域也开始关注ABC转运蛋白对次级代谢物的调控机制。该文根据近年来在植物研究领域中ABC转运蛋白的研究进展,系统概述了ABC转运蛋白参与次级代谢物的跨膜转运,以期为研究药用植物ABC转运蛋白的调控机制、增加次级代谢物累积、提升药用植物品质提供重要的理论依据和技术支持。
刘宁孙海刘政波邵财张淋淋
关键词:药用植物ABC转运蛋白跨膜转运
ATP结合转运蛋白在胶原诱导性关节炎模型鼠的差异表达及其与血清炎性细胞因子的相关性研究被引量:3
2019年
目的探讨炎性细胞因子与ATP结合(ABC)转运蛋白表达调控的相关性。方法建立Ⅱ型胶原诱导的小鼠胶原诱导性关节炎(CIA)模型,将造模成功的14只小鼠于初次免疫后7周处死取材。根据滑膜病理评分将CIA组分为轻度病变组、中重度病变组,选取4只健康小鼠作为正常对照组。通过流式多种蛋白定量技术(CBA)检测血清中IL-1β,IL-2,IL-6,IL-10,TNF-α,IL-17的水平。采用反转录(RT)-PCR检测脾淋巴细胞中的P-糖蛋白(P-gp),乳腺癌耐药蛋白(BCRP),多药耐药相关蛋白1(MRP1)的mRNA表达水平。进一步分析不同炎性细胞因子与耐药蛋白的相关性及其浓度依赖性,选出最具相关性的蛋白进行关节滑膜免疫组织化学定位分析。采用Mann-Whitney U检验,非参数Kruskal-Wallis H和Spearman相关分析。结果① 3组IL-6相比,中重度CIA组[45.03(38.87,64.02) pg/ml]高于轻度组[25.31(15.15,29.27) pg/ml]、正常对照组[7.75(5.14,9.17) pg/ml](Z=14.383,P<0.05);3组TNF-α比较,相较于正常对照组[22.81(20.84,28.17) pg/ml],轻度[45.00(32.76,58.51) pg/ml]、中重度CIA组[45.00(39.78,58.95) pg/ml]均升高(Z=8.375,P<0.05),中重度CIA组与轻度CIA组相比,差异无统计学意义(P>0.05)。②中重度CIA组MRP1 mRNA[2.07(1.77,2.22) pg/ml]高于轻度CIA组[1.32(1.08,1.49) pg/ml]、正常对照组[1.08(0.65,1.30) pg/ml](Z=12.634,P<0.05)。3组P-gp,BCRP的mRNA差异无统计学意义。MRP1与P-gp有相关性(r=0.635,P=0.015)。③ MRP1 mRNA的表达与IL-6呈正相关(r=0.711,P=0.004)。④ MRP1的表达与IL-6水平有一定浓度依赖性。⑤与正常对照组相比,CIA模型组膝关节与踝关节滑膜组织细胞胞质/胞膜呈棕黄色,提示MRP1表达阳性。结论在CIA关节炎模型中,ABC转运蛋白家族中MRP1表达与滑膜病变严重程度相关,且其与血清中炎性因子IL-6水平高度相关。
梁洁赵向聪牛红青穆艳飞李照华李小峰王彩虹
关键词:ATP结合匣式转运子细胞因子类

相关作者

陈运贞
作品数:209被引量:1,092H指数:18
供职机构:重庆医科大学附属第一医院
研究主题:高血压 心肌缺血 动脉粥样硬化 自发性高血压大鼠 缺血预处理
苟连平
作品数:47被引量:192H指数:8
供职机构:川北医学院附属医院
研究主题:罗格列酮 洛伐他汀 泡沫细胞 冠心病 ABCA1
吕湛
作品数:147被引量:655H指数:12
供职机构:川北医学院附属医院
研究主题:冠心病 动脉粥样硬化 冠状动脉疾病 冠心病患者 胆固醇
孙三元
作品数:41被引量:115H指数:6
供职机构:徐州市中心医院
研究主题:乳腺癌 晚期 非小细胞肺癌 微波消融 雌激素受体
张翠英
作品数:52被引量:173H指数:7
供职机构:长治医学院
研究主题:生理学 生理学教学 颈交感神经阻滞 纹状体 教育