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随机扩增多态性DNA分子标记技术在肠球菌分型中的应用被引量：1: 2023年; 该研究旨在探索随机扩增多态性DNA(Random Amplified Polymorphic DNA,RAPD)分子标记技术在肠球菌种间快速分型的效果。试验通过筛选模板、单引物、双引物及RAPD反应体系,构建肠球菌种间分型体系,对32株已知肠球菌分型确定分型相似度标准,并通过对46株未知肠球菌进行种间分型以及管家基因rpoA测定验证分型效果。结果显示微波法提取基因组DNA满足实验需要,筛选出7条单引物用于双引物配对组合,最适的双引物反应体系为:2×PCR Taq Mix 12.5μL,模板DNA 1μL,引物各1μL,ddH_(2)O 9.5μL;分型效果最好的双引物组合为Primer1+Primer5,该引物组合可以在80%的相似度下区分肠球菌种间差异,Primer1+Primer3组合在500 bp位置扩增出海氏肠球菌的特征条带,可以作为海氏肠球菌的鉴定指标,用以快速鉴定海氏肠球菌。; 付竹贤关仁梅王淑敏陈偲罗璠; 关键词：肠球菌随机扩增多态性DNA

嗜麦芽窄食单胞菌随机扩增多态性DNA基因分型及同源性分析被引量：1: 2020年; 目的采用一种快速,准确的基因分型方法,针对嗜麦芽窄食单胞菌导致的医院内感染进行流行病学调查,为预防院内交叉感染提供理论依据。方法收集南京市某医院住院患者痰液样本,并分离嗜麦芽窄食单胞菌,采用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术获得指纹图谱,并利用SAS9.2软件对其进行聚类分析。结果 39株嗜麦芽窄食单胞菌菌株根据其DNA条带聚类分析,可分为A、B、C、D、E、F和G 7个型,A、B、D、E均有2个亚型,其中A型为优势型别。同源性分析结果表明在神经内科与呼吸内科,ICU与呼吸内科分别有同一克隆株的传播,科室之间可能存在交叉感染。结论 RAPD是一种简单快速,低成本的基因分型方法,适合临床病原菌的分型及医院感染分子流行病学研究。; 朱雪峰刘娟赵苏瑛吴倩; 关键词：嗜麦芽窄食单胞菌随机扩增多态性DNA技术基因分型同源性

快速区分仿刺参来源地的随机扩增多态性DNA方法及实现所述方法的引物: 本发明涉及通过随机扩增多态性DNA技术对三种不同来源地的仿刺参进行快速鉴定、区分的方法。本发明提供实现上述方法的对仿刺参进行RAPD扩增的引物、含有所述引物的试剂盒，还涉及一种快速检测仿刺参来源地的随机扩增多态性DNA方...; 云振宇孙昭刘文刘贞张瑶孙志宏徐海燕; 文献传递

三叶青种质资源遗传多样性的随机扩增多态性DNA分析被引量：3: 2018年; 利用RAPD技术对64个三叶青种质资源样本进行遗传多样性分析,从40对引物中筛选出10对引物进行批量PCR实验。结果表明:64个三叶青样本的观测等位基因数(Na)为1. 666 7～2. 000 0,有效等位基因数(Ne)为1. 247 9～1. 701 3,Nei’s基因多样性指数为0. 167 0～0. 398 4,Shannon多样性指数(I)为0. 262 8～0. 583 0,平均多态位点为7. 5,平均多态百分数为93. 145%;在遗传相似系数0. 720 56处,可以将64个三叶青样本分成11大类;在遗传相似系数0. 697 04处,则可将64个三叶青样本分成4大类;聚类分析的结果与种源的地理距离存在不一致性,这可能与种质资源库的地形、气候等自然因素有关。表明所测三叶青种质资源遗传多样性丰富,具有一定的开发利用价值,可为合理保护三叶青的基因资源及其遗传改良提供科学依据。; 尹明华占学林徐文慧谢妮妮蔡红陈荣华; 关键词：种质资源随机扩增多态性DNA

随机扩增多态性技术联合荧光定量高敏检测三种疱疹病毒方法的建立被引量：2: 2017年; 目的:建立一种随机扩增多态性技术(RAPD)联合荧光定量聚合酶链式反应(q PCR)高敏定量检测单纯疱疹病毒(HSV)、人类巨细胞病毒(HCMV)、水痘带状疱疹病毒(VZV)的新方法。方法:根据文献筛选出数十条随机引物,分别对三种疱疹病毒进行随机扩增,产物经2%琼脂糖凝胶电泳,选取稳定清晰条带进行分离、纯化及克隆测序,应用blast-nr比对genebank现有病毒序列,选取高于99%匹配度的基因序列作为目的片段,并在其内部用primer3.0设计特异性内引物。经过引物筛选及条件优化后建立RAPD联合q PCR检测新方法,分别检测三种疱疹病毒。结果:经过筛选,确定了HSV、HCMV、VZV扩增灵敏性及特异性最好一组引物,建立的RAPD-q PCR可分别检测出1:10~6 HSV、1:10~5 HCMV和1:10~5 VZVDNA,而单一q PCR仅能检测1:10~3 HSV、1:10~2HCMV和1:103 VZVDNA。RAPD-q PCR相比于单一q PCR灵敏性提高100-1000倍,RAPD-q PCR扩增大于1:10~5病毒DNA得到的CT值均小于22.96±0.81,与10~2 copies/μL的标准线相距远,易于区分阴性和阳性。此外,用乙型肝炎病毒及疱疹病毒互为对照未见非特异扩增,特异性好。结论:随机扩增多态性技术联合荧光定量是一种检测三种病毒高度灵敏及特异的检测方法。; 刘雪邢益平严玉娟韩亚萍严友德张帆; 关键词：人类巨细胞病毒水痘带状疱疹病毒 SYBR

随机扩增多态性DNA技术对绿色气球菌的相关性分析: 2017年; 随着分子生物学的发展,16S、23S rRNA以及16S^23S rRNA已应用于菌种鉴定。16S^23S rRNA的基因间隔区相对于前两者有较高的变异性,弥补了16S和23S rRNA保守性强,分化程度不够的缺点。本研究对7株绿色气球菌和两株屎肠球菌扩增16S^23S rRNA基因间隔序列。通过随机扩增多态性DNA技术分析绿色气球菌DNA,评价不同菌株间的克隆相关性及耐药性。; 王羽董文龙张喜庆马红霞高云航; 关键词：绿色气球菌 RRNA 随机扩增多态性DNA技术

1例阴道定植阿萨希毛孢子菌的基因鉴定及随机扩增多态性DNA分析: 2017年; 报道1例阿萨希毛孢子菌阴道定植病例。1例25岁健康妇女偶有阴道分泌物稍增多及轻微瘙痒。妇科检查见少量淡黄色均质化分泌物附着于阴道黏膜,阴道分泌物Nugent评分3分。对两次阴道分离菌株进行形态学观察、温度试验、尿素酶试验、药敏试验、3个rDNA基因测序及随机扩增多态性DNA(RAPD)分析。间隔3个月两次阴道分泌物培养均分离出土黄色、表面皱褶的酵母样菌落。该菌在25~37℃生长良好,最佳生长温度为27℃。小培养可见分隔菌丝、假菌丝、关节菌丝、分生孢子、关节孢子和芽生孢子。尿素酶试验阳性。3个rDNA基因测序和RAPD分析显示两次分离菌株为同一种阿萨希毛孢子菌。E-test和Neo-Sensitabs药敏试验发现本菌株对伏立康唑敏感。随访3个月患者仍无明显症状。; 杨艳平时晓玉张颖李文王洁娣黄文明樊翌明; 关键词：阿萨希毛孢子菌阴道定植药敏试验

快速区分仿刺参来源地的随机扩增多态性DNA方法及实现所述方法的引物: 本发明涉及通过随机扩增多态性DNA技术对三种不同来源地的仿刺参进行快速鉴定、区分的方法。本发明提供实现上述方法的对仿刺参进行RAPD扩增的引物、含有所述引物的试剂盒，还涉及一种快速检测仿刺参来源地的随机扩增多态性DNA方...; 云振宇孙昭刘文刘贞张瑶孙志宏徐海燕; 文献传递

随机扩增多态性技术联合荧光定量PCR检测结核分枝杆菌方法的建立被引量：2: 2016年; 目的结合随机扩增多态性技术(RAPD)和荧光定量聚合酶链式反应技术(qPCR)的优势,建立快速、准确地检测结核分枝杆菌的新方法。方法根据国内外文献设计随机引物,以结核分枝杆菌标准菌株H37Rv为模板进行RAPD,产物进行琼脂糖凝胶电泳,选取条带进行割胶纯化测序,在美国国家生物技术信息中心(NCBI)的基本局部比对搜索工具(BLAST)程序上进行同源性检索,结果和结核分枝杆菌匹配率都达到99%。设计特异性内引物和探针,以RAPD产物为模板进行qPCR,并优化反应条件。分别以10倍梯度稀释的一系列浓度的H37Rv和其他阴性对照菌为模板,进行qPCR和RAPD-qPCR,分析其灵敏性和特异性。结果 qPCR能够检测到30pg/μl的结核分枝杆菌,而RAPD-qPCR灵敏性提高到3fg/μl。而且RAPD-qPCR检测30pg/μl至30fg/μl的结核分枝杆菌核酸时,扩增得到的Ct值都较小[(6.58±0.19)^(14.95±0.36)],结果稳定,易于判断。qPCR和RAPD-qPCR检测其他临床常见的细菌均呈现阴性。结论 RAPD-qPCR是一种快速、准确地检测出结核分枝杆菌的新方法。; 严玉娟邢益平施旭东严友德艾月梅刘雪; 关键词：结核分枝杆菌荧光定量聚合酶链式反应

随机扩增多态性技术联合荧光定量PCR检测结核分枝杆菌方法的建立与评估: 背景:结核病（Tuberculosis,TB）是由结核分枝杆菌引起的一种慢性呼吸道传染病,严重危害人类的健康,曾夺去了数亿人的生命。近年来,随着人口流动的增加,HIV感染的流行,多耐药位点的出现,结核病的流行又出现回升。...; 严玉娟; 关键词：结核分枝杆菌荧光定量聚合酶链式反应; 文献传递

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