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人乳头瘤病毒39型遗传变异 分析 及T细胞与B细胞抗原表位预测 2025年 分析 人乳头瘤病毒(Human papillomavirus,HPV)39基因组遗传变异 特征,并对病毒早期蛋白(E1、E2、E6、E7)和晚期蛋白(L1、L2)的T、B细胞优势抗原表位进行预测和筛选。方法从临床样本和NCBI数据库中共获取70条HPV39全长序列构建进化树、分析 基因多态性,并对病毒蛋白理化性质进行预测;采用IEDB和ABCpred预测T、B细胞抗原表位,并结合表位所在区域的二级结构,以及肽段的柔韧性、亲水性、表面可及性、抗原性评分等参数进一步筛选潜在优势抗原表位;最后对潜在优势抗原表位与12种高危型HPV进行同源性分析 。结果HPV39突变株可分为两个进化分支,分布于不同进化分支的毒株具有其特定的突变模式。在不同病毒基因中,E7突变率最高,而E1突变率最低,但这些碱基/氨基酸突变未对病毒的理化性质产生明显影响。经预测和筛选后,L1、L2各获得5、6条B细胞潜在优势抗原表位;E1、E2、E6、E7分别获得18、10、4及1条HLA-I类T细胞潜在优势抗原表位;E1、E2、E6获得7、3及2条HLA-II类T细胞潜在优势抗原表位。同源性分析 发现E1、E2、E6区域的T细胞抗原表位,以及L2中的B细胞抗原表位与HPV68、HPV33、HPV45和HPV59具有较高的同源性(93%~100%)。结论HPV39突变株可分为A、B两个主要进化分支,各进化分支具有其特定突变模式。病毒蛋白中含有可供进一步研究的T、B细胞潜在优势抗原表位,为HPV39相关多肽形式的疫苗和药物开发提供了更多理论依据。关键词：遗传变异分析 T细胞 B细胞 抗原表位预测 紫花苜蓿半同胞家系农艺性状的遗传变异 分析 2025年 分析 家系间农艺性状遗传变异 的基础上进行家系选择,推进紫花苜蓿的良种选育。结果表明:各性状变异 在不同家系间都达到极显著水平;不同性状间的变异 系数为5.24%~33.18%;广义遗传 力、家系遗传 力和遗传 进度分别为0.05%~69.04%、1.07%~72.90%和0~20.08;株高、茎粗、分枝数与鲜草产量极显著相关,分枝数与干草产量和种子产量显著相关,不同茬次间除鲜干比和茎叶比外均显著相关;根据隶属函数综合评价,筛选出FM22、FM7、FM15、FM1这4个优良家系,入选家系的株高、茎粗、分枝数、鲜草产量、干草产量、鲜干比、茎叶比和种子产量的平均遗传 增益分别为3.78%、0.43%、10.21%、1.08%、4.82%、-0.16%、-0.27%、9.36%。35个半同胞家系各性状间存在较大的遗传变异 ,有较大的改良潜力,初步筛选出的优良家系可以为紫花苜蓿的良种选育提供理论基础。关键词：紫花苜蓿 半同胞家系 农艺性状 遗传增益 2023年华南地区猪繁殖与呼吸综合征病毒的遗传变异 分析 2025年 遗传变异 情况,为华南地区PRRSV的防控提供理论依据。[方法]采用实时荧光定量PCR方法对华南地区不同猪场采集的328份样品进行PRRSV检测,对来自不同猪场具有代表性的29个PRRSV阳性样品ORF5基因进行测序和遗传 进化分析 。[结果]所有样本中PRRSV的阳性率为54.27%(178/328),获得29株PRRSV。ORF5基因序列分析 结果显示,所获得的PRRSV毒株均属于基因Ⅱ型毒株,29株PRRSV ORF5基因之间的核苷酸序列相似性为83.7%~100%,氨基酸序列相似性为83.0%~100%。其中6株属于以重组毒株NADC30-like为代表的谱系1,2株属于以经典毒株VR2332为代表的谱系5,21株属于以高致病性毒株JXA1为代表的谱系8。ORF5基因氨基酸突变主要集中在2个高变区、1个诱饵表位和3个跨膜区。谱系1的5株毒株的诱饵表位区域发生了V27A突变,谱系5的2株毒株的诱饵表位区域发生了V29A突变。在中和表位区域,谱系1的8株毒株发生了I39L突变,谱系8的5株毒株发生了I39F突变。在毒力相关位点中,部分毒株发生了R13Q、R151K、R151I、R151G突变。此外,谱系1的N-糖基化位点变异 较多,主要集中在第30-32、32-34、33-35、34-36、35-37、57-59位氨基酸处,而谱系5和谱系8的N-糖基化位点相对保守。[结论]目前华南地区猪场的PRRSV阳性率仍较高,PRRSV流行以多谱基因Ⅱ型为特征,谱系8和谱系1毒株占比较高,并且变异 复杂多样,需加强对PRRSV的监测,以掌握PRRSV毒株之间的遗传变异 情况,及时做好防控。关键词：ORF5基因 谱系 甘肃定西地区辣椒病毒病鉴定及BWYV遗传变异 分析 2025年 分析 BWYV的分子进化和遗传变异 ,通过序列比对发现其CP基因与其他物种BWYV分离物的核苷酸和氨基酸相似性分别为93.27%~99.51%和90.10%~99.01%,其MP基因的相似性分别为89.20%~99.05%和86.86%~98.86%。此外,系统发育树分析 显示BWYV不同分离物可分为4个类群,无明显地理分布特征,寄主植物多样性分析 显示具有显著的寄主关联性。关键词：辣椒 RT-PCR检测 进化分析 广西南宁猪繁殖与呼吸综合征病毒流行毒株ORF5和NSP2基因的遗传变异 分析 2025年 遗传 进化分析 、氨基酸序列比对分析 ,并对ORF5基因的N-糖基化位点进行预测。从PRRSV阳性样品中成功获得23条ORF5基因序列和18条NSP2基因序列,基于ORF5基因遗传 进化分析 属于PRRSV美洲型,其中NADC30-like毒株13株,NADC34-like毒株9株,VR2332-Like毒株1株。对ORF5氨基酸进行多序列比对显示,23株毒株无插入或缺失,但都存在位点突变。基于NSP2基因遗传 进化分析 显示为PRRSV美洲型,对NSP2氨基酸进行多序列比对显示,18株PRRSV存在1+19个氨基酸的缺失,与NADC30毒株NSP2氨基酸对应位置缺失模式一致。结果表明,该地区猪场主要流行NADC30-Like和NADC34-Like毒株,PRRSV不同流行毒株存在一定的遗传 差异,本研究为广西PRRS防控和疫苗选用提供了科学依据。关键词：猪繁殖与呼吸障碍综合征 ORF5 NSP2 木荷无性系种子园生长与种实性状的遗传变异 分析 2025年 遗传变异 ,选育优良无性系。【方法】在江西省林业局科技示范园林丰基地采用完全随机设计,将60株木荷(12个无性系,每个无性系5个重复)随机分配至种植区。对12个木荷无性系的树高、胸径、冠幅等10个指标进行方差分析 、邓肯多重比较、变异 系数分析 和相关性分析 ,并通过主成分分析 和聚类分析 ,选育出优良无性系。【结果】12个无性系在结实量、千粒重、发芽率、发芽势、叶长、叶宽等指标上均存在显著差异。各生长性状和种实性状整体呈中等程度变异 ,平均变异 系数为29.92%,其中发芽势的变异 系数最大(60.83%),树高变异 系数最小(14.73%)。相关性分析 结果表明,无性系树高与胸径呈显著正相关关系,叶长与叶宽、发芽率与结实量、发芽率与发芽势之间呈极显著正相关关系。主成分分析 和聚类分析 结果表明,无性系sy39、lc21、jo57和sy50综合表现较好,下一步可重点开展子代测定,基于后代表现来准确评估各个无性系的遗传 品质及其遗传 增益。【结论】无性系sy39表现特别优异,可将其作为优良亲本之一,为种子园的升级换代提供育种繁殖材料。关键词：木荷 生长性状 种实性状 无性系 欧李‘农大7号’和‘DS-1’杂交F1代果实性状的遗传变异 分析 2025年 遗传变异 规律,筛选低酸低涩优良株系。[方法]创制了‘农大7号’和‘DS-1’正交和反交群体,测定了F1代果实可滴定酸、可溶性固形物、单宁、单果重、果实硬度等品质性状指标,进行遗传变异 分析 。采用赋值法将果实性状各指标进行量化,进行聚类分析 。[结果]杂交后代可溶性固形物、可滴定酸、单宁、单果重、果形指数、果实硬度等均存在较大程度的分离。杂交后代果实可溶性固形物、可滴定酸、固酸比、单宁整体表现为偏高亲遗传 倾向,果形指数表现为趋中偏低的遗传 倾向,单果重表现为偏低亲遗传 的倾向,果实硬度表现为明显的趋中遗传 倾向。‘DS-1’ב农大7号’后代固酸比、可滴定酸、单宁、单果重、果实硬度变异 系数分别为26.71%、27.03%、32.35%、32.32%、20.83%,分离较为广泛,选择潜力较大。正交和反交后代可溶性固形物变异 系数分别为13.15%、16.34%,选择潜力较小。杂交后代果实硬度、可溶性固形物、可滴定酸、单宁优势率均为正值,具有一定的杂种优势。[结论]杂交后代果实酸度和涩度表现为明显的母性遗传 特性,低酸亲本作为母本,后代更容易筛选出鲜食品质优良的变异 单株。通过组间连接法进行聚类分析 ,从‘DS-1’ב农大7号’后代中筛选出7个低酸低涩优良株系。关键词：欧李 杂交 可滴定酸 可溶性固形物 地方槐猪和外来瘦肉型猪种9个关联突变位点的遗传变异 分析 2025年 遗传变异 特征。利用竞争性等位基因特异性PCR(KASP)和聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-restriction fragment length polymorphism,PCR-RFLP)方法对突变位点进行基因分型,根据原始文献对各位点进行有利等位基因判定,并制作各猪种在各位点有利等位基因和不利等位基因的百分比示意图。结果:槐猪在NR6A1基因突变位点存在一定多态性,有利等位基因频率为0.24,其他位点表现为单一基因型,其中,PHKG1、PRKAG3突变位点为有利等位基因,而在MC4R、MSTN、VRTN、SYNGR2和FUT1突变位点为不利等位基因;杜洛克猪在MC4R、NR6A1、VRTN、SYNGR2和FUT1突变位点有利等位基因占优,然而,PHKG1基因不利等位基因仍有一定的比例;大约克夏猪在MC4R、SYNGR2、NR6A1和VRTN基因突变位点有利等位基因占优,而其他位点为不利等位基因;长白猪在MC4R、MSTN、PRKAG3(p.Val249Ile)和SYNGR2这4个基因突变位点不利基因占优;杜洛克猪在VRTN基因、长白猪在MC4R基因突变位点处于遗传 不平衡状态(P<0.05)。以上结果为槐猪品种保护与利用以及瘦肉型猪种分子遗传 标记选育提供了有益的信息。关键词：槐猪 瘦肉型猪 分子遗传标记 基于基因组的生菜软腐病原鉴定与遗传变异 分析 2025年 分析 2022年云南省昆明市温室生菜软腐病,对从生菜软腐病株中分离的2株极地果胶杆菌(Pectobacterium polaris)CM22112和CM22123进行了高通量测序。通过16S rDNA序列分析 和生理生化代谢分析 ,确认了CM22112、CM22132菌株与极地果胶杆菌菌株NIBIO1006^(T)联系较近,并进一步确定为极地果胶杆菌。通过全基因组测序技术,得到CM22112和CM22132基因组序列长度分别为5 223 707 bp和5 043 792 bp,GC含量分别为54.16%和52.11%,并对测序结果进行了注释与致病系统分析 。对极地果胶杆菌种内28个菌株进行比较基因组分析 揭示了种内的基因组变异 ,为制定具有针对性的病害防治方案提供理论支撑,也为揭示果胶杆菌的遗传 进化机制提供理论基础。关键词：病原鉴定 2001—2022年鸽圆环病毒的遗传变异 分析 被引量：1 2024年 遗传 进化规律,试验从GenBank中选取208株PiCV全基因组序列,利用生物信息学软件,通过构建PiCV全基因组系统发育树,进行核苷酸同源性比较、氨基酸序列比对分析 、抗原表位分析 和基因重组等方式对其进行遗传变异 分析 。结果表明:基于构建的系统发育树可将208株PiCV毒株分为A(54.81%,114/208)和B(45.19%,94/208)两个基因型,其中A基因型可进一步分为A-1、A-2、A-3、A-4、A-55个不同的亚群,B基因型可进一步分为B-1、B-2、B-3、B-44个不同的亚群。208株PiCV全基因组序列的相似性为83.8%~100%。PiCV Cap蛋白氨基酸序列上存在氨基酸的点突变、缺失和插入等情况。208株PiCV全基因组序列中存在大量重组事件(44个),涉及A基因型序列中所包含的遗传 物质的直接交换及ORF C1基因小片段的转移。说明PiCV的变异 具有多样性。关键词：遗传变异分析 系统发育树 氨基酸序列分析
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