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延胡索转录组表达序列标签微卫星标记的开发及其功能分析: 2023年; 目的研究延胡索块茎和叶转录组水平上表达序列标签微卫星(EST-SSR)的分布规律,分析其差异性,并探索含EST-SSR基因的生物学功能,为延胡索遗传多样性评估和遗传育种提供方法和依据。方法利用生物信息学方法构建延胡索块茎和叶的转录组EST-SSR序列库,识别和搜索其EST-SSRs序列,利用TBtools进行GO功能分析,使用KAAS进行KEGG通路富集分析。结果延胡索的块茎和叶转录组中分别有7952个和137197个EST-SSR位点,其序列长度占其转录组长度的比例分别为0.87%、0.89%,丰度分别为475.76、458.91个·Mb^(-1)。延胡索块茎和叶转录组均为三碱基重复类型最多,其中,以AAG/CTT重复类型最多。通过对延胡索块茎含有EST-SSR的unigene进行功能富集分析表明:含EST-SSR的unigene序列的差异表达基因与化合物结合功能、有机物代谢功能、核糖体功能、氧化磷酸化等通路有关。结论延胡索块茎和叶转录组EST-SSR的比例、丰度和密度高度一致,其中,含EST-SSR的unigene具有显著的生物学功能。; 张琪李浩玲王春花史若彤蒋雪梅祁俊生周浓石汝杰; 关键词：延胡索转录组单基因功能分析

基于冗余的序列检测东北虎表达序列标签数据多态性: 2018年; 以本研究室103测序获得的EST序列（expressed sequence tags）和公共数据库（GenBank）中下载的共29 832条东北虎EST序列为分析内容,利用生物软件DNA star对序列进行拼接,得到3 301个重叠群（contigs）,含有4条EST以上的187条contigs （拼接序列）中,共获得489个候选SNP位点,其中颠换型、转换型和单碱基的插入与缺失分别为269个,182个和148个。SNP的平均出现频率为5.2 SNP/contig。采用Quality SNP软件,在22个EST重叠群中检测到90个可信度高的与生长发育相关的SNP。其中包括转换型31个,颠换型26个和缺失型33个。对含有SNP的基因进行了GO注释。共获得了689个注释。KEGG通路分析表明共有357条contigs被注释到了Enzyme commission （EC）号,这些基因参与了68条代谢通路。对所鉴定的SNP进行注释表明,本研究所开发的SNP将促进东北虎生长性状的分子基础研究。; 李倩杜海荣元虹懿张明海; 关键词：东北虎

盐生四翅滨藜表达序列标签分析及AcEBP1蛋白在非生物胁迫下的功能鉴定: 随着人类对土地的不断扩张及人口的持续增加,粮食供应问题日益严峻。在自然条件下,植物的生长还会受到多种如盐、碱、高温、低温、干旱、病虫害等非生物和生物胁迫因子的影响而导致作物减产甚至绝产,严重时引发粮食危机。因此,如何提高...; 李敬涛; 关键词：四翅滨藜表达序列标签非生物胁迫植物表达载体拟南芥; 文献传递

红麻表达序列标签微卫星DNA标记: 本发明涉及一种分子标记技术，具体涉及一种红麻表达序列标签微卫星DNA分子标记。其步骤包括，基于红麻转录组测序序列开发新的微卫星位点，扩增微卫星位点的引物序列以及微卫星位点多态性分析。本发明的特征是，基于红麻转录组测序的转...; 张立武祁建民万雪贝; 文献传递

黄麻表达序列标签微卫星DNA标记: 本发明涉及一种分子标记技术，具体涉及一种黄麻表达序列标签微卫星DNA分子标记。其步骤包括，开发新的微卫星位点，扩增微卫星位点的引物序列以及微卫星位点多态性分析。本发明的特征是，从GenBank公共数据库中下载黄麻表达序列...; 张立武祁建民徐建堂陶爱芬林荔辉方平平林培清吴建梅; 文献传递

Genbank中陆地棉表达序列标签(EST)与基因组序列(GSS)的SNP特征: 2016年; 陆地棉基因组精细定位需要更加丰富的分子标记,为了阐明单核苷酸多态性(SNP)标记资源开发利用的前景,对GenBank数据库中陆地棉表达序列标签(EST)和基因组序列(GSS)进行分析。下载GenBank数据库中公布的陆地棉EST序列及GSS序列,利用DNAStar软件进行叠连群构建及其候选SNP位点分析。结果表明:陆地棉EST序列307 414条及GSS序列242 015条,EST序列构建3 737个叠连群,序列累计10 477 241bp。由4条及以上序列组成的叠连群累计序列长度为3 761 800bp,发现候选SNP位点1 007 258个,叠连群平均出现1个SNP位点最低频率为2.32%。GSS序列共构建1 517个叠连群,序列累计1 625 700bp,发现SNP位点574 296个,叠连群平均出现1个SNP位点最低频率为9.18%。陆地棉的EST和GSS均有频率较高SNP位点,GSS出现SNP频率高于EST序列,开发SNP引物3 254对。; 胡根海董娜; 关键词：陆地棉 GENBANK

红麻表达序列标签微卫星DNA标记: 本发明涉及一种分子标记技术，具体涉及一种红麻表达序列标签微卫星DNA分子标记。其步骤包括，基于红麻转录组测序序列开发新的微卫星位点，扩增微卫星位点的引物序列以及微卫星位点多态性分析。本发明的特征是，基于红麻转录组测序的转...; 张立武祁建民万雪贝; 文献传递

茶树表达序列标签中的微卫星特征分析: 2015年; 从NCBI数据库中下载到50776条茶树表达序列标签(expressed sequence tags,EST)序列,利用Tandem Repeats Finder程序,对≧24 bp的微卫星(简单重复序列)进行系统分析。结果表明,在所分析的茶树EST序列中,搜索到长度大于或等于24 bp,基序匹配值大于80%的微卫星序列5299个,在这些微卫星中,单核甘酸的最多,数量达3283个,占SSR总数的61.96%,其次为2核甘酸微卫星序列,共1113个,占微卫星总数的21%。4核苷酸微卫星数量最少,仅39个,占总数的0.74%,搜索到6核苷酸471个,其基序组成可分为83类,优势基序为AAAACT(130个)。以上结果说明茶树EST序列中含有丰富的微卫星,这非常有利于开发表达序列中的微卫星标记,为含有微卫星的基因的标识、表达提供了很好的基础。; 钱春仙高俊刘林杨静李成云; 关键词：茶树表达序列标签微卫星

杨树与松-杨栅锈菌互作寄主表达序列标签（ESTs）及其防卫相关基因分析: 由落叶松-杨栅锈菌(Melampsora larici-populina Kleb.)引起的杨树叶锈病,是一种远距离传播、转主寄生性真菌病害,已在全球杨树种植区造成大量经济损失。选育持久抗叶锈病杨树品种是防治和减少该病害...; 陈祖静; 关键词：抑制性差减杂交防卫反应病程相关蛋白

黄麻表达序列标签微卫星DNA标记: 本发明涉及一种分子标记技术，具体涉及一种黄麻表达序列标签微卫星DNA分子标记。其步骤包括，开发新的微卫星位点，扩增微卫星位点的引物序列以及微卫星位点多态性分析。本发明的特征是，从GenBank公共数据库中下载黄麻表达序列...; 张立武祁建民徐建堂陶爱芬林荔辉方平平林培清吴建梅; 文献传递

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