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结核分枝杆菌Phage蛋白的抗原表位 预测 及生物信息学分析 2025年 预测 分析。方法:从NCBI Gene数据库中获取Rv1579c编码的氨基酸序列;通过ProtParam、ProtScale、NetPhos、TMHMM、SOPMA、SWISS-MODEL在线网站分别对Phage蛋白的理化性质、亲疏水性、磷酸化位点、跨膜螺旋结构、二级结构以及三级结构建模进行预测 分析;利用IEDB、ABCpred、SYFPEITHI等软件预测 Phage蛋白的细胞抗原表位 ;使用NCBI中BLAST数据库、UniProt数据库、MEGA-X软件分析Phage蛋白同源性及进化树的构建;STRING数据库预测 其相互作用蛋白。结果:Phage蛋白共含有104个氨基酸,分子式为C_(480)H_(750)N_(140)O_(164)S_(4),原子总数1538,为亲水性蛋白,第22、23位氨基酸疏水性得分最高为-1.433;第94位氨基酸亲水性得分最高为-2.511。该蛋白不稳定指数42.81,为不稳定蛋白;无糖基化位点,含有12个磷酸化位点,无跨膜螺旋结构。另外,Phage蛋白共获得多个优势细胞抗原表位 。结论:生物信息学分析Phage蛋白为结核分枝杆菌胞膜亲水性不稳定蛋白,介导结核分枝杆菌焦亡和耐药的发生。同时,该蛋白的多个优势细胞抗原表位 ,可成为未来结核诊断治疗的新靶标。关键词：结核分枝杆菌 PHAGE 生物信息学 人乳头瘤病毒39型遗传变异分析及T细胞与B细胞抗原表位 预测 2025年 表位 进行预测 和筛选。方法从临床样本和NCBI数据库中共获取70条HPV39全长序列构建进化树、分析基因多态性,并对病毒蛋白理化性质进行预测 ;采用IEDB和ABCpred预测 T、B细胞抗原表位 ,并结合表位 所在区域的二级结构,以及肽段的柔韧性、亲水性、表面可及性、抗原性评分等参数进一步筛选潜在优势抗原表位 ;最后对潜在优势抗原表位 与12种高危型HPV进行同源性分析。结果HPV39突变株可分为两个进化分支,分布于不同进化分支的毒株具有其特定的突变模式。在不同病毒基因中,E7突变率最高,而E1突变率最低,但这些碱基/氨基酸突变未对病毒的理化性质产生明显影响。经预测 和筛选后,L1、L2各获得5、6条B细胞潜在优势抗原表位 ;E1、E2、E6、E7分别获得18、10、4及1条HLA-I类T细胞潜在优势抗原表位 ;E1、E2、E6获得7、3及2条HLA-II类T细胞潜在优势抗原表位 。同源性分析发现E1、E2、E6区域的T细胞抗原表位 ,以及L2中的B细胞抗原表位 与HPV68、HPV33、HPV45和HPV59具有较高的同源性(93%~100%)。结论HPV39突变株可分为A、B两个主要进化分支,各进化分支具有其特定突变模式。病毒蛋白中含有可供进一步研究的T、B细胞潜在优势抗原表位 ,为HPV39相关多肽形式的疫苗和药物开发提供了更多理论依据。关键词：遗传变异分析 T细胞 B细胞 抗原表位预测 柯萨奇病毒A组6型VP1的主要特性及表位 预测 分析 2025年 预测 分析襄阳地区分离的柯萨奇病毒A组6型(Coxsackievirus A6, CV-A6)病毒蛋白(Viral protein, VP)中VP1的主要特性及表位 。应用ProtParam, SOPMA,Phyre 2,DNAstar v8.1.3,Mega11,ABCpred, ElliPro, NetMHCpan-4.1,NetMHCIIpan-4.0等软件和在线网站预测 分析CV-A6 VP1包括理化性质、结构特征、序列特点,亲缘关系在内的主要特性及B,T细胞抗原表位 。结果发现该分离株VP1为碱性、不稳定的亲水性蛋白,其二级结构以无规则卷曲为主,核苷酸(氨基酸)同源性不一,有12个氨基酸突变位点,属于D3a亚型。该蛋白还存在多个潜在及优势B,T细胞抗原表位 。CV-A6襄阳分离株与国内广西、广东地区CV-A6共进化共循环,具有一定的免疫潜能,可为分子流行病学监测以及多价疫苗的研制提供科学依据与参考。关键词：VP1 生物信息学 表位 B细胞表位 预测 方法及装置 表位 预测 方法及装置。涉及机器学习技术领域。本发明提供的一种B细胞表位 预测 方法及装置，通过对蛋白质序列进行滑窗分割转换为多肽序列并对多肽序列进行编码处理，使蛋白质序列能够转换为适合机器学习模型的输入格...抗原表位 预测 工具的研究与发展现状 2024年 表位 预测 工具的研究进展及其在疫苗设计和免疫治疗策略中的应用,突出了其重要性。通过分析B细胞和T细胞抗原表位 的识别机制,本文阐释了表位 的种类及其在免疫反应中的作用。进一步详细讨论了B细胞和T细胞抗原表位 的预测 工具,特别是它们如何利用支持向量机、随机森林、深度学习等不同算法来解析表位 信息,并介绍了当前该领域的最新发展现状。最后,本文对抗原表位 预测 技术的未来发展趋势进行了展望。关键词：抗原表位预测 适应性免疫 B细胞 T细胞 抗原表位 预测 方法、装置、设备及存储介质 表位 预测 方法、装置、设备及存储介质。该方法包括：获取待预测 抗原和待预测 抗体；对待预测 抗原和待预测 抗体进行预处理，得到待预测 抗原‑抗体片段复合物；将待预测 抗原‑抗体片段复合物输入抗原表位 预测 模型，由抗原表...HPV51全长序列分析、抗原表位 预测 及转录活性研究 一种基于抗原蛋白动态空间结构的表位 预测 方法及装置 表位 预测 方法及装置，所述方法采用常规或拉伸分子动力学模拟，得到抗原蛋白在天然态或特定中间态的运动轨迹，从轨迹中提取动态空间结构，通过动态空间结构计算溶剂可及面积、电荷分布和均方根...HPV53进化关系分析及B细胞与T细胞抗原表位 预测 2024年 表位 进行预测 。方法检索美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)数据库,获取HPV53全长序列并构建进化树。采用ProtParam软件分析蛋白的理化性质,PSIPRED和SOPMA软件预测 其二级结构。采用ABCpred和IEDB软件预测 B、T细胞抗原表位 ,并结合肽段柔韧性、亲水性、表面可及性、抗原性及Vaxijen评分等参数进一步筛选潜在的优势抗原表位 ;最后对潜在优势抗原表位 与13个高危型HPV进行同源性分析。结果检索NCBI数据库共下载54条HPV53全长序列,经去重后保留48条,来自不同国家/地区的HPV53分离株可划分为A、B、C三个主要进化分支。三个分支代表株病毒的蛋白理化性质相似,E1、E6和E7蛋白的二级结构以α螺旋为主,E2、E4、L1和L2以无规则卷曲为主。经预测 和筛选后,共得到6个B细胞潜在优势抗原表位 和9个T细胞潜在优势抗原表位 ,同源性分析发现,E4和E6区域的B细胞抗原表位 TTPIRPPPPPRPWAPT和CYRCQHPLTPEEKQLH,及L2区域的T细胞抗原表位 SGVHSYEEIPMQ与HPV56具有较高同源性(均>90%)。结论通过生物信息学方法分析和预测 发现HPV53分离株可分为A、B、C三个主要进化分支,其理化性质相似,二级结构存在部分小差异,且病毒蛋白中含有B、T细胞抗原表位 ,为HPV53相关多肽形式的疫苗和抗体药物开发提供了更多理论依据。关键词：进化分析 B细胞 T细胞 抗原表位预测 线性B细胞表位 预测 的生物信息学资源和工具的研究进展 2024年 表位 的预测 对于疫苗设计、疾病诊断和免疫治疗等方面具有关键意义。本文介绍了目前用于线性B细胞表位 预测 的各类生物信息学资源和工具,包括基于氨基酸序列特征、结构特征以及机器学习算法等多种预测 方法,分析了其优势与局限性,并对未来的发展趋势进行了展望,旨在为相关领域的研究人员提供参考,以推动线性B细胞表位 预测 技术的进一步发展。关键词：B细胞 抗体 特异性 表位预测
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