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基于人类蛋白质组微阵列数据筛选蟾毒灵抗癌作用靶点的生物信息学分析: 2024年; 目的通过生物信息学方法分析蟾毒灵人类蛋白质组微阵列数据,探究蟾毒灵互作蛋白之间的潜在联系,预测蟾毒灵在癌症中的作用靶点。方法使用clusterProfiler包进行GO、KEGG和GSEA富集分析,使用STRING数据库及Cytoscape软件进行关键蛋白筛选。下载TCGA数据库数据进行关键基因的泛癌分析;使用survival包绘制关键基因在肺癌、肝癌和胃癌中的K-M曲线,评估其预后效能。结果GO、KEGG和GSEA富集分析结果表明,蟾毒灵潜在互作蛋白显著富集于细胞内的各类囊泡的腔和膜以及核糖体等细胞组分,与鸟苷核苷酸结合、GTP结合、钙黏蛋白结合等分子功能以及氨基酸及衍生物代谢、糖代谢、核糖体、真核细胞翻译起始、细胞周期、细胞凋亡、DNA复制等生物学过程密切相关。筛选出前10位的核心蛋白,分别为RPL6、RPL8、RPL14、RPL24、RPL31、RPL36、RPS4X、RPS16、FAU和GNB2L1,其中除GNB2L1外均为核糖体蛋白。TCGA数据库分析结果表明,核心蛋白中的9种核糖体蛋白在大多数癌症中差异表达且与我国死亡率前3位的癌症肺癌、肝癌和胃癌的预后密切相关。结论蟾毒灵可能通过与核糖体蛋白直接相互作用调控癌细胞中核糖体的组装与发生,阻碍其蛋白合成从而发挥抑癌作用。; 陈光刘畅颖宋庆航孙福林杨丽娜李冰; 关键词：蟾毒灵蛋白质阵列分析计算生物学

肿瘤坏死因子相关凋亡诱导配体在妊娠期高血压疾病早期预测中的应用价值: 2022年; 目的探讨肿瘤坏死因子相关凋亡诱导配体(TRAIL)在妊娠期高血压疾病早期预测中的应用价值,探索妊娠期高血压疾病新的风险因子,提升早期预测效率。方法收集2015年1月—2017年10月在诸暨市第二人民医院产检并住院分娩的孕妇1500例,采集孕8~20周的外周血分离血浆,随访至妊娠结束。最终入选妊娠期高血压疾病组孕妇93例,正常妊娠孕妇120例为对照组。使用人生物素标记抗体芯片一次性检测孕妇血浆中507种蛋白质表达,通过David v6.7和GO数据库对表达差异蛋白进行功能注释/富集分析。Elisa法检测血浆TRAIL水平,结合42个妊娠期高血压疾病流行病学相关因素进行影响因素分析,ROC曲线评价孕20周前血浆TRAIL水平对妊娠期高血压疾病的预测效率。结果507种血浆蛋白中筛选出妊娠期高血压疾病发病前表达差异蛋白23个,其中TRAIL表达下调倍数最大;进一步行功能注释/富集分析显示,具有胞外组分功能的蛋白11个(47.83%),细胞表面受体与信号传导相关的蛋白7个(30.43%),凋亡调节蛋白5个(21.74%),细胞黏附蛋白5个(21.74%);蛋白功能相互作用集中于TRAIL蛋白。对TRAIL蛋白进一步定量检测显示,孕20周前,妊娠期高血压疾病组孕妇血浆TRAIL蛋白浓度明显低于对照组,差异有统计学意义(P<0.05);其中孕8~13周、14~19周时妊娠期高血压疾病组孕妇血浆TRAIL蛋白浓度均明显低于对照组,差异有统计学意义(P<0.05)。影响因素分析显示,贫血、孕前BMI、TRAIL最终进入Logistic模型,联合预测因子PRE=-11.427+1.694×血红蛋白+0.655×孕前BMI-0.051×TRAIL,预测正确率为82.57%。PRE进行ROC曲线分析显示,AUC 0.83,95%CI 0.70~0.91,预测灵敏度74.60%、特异度78.00%;TRAIL独立预测价值的ROC曲线分析显示,AUC 0.61,95%CI 0.53~0.74,预测灵敏度61.5%、特异度55.0%。结论孕20周前妊娠期糖尿病孕妇血浆中有23个表达差异蛋白,提示妊娠期高血压疾病是一组具�; 陈叶辉蒋维祝赵鑫微; 关键词：妊娠期高血压疾病肿瘤坏死因子相关凋亡诱导配体蛋白质阵列分析

贲门癌中肿瘤相关巨噬细胞浸润及其对预后的影响被引量：2: 2021年; 目的探讨贲门癌组织中肿瘤相关巨噬细胞(TAM)与肿瘤侵袭、转移及预后的相关性。方法收集2014年1月至2015年1月于莆田市第一医院行D2根治术的100例贲门癌患者癌组织及癌旁组织,以CD163标记M2型TAM。制作组织芯片,采用免疫组织化学法检测组织芯片中CD163的表达情况。以所有癌组织CD163阳性细胞计数的中位数为界值,癌组织中CD163阳性细胞均数≥界值的为TAM高浸润者,反之为TAM低浸润者。分析TAM浸润情况与临床病理特征及预后的关系;采用Cox比例风险模型进行多因素生存分析。结果贲门癌组织中CD163阳性细胞中位数高于癌旁组织[中位数(P25,P75):32个/高倍视野(HP)(16个/HP,46个/HP)比6个/HP(4个/HP,11个/HP)],差异有统计学意义(Z=-35.044,P<0.01)。TAM低浸润(<32个/HP)组48例,高浸润(≥32个/HP)组52例。肿瘤浸润浆膜及浆膜外的TAM高浸润者比例高于浸润黏膜及肌层者[60.9%(39/64)比36.1%(13/36)],淋巴结转移的TAM高浸润者比例高于无淋巴结转移者[61.8%(42/68)比31.3%(10/32)],TNM分期Ⅲ-Ⅳ期的TAM高浸润者比例高于Ⅰ-Ⅱ期者[64.4%(38/59)比34.1%(14/41)],差异均有统计学意义(均P<0.05)。TAM高浸润组中位总生存时间较低浸润组短[24.00个月(95%CI 17.25-43.50个月)比62.00个月(95%CI 34.00-68.00个月)],两组总生存差异有统计学意义(χ^(2)=18.137,P<0.01)。淋巴结转移(HR=0.301,95%CI 0.105-0.862,P=0.025)、TNM分期(HR=8.404,95%CI 2.810-25.133,P<0.01)及癌组织TAM浸润水平(HR=4.277,95%CI 2.372-7.712,P<0.01)为患者总生存独立影响因素。结论贲门癌中TAM可能在肿瘤侵袭、转移中发挥重要作用,其可能作为预测贲门癌生物学行为及预后的独立指标。; 许雪峰蔡耀武黄朝青黄汉兴陈新铜; 关键词：蛋白质阵列分析肿瘤相关巨噬细胞预后

基于GEO数据库线粒体脑肌病伴高乳酸血症和卒中样发作芯片数据的生物信息学分析: 2020年; 目的从分子水平探讨线粒体脑肌病伴高乳酸血症和卒中样发作(MELAS)的可能发病机制和临床表现。方法自GEO数据库中获取野生型细胞系和高表达mtDNA A3243G位点突变细胞系的芯片信息,采用R语言程序分析获得差异表达基因,行GO富集分析和KEGG通路富集分析并通过多组芯片的两两比较筛选出共同的差异表达基因,蛋白质相互作用网络分析关键调控基因与MELAS发病机制和临床症状之间可能的关联。结果自GEO数据库中筛选获得563个差异表达基因,250个基因表达上调、313个基因表达下调;GO富集分析显示,差异表达基因的主要功能是细胞外基质(ECM)粘附的生物学过程;KEGG通路富集分析包括磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)-丝氨酸/苏氨酸激酶(AKT)信号通路、细胞因子-细胞因子受体相互作用通路、转化生长因子-β(TGF-β)信号通路、ECM受体相互作用通路等。STRING数据库筛选出GNG2、SDC2、ANXA1、FN1、TNC、CYR61、IGFBP3、LTBP1、SERPIND1共9个关键基因。3组芯片进行两两比较筛选出PAMR1、GLRX5、SNCA等共同的差异表达基因。结论ECM粘附的生物学过程以及PI3K-AKT信号通路、TGF-β信号通路、ECM受体相互作用通路均参与线粒体能量代谢过程,可能与MELAS的发病机制有关;GNG2、TNC、LTBP1、PAMR1、GLRX5、SNCA等作为关键基因可能与MELAS的临床表现有关。; 许谦高阳李蕾严峻王礼玲任桃杰; 关键词：MELAS综合征基因蛋白质阵列分析计算生物学

化学发光法微阵列蛋白芯片临床应用专家共识被引量：2: 2020年; 微阵列蛋白芯片是研究蛋白质与蛋白质相互作用和识别疾病相关自身抗原的平台,也可以高通量的形式检测抗原与抗体之间免疫结合反应。该方法是一种微型化的固相免疫检测方法,在肿瘤、感染性疾病、自身免疫性疾病及变态反应性疾病的筛查、辅助诊断和治疗监测中逐渐得到临床认可。该共识对以平面基质为载体,采用化学发光法检测的蛋白芯片的临床应用进行规范化和标准化。; 中国医学装备协会检验医学分会徐英春杜娟李金明李永哲童明庆许斌; 关键词：蛋白质阵列分析高通量化学发光法

蛋白质组学的研究现状及其在2型糖尿病中的应用被引量：1: 2019年; 蛋白质组学是对基因编码蛋白质进行大规模分析的一门新兴学科。本文概述蛋白质组学的基本技术:双相凝胶电泳、多维液相色谱、生物质谱技术及蛋白质芯片在2型糖尿病(T2DM)中的应用,从而探讨T2DM中与炎症及脂代谢紊乱相关的生物蛋白:C反应蛋白、α2-巨球蛋白、载脂蛋白A1、Clusterin及锌-α-2糖蛋白的研究进展,发现早期诊断T2DM新的特异性标志物及药物作用靶点。; 张智慧闫朝丽; 关键词：蛋白质组学蛋白质阵列分析

蛇床子素通过上调微RNA-101a-3p抑制阿尔茨海默病细胞淀粉样前体蛋白表达被引量：8: 2018年; 目的:研究阿尔茨海默病细胞模型中蛇床子素抑制淀粉样前体蛋白(APP)的作用及机制。方法:脂质体2000转染建立APP高表达的SH-SY5Y细胞模型。利用MTT和乳酸脱氢酶(LDH)法检测蛇床子素对APP高表达细胞的存活率和损伤程度的影响。利用基因芯片技术筛选给予蛇床子素治疗后差异表达的微RNA(miRNA),然后通过生物信息学分析预测与差异表达miRNA靶向结合的基因。细胞内转入差异表达miRNA的抑制剂,然后采用免疫荧光细胞化学法观察细胞中APP、β淀粉样蛋白(Aβ)表达情况,RT-PCR法检测细胞中APP mRNA表达。结果:实验成功构建了APP高表达的阿尔茨海默病细胞模型。MTT和LDH法检测结果显示,蛇床子素对于APP高表达的细胞具有一定的保护作用,可以减轻细胞的损伤。miRNA-101a-3p是蛇床子素调控较明显的miRNA,其与APP的3'非翻译区靶向结合。与模型对照组比较,miR-101a-3p抑制剂组APP和Aβ蛋白荧光强度增加,APP mRNA表达量增加(均P<0.01);加入蛇床子素后细胞中APP和Aβ蛋白荧光强度降低,APP mRNA表达量减少(均P<0.01)。结论:在阿尔茨海默病细胞模型中,蛇床子素通过上调miR-101a-3p抑制APP表达。; 蔺莹姚璎珈梁喜才时悦孔亮肖洪贺吴雨桐倪颖男杨静娴; 关键词：阿尔茨海默病淀粉样Β蛋白前体蛋白质阵列分析芯片分析技术

Effects of acupuncture on the number of associated protein phosphorylation in brain tissues of MCAO rats based on protein microarray technique被引量：3: 2017年; Objective： To investigate the effects of acupuncture on the number of associated phosphorylated proteins in brain tissues of middle cerebral artery occlusion （MCAO） rats, based on the protein microarray technique. Methods： The MCAO model was prepared according to the modified occlusion method using occlusion lines. Forty healthy Sprague-Dawley （SD） rats were randomly divided into 4 groups using the lottery method： a sham operation group, a model group, a control point group and an acupoint group, with 10 rats in each group. Rats in the sham operation group and the model group only received binding without acupuncture. Rats in the acupoint group received acupuncture at Dazhui （GV 14）, Baihui （GV 20） and Shuigou （GV 25）; rats in the control point group received acupuncture at non-acupoint control points. The needle was twisted once for 1 min after insertion and another time in the middle of the 30 min needle retaining. Acupuncture was conducted once every 12 h for 6 consecutive times. At the end of the experiment, the neurological impairment score was collected, and cells of the ischemic brain tissues were extracted. The protein phosphorylation of the related signaling was detected using the 720 phosphorylated antibody microarray technique, and the differentially expressed proteins between groups were screened. Results： The neurological impairment scores after 72 h of treatment： compared with the sham operation group, the scores of the model group, the control point group and the acupoint group were significantly increased （P〈0.01）; compared with the model group, the scores of the acupoint group and the control point group were significantly decreased （P〈0.01,P〈0.05）; the score of the acupoint group was better than that of the control point group （P〈0.05）. The results of the protein microarray： compared with the sham operation group, 48 proteins showed up-regulated phosphorylation （≥1.5 times） in the model group and the down-regulated was 28; compared with t; 田浩梅贺平张雨辰颜虹陈楚淘杨燕萍(译); 关键词：POINT POINT POINT INFARCTION

人精子的蛋白质组学研究进展被引量：4: 2016年; 随着质谱技术不断发展,精子蛋白质的检测已实现高通量化,蛋白质组学也成为研究精子的重要工具之一。概述人正常精子的蛋白质组学、精子获能相关的蛋白质组学及临床上少、弱、畸形等异常精子的蛋白质组学三个方面的研究进展。蛋白质组学对睾丸组织特异的三磷酸甘油醛脱氢酶(glyceraldehyde-3phosphate dehydrogenase,testis specific,GAPDHS)、外致密纤维蛋白(outer dense fiber protein,ODF)、A激酶锚定蛋白(A kinase anchoring protein,AKAP)及热休克蛋白(heat shock proteins,HSP)等蛋白结构、功能及丰度改变的深入研究,有助于增进对精子发生、精子功能及受精机制的理解;同时筛选出部分关键蛋白,如人可溶性半乳糖凝集素3结合蛋白(lectin galactoside-binding,soluble 3 binding protein,LGALS3BP)、组蛋白丛1 H2ba(histone cluster1,H2ba,HIST1H2BA)、苹果酸脱氢酶2(mitochondrial malate dehydrogenase 2,MDH2)等可能成为男性不育病因分析及研究的靶标,对探索男性不育机制、探索男性避孕新靶点有潜在的意义。; 吴艳青饶猛夏伟; 关键词：精子蛋白质组学蛋白质阵列分析质谱分析法

结核蛋白芯片法检测结核分枝杆菌的临床评价被引量：7: 2016年; 目的采用结核蛋白芯片法检测结核分枝杆菌感染，分析重庆市永川地区的结核感染现状以及流行病学趋势。方法 2014年7月至2015年6月来重庆医科大学附属永川医院感染科门诊就诊患者，对635例疑似结核分枝杆菌感染患者采用临床常用结核分枝杆菌检测方法进行检测，通过结核蛋白芯片法检测永川地区结核分枝杆菌感染情况。共计215例患者被临床确诊为结核分枝杆菌感染，其中肺结核162例，肺外结核53例。采用卡方检验，对检测结果进行统计学分析。结果 162肺结核患者，蛋白芯片法阳性率为81.5%，T－SPOT.BT为90.7%，DNA微阵列芯片89.5%,金标法为63.5%，抗酸染色法为38.3%。5种检测方法在临床肺结核诊断上差异有统计学意义（P〈0.05）。53例肺外结核患者，蛋白芯片法阳性率90.6%、T－SPOT为94.3%、金标法为47.2%。3种检测方法在阳性率比较上差异有统计学意义（P〈0.05）。蛋白芯片法、T－SPOT.BT在肺外结核阳性率上差异无统计学意义（P〉0.05）。结核蛋白芯片法LAM抗体阳性出现概率最大为94%。结论结核蛋白芯片法对肺结核和肺外结核的诊断较为可靠。; 王科代红莹张银张艳子朱天金唐治贵袁永强; 关键词：结核分枝杆菌蛋白质阵列分析结核

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