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合作猪NTF3基因克隆、生物信息学分析及组织 表达 谱 构建 2025年 组织 中的表达 量,构建组织 表达 谱 。通过PCR扩增、Sanger测序等方法获得合作猪NTF3基因CDS区序列,使用生物信息学方法分析其结构,并使用RT-qPCR技术检测其在不同组织 中的表达 水平。结果显示,合作猪NTF3基因CDS区长774 bp,编码257个氨基酸;等电点(pI)为9.46,属于碱性蛋白;合作猪与猪、牛亲缘关系较近;二级结构主要为α-螺旋和无规则卷曲,三级结构主要由β-折叠、α-螺旋等组成;整条链中亲水性氨基酸残基数量多于疏水性氨基酸残基数量,是亲水性蛋白;无跨膜区域,是非跨膜蛋白;在37~58位氨基酸残基有一个线圈结构域、64~79位有一个低复杂度结构域和144~249位有一个神经生长因子结构域;存在信号肽,推测是分泌蛋白;NTF3基因在合作猪脾脏的表达 量最高,回肠表达 量最低。关键词：合作猪 克隆 生物信息学分析 驴FBXL3基因在发情期和乏情期各组织 表达 谱 差异及氨基酸特征分析 2024年 表达 水平与驴发情期和乏情期之间的关系,试验以德州毛驴为研究对象,利用qPCR方法分析FBXL3基因在发情期和乏情期不同组织 中的表达 情况,利用生物信息学方法预测FBXL3蛋白质的理化性质、跨膜结构域、亚细胞定位、蛋白质相互作用情况、二级结构和三级结构。结果表明:FBXL3基因在发情期卵巢和卵泡液中的相对表达 量极显著高于乏情期(P<0.01),乳腺中的相对表达 量显著高于乏情期(P<0.05)。FBXL3蛋白有37个酶解位点,属于亲水性蛋白,无跨膜结构域,主要分布在线粒体上,为酸性、不稳定蛋白质;FBXL3蛋白中α-螺旋、β-转角、无规则卷曲和延伸链分别占49.30%、2.57%、35.98%和12.15%,与三级结构预测结果一致;SKP1、FBXL13、CRY1、CRY2、PER1、PER2等蛋白与FBXL3蛋白存在相互作用。说明FBXL3基因在发情期和乏情期的表达 具有组织 特异性。关键词：生物信息学 组织表达谱 荒漠草地白刺粗角叶甲非典型气味受体基因克隆及组织 表达 谱 2024年 组织 中的表达 量差异。结果显示:克隆获得的白刺粗角叶甲非典型气味受体基因DrybOrco的cDNA全长为1918 bp,其中开放阅读框为1440 bp,编码479个氨基酸,蛋白分子量为53.94 kD,含有7个跨膜结构域,为疏水性膜蛋白。系统发育表明,Orco基因在6目68种昆虫间保守性较高(相似度大于68%),聚类分为3个分支,相同目的昆虫聚集到同一支。白刺粗角叶甲与其他鞘翅目昆虫聚为一支,其中与玉米根萤叶甲的Orco基因亲缘关系最近,核酸相似度高达92.28%。荧光定量表明,白刺粗角叶甲DrybOrco基因在成虫触角中特异性表达 ,且雄虫显著高于雌虫,表达 量比值为2.27;此外,该基因在雄虫足和雌虫翅中少量表达 ,其他组织 中几乎不表达 。本研究明确了白刺粗角叶甲非典型气味受体基因DrybOrco的序列特征、蛋白结构和组织 表达 情况,这为阐明DrybOrco在该害虫化学通讯过程中的生理功能,以及探究白刺粗角叶甲寄主专化的嗅觉分子机制研究提供重要依据。关键词：嗅觉 NOD样受体及炎症小体的组织 表达 谱 及甘露寡糖调控 2024年 组织 NOD样受体及炎症小体的组分基因分布情况,以及在发霉饲粮中添加甘露寡糖对NOD样受体和炎症小体中的mRNA表达 与下游效应因子分泌的影响。试验一:6只3月龄赣西黑山羊,单笼饲养,饲喂基础日粮。试验二:18只3月龄雌性山羊分成两组,每组9个重复,对照组饲喂含黄曲霉毒素和玉米赤霉烯酮的玉米,处理组添加0.5%甘露寡糖于霉变日粮。采集羊只的瘤胃背囊、回肠中段、结肠中段、肝脏、脾脏和肠系膜淋巴结组织 ,并进行基因表达 分析和细胞因子含量测定。结果表明,①相比于瘤胃组织 ,NLRP1、NLRP3和NLRC4基因在脾脏和肝脏中高表达 ,NLRP12、ASC和CASPASE-1基因在回肠中表达 量最高,NLRC3、NLRC5和NAIP基因在脾脏和肠系膜淋巴结中表达 量最高;②在发霉玉米饲粮中添加甘露寡糖后,肝脏组织 中NLRP1基因表达 量显著增加(P<0.05),ASC和CASEPASE-1基因表达 量显著降低(P<0.05);回肠和脾脏组织 中NOD样受体及炎症小体基因的表达 无显著差异;肠系膜淋巴结组织 中NLRC3和NLRC5基因表达 量呈现降低趋势(0.05组织中IL-1β和IL-18的含量均显著高于霉变饲粮组(P<0.05)。因此,NOD样受体及炎症小体基因在脾脏、肝脏等组织 广泛分布,甘露寡糖增加了IL一1β和IL-18的分泌,提高了对黄曲霉毒素和玉米赤霉烯酮的免疫应答。 关键词：绵羊 粗饲料 饲料配方 牛MED28基因编码区克隆、生物信息学分析及组织 表达 谱 研究 2024年 组织 中的表达 水平,为后续研究MED 28基因的功能奠定基础。[方法]以牛成肌细胞RNA反转录的cDNA为模板,利用PCR方法扩增并克隆牛MED 28基因CDS区。运用MegAlign、Mega 11.0软件进行MED28蛋白的相似性比对和系统进化树构建,利用ProtParam、ProtScale、SOPMA、SWISS-MODEL、MEME、STRING等在线软件分析MED28蛋白的理化性质及结构功能,并通过实时荧光定量PCR检测MED 28基因在牛心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、小肠、肌肉组织 中的表达 量。[结果]试验成功克隆MED 28基因CDS区,长度为537 bp,编码178个氨基酸。相似性比对结果表明,牛MED28蛋白与山羊、绵羊的相似性最高;系统进化树显示,牛与山羊、绵羊的遗传距离最近,与鸡的遗传距离最远。MED28蛋白属于不稳定的亲水性蛋白,无跨膜区和信号肽,主要在细胞外发挥作用,含有2个N-糖基化位点和21个磷酸化位点。MED28蛋白二级结构由α-螺旋、β-转角、延伸链和无规则卷曲组成,其中α-螺旋占比最大,蛋白结构稳定,与三级结构预测结果一致。蛋白互作网络分析表明,MED28蛋白与其家族的多种蛋白之间存在互作,且主要在转录途径和甲状腺信号通路中发挥作用。MEME预测结果表明,MED28蛋白的保守基序在牛、人、猪、小鼠、马、兔、山羊、绵羊之间是相同的;MED28蛋白结构域有低复杂度和卷曲螺旋序列。实时荧光定量PCR结果表明,MED 28基因在牛肌肉组织 中的表达 量显著高于其他组织 (P<0.05)。[结论]牛和羊的亲缘关系最近、蛋白相似性高。MED28蛋白亲水且结构稳定,存在N-糖基化位点和磷酸化位点,无跨膜区和信号肽,主要分布在细胞外,并参与转录途径和甲状腺信号通路。MED 28基因在牛肌肉组织 中高表达 。以上结果可为进一步研究牛MED关键词：克隆 生物信息学 奶牛生物钟基因CLOCK的真核表达 载体构建、生物信息学分析及其组织 表达 谱 2023年 表达 载体,检测CLOCK基因在奶牛不同组织 的相对表达 丰度,并预测分析奶牛CLOCK蛋白的高级结构、理化性质及其功能特征。以奶牛肝脏组织 cDNA为模板,通过PCR扩增奶牛CLOCK基因CDS区片段,利用同源重组法将其连接至pcDNA3.1-Puro-N-3HA载体;经酶切与测序鉴定后,将鉴定正确的质粒命名为pcDNA3.1-Puro-N-3HA-bCLOCK;将pcDNA3.1-Puro-N-3HA空质粒和pcDNA3.1-Puro-N-3HA-bCLOCK重组质粒分别转染至HEK293T细胞,通过蛋白质免疫印迹(Western blot)检测CLOCK蛋白的过表达 效率;提取奶牛的心、肝、脾、肺等10个组织 的总RNA并反转录为cDNA,以此为模板通过实时定量PCR(real-time quantitative PCR,qPCR)检测CLOCK基因在奶牛不同组织 的表达 变化;同时,利用生物信息学软件对奶牛CLOCK基因及其编码蛋白进行功能预测分析。琼脂糖凝胶电泳结果显示,成功克隆了奶牛CLOCK基因全长CDS区片段。酶切与测序结果显示,pcDNA3.1-Puro-N-3HA-bCLOCK真核表达 载体构建成功。Western blot结果表明,该真核表达 载体在HEK293T细胞中成功表达 HA-CLOCK融合蛋白。qPCR结果表明,CLOCK基因在心、肝、脾、肺等10个组织 中均有表达 ,其中在心脏表达 最高,在小肠表达 最低。生物信息学分析结果表明,奶牛CLOCK基因的CDS区与绵羊、山羊、骆驼的相似性较高;奶牛CLOCK蛋白由845个氨基酸组成,分子质量为95.12 kDa,无跨膜结构域与信号肽,为亲水性蛋白,二级结构中富含α-螺旋;奶牛CLOCK蛋白的三级结构与绵羊、人和小鼠的差异极小。结论:本研究成功克隆了奶牛CLOCK基因全长CDS区片段并构建了其真核表达 载体,qPCR检测CLOCK基因在奶牛不同组织 的表达 谱 ,通过生物信息学预测分析CLOCK蛋白的结构与功能特性,为进一步探究奶牛CLOCK基因的生物学功能提�关键词：奶牛 真核表达载体 生物信息学分析 奶牛CRY 1基因真核表达 载体构建、生物信息学分析及组织 表达 谱 研究 2023年 表达 载体并对其进行生物信息学分析,检测奶牛CRY 1基因的表达 谱 ,为后续探究CRY1蛋白的生物学功能提供参考。【方法】以奶牛肝脏组织 cDNA为模板,PCR扩增CRY 1基因CDS区,将其与酶切线性化的pcDNA3.1-3HA空质粒以同源重组法连接,重组质粒命名为pcDNA3.1-3HA-cCRY1;利用在线软件对奶牛CRY 1基因进行生物信息学分析。将空质粒pcDNA3.1-3HA和重组质粒pcDNA3.1-3HA-cCRY1转染至HEK293T细胞,利用Western blotting技术检测奶牛CRY 1基因在蛋白水平的表达 ;利用实时荧光定量PCR检测CRY 1基因在奶牛不同组织 中的表达 量。【结果】试验成功获得1764 bp的奶牛CRY 1基因CDS区序列,且成功构建pcDNA3.1-3HA-cCRY1真核表达 载体。奶牛CRY 1基因与牦牛、山羊、绵羊相似性在98%以上,且遗传距离较近。生物信息学分析表明,CRY1蛋白为碱性、亲水性蛋白,无跨膜结构与信号肽,存在45个潜在磷酸化位点,与CLOCK、ARNTL、FBXL3等多个蛋白存在互作。Western blotting结果表明,pcDNA3.1-3HA-cCRY1转染组在72 ku处出现明显的条带,而pcDNA3.1-3HA转染组在相应位置处无条带。实时荧光定量PCR结果表明,CRY 1基因在奶牛心脏、肝脏、脾脏、肺脏等10个组织 中均有表达 ,其中在心脏中的表达 量最高,在颈斜方肌中的表达 量最低。【结论】本研究成功构建了CRY 1基因的真核表达 载体,且在HEK293T细胞中实现了CRY1蛋白的过表达 。CRY1蛋白是一种不稳定的胞内蛋白,可与多种蛋白互作,并参与昼夜节律调控、细胞代谢、糖异生等过程。CRY 1基因在牛、羊等反刍动物间较为保守,在奶牛多种组织 中均有表达 。研究结果为深入探究CRY1蛋白在奶牛生物钟系统中的转录调控机制提供参考依据。关键词：奶牛 生物信息学 组织表达谱 藏鸡GPX3基因的克隆、组织 表达 谱 研究及功能预测 被引量：1 2023年 组织 中的表达 量,鉴定GPX3互作蛋白的mRNA表达 水平并分析其相关性,为进一步探究GPX3基因对藏鸡免疫功能的影响奠定基础。本试验以70日龄健康藏鸡(公鸡)作为研究对象,利用RT-PCR技术获得GPX3基因CDS序列并进行生物信息学分析;利用qPCR技术检测GPX3基因在藏鸡心、肝、脾、肺和肾组织 中的表达 差异情况以及分析可能与GPX3蛋白存在互作关系的10个相关蛋白在脾中的mRNA表达 情况及其相关性。结果显示,成功扩增藏鸡GPX3基因799 bp,包括5’UTR 78 bp,CDS区660 bp,3’UTR 61 bp,可编码219个氨基酸。GPX3mRNA在藏鸡5个组织 中均有表达 ,且在脾中表达 量最高,预测GPX3基因在脾中表达 量最高这一结果可能与该蛋白的免疫功能有关。GPX3蛋白与预测互作蛋白SOD2呈极显著正相关,推测GPX3在耐药性、生殖调控等方面存在一定的调节作用。本研究成功克隆藏鸡GPX3基因CDS区660 bp,预测其可能与SOD2呈极显著正相关。为进一步了解GPX3基因的抗氧化功能在藏鸡免疫机制中的作用提供理论依据。关键词：藏鸡 克隆 组织表达谱 牛CAMK4基因的编码区克隆、组织 表达 谱 及其生物信息学分析 被引量：1 2023年 组织 中的组织 表达 谱 分析。【方法】采用RT-PCR结合测序技术获得牛CAMK4基因的CDS区,利用PortParam、ProtScale、SOPMA和DNAMAN等生物信息学在线工具进行CAMK4基因及其所编码蛋白质的序列分析,并利用qRT-PCR检测CAMK4基因在西门塔尔牛的心、肝、脾、肺、肾、肌肉和睾丸组织 中的表达 量。【结果】牛CAMK4基因CDS区的长度为801 bp,编码1条266个氨基酸组成的不稳定且无跨膜结构域的亲水的酸性蛋白质。牛CAMK4蛋白存在丝氨酸(Ser)、苏氨酸(Thr)和酪氨酸(Tyr)残基的19个磷酸化位点,主要在细胞质中发挥作用。该蛋白质含有1个蛋白激酶C超家族(PKc_like superfamily)结构域和1个尿嘧啶DNA糖基化酶(PHA03201)结构域,同时,蛋白互作网络预测发现CAMK4蛋白可能与HDAC5、HDAC4、CAMKK1、CALM、CREB1、CALM2、PLCG2、CAMKK2、CALML3和CALML5蛋白有相互作用。CAMK4基因在西门塔尔牛睾丸组织 中的表达 量极显著高于心、肝、脾、肺、肾和肌肉组织 。结合生物信息学分析结果,提示CAMK4基因可能参与调控细胞周期和免疫反应,并在精子发生及运动、精原干细胞自我更新等生物学过程发挥重要作用。【结论】本研究为进一步揭示牛CAMK4基因的功能和促进高繁殖力肉牛分子育种技术的研发提供基础资料。关键词：基因克隆 生物信息学 组织表达谱 奶牛RORα基因的生物信息学分析与组织 表达 谱 检测 2023年 表达 载体在HEK293T细胞中的过表达 效果,进一步检测RORα基因在奶牛不同组织 的表达 谱 。本研究提取了奶牛肝脏组织 的总RNA,反转录得到cDNA,经过PCR扩增后获得奶牛RORα基因的CDS区片段,随后将其与pcDNA3.1-Puro-N-3HA线性化载体进行同源重组连接。转化感受态细胞DH5α后,对初步鉴定为阳性克隆的重组质粒进行测序。结合测序结果,利用ExPASy、Protscale和DNAstar等生物信息学软件,对奶牛RORα蛋白的理化性质和功能特性进行预测分析。将对照组空质粒pcDNA3.1-Puro-N-3HA和试验组重组质粒pcDNA-3.1-3HA-RORα分别转染至HEK293T细胞,借助实时定量PCR和蛋白质印迹法检测奶牛RORα基因的过表达 效果。借助半定量RT-PCR技术检测奶牛RORα基因在肝脏、脾脏和肌肉等7个组织 的相对表达 量。PCR结果显示,成功克隆了奶牛RORα基因的CDS区片段;酶切及测序结果表明重组质粒pcDNA3.1-3HA-RORα构建成功;生物信息学软件预测分析结果表明,奶牛RORα蛋白三级结构与山羊(Capra hircus)、小鼠(Mus musculus)的高度相似;不同物种间同源性比对显示,奶牛RORα基因与山羊的相似性最高;实时定量PCR和蛋白印迹法结果表明,与对照组相比,试验组HEK293T细胞中奶牛RORα基因的mRNA和蛋白表达 水平均显著升高;半定量RT-PCR结果表明,在所检测的7个组织 中,奶牛RORα基因在肝脏表达 量最高,在脾脏表达 量最低。本研究成功克隆了奶牛RORα基因的CDS区片段,在HEK293T细胞中验证了其真核表达 载体在mRNA和蛋白水平的表达 效果,并分析了其结构与功能特征,检测了其在不同组织 的表达 谱 ,为深入探究其在奶牛生殖与代谢调控中的作用机制提供了前期基础。关键词：奶牛 表达谱 生物钟 生物信息学分析
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