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- 线粒体细胞色素b基因在鱼唇制品物种鉴定中适用性的研究被引量：2
- 2022年
- 目的探讨线粒体细胞色素b基因(cytochrome b,Cyt b)作为DNA条形码在鱼唇制品物种鉴定中的适用性。方法对全国31个城市购买的252份鱼唇样品进行聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)测序,同源基因比较分析,构建系统发育树,鉴定制作鱼唇产品的鱼种,并对其进行濒危评价分析。结果成功鉴定250个样品,一致性物种基因序列相似性在99%以上,涉及8个鲨鱼物种,最多样品为大青鲨(Prionace glauca),占样品65.5%,其余还有镰形真鲨(Carcharhinus falciformis)、路氏双髻鲨(Sphyrna lewini)、锤头双髻鲨(Sphyrna zygaena)等7类鲨鱼物种。结论Cyt b可以作为对鲨鱼物种进行鉴定的一种DNA条形码,在对鲨鱼种鉴定时可以使用Cyt b基因及细胞色素氧化酶亚基I基因联合鉴定条形码,为深加工海产品物种鉴定提供更多的技术支撑。
- 张霞张霞方丽伍俊羽郭泽时何振宇钟瑞敏
- 关键词：线粒体细胞色素BDNA条形码鱼唇物种鉴定
- 线粒体细胞色素b基因多态性与豫北地区帕金森病的关系被引量：1
- 2020年
- 目的探讨线粒体细胞色素b(MT-CYB)基因多态性与豫北地区帕金森病(PD)的关系。方法选择2018年3月至2019年12月新乡医学院第一附属医院收治的104例PD患者为研究对象(PD组),另选择同期与PD组性别、年龄相匹配的95例健康体检者为对照组,抽取2组受试者清晨空腹肘静脉血4 mL,按照血液线粒体DNA提取试剂盒说明书提取线粒体DNA,采用MT-CYB基因的特异性引物序列及聚合酶链反应特异性扩增MT-CYB的基因序列,采用DNA测序分析MT-CYB基因变异情况。结果 MT-CYB基因存在m.14784 T> C位点、m.15043 G> A位点、m.15301G> A位点等3个与病变相关联的位点突变,其中PD组患者与对照组受试者m.14784 T> C位点均存在CC(纯合突变型)、CT(杂合突变型)、TT (野生型) 3种基因型,m.15043 G> A位点均存在AA(纯合突变型)、AG(杂合突变型)、GG(野生型) 3种基因型,m.15301G> A位点均存在AA(纯合突变型)、AG(杂合突变型)、GG(野生型)3种基因型。PD组患者MT-CYB基因m.14784 T> C位点CC基因型频率和C等位基因频率显著高于对照组受试者(P <0.05),TT基因型频率和T等位基因频率显著低于对照组受试者(P <0.05),CT基因型频率与对照组受试者比较差异无统计学意义(P> 0.05)。PD组患者MT-CYB基因m.15043 G> A位点GG基因型频率和G等位基因频率显著高于对照组受试者(P <0.05),AA基因型频率和A等位基因频率显著低于对照组受试者(P <0.05),AG基因型频率与对照组受试者比较差异无统计学意义(P> 0.05)。PD组患者MT-CYB基因m.15301 G> A位点AA基因型频率和A等位基因频率显著高于对照组受试者(P <0.05),GG基因型频率和G等位基因频率显著低于对照组受试者(P <0.05),AG基因型频率与对照组受试者比较差异无统计学意义(P> 0.05)。结论 MT-CYB基因多态性在豫北地区PD发病中具有重要作用,MT-CYB基因m.14784 T> C、m.15043 G> A、m.15301G> A多态性可能与豫北地区PD的发生、发展相关。
- 宋净洋谷晓源吴亦琦范军林范玲玲王冠玉王小婉邢红霞李超堃
- 关键词：帕金森病基因多态性线粒体线粒体细胞色素B
- 火龙果线粒体细胞色素b基因克隆及其应用潜力分析被引量：1
- 2019年
- 火龙果(Hylocereus undulatus Britt.)种质资源评价是开展火龙果育种的基础,也可为火龙果的其它方面研究提供指导。线粒体细胞色素b基因(Mt-cyt b)是物种鉴定、系统进化及遗传多样性分析等方面研究的潜在遗传分子标记。本研究通过同源克隆和RACE技术,从红肉火龙果获得了长度为3 093 bp的Pmt-cyt b基因片段,包括1 628 bp的5’UTR、1 182 bp的CDS及283 bp的3’UTR,预测编码393个氨基酸。系统进化分析表明火龙果与白花蝇子草、白玉草、甜菜和奎藜的进化关系最近。对来自中国不同地方的21份火龙果种质资源的进行Pmt-cyt b序列比对分析发现:不同火龙果Pmt-cyt b基因序列完全一样,说明Pmt-cyt b可能不适用于火龙果的品种鉴定及遗传多样性研究。我们的研究补充了火龙果Mt-cyt b种质鉴定的认识,在一定程度上为火龙果种质资源的评价工作和研究仙人掌科其它植物Mt-cyt b基因提供序列参考。
- 农全东张明永焦正利程华萍张美简曙光陆宏芳夏快飞
- 关键词：线粒体细胞色素B种质资源
- 基于线粒体细胞色素b基因序列的新安江流域温州光唇鱼群体遗传研究被引量：5
- 2019年
- 为了解新安江流域温州光唇鱼(Acrossocheilus wenchowensis)的群体遗传变异规律,本研究采集6个不同地理群体共170个体,采用线粒体基因组细胞色素b(mtDNA Cyt b)测序方法,研究群体遗传结构以及群体变化的历史动态。研究显示,温州光唇鱼不同地理群体间的遗传多样性差异较大,整体遗传多样性水平较低。群体间检测到了不同程度的遗传分化,但由于分化时间较短(上新世晚期),分子遗传变异主要来自于群体内。温州光唇鱼约于335万年前发生过群体扩张事件。群体扩张时,全球处于末次冰川时期的早期,群体的扩张并未受到低温的影响,因此,推测新安江流域可能是潜在的冰期避难所。祖籍地重建分析结果表明,新安江流域温州光唇鱼起源于率水上游和练江上游,经过一系列的群体扩散–隔绝–分化事件,形成现今的分布。原种的鉴定为新安江流域光唇鱼群体保育工作提供理论依据。
- 周华兴胡玉婷段国庆凌俊江河潘庭双
- 关键词：新安江流域MTDNACYTB
- 基于线粒体细胞色素b基因的崇明岛白山羊系统进化研究
- 2018年
- 采集了崇明岛及上海周边地区共14个点的72只白山羊样本,并参照山羊线粒体基因组序列(NC_005044)设计了2对引物(CF1/CF2,MA1/MA2),进行了覆盖白山羊线粒体细胞色素b基因(cyt b)全长的PCR扩增和测序。结果表明:72只白山羊的线粒体细胞色素b基因长度为1 140 bp。系统进化树分析表明,72个样本的线粒体cyt b基因主要分成2个大群体,其中32个样本属于波尔山羊群体(BOR),另外40个样本则属于长江三角洲白山羊群体(YRD),该40个样本的cyt b序列已登录Genbank(KY348291-KY348330)。研究发现:目前崇明岛上的白山羊群体已存在大量的外来山羊品种的杂交,但其中2个采样点的6个样本单独聚为1支,提示该6个样本可能是崇明岛本地白山羊群体;统计发现该6个样本与本研究中其他长江三角洲白山羊在线粒体cyt b基因上存在8个SNP位点。因此,应当对该两个点上的崇明岛白山羊进行种源保护和进一步研究。
- 高骏吕玉华戴建军张德福易建中李红刘成倩孙凤萍
- 关键词：白山羊线粒体基因组系统进化
- 汉寿中华鳖线粒体细胞色素b基因克隆及其遗传多样性分析被引量：4
- 2018年
- 本文以汉寿中华鳖为研究材料,比较分析中华鳖线粒体细胞色素b基因(Cytb)与瑞鳖、砂鳖等的差异,为探讨其进化与遗传分子标记奠定实验基础。采用PCR技术,克隆汉寿中华鳖Cytb基因的序列,并检测其在不同组织以及不同生长发育时期的表达模式,最后通过分子进化树分析中华鳖与砂鳖的亲缘关系。通过克隆发现中华鳖细胞色素b基因的mRNA开放阅读框含有1 140 bp,其碱基组成为A+T的含量(61. 1%)高于G+C(38. 9%),编码379个氨基酸残基的序列。与山瑞鳖和砂鳖氨基酸序列比较发现,中华鳖与瑞鳖和砂鳖均存在一定差异; Cytb基因在中华鳖不同组织和各个不同发育时期中均有表达,且在精巢组织中表达量最高,在不同时期阶段呈"低-高-低"曲线表达模式;分子进化树分析发现汉寿中华鳖与砂鳖具有较强的亲缘关系,但是在Cytb中仍存在差异,所以能够很好的把它们区分开来。此外汉寿中华鳖与哺乳动物、鱼类和爬行类均存在巨大差异。结果表明,Cytb基因在探讨汉寿中华鳖的进化与遗传分子标记中具有重要意义,可作为分析中华鳖种属进化系统发育特性和群体遗传多样性的标记基因。
- 张卉琴陈志男李戈锐唐易文苑桧李晓超王敏朦刘锦辉彭亮跃肖亚梅刘文彬
- 关键词：中华鳖线粒体细胞色素B克隆
- 基于线粒体细胞色素b基因序列的家养雉鸡群体遗传多样性分析被引量：4
- 2018年
- 试验采用PCR和直接测序法分析5个家养雉鸡种群遗传结构。结果显示:家养雉鸡种群线粒体细胞色素b(Cyt b)基因序列为819 bp,中国环颈雉、蒙古雉鸡、黑化雉鸡、申红雉鸡、日本绿雉碱基组成同源性较高;发现4个变异位点,其中823位置A-G互换,890位置A-G互换,1006位置T-C互换,628T-C颠换;定义了4个单倍型,分别为A1、A2、A3、A4;黑化雉鸡与其它雉鸡种群的遗传距离较大;构建了5个家养雉鸡种群的分子系统进化树,日本绿雉单成一个系,中国环颈雉、蒙古雉鸡、黑化雉鸡、申红雉鸡可能存在基因交流。
- 吴琼宁浩然宋超袁红艳李启军邢秀梅
- 关键词：雉鸡细胞色素B基因
- 中国丝光绿蝇种群线粒体细胞色素b基因的遗传多样性及其对法医学上死亡地点推断的意义被引量：2
- 2018年
- 【目的】对中国多地丝光绿蝇Lucilia sericata种群线粒体细胞色素b(cytochrome b, CYTB)基因进行测序,探究地理隔离对中国丝光绿蝇线粒体细胞色素b基因遗传多样性的影响,并探讨其在法医学上死亡地点推断中的应用。【方法】对2016年采自中国11个地区的丝光绿蝇55头个体的线粒体细胞色素b基因进行PCR扩增和测序;运用MEGA 6.0进行遗传多样性分析、系统发育分析和遗传距离分析,运用Primer 5进行聚类分析,运用WinArl35软件进行遗传分化研究,运用DnaSP 5.0进行单倍型统计分析,运用SPSS进行数据整理。并于2017年采用随机抽样的方法抽取其中2个地区(七台河和楚雄),再捕捉丝光绿蝇进行地域特征单核苷酸多态性(SNP)位点的验证实验。【结果】共获得55条丝光绿蝇线粒体CYTB基因序列(GenBank登录号:MG696659-696663; MG734397-734446),共发现19个变异位点,样本总体核苷酸多态度(Pi)为0.00205,组内平均遗传距离为0.00178。主坐标聚类分析显示所有样本聚为3簇。种群间遗传分化指数Fst有统计学意义的共有6组,范围为0.056～0.350。累计遗传距离和累计纬度差之间具有较高的相关性。序列比对共发现11个地域性私有SNP位点,14个私有单倍型。SNP位点验证实验表明,楚雄样本无新增的SNP位点,七台河样本新增3个SNP位点,其中2个地域性私有SNP位点。【结论】地理隔离对中国丝光绿蝇线粒体细胞色素b基因的遗传多样性具有影响,这种影响可能对法医学上死亡地点的推测有所帮助。
- 刘钦来修世鹏吕品唐光峰张杰王晓军赵英健孙文平
- 关键词：丝光绿蝇CYTB地理隔离法医学
- 基于线粒体细胞色素b基因序列探讨长江流域斑点蛇种群遗传结构和地理分化被引量：2
- 2018年
- 通过分析303尾来自长江上游赤水河、长江上游干流和长江中游的斑点蛇Saurogobio punctatus线粒体细胞色素b(Cyt b)基因序列,探讨这3个种群的遗传结构及地理分化过程。用于分析的Cyt b基因序列长1 097 bp,含变异位点80个,其中简约信息位点34个。303尾个体共检测到49个单倍型,整体呈现较高的单倍型多样性(H_d=0.803)和较低的核苷酸多样性(P_i=0.003 71)。由单倍型构建的系统发育树显示:所有来自长江中游种群的单倍型聚在一起,形成一个单系群,处于系统发育树最进化的位置;来自长江上游干流和赤水河种群的单倍型处于更基部的位置,不能构成单系群。长江上游干流种群与赤水河种群间具有较多的共享单倍型,二者间的遗传分化指数较低(F_(ST)=0.029 4),存在广泛的基因交流。而长江中游与长江上游干流及赤水河种群间的FST值分别为0.614 0和0.706 0,暗示长江上游与长江中游的斑点蛇间已发生高度分化。中性检验及错配分析显示,长江上游干流种群及赤水河种群经历过种群扩张,而长江中游种群未检测到扩张。Bayesian skyline plot(BSP)分析显示,斑点蛇种群从距今20万年前开始发生扩张,一直持续到末次间冰期(MIS5)晚期,而后迅速扩张。根据BSP分析及单倍型网络图,推测斑点蛇的起源中心可能在长江上游,然后通过种群扩张逐渐扩散到长江中游,进化成遗传分化较大的种群。
- 李小兵唐琼英唐琼英俞丹
- 关键词：长江流域CYT地理分化
- 基于线粒体细胞色素b基因序列进行库蠓二囊亚属近缘种的分子鉴定被引量：1
- 2018年
- 为了更快速、准确地鉴别库蠓近缘种以及弥补传统形态学在种类鉴定中存在的操作繁琐、难度大等不足,采用DNA测序的方法获得白带库蠓Culicoides albifascia、凹缘库蠓Culicoides holcus、无害库蠓Culicoides innoxius、连斑库蠓Culicoides jacobsoni、长喙库蠓Culicoides longirostris和南山库蠓Culicoides lansangensis等6种库蠓部分线粒体细胞色素b (Mitochondrial Cytochrome b,mt-Cytb)序列,并对其进行分子鉴定;基于Kimura-2-parameter(K2P)模型分析遗传距离,同时采用邻接法、最大简约法和贝叶斯法以荒川库蠓Culicoides arakawai为外群分别构建系统发育树。上述7种库蠓Cytb序列经比对和人工校对后长度为490 bp;遗传距离在种内和种间具显著差异(P﹤0. 05);在3种系统发育树中不同库蠓种类均各自构成单系(群),同种类不同地理种群聚为一支。本研究初步证实了线粒体Cytb序列可用于进行库蠓近缘种的分子鉴定。
- 徐宗意岑常活韩晓静常琼琼段琛侯晓晖
- 关键词：库蠓近缘种分子鉴定CYTB
