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一种基于微生物突变位点挖掘抗生素耐药性的构建系统进化树的方法: 本发明公开了一种基于微生物突变位点挖掘抗生素耐药性的构建系统进化树的方法，涉及微生物技术领域；而本发明包括如下步骤：步骤一：数据库检索，根据检索需求确定数据库，对检索主题进行分析，提取关键词，构建检索式，并在数据库中执行...; 张秋怡郭先野孙靖宇赵宇霍岩王亮郑吉庆陈耀刘家旭郁超卢明宇万星许瑞含

基于系统进化树的泛基因组构建方法和构建装置: 本发明提供了一种基于系统进化树的泛基因组构建方法和构建装置。该构建方法包括：对不同株系的菌株进行系统进化树构建，得到系统进化树；根据不同株系的菌株在系统进化树上的不同位置，按照从底层到顶层的方向两两聚类，逐层进行泛基因组...; 张锦波鲍冠辉李季

系统进化树构建在临床病原微生物分析中应用的研究进展被引量：1: 2024年; 各类病原体在全世界范围内影响人类健康。对病原体准确识别并获取其进化、传播等信息,有助于尽早采取适宜的防治措施。DNA测序技术的发展突破了传统病原体检测方法的局限性,可获取更多的病原体信息,有助于深入了解病原体的性质。基因序列构建的系统进化树凭借高效而准确的进化关系呈现,已成为病原学研究的重要方法。本文介绍了基于距离矩阵、序列、多位点序列分型和单核苷酸多态性算法的进化树分析和构建方法,以及在细菌、病毒、真菌和非典型病原体研究中的应用。系统进化树作为一种直观反映微生物相互关系的工具,可在物种鉴定和分型、耐药性分析、流行病学研究、微生物起源和进化、疫苗研制、病原学体监测和预警等方面为临床病原学研究提供新思路,促进对病原微生物更深层次的认知。; 王晶刘峰; 关键词：系统进化树进化分析

基于SNP位点及系统进化树分析辽宁省水痘-带状疱疹病毒基因特征: 2024年; 目的分析辽宁省水痘-带状疱疹病毒(varicella-zoster virus,VZV)基因序列,确定流行的优势基因型及核苷酸、氨基酸变异情况。方法PCR方法对2017-2020年辽宁省31株VZV基因组开放阅读框(open reading frame,ORF)1、6、12、16、17、21、22、35、37、38、50、54、55、56、60、66的部分片段进行特异性扩增,并对扩增产物进行序列测定,结合单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)及系统进化树两种方法确定病毒基因型别,分析不同位点核苷酸及氨基酸的变异情况。结果辽宁省31株VZV均为Clade 2基因型。31株VZV序列与Clade 2基因型参考株相比,核苷酸与氨基酸的同源性分别为99.6%~100.0%和98.7%~100.0%,遗传距离为0~0.002。与V-Oka疫苗株相比,31株VZV均有位点发生变异,导致氨基酸发生变化,包括1株在ORF1的541~549位点发生ACCTCCCAA缺失,2株在ORF1的780~781位点发生CGG插入;31株VZV的24个位点发生点突变,其中同义突变15处,错义突变9处,编码区内突变20处,编码区外突变4处,编码区内的同义突变13处,编码区内的错义突变7处。发生在编码区内的错义突变包括731位点C→T的碱基突变,790位点C→T的碱基突变,791位点C→T的碱基突变,17829位点A→G的碱基突变,24567位点G→A的碱基突变,98261位点T→C的碱基突变,101579位点A→C的碱基突变,导致编码氨基酸分别发生由精氨酸→赖氨酸、精氨酸→谷氨酰胺、精氨酸→谷氨酰胺、组氨酸→精氨酸、精氨酸→谷氨酰胺、酪氨酸→组氨酸、亮氨酸→精氨酸的变化。结论Clade 2基因型为近年来辽宁省VZV流行的优势基因型,辽宁省VZV病毒株的基因序列高度保守。研究VZV基因特征,对研究辽宁地区VZV分子流行病学具有重要意义,并为水痘控制和疫苗接种计划提供科学依据。; 王文思王艳王樱槥方兴安淑一郭晋源费思平; 关键词：水痘-带状疱疹病毒基因型单核苷酸多态性系统进化树

大型系统进化树的加速方法及装置: 本发明公开了一种大型系统进化树的加速方法及装置，所述方法包括：获取系统进化树中所有节点的属性；基于横向坐标和纵向坐标，对系统进化树的叶子节点进行聚类，以获取离群点和节点簇；在一个节点的子孙叶节点全部属于一个所述节点簇，且...; 孟珍张波郑玲璐陈艳胡智龙汪嘉葭

基于系统进化树的重大工程复杂性动态演化研究: 2023年; 通过文献析出重大工程影响因素形成重大工程复杂系统,并移植生物进化生态理论于重大工程研究领域中,结合“情境-策略”的适应性等特征,探索了复杂程度影响因素在重大工程发展过程中的变化程度和演化过程。研究发现,随着复杂性的增强,战略、价值、文化、跨组织、信息等相关影响因素得到了强烈进化,并凸显出高度复杂性。53个影响因素中有26个因素达到了5次进化,占比达到49.06%,表明系统总体进化水平高。该研究可以丰富重大工程复杂性的理论维度与影响因素,解释重大工程复杂性的来源,预测复杂性影响因素的未来走向,了解复杂性维度与影响因素之间的相关性。; 罗岚刘钰洋薄秋实杨晨曦王建望; 关键词：系统进化树系统科学理论

基于配对样本间的聚鸟嘌呤基因型差异构建结直肠癌系统进化树: 2023年; 目的探讨结直肠癌(CRC)原发灶和淋巴结转移灶的肿瘤内异质性空间分布及其与转移的关系。方法2017年1—12月在天津医科大学总医院普通外科接受手术切除并伴有区域淋巴结转移的原发性CRC患者20例。对患者手术切除组织的蜡块进行连续切片,经Histogene染色后行显微切割,获取原发肿瘤组织样本、淋巴结转移组织样本和正常组织样本。提取DNA,采用多重PCR扩增及毛细管电泳检测配对样本的聚鸟嘌呤(Poly-G)基因型。分析临床病理特征与Poly-G突变频率的关系。基于配对样本间的Poly-G基因型差异计算距离矩阵,构建CRC系统进化树。结果共检测20例患者的237个样本,其中134个原发肿瘤组织样本,66个淋巴结转移组织样本,37个正常组织样本,每例患者均检测出Poly-G突变。肿瘤低、未分化患者的Poly-G突变频率[(74.10±23.11)%]高于高、中分化患者[(31.36±12.04)%,P<0.001],微卫星不稳定患者的Poly-G突变频率[(68.19±24.80)%]高于微卫星稳定患者[(32.40±14.90)%,P=0.003)],Poly-G突变频率与患者的性别、年龄、病理分期无关(均P>0.05)。基于配对样本的Poly-G基因型差异构建了20例患者的系统进化树,能明确显示患者肿瘤的进化过程和淋巴结转移的亚克隆来源。结论CRC原发灶和淋巴结转移灶的肿瘤内异质性普遍存在。Poly-G突变积累于CRC的发生发展过程中,并广泛存在于CRC的原发灶和淋巴结转移灶,可作为遗传标志物构建系统进化树,高效、便捷地展示CRC肿瘤内异质性的空间分布和转移途径。; 高鑫于涛张琦张师垚黄迪赵信禹刘刚; 关键词：结直肠肿瘤系统进化树

虾肝肠胞虫感染病理特征、18S rRNA基因序列及系统进化树分析: 2022年; 为调查浙江省部分地区虾肝肠胞虫(Enterocytozoon hepatopenaei,EHP)暴发来源及与其他宿主来源的微孢子虫进化关系,本研究利用形态学特征和分子鉴定,尝试对引起浙江多地凡纳对虾生长缓慢综合征的病原进行探究.同时基于18S rRNA基因序列分析该病原与其他地区及其他宿主来源微孢子虫的进化关系.结果显示,所采病虾均为EHP阳性,采样地区EHP 18S rRNA基因具有高度同源性,为98.5%~100%.对国内外EHP基因序列进行同源性分析,其同源性为86.2%~100%,所采EHP与印度EHP聚为一个分支. EHP 18S rRNA基因序列与其他水生生物微孢子虫18S rRNA均处于不同分支,表明18S rRNA可作为EHP的主要鉴别序列.将本研究所采EHP与NCBI中同源性较高的比氏肠胞虫和金头鲷微孢子虫比较分析,结果表明微孢子虫基因序列同源性与宿主进化发育程度有关,宿主之间进化距离越近,则微孢子虫基因序列同源性相聚越近.; 周颖祝波钱冬卢先东李小冰李政刘艳红蔡惠凤吴仲宁袁思平张崇虎叶乐平马荣荣; 关键词：凡纳对虾病理特征系统进化树

应用肿瘤配对样本间Poly-G基因型差异构建结直肠癌系统进化树的研究: 目的:应用原发灶和区域淋巴结间聚鸟嘌呤(Poly-G)基因型差异构建结直肠癌系统进化树,分析结直肠癌配对样本间进化关系,明确淋巴结肿瘤内异质性的预后评估价值。方法:本课题收集2017年12月～2018年12月期间在天津医...; 高鑫; 关键词：结直肠癌系统进化树

基于随机森林的系统进化树似然概率预测的方法研究: 系统发育分析的主要任务是研究物种的进化并对其进行分类。经典的研究方法是依据生物的形态、生理特征、生活习性来判断其亲缘关系的远近。现今常用的生物系统发育分析方法是重建系统发育树，也就是建立类似于树形分枝的图形去概括物种间的...; 程文豪; 关键词：系统发育进化树

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