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奶牛附红细胞体16SrRNA基因的克隆测序及系统发育进化树的建立被引量：1: 2006年; 为了从分子水平上证实奶牛附红细胞体的存在及研究其分类学地位,利用原核生物16S rRNA基因通用引物对分离纯化的疑似奶牛附红细胞体进行16S rRNA基因的PCR扩增及克隆测序。结果扩增出长约1.5 kb的目的片段,测序结果表明:目的片段长度为1 439 bp,其核苷酸序列与国外已发表的牛温氏附红细胞体(E.wenyoni)的16SrRNA基因片段同源性高达97.1%,暂称为中国广西株(E.wenyoniCGX)。系统发育进化树显示:E.wenyoni和其他血营养菌在系统进化关系上组成了一个大的进化分支,与支原体科、支原体属的病原最接近(75%),而与立克次体科的病原较远(55%)。分析结果支持了Nei mark等和Messick等提出的将这类血营养菌划归支原体科、支原体属的建议。; 陈明黄维义张为宇李莉萍韦家周周春明; 关键词：RRNA 克隆系统发育进化树

奶牛附红细胞体16SrRNA基因的克隆、测序及系统发育进化树的建立: 近年来我国各地区均大量报道了猪、牛、羊、猫、兔、犬、、人附红细胞体病的发生,尤其是猪、奶牛附红细胞体病给我国畜牧业带来了较为严重的经济损失。自从Adler 等首先报道了奶牛附红细胞体,在国内也先后报道了进口奶牛,本地黄牛...; 陈明黄维义张为宇周学光; 关键词：奶牛附红细胞体奶牛附红细胞体病奶牛场系统发育进化树

一种牛冠状病毒的分离鉴定方法: 本发明涉及牛冠状病毒分离与培养领域，具体而言，涉及一种牛冠状病毒的分离鉴定方法。该方法包括：利用直肠刺激法采集腹泻犊牛新鲜粪便，通过PBS稀释、涡旋震荡和离心获取粪便样本上清液，通过RT‑PCR筛选阳性样本上清液。对阳性...; 赵建军陈天杰

A型塞内卡病毒SVA/CH-GX01-2020株全基因组特征分析: 2024年; 【目的】通过对A型塞内卡病毒(SVA)广西分离株全基因组特征进行深入分析,了解其病原特征和分子流行病学特点,为有效防止疫情暴发和流行提供理论依据。【方法】对2020年采集自广西的病料进行病毒分离,通过RTPCR检测和间接免疫荧光试验(IFA)进行鉴定。对SVA分离株全基因组进行分段扩增和测序后,采用Lasergene 7.1拼接序列,使用MegAlign将SVA分离株全基因组序列与国内外不同年份的55株SVA代表毒株进行比对,利用MEGA11.0构建系统发育进化树。【结果】经鉴定分离到1株SVA,命名为SVA/CH-GX01-2020株。SVA/CH-GX01-2020株基因组全长为7250 bp,开放阅读框(ORF)编码2181个氨基酸残基。与国内外不同年份的55株SVA代表毒株进行比对,结果显示,SVA/CH-GX01-2020株与国内外SVA分离株全基因组的核苷酸序列及其推导氨基酸序列的相似性分别为93.3%~98.7%和97.3%~99.6%,其中,与美国经典毒株SVV-001和ATCC PTA-5343全基因组相似性较低。遗传进化分析发现,SVA/CH-GX01-2020株与美国经典毒株SVV-001和ATCC PTA-5343亲缘关系较远,与大多数中国分离株聚在同一分支,亲缘关系较近,与广西分离株SVA/GX/CH/2018亲缘关系非常近。进行氨基酸序列比对分析发现,与美国经典毒株SVV-001、中国首株分离株CH-01-2015、广西分离株SVA/GX/CH/2018相比,SVA/CH-GX01-2020株氨基酸突变位点主要集中在非结构蛋白3D区域,在结构蛋白VP4和非结构蛋白2A区域相对保守。【结论】SVA/CH-GX01-2020株具有其独特的遗传变异特点,不同地域的SVA毒株亲缘关系远近程度不同,临床流行毒株具有遗传多样性,应加强疫情监测和流行病学调查。; 王睿敏施开创冯淑萍尹彦文龙凤陆文俊屈素洁; 关键词：病毒分离系统发育进化树

原发性醛固酮增多症的克隆进化和基因表达特征研究: 第一部分原发性醛固酮增多症功能性结节的克隆进化特征及“双打击”模型探讨背景原发性醛固酮增多症(PA,简称原醛症)是由肾上腺皮质球状带自主分泌醛固酮所致,最常见的类型为醛固酮产生腺瘤(APA)和特发性醛固酮增多症(IHA...; 高寅洁; 关键词：原发性醛固酮增多症系统发育进化树 WNT/Β-CATENIN信号通路原发性醛固酮增多症

一种基因分析结果可视化方法、装置、设备及介质: 本申请公开了一种基因分析结果可视化方法、装置、设备及介质，涉及基因组比较和进化分析领域，包括若检测到直系同源簇分析按钮被触发，进行局部比对操作和直系同源簇鉴定识别操作，对直系同源簇分析结果可视化；若检测到系统发育进化分析...; 王翊孙家贺鲁方罗永江别灵子

桑树热激转录因子(Hsf)基因家族克隆及MnHsfA1基因表达模式分析: 2023年; 【目的】克隆桑树热激转录因子(Hsf)基因家族成员,并分析MnHsfA1基因表达模式,为深入研究该家族在桑树热应激响应中的调控机制及桑树育种提供理论参考。【方法】以川桑幼苗为试验材料,克隆其MnHsfs基因,通过多序列比对、构建系统发育进化树和MEME保守基序在线预测分析,对MnHsfs蛋白的理化性质、保守结构域、信号肽、跨膜结构域、亚细胞定位和启动子顺式作用元件进行预测,利用实时荧光定量PCR检测MnHsfA1基因在高温和干旱胁迫处理下的表达模式。【结果】从桑树中克隆到14个MnHsfs基因的全长编码区(CDS)序列,分别为MnHsfA4a、MnHsfA4b、MnHsfA2、MnHsfA5、MnHsfA6b-1、MnHsfA6b-2、MnHsfB4-2、MnHsfA8、MnHsfB3、MnHsfB2b、MnHsfC1、MnHsfB2a、MnHsfB4-1和MnHsfA1,长度分别为1239、1278、1404、1431、1101、1140、1185、1197、711、996、1029、936、900和1437 bp,分别编码412、425、467、476、366、379、394、398、236、331、342、312、299和478个氨基酸残基,大部分MnHsfs蛋白是一个亲水、不稳定的酸性蛋白。MnHsfs蛋白包括结合功能域(DBD)、寡聚化功能域(OD)、AHA和KLFGV等结构域,可分为A、B和C类。MnHsfA1与苹果、菠菜和拟南芥的HsfA1相似性最高;与对照相比,MnHsfA1基因相对表达量在高温和干旱胁迫处理下均显著上调(P<0.05)。【结论】MnHsfs基因具有较高的遗传保守性,高温和干旱胁迫诱导MnHsfA1基因高表达,且MnHsfA1基因的启动子顺式作用元件中含有脱落酸、茉莉酸甲酯、赤霉素等激素响应元件以及与各种非生物胁迫相关的转录因子,推测其同时调节多种非生物胁迫。; 刘丹邱长玉韦伟陆晓媚黄胜曾燕蓉朱光书张朝华何骥林强; 关键词：桑树系统发育进化树顺式作用元件

饲料串珠镰刀菌污染诱发蛋鸡吐水的探索被引量：1: 2023年; 本文旨在对某蛋鸡场蛋鸡发生吐水的病例进行分析,确定其病因。通过剖检发生吐水症状的病鸡,检测饲料中霉菌毒素含量、饮水和饲料中微生物总数,对分离霉菌培养进行镜检,ITS基因扩增测序后进行核酸序列比对,绘制系统发育进化树。结果发现,病鸡剖检无明显病变;饲料中呕吐毒素、伏马毒素B1和玉米赤霉烯酮含量分别为733.33μg/kg5.01mg/kg和351.14μg/kg,超过或接近限量标准;饮水中霉菌和细菌总数分别为1×10^(2)个/mL和5.9×10^(3)个/mL,饲料中霉菌和细菌数含量分别为9×10^(3)个/g和1.33×10^(5)个/g,超过限量标准。霉菌分离株ITS核酸序列与串珠镰刀菌相似性达99.64%,且处于系统发育进化树同一分支。说明饲料受串珠镰刀菌污染霉变,刺激消化道引起蛋鸡吐水。; 常家高袁好刘阳孙新沅陈甫高善颂; 关键词：饲料串珠镰刀菌蛋鸡系统发育进化树

基于16S rRNA和gyrB基因串联DNA特征序列的气单胞菌鉴定方法被引量：2: 2023年; 【目的】建立基于16S rRNA序列和gyrB基因串联DNA特征序列的属内菌种鉴定方法,为气单胞菌的种间区分提供技术支持。【方法】以2020—2021年在我国福建、江苏等地分离获得的水产源气单胞菌和NCBI已公布且完成全基因组测序的10种气单胞菌为研究对象,分别以16S rRNA序列、gyrB基因及2个基因序列串联后得到的新DNA特征序列作为构建系统发育进化树的依据,比较不同系统发育进化树的鉴定结果,并以运动性试验、溶血性试验、糖发酵试验进行辅助鉴定。【结果】在基于16S rRNA序列构建的系统发育进化树中,中间气单胞菌、嗜水气单胞菌、达卡气单胞菌、肠源气单胞菌等聚类在不同分支上,未能形成独立的种属进化分支;在基于gyrB基因构建的系统发育进化树中,达卡气单胞菌、豚鼠气单胞菌和嗜水气单胞菌聚类在同一分支上,而异嗜糖气单胞菌和维氏气单胞菌聚类在另一分支上。将16S rRNA序列和gyrB基因串联组成新DNA特征序列再构建系统发育进化树建树,能完全有效分离气单胞菌属的不同菌株,将不同种的气单胞菌独立聚为一支,较好地实现种间区分。【结论】将16S rRNA序列和gyrB基因串联组成新DNA特征序列再构建系统发育进化树,较基于16S rRNA序列或gyrB基因单独构建系统发育进化树具有更高的分辨力,是一种理想的保守序列相似性高的属内菌种鉴定方法。因此,在16S rRNA测序鉴定为气单胞菌的情况下可再次以gyrB基因为测序对象,获得序列信息后与16S rRNA序列串联构建系统发育进化树,能更加精确地将气单胞菌鉴定到种水平。; 陈天楠胡鲲; 关键词：气单胞菌系统发育进化树

一种DNA条形码及鉴别楠属和润楠属中多种木材的方法: 本发明公开了一种DNA条形码及鉴别楠属和润楠属中多种木材的方法，包括基于质体基因组序列rps16‑psbI、psbE‑petG、rps8‑rpl16、rpl23‑ycf2、ndhF‑ccsA和ycf1中的任意2种以上或全...; 焦立超陆杨殷亚方郭雨王杰郭娟何拓马灵玉姜笑梅张永刚

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