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一种基于核酸序列距离矩阵的系统发育树构建方法及系统: 本发明提供了一种基于核酸序列距离矩阵的系统发育树构建方法及系统，包括步骤：获取并处理原始核酸序列数据，得到标准核酸序列数据；从所述标准核酸序列数据中提取若干核酸序列，获取若干所述核酸序列中任意两条核酸序列之间的全局比对距...; 柴可夫斯基德米特里

一种基于syncmer的进化距离估计及系统发育树构建方法: 本发明公开了一种基于syncmer的进化距离估计及系统发育树构建方法，该方法包括如下步骤：读取序列文件并将序列进行初步处理；遍历序列上所有长度为k的kmer，找到kmer上hash值最小的smer并判断；遵循MinHas...; 刘欢黄法钧罗敏中王耀彬聂金瞳

基于LSTM与Transformer的四序列系统发育树重建方法及系统: 本发明公开了一种基于LSTM与Transformer的四序列系统发育树重建方法及系统，通过使用ETE3生成一个四序列的系统发育树拓扑，模拟需重建系统发育树的多序列比对数据，并制作深度学习数据集；构建基于Bi‑LSTM模型...; 祖建孙晋楠

牡丹江地区部分野生大型真菌分子鉴定及系统发育树建立: 2024年; 鉴定牡丹江地区部分野生大型真菌并建立系统发育树,确定菌株样品间的遗传亲缘关系.采集野外野生大型真菌子实体,提取子实体DNA,确定品种种属,运用MEGA11进行系统发育树构建.实验结果表明,牡丹江地区的36种野生大型真菌分别隶属于13科,21属,36种.优势科是多孔菌科,占比31%,次优势科为红菇科,占比14%;优势属为红菇属和鹅膏菌属,占比19%,其次为丝膜菌属、口蘑属、拟迷孔菌属和栓菌属,占比14%.; 敬隆鑫律凤霞武美华张胜男; 关键词：野生大型真菌 DNA提取分子鉴定

樱桃保藏过程中致腐微生物分离鉴定及系统发育树绘制: 2024年; 樱桃又名车厘子,有“百果第一枝”的美誉,被誉为“水果中的钻石”。樱桃富含多酚和维生素C等多种营养成分,具有抗炎、抗氧化,预防高血压、心血管疾病以及补血等作用。樱桃肉质柔嫩、皮薄多汁,容易受到葡萄孢属、草酸青霉的影响出现腐烂。本研究对樱桃在贮藏过程中出现的腐烂组织块进行了分析,分离及纯化出致病菌,并进行PCR扩增测定序列,进行其系统发展树的绘制,以期为樱桃的相关研究提供参考。; 黄子健卢泽芳王立英; 关键词：系统发育树樱桃贮藏过程营养成分维生素C

系统发育树在形态空间上的映射及其应用: 背景系统发育形态空间作为整合形态空间及系统发育树的方法,是形态测量学的重要工具之一。在对物种的形态发育进行展示和量化层面十分重要。随着形态测量学的发展,同时分析大量物种以及结合多维度的信息的需求逐渐增多。尽管目前已经存在...; 李林; 关键词：形态测量学系统发育可视化

基于4个核基因系统发育树分析华中枳和富民枳的分类地位被引量：1: 2024年; 【目的】富民枳和华中枳具有较强的抗寒能力,是潜在的优良柑橘砧木资源。研究这两个物种的分类地位,以期为它们的保护和利用提供理论依据。【方法】考虑到杂交以及不完全谱系分选的影响,挑选了4个没有明显连锁关系的核基因片段(CTV.4,HYB,LGT,P12),对富民枳、华中枳和宜昌橙进行直接或克隆测序,重建广义柑橘属的系统发育树,进一步探究富民枳和华中枳的分类地位。【结果】4个单基因树的拓扑结构存在不一致性,富民枳和华中枳在CTV.4基因树中表现出杂交起源的特性,揭示了这2种植物可能是枳(♀)与柚(♂)的自然杂交种。【结论】研究为枳属与狭义柑橘属之间在自然状态下存在基因交流提供了新证据,为富民枳和华中枳的物种起源提供了新见解。这2个物种是狭义柑橘属与枳属之间的桥梁,对研究广义柑橘属的系统发育关系和柑橘育种具有重要价值。因此,它们应受到更多的关注和保护,建议将华中枳列为地方保护物种或与富民枳同等级的保护物种。; 吴玉陶晓宁袁河清易敏王辉杨利平; 关键词：柑橘属分类学自然杂交保护物种

红胸黑翅萤线粒体全基因组测定及熠萤亚科系统发育树分析: 2024年; 为明确红胸黑翅萤(Luciola kagiana Matsumura,1928)(Coleoptera:Lampyridae)的线粒体基因组结构及熠萤亚科的分子系统发育关系,本研究对红胸黑翅萤的线粒体基因进行了测序、组装、注释和特征分析。结果表明,红胸黑翅萤的线粒体基因组全长为16317 bp,包含了13个蛋白编码基因(proteincoding genes,PCGs)、22个tRNA基因、2个rRNA基因和一个非编码控制区。对21种萤火虫(其中19种为熠萤亚科,2种为萤亚科)的线粒体基因组的组成和结构进行分析,分析结果表明,萤科(Lampyridae)昆虫线粒体基因组组成和结构的基本特征一致,但在线粒体全长、控制区长度、A+T含量偏向性以及基因间隔特征上在亚科间存在一定的差异性。利用最大似然法构建基于这21种萤火虫的13个PCGs的系统发育树,结果显示,红胸黑翅萤与熠萤属(Luciola)萤火虫聚类在一个分支上;熠萤亚科与萤亚科萤火虫各自聚成一个分支;熠萤亚科间同属的萤火虫种类都分别单独形成一个分支。本研究表明分子分类技术能极大地促进萤火虫分类学系统的完善,提升萤火虫分类的便利性和准确性。; 陈泉刘勇刘全付新华; 关键词：系统发育线粒体基因组

一种基于特征层次的多目标系统发育树构建方法: 本发明公开了一种基于特征层次的多目标系统发育树构建方法，该方法结合形态数据的特征描述，首先生成对应的特征层次关系，并结合特征之间的依赖关系对缺失值进行估计，从而得到完整的数据集；然后结合基于不可适用Fitch算法的最大简...; 冯筠刘泽云刘蒙侯刚冯宏伟

一种病原微生物宏基因组系统发育树筛选方法: 本发明提供了一种病原微生物宏基因组系统发育树筛选方法，包括(1)对病原微生物的物种信息进行数据采集；(2)对采集后得到的物种信息数据进行校正处理；(3)根据校正得到病原微生物信息后，通过数据库检索病原微生物基因组；(4)...; 李瑞琳盖伟关尚京拔素苹郑亚风

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