搜索到332篇“ 系统发生树“的相关文章
- 基于分子数据的系统发生树构建被引量：5
- 2023年
- 系统发生学是研究生物类群间进化关系的学科。随着测序技术、分析方法和计算能力的改进,分子数据被广泛应用,促进了系统发生学的快速发展。系统发生树已成为生态学和比较生物学等研究领域的有力工具。然而,许多研究在进行系统发生树构建时更侧重各种软件的使用,一些基本原则或注意事项有时会被弱化甚至忽视。该文详细介绍了基于分子数据进行系统发生树构建的工作流程和基本方法,包括类群取样、分子标记选择、序列比对、分区及模型选择、序列联合分析以及拓扑结构检验等关键步骤。此外,该文还为系统发生树构建常用的3种方法(最大简约法、最大似然法和贝叶斯法)提供了相应的软件操作流程和运行命令,以期为相关研究提供参考。
- 彭焕文王伟
- 关键词：分子系统学
- 基于细菌16S rRNA基因扩增子测序数据的系统发生树图制作方法被引量：3
- 2021年
- 目的通过QIIME系统和R语言的“ggtree”包绘制基于细菌16S rRNA基因扩增子测序数据的系统发生树图,并构建系统发生树图操作流程。方法通过QIIME将16S rRNA基因测序数据转化为OTUs表,对OTUs表数据进行筛选和转换,用相关命令生成Newick格式的系统发生树文件,以此文件为输入,用R语言“ggtree”包的相关函数和代码绘制不同类型的系统发生树图。结果成功开发了绘制系统发生树图的工作流程,使用该流程对公开发表的细菌16S rRNA基因扩增子测序数据进行处理,生成了包含物种丰度和分类信息的OTUs表,以该表为输入数据,绘制了物种相对丰度累积条图和多种形式的系统发生树图。结论使用本流程绘制的图形更准确和美观,最大的优点是能通过各种附加信息对树形图进行多方面的注释,还可以针对系统发生与微生物丰度联合作图。
- 丁可阎星羽廉振颖成丽娟刁玉涛王家林
- 关键词：系统发生树
- 一种基于序列模式挖掘算法的系统发生树构建方法
- 一种基于序列模式挖掘算法的系统发生树构建方法，包括挖掘隐藏在序列集中能够用于衡量序列相似性的特异模式，得到初始模式集；过滤初始模式集中的非闭合频繁模式，得到更能够代表序列集的优化模式集；然后构造模式向量集，再计算模式向量...
- 叶凯康永永杨晓飞贾鹏蔺佳栋郭立
- 文献传递
- 一种系统发生树图制作方法及系统
- 本公开提供了一种系统发生树图制作方法及系统。其中，一种系统发生树图制作方法，包括：聚类微生物基因组二代测序数据，相似性高于预设阈值的微生物基因组序列聚类为一个OTU，每个OTU对应一个微生物品种，生成OTUs表数据；筛选...
- 刘红艳李莲莲张晓瑜阴海鹏刁玉涛成丽娟张之勇俞勇
- 文献传递
- 基于多条代谢路径比对重建物种系统发生树的方法
- 本发明公开了基于多条代谢路径比对重建物种系统发生树的方法。通过多条代谢路径之间的全局比对来建立多代谢路径的合图，然后通过合图的节点聚类建立各代谢路径的功能模块之间的映射，并通过功能模块的映射来进一步分析代谢路径间的关系并...
- 黄毅然钟诚林海翔
- 文献传递
- 一种基于序列模式挖掘算法的系统发生树构建方法
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- 叶凯康永永杨晓飞贾鹏蔺佳栋郭立
- 文献传递
- 基于有根系统发生树的系统发生网络构建算法研究
- 系统树及系统发生网络均用来描述生物间的进化历程。在二者中，系统发生网络是系统树的一般表达形式。系统发生网络的构建对于研究物种的进化历程、改造物种等均具有指导性的意义，所以系统发生网络的构建方法是目前生物信息学中的重要研究...
- 董振宇
- 关键词：生物信息学系统发生树
- 文献传递
- 基于距离的系统发生树构建算法研究及平台实现
- 系统发生树是描述生物物种之间进化关系的树形结构，分类为有根系统树和无根系统树，有根系统树反映了物种的进化顺序，无根系统树反映了物种进化关系的远近。距离法是构建系统发生树中非常重要的方法之一，而邻接法是较有效的距离法。本文...
- 张宇
- 关键词：数据处理距离矩阵
- 一种基于系统发生树的运动数据集浏览方法
- 本发明公开了一种基于系统发生树的运动捕获数据集浏览方法，该方法包括以下步骤：基于距离阈值聚类的数据抽象，对运动捕获数据集包含的三维姿态采用基于距离阈值的聚类方法进行聚类，并从每个聚类中选择到其他三维姿态平均距离最小的三维...
- 陈松乐孙知信沈洋
- 文献传递
- 基于多条代谢路径比对重建物种系统发生树的方法
- 本发明公开了基于多条代谢路径比对重建物种系统发生树的方法。通过多条代谢路径之间的全局比对来建立多代谢路径的合图，然后通过合图的节点聚类建立各代谢路径的功能模块之间的映射，并通过功能模块的映射来进一步分析代谢路径间的关系并...
- 黄毅然钟诚林海翔
- 文献传递
相关作者
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- 董关木
- 作品数：253被引量：953H指数：17
- 供职机构：中国食品药品检定研究院
- 研究主题：狂犬病 狂犬病疫苗 狂犬病病毒 疫苗 肾综合征出血热
- 罗建勋
- 作品数：524被引量：920H指数：15
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- 研究主题：泰勒虫 试剂盒 环形泰勒虫 引物 原核表达
- 刘爱红
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- 供职机构：中国农业科学院兰州兽医研究所
- 研究主题：泰勒虫 试剂盒 引物 微小牛蜱 梨形虫
- 关贵全
- 作品数：452被引量：597H指数：13
- 供职机构：中国农业科学院兰州兽医研究所
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