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基于生物学数据库GATA3在乳腺癌中表达和预后及相关分子信号分析被引量：3: 2021年; 目的基于全基因组表达谱数据库,探讨新兴肿瘤治疗靶点GATA家族的GATA3在乳腺癌中的mRNA表达水平,及与乳腺癌患者预后的关系和分子机制。方法通过UALCAN在线分析乳腺癌组织和正常组织中差异表达的基因。采用Kaplan-Meier Plotter进行GATA3表达水平与乳腺癌患者的生存分析。应用DAVID(The Database for Annotation,Visualization and Integrated Discovery)网站将筛选出的差异基因进行基因本体论(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号转导通路富集分析。通过STRING在线软件和Cytoscape软件进行GATA3相关的蛋白互作网络(PPI)分析。结果相比正常乳腺组织(中位值=97.42,四分位间距=50.07),GATA3在乳腺癌组织高表达(中位值=294.39,四分位间距=108.71),差异有统计学意义,P<0.001。生存分析中,GATA3高表达的总体乳腺癌患者无复发生存期(RFS)比低表达患者延长(HR=0.71,95%CI:0.70~0.84,P<0.05),GATA3高表达的ER阳性(HR=0.82,95%CI:0.67~0.99,P<0.05)或淋巴结阳性(HR=0.62,95%CI:0.49~0.77,P<0.01)的乳腺癌患者预后较好,差异有统计学意义。GO富集分析提示,GATA3涉及细胞增殖、细胞迁徙、对雌激素的反应及对药物的反应等多个细胞生物学过程。蛋白互作网络证实,GATA3与ESR1、FOXA1等是ER信号通路中的重要分子信号。结论GATA3在乳腺癌组织中高表达,与乳腺癌好的预后有关联,GATA3参与对雌激素的反应等通路,同时与ER信号通路的多个基因存在相互作用,是潜在的治疗靶点。; 张然王健; 关键词：GATA3 乳腺癌生物信息学

一种用于构建表达载体的合成生物学数据库: 2016年; 由于基因测序及DNA合成技术与工具的突破性进展,生物工程正在加速发展,导致合成生物学的出现。本文介绍了一种用于构建表达载体的合成生物学数据库。阐述了如何利用MySQL数据库管理系统(DBMS)对合成生物学数据库gene_bank进行查询,并借助BioEdit软件对其中的多克隆位点(MCS)进行序列分析,通过查询与分析找出这一合成生物学数据库的特点。; 方刚; 关键词：合成生物学数据库

水稻比较基因组和进化生物学数据库的构建研究: 水稻是世界上重要的农业经济作物之一。随着测序技术的发展以及国际水稻基因组测序计划的实施，籼稻、粳稻等不同栽培稻和野生稻的全基因组序列陆续被公布。近年来，随着水稻基因功能及其相关农业性状研究的深入，水稻基因组注释数据不断增...; 夏艳; 关键词：水稻比较基因组进化生物学数据库农业性状杂种优势

水稻生物学数据库的构建: 高产、优质与多抗水稻新品种的选育和推广是实现我国粮食安全的重要途径。目前水稻育种工作多数情况下仍然是建立在表型选择和育种家的经验之上，育种效率不高，为了让育种工作者分享水稻分子生物学带来的有效信息，笔者开发了基于Onto...; 鄂志国; 关键词：水稻网络数据库生物数据农艺性状; 文献传递

基于后缀数组实现Web上生物学数据库的搜索被引量：1: 2006年; 介绍一种生物信息数据库的搜索算法———QUASAR。该算法采用索引的后缀数组的数据结构,运用移动查询窗口和块寻址的技术,通过查找潜在的近似匹配,能够在搜索序列数据库的过程中快速找到具有强相似性的序列。; 喻钧胡志毅范会敏雷聚超; 关键词：后缀数组 QUASAR

网上免费医学生物学数据库指南的建立被引量：3: 2004年; 目的 :建立一个网上免费的医学、生物学数据库的查询指南 (directoryofbiomedicaldatabases,DBD) ,方便研究者查询相关数据库。改变目前医学、生物学数据库查询不便的现状 ,推动医学、生物学的发展。方法 :以PubMed和Google作为主要检索工具 ,制定检索策略 ,根据收录的标准筛选找到的数据库 ,入选项管理平台采用MicrosoftSQL -Server 2 0 0 0 ,利用MacromediaDreamwaverMX设计DBD的Web发布页面 ,ASP(activeserverpages)技术处理用户提交的关键词和评分值。结果 :目前收集到医学、生物学数据库 6 6类 12 5 8个 ,中英文版同时发布 (http :/ /cmbi.bjmu .edu .cn/DBList/index .htm ,http :/ /cmbi.bjmu .edu .cn/DBList/index_en .htm) ,用户可以通过分类、关键词和入选项名称字顺查询相关数据库 ,并建立基于内容的数据库评分系统和数据库点击记录。使页面简洁易用。结论 :DBD为建立网上核心医学、生物学数据库的评价体系奠定了基础 ,DBD将有助于数据库在未来医学、生物学研究中发挥强大的作用。; 景霞张其鹏国强华卢铭朱晓华石磊芮伟尚彤; 关键词：生物学数据库医学数据库

Internet上生物学数据库和软件资源的利用被引量：5: 2002年; 着重介绍了 Internet上一些常用的生物学数据库和生物学软件 ,并就其站点、获取方式、功能和使用技巧作了简要的阐述。; 代宁; 关键词：INTERNET 生物学数据库软件资源

网络环境下生物学数据库联机检索方法探析: 2002年; 分析了网络和联机检索的各自优势，论述了两者相结合的必然性，介绍了生物学主要联机检索系统利用因特网开展服务的途径和方法．供参考．; 代宁; 关键词：网络生物学数据库

建立运动时间生物学数据库的研究: 1997年; 对运动时间生物学数据库的建立和程序设计作一扼要的介绍，其中包括文献资料的筛选原则、文献的分类原则、检索原理、系统功能、系统软件设计方法以及系统实施应用等方面的内容。该系统是采用Ｆｏｘｂａｓｅ关系数据库和Ｃ语言相结合的方式进行系统软件开发的，是一个功能较为全面的运动时间生物学数据库，能以多种方式对数据库内的文献资料进行统计分析，其结果可用多达几十种的２维和３维的图形的方式输出。; 邓伟明孙学川郭红张志祥何贤江沙芦华; 关键词：数据库

国外医学、药学、生物学数据库综述被引量：2: 1996年; 与生命科学密切相关的医学、药学、生物学的研究日新月异,这方面的文献也与日俱增,为了从浩如烟海的文献中快速准确地查到所需情报,数据库的建设是解决这一需求的根本途径,本文试对国外医学、药学、生物学领域数据库建设的现状作一综述,以期为国内医药学科技人员有所帮助。 (一); 姜振儒; 关键词：科技文献数据库生物学数据库医学文献数据库检索语言药学文献

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