搜索到304篇“ 生物信息工具箱“的相关文章
- MATLAB7.X生物信息工具箱的应用——专用分析工具(六)被引量：1
- 2012年
- 序列分析可以获取蕴藏在简单序列中的生物信息,是生物信息分析的基础。通过生物大分子序列差异分析构建的系统树则可为我们提供可视化的物种间的进化关系。MATLAB7.X生物信息工具箱包含了几个图形用户界面设计的专用分析工具,这些专用分析工具交互性好,易于使用。借助于这些分析工具,用户不仅可以对基因序列进行分析查看并能进行相对应的氨基酸序列分析,还可以方便快捷地构建系统发育树。即使用户不会编程也可以进行序列分析和系统发育分析的研究,大大地提高了分析的效率。本文详细介绍了序列分析工具Seqtool和系统发育分析工具Phytreetool在序列分析及系统发育树构建方面的应用,所有操作方便快捷,分析结果可视化程度高。
- 刘新星谢成李红燕杨英杰
- 关键词：生物信息工具箱
- MATLAB 7.X生物信息工具箱的应用——基因表达图谱分析(4)
- 2012年
- 基因表达图谱原则上可了解整体细胞基因表达的信息,是基因组功能分析的重要研究手段。MATLAB 7.X生物信息工具箱为基因表达谱数据的分析和处理提供了一个综合环境,通过众多统计函数和绘图函数的结合使用,过滤不合格的基因数据和噪声数据,从而对基因表达数据进行聚类分析和主成分分析,绘制相关的基因表达图谱,完成基因芯片数据表达图谱的分析,分析结果可视化程度高,图表清晰、直观。本文主要以酿酒酵母Saccharomyces cerevisiae为例,详细描述了利用MATLAB 7.X生物信息工具箱对其基因表达图谱进行分析的过程。
- 杨英杰李红燕云慧刘新星
- 关键词：基因芯片生物信息工具箱聚类分析主成分分析
- MATLAB7.X生物信息工具箱的应用——聚类分析(七)被引量：1
- 2012年
- 本文主要介绍MATLAB生物信息工具箱的数据聚类分析功能,该功能主要用于基因芯片数据的分析。将要分析的数据先转化成XLS格式的文件,通过函数xlsread读入MATLAB Workspace,存储为两个变量。对缺失数据进行估算,从而减小结果误差。函数clustergram对数据分级聚类,并产生数据的热红外分布图和树状图。通过更改相关参数可以改变其颜色配置,距离算法,并可做双向聚类。
- 刘新星梁万洁李红燕杨英杰
- 关键词：聚类分析电子数据表基因芯片
- MATLAB 7．X生物信息工具箱的应用——基因序列分析(一)被引量：1
- 2008年
- MATLAB 7.X生物信息工具箱为广大用户提供了一个用于基因组和蛋白质组分析的综合环境,它利用数据库资源,使科学研究事半功倍,在工具箱提供的开放环境里,用户甚至可以按照自己的目的来设计和利用分析工具。本文主要介绍了MATLAB7.X生物信息工具箱在基因序列分析中的应用,包括确定核苷酸组成,密码子组成,氨基酸转化和组成等,所有操作简便高效,结果可视化程度高。
- 刘新星李红燕杨英杰
- 关键词：生物信息工具箱开放阅读框密码子
- MATLAB 7.X生物信息工具箱的应用--系统发生分析(五)
- 2008年
- MATLAB 7.X生物信息工具箱为广大用户提供了一个用于系统发生分析的综合环境,它能利用数据库资源,方便获取DNA/蛋白质序列数据,所有操作简单高效,结果可视化程度高。在工具箱提供的开放环境里,用户还可以根据自己的目标来设计和利用分析工具。本文介绍MATLAB7.X生物信息工具箱在构建系统发生树方面的应用,以人科线粒体基因序列作为分子标记构建一株人科系统发生树为例,说明在MATLAB环境下对系统发生树的分析和处理。
- 刘新星李寿朋王婧杨英杰
- 关键词：生物信息工具箱系统发生分析系统发生树
- MATLAB 7．X生物信息工具箱的应用——序列比对(二)被引量：3
- 2008年
- 序列比对是基因序列分析中的一项重要工作。本文以人和鼠的基因为对象,介绍MATLAB 7.X生物信息工具箱中的序列比对方法,内容包括从数据库获取序列信息,查找序列的开放阅读框,将核苷酸序列转换为氨基酸序列,绘制比较两氨基酸序列的散点图,用Needleman-Wunsch算法和Smith-Waterman算法进行比对,以及计算两序列的同一性。
- 李红燕刘新星谢建平杨英杰
- 关键词：开放阅读框同一性
- MATLAB 7．X生物信息工具箱的应用——基因芯片分析(三)被引量：1
- 2008年
- 本文主要介绍生物信息工具箱在基因芯片图像和数据处理方面的应用,通过基因芯片数据的基因表达图谱研究基因表达水平,比较健康组织和病变组织的区别,并且观察药物应用所造成的变化。以健康小鼠和帕金森疾病小鼠脑基因的表达情况和差别的分析为例,介绍生物信息工具箱用于标准化处理基因芯片数据,分析和可视化基因表达谱方面的应用。
- 杨英杰李红燕谢建平刘新星
- 关键词：基因芯片可视化散点图
- COM技术在马铃薯生物信息研究平台中的应用
- 2007年
- 经分析表明,开发我国自己的马铃薯生物信息研究平台势在必行。为了充分利用MATLAB7．0新增加的生物信息工具籀并简化平台的开发过程,在开发马铃薯生物信息研究平台的过程中,采用了COM技术将用MATLAB生物信息工具箱实现的部分生物信息分析功能集成到平台中。
- 朱笑花张寿明李灿辉
- 关键词：COM生物信息工具箱马铃薯
- 生物信息学分析与实践 MATLAB生物信息学工具箱应用
- 刘伟
- 关键词：生物信息论
- 基于MATLAB生物信息学工具箱构建分子系统发生树被引量：2
- 2010年
- 分子水平的系统发生分析相对于经典系统发生方法更加科学、可靠。概述系统发生分析基础,详细介绍基于距离的系统发生分析方法,相关实验表明MATLAB具有强大的数据处理能力和方便实用的工具箱,便于系统发生分析的研究与应用。
- 张乐平黄非闵波李东方
- 关键词：生物信息学分子进化系统发生树
相关作者
- 刘新星
- 作品数：121被引量：626H指数：12
- 供职机构：中南大学
- 研究主题：磁小体 氧化亚铁硫杆菌 基因芯片 微生物 生物冶金
- 杨英杰
- 作品数：39被引量：93H指数：4
- 供职机构：中南大学
- 研究主题：生物信息工具箱 数学模型 X MATLAB SIMULINK
- 李红燕
- 作品数：9被引量：11H指数：2
- 供职机构：中南大学
- 研究主题：生物信息工具箱 X MATLAB 基因芯片 开放阅读框
- 谢建平
- 作品数：138被引量：178H指数：7
- 供职机构：中南大学
- 研究主题：微生物 钯 微生物吸附剂 回收 磁小体
- 云慧
- 作品数：7被引量：47H指数：2
- 供职机构：中南大学
- 研究主题：基因组DNA 微生物 总RNA 脂类 流式细胞术
