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一种微生物核糖体蛋白质组学数据集的深度分析方法及应用
本发明公开一种微生物核糖体蛋白质组学数据集的深度分析方法及应用,属于检验医学技术领域。本发明以产KPC酶的耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌为具检测对象,以其毒力为具分析表型,开发出微生物核糖体蛋白质组学数据集的深度分析方法。...
胡红霞姜宏卫江涛王瑞丽王媛媛
基于核糖体蛋白质标志物及MALDI-TOF MS技术快速鉴定伦茨菌属放线菌被引量:3
2023年
【目的】伦茨菌属(Lentzea)放线菌(Actinobacteria)代谢产物具有广泛的生物活性,在医药领域展现出潜在的应用价值。本研究尝试建立以核糖体蛋白质为标志物,利用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption/ionization-time of flight mass spectrometry,MALDI-TOF MS)技术鉴定伦茨菌属放线菌的方法。【方法】检索基因组数据库,提取伦茨菌属菌种模式菌株15种核糖体蛋白质的序列并计算理论分子量;通过分子量比对分析伦茨菌属菌种模式菌株之间及其与邻近属菌种模式菌株之间15种核糖体蛋白质的匹配度,提出鉴定至菌种及属的核糖体蛋白质匹配数标准;选取目标属和非目标属菌种进行MALDI-TOF MS测试和分析并修正鉴定标准。【结果】将待测菌株的MALDI-TOF质谱峰与伦茨菌属各菌种模式菌株的15种核糖体蛋白质分别匹配,通过最大匹配数及质谱峰强度模式可鉴定至属或种。【结论】本研究建立了基于15种核糖体蛋白质标志物及MALDI-TOF MS技术鉴定伦茨菌属放线菌的方法,可为放线菌纲其他类群的快速鉴定提供借鉴。
孙伟许杰周万平罗倩张薇
关键词:基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱核糖体蛋白质放线菌
基于核糖体蛋白质标志物及基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术快速鉴定糖丝菌属放线菌被引量:1
2023年
【目的】糖丝菌属(Saccharothrix)是一类丝状稀有放线菌,在生物医药、工业酶制剂和环境修复等领域展现出应用价值。本研究尝试建立以核糖体蛋白质为标志物,利用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption/ionization-time of flight mass spectrometry,MALDI-TOF MS)技术鉴定糖丝菌属放线菌的方法。【方法】检索基因组数据库,提取糖丝菌属测序菌株15种核糖体蛋白质的序列并计算理论分子量;通过分子量比对分析糖丝菌属不同菌种之间及其模式菌株与邻近属菌种模式菌株之间15种核糖体蛋白质的匹配度,提出鉴定至菌种及属的核糖体蛋白质匹配数标准;选取目标属和非目标属菌种进行MALDI-TOF MS测试和分析并修正鉴定标准。【结果】将待测菌株的MALDI-TOF质谱峰与糖丝菌属各菌种模式菌株的15种核糖体蛋白质分别匹配,通过最大匹配数、质谱峰强度模式及特征质谱峰鉴定至属或种。【结论】本研究建立了基于15种核糖体蛋白质标志物及MALDI-TOF MS技术鉴定糖丝菌属放线菌的方法,可用于定向筛选和快速鉴定糖丝菌。
孙伟许杰张薇罗倩台萃
关键词:基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱核糖体蛋白质放线菌
利用基因组学和MALDI-TOF MS技术鉴定放线菌纲细菌的核糖体蛋白质标志物被引量:3
2022年
【目的】基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)法基于微生物的特征蛋白指纹图谱鉴定菌种,本研究利用基因组学和MALDI-TOFMS技术鉴定放线菌纲细菌的核糖体蛋白质标志物。【方法】从MALDI-TOF MS图谱数据库选取放线菌纲代表菌种,在基因组数据库检索目标菌种,获取目标菌株或其参比菌株的核糖体蛋白质序列,计算获得分子质量理论值,用于注释目标菌株MALDI-TOFMS指纹图谱中的核糖体蛋白质信号。【结果】从8目,24科,53属,114种,142株放线菌的MALDI-TOFMS图谱中总共注释出31种核糖体蛋白质。各菌株的指纹图谱中核糖体蛋白质信号数量差异显著。各种核糖体蛋白质信号的注释次数差异显著。总共15种核糖体蛋白质在超过半数图谱中得到注释,注释次数最高的是核糖体大亚基蛋白质L36。【结论】本研究找到了放线菌纲细菌MALDI-TOF MS图谱中常见的15种核糖体蛋白质信号,可为通过识别核糖体蛋白质的质谱特征峰鉴定放线菌的方法建立提供依据。
孙伟罗倩张薇吕霁烊祝新德许杰张风丽
关键词:基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱核糖体蛋白质
线粒核糖体蛋白质与人类恶性肿瘤被引量:6
2019年
线粒拥有自身独特的核糖体——线粒核糖体,用于翻译线粒DNA(mitochondrial DNA,mt DNA)编码的基因。线粒核糖体由核基因编码的线粒核糖体蛋白质(mitochondrial ribosomal protein,MRPs)和线粒自身编码的rRNA组装而成。MRPs表达失调会引发代谢紊乱、呼吸链受损,导致细胞发生功能障碍和异常增殖,甚至发生癌变等恶性转化。大量研究证明,MRPs在不同的肿瘤细胞中表达异常,提示着MRPs在肿瘤发生发展过程中发挥着重要作用。本文就线粒核糖体蛋白质与人类恶性肿瘤发生的关系作一综述,为进一步阐明其在恶性肿瘤发生过程中的作用机制奠定基础。
张利桃杨利军杨涛
关键词:恶性肿瘤肿瘤发生
核糖体蛋白质鉴别铜绿微囊藻的应用分析被引量:1
2017年
旨为研究以核糖体蛋白质为生物标识物的基质辅助激光解吸/电离平衡飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)法鉴别混合及实际蓝藻样品的可行性。通过机械破碎和高速离心的前处理步骤获取待测蓝藻样品的核糖体蛋白质组分,使蛋白质原位结晶后进行MALDI-TOF MS测定,并选择特定的13个核糖体蛋白质为生物标识物进行蛋白质组学分析。结果表明在筛选的最优实验条件下,模式藻株铜绿微囊藻(Microcystis aeruginosa)能在混合样品中被精确鉴别出,标识物特征峰的检出率均大于75%,通过对不同藻细胞密度的样品测定,混合蓝藻样品中M.aeruginosa的最低生物量检出限为2.88×106cell,所占比例为37%,核糖体蛋白质特征峰值的误差在合理范围内;M.aeruginosa在太湖实际蓝藻样品中也被成功鉴别出,特征峰的检出率为76.9%。综合分析表明,基于核糖体蛋白质为生物标识物的MALDI-TOF MS法能成功应用于混合和实际蓝藻样品的鉴别且可能成为未来实际水中蓝藻日常监测的手段。
江文静张军毅杜阳杜阳
关键词:核糖体蛋白质铜绿微囊藻MALDI-TOFMS蓝藻水华
一种非核糖体蛋白质‑RNA复合物近天然结构的筛选方法
一种非核糖体蛋白质‑RNA复合物近天然结构的筛选方法,属于蛋白质‑RNA分子对接复合物结构预测领域。首先,通过构象搜索获得蛋白质‑RNA各种可能的结合模式;然后,对其合理性进行评价,其间综合考虑了蛋白质‑RNA分子间的静...
李春华张弘古村刘斌谢小露张蕾谭建军张小轶王存新
一种非核糖体蛋白质-RNA复合物近天然结构的筛选方法
一种非核糖体蛋白质-RNA复合物近天然结构的筛选方法,属于蛋白质-RNA分子对接复合物结构预测领域。首先,通过构象搜索获得蛋白质-RNA各种可能的结合模式;然后,对其合理性进行评价,其间综合考虑了蛋白质-RNA分子间的静...
李春华张弘古村刘斌谢小露张蕾谭建军张小轶王存新
小鼠大脑皮质脊髓投射神经元核糖体蛋白质相关基因表达的研究
2014年
该研究采用激光显微切割技术从小鼠大脑第五皮层捕获少量皮质脊髓投射神经元,并分析其分子生物学特征。首先,提取神经元微量RNA,再借助WT-ovation试剂盒扩增RNA,随后利用合成的cDNA进行荧光定量PCR实验,分析投射神经元核糖体蛋白相关基因的表达情况。结果发现,与大脑皮层其它皮层组织相比,第五皮层投射神经元内部分核糖体蛋白相关基因的表达相对较高。这表明第五皮层投射神经元可能具有活跃的蛋白质合成功能,是核糖体蛋白质的能量场所,借此维持第五皮层脊髓投射神经元长轴突和大胞的能量需要。
陈林华王丽花王教李雪
关键词:投射神经元核糖体蛋白质
核糖体蛋白质提取物(RPE)和任选的促Th<Sub>1</Sub>佐剂的疫苗
本发明涉及用于制备治疗或预防寄生虫病的药剂的组合物及其用途,所述组合物包含RPE并任选地包含促Th<Sub>1</Sub>佐剂。
M·S·阿尔瓦瑞兹D·R·阿班纳得斯C·A·伯戴特

相关作者

童克忠
作品数:11被引量:27H指数:3
供职机构:中国科学院遗传与发育生物学研究所
研究主题:核糖体蛋白质 大肠杆菌 基因表达 核糖体 枯草杆菌
翁曼丽
作品数:60被引量:850H指数:17
供职机构:中国科学院遗传与发育生物学研究所
研究主题:紫菜 种质鉴定 突变 核糖体蛋白质 AFLP
李沐阳
作品数:9被引量:33H指数:3
供职机构:中国科学院遗传与发育生物学研究所
研究主题:核糖体蛋白质 大肠杆菌 突变 ΛN基因 核糖体
罗倩
作品数:9被引量:21H指数:3
供职机构:上海交通大学生命科学技术学院
研究主题:放线菌 核糖体蛋白质 核糖体 基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱 仪器平台
李春华
作品数:115被引量:97H指数:6
供职机构:北京工业大学
研究主题:蛋白质 HIV-1整合酶 RNA 打分函数 整合酶