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线粒体核糖体蛋白基因第一内含子与其他内含子相互作用特征分析: 内含子作为一种独特的非编码序列,其在生物学上的意义和功能已经逐渐成为当下生物学研究领域的热点研究。一些研究结果显示,内含子可以影响m RNA代谢的多个阶段,并且内含子可以通过剪接来提高m RNA的稳定性、促进m RNA的...; 宋鑫伟; 关键词：内含子相互作用

线粒体核糖体蛋白基因内含子间最佳匹配片段的相对位置分布: 2024年; 对内含子间相互作用的研究是揭示基因表达调控作用的重要手段。为研究第一内含子与其他内含子间相互作用特征,并考虑内含子间的环状匹配特征包含了这种相互作用的重要信息,以人类、小鼠、红鳍东方鲀、黑腹果蝇和秀丽隐杆线虫五个物种的线粒体核糖体蛋白基因序列为样本,研究第一内含子与其他内含子间的环状匹配特征。采用Smith-Waterman方法,通过局部比对得到每个基因的第一内含子与其他内含子反向互补序列的最佳匹配片段,同时,将这些片段按8-mer CG模体的分类方式分为不同类型的片段。将基因组中所有第一内含子序列的长度标准化处理后,计算最佳匹配片段和各类片段CG对在第一内含子上的相对位置,并分析其物种差异性。结果显示,最佳匹配片段的相对位置分布没有显示出物种差异性,而其CG对的相对位置分布显示了物种差异性,且1CG类片段的CG对最可几位置随物种进化呈定向进化趋势。研究结果表明,这些最佳匹配片段可能是具有某些组织和功能的生物学元件,而CG模体体现了这些功能元件的重要特征。; 宋鑫伟李瑞芳高姗彭诗雅; 关键词：内含子

线粒体核糖体蛋白基因内含子间最佳匹配片段新对称相对熵分析: 2024年; 以人类、小鼠、红鳍东方鲀、黑腹果蝇和秀丽隐杆线虫五个物种的线粒体核糖体蛋白基因序列为样本,研究第一内含子与其他内含子之间相互作用的物种差异性。采用Smith-Waterman方法,通过局部比对得到每个基因的第一内含子与其他内含子反向互补序列的最佳匹配片段,将得到的五个物种的最佳匹配片段数据集标准化后,结合新对称相对熵函数,分析其第一内含子与其他内含子之间相互作用的物种差异性。研究表明,每一个物种和其余任意一个物种相比,都有保守的峰值存在,说明每个物种都有其本身的独特特性,可能是由于这些位置存在某些特殊的功能元件导致的,而这些位置处的最佳匹配片段是组成特殊功能元件的关键元素,并且可以体现出物种间的差异性。; 宋鑫伟李瑞芳高姗彭诗雅邓俊超田旭; 关键词：内含子相互作用

检测木瓜秀粉蚧核糖体蛋白基因转录水平的引物及方法: 本发明提供了检测木瓜秀粉蚧核糖体蛋白基因转录水平的引物及方法，引物序列如SEQ ID NO.1‑2所示。本发明建立了木瓜秀粉蚧取食木瓜和土豆两种不同寄主后核糖体蛋白基因表达量检测的荧光定量PCR方法，并进行了转录组的测序...; 傅建炜郑丽祯史梦竹李建宇陈燕婷

低氧胁迫下斑马鱼鳃中核糖体蛋白基因家族的表达分析被引量：4: 2022年; 为研究斑马鱼核糖体蛋白应对低氧胁迫的生物学功能,对低氧胁迫和常氧条件下斑马鱼(Danio rerio)鳃组织进行转录组分析,利用高通量测序检测在低氧胁迫与常氧条件下斑马鱼鳃转录组中核糖体蛋白家族基因的表达差异。结果表明:在两个不同浓度的低氧胁迫下,斑马鱼鳃组织中60个核糖体蛋白基因的表达量显著上调,其中,大亚基核糖体蛋白基因35个,小亚基核糖体蛋白基因25个。在低氧胁迫下斑马鱼鳃中显著差异表达基因GO富集的前15条通路中均包括核糖体蛋白基因,且其中的5条通路与核糖体蛋白组装合成相关。在富集到“translation”GO通路中,富集到44个核糖体蛋白基因。另外,利用前期筛选出的低氧条件下斑马鱼鳃中显著低表达的2个miRNAs,针对低氧下表达量显著上调的60个核糖体蛋白基因进行靶基因预测,结果表明:斑马鱼miR-455-3p可以同时靶向核糖体蛋白基因rpl13和rplp1来调控斑马鱼对低氧环境的适应。; 贾若南林枫许强华; 关键词：斑马鱼核糖体蛋白

子宫内膜癌METTL14与核糖体蛋白基因的表达相关性分析: 2022年; 目的探究METTL14与核糖体蛋白在子宫内膜癌中的表达相关性。方法通过TCGA数据库TCGA-UCEC获取子宫内膜癌mRNA表达谱数据,采用DESeq2软件包进行基因差异表达(DEGs)分析。采用Metascape数据库对差异表达基因的基因本体论(gene ontology, GO)和京都基因与基因组织百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG)进行富集分析。使用数据库STRING构建蛋白质互作网络模型分析蛋白质-蛋白质相互作用,应用Cytoscape软件MCODE和cytoHubba模块分析关键基因。结果相较于METTL14高表达的肿瘤组织,低表达METTL14的肿瘤组织中共发现757个差异表达基因(P<0.05),其中665个下调基因,92个上调基因。这些差异表达基因参与的通路主要涉及核糖体功能和氧化磷酸化等,且METTL14与核糖体蛋白相关基因在表达上具有明确的负相关性。结论在子宫内膜癌中,METTL14与核糖体蛋白的mRNA表达具有明确负相关性,提示内膜癌中两者之间可能存在调控作用。; 陈莹莹刘淑鹏程忠平; 关键词：核糖体蛋白子宫内膜癌

光肩星天牛核糖体蛋白基因AgRpS8功能及表达特征分析: 2022年; 为解析AglaRpS8功能特征及在光肩星天牛生长发育过程中的作用机制,通过克隆核糖体蛋白基因AgRpS8的ORF全长序列,采用生物学信息方法分析AglaRpS8基因的理化性质、结构及功能特征;利用荧光定量PCR检测该基因在不同发育阶段的表达特征。结果表明:AglaRpS8基因ORF区长度627 pb,编码个208氨基酸,无跨膜区螺旋结构,具6个Motif结构域,该基因等电点5.21,分子量大小为49.99 KDa,与AmRpS8基因同源性最高,与TcRpS8-like和TcRpS8基因亲缘性最近。AglaRpS8基因在光肩星天牛不同发育阶段存在显著的差异性表达,在幼虫1~2龄期,3~4龄期,5龄期相对表达量较平稳,在光肩星天牛成虫期相对表达量较低,而在光肩星天牛雌虫交配后怀卵的阶段相对表达量达到最高值。; 马晓乾高宇孙妍尚尔雨; 关键词：光肩星天牛荧光定量

核糖体蛋白基因RPLP0对急性髓系白血病细胞增殖和凋亡的调控作用: 2022年; 目的研究核糖体蛋白侧柄亚单位P0(ribosomal protein lateral stalk subunit P0,RPLP0)对急性髓系白血病(AML)细胞增殖和凋亡的调控作用。方法用qRT-PCR和Western blot检测健康者(n=15)和AML患者(n=30)骨髓标本、AML细胞系(THP-1)及PBMC细胞中RPLP0的表达。用Lipofectamine 2000分别将RPLP0的短发夹RNA(shRNA-RPLP0组)、shRNA阴性对照(shRNA-NC组)、过表达RPLP0的质粒(pcDNA3.1-RPLP0组)以及对照质粒(pcDNA3.1-NC组)转染到THP-1细胞中,MTT法测定细胞活力,流式细胞术测定细胞凋亡,qRT-PCR和Western blot检测细胞中p53、PTEN、PI3K、p-PI3K、AKT和p-AKT的表达。结果与健康者相比,AML患者骨髓中RPLP0的mRNA和蛋白表达均显著升高(P<0.001)。与PBMC相比,THP-1细胞中RPLP0的mRNA和蛋白表达均显著升高(P<0.001)。与shRNA-NC组相比,shRNA-RPLP0组的相对细胞活力降低(P<0.001),而细胞凋亡率升高(P<0.001)。与shRNA-NC组相比,shRNA-RPLP0组的p53和PTEN蛋白表达量显著升高,而p-PI3K和p-AKT蛋白表达量显著降低(P<0.05)。与pcDNA3.1-NC组相比,pcDNA3.1-RPLP0组相对细胞活力升高(P<0.05),p53和PTEN蛋白表达量降低(P<0.05),p-PI3K和p-AKT蛋白表达量升高(P<0.05)。结论下调RPLP0的表达可抑制AML细胞的增殖并诱导凋亡,RPLP0对AML细胞增殖和凋亡的影响是通过p53-PTEN-PI3K-AKT轴介导的。; 郑晓燕朱化超; 关键词：急性髓系白血病细胞增殖

沙葱萤叶甲核糖体蛋白基因GdRpS3a的克隆、分子特性及表达分析被引量：1: 2021年; 核糖体蛋白(ribosomal protein,Rp)是一类参与蛋白质合成、细胞代谢、机体免疫及信号传导等重要功能的蛋白质。本研究旨在克隆沙葱萤叶甲Galeruca daurica核糖体蛋白S3a基因cDNA全长序列,分析其分子特性和表达模式,以期为进一步研究其在沙葱萤叶甲生长发育及滞育中的作用提供必要的基础。根据现有的沙葱萤叶甲转录组测序数据,应用cDNA末端快速扩增(RACE)技术克隆获得了沙葱萤叶甲RpS3a基因的全长cDNA序列,命名为GdRpS3a(GenBank登录号:MN660144)。该基因全长为800 bp,开放阅读框全长为687 bp,编码228个氨基酸,具有核糖体蛋白S3a家族的保守功能域;预测分子量为25.63 kDa,等电点pI为10.53,无信号肽和跨膜结构。同源序列比对和系统发育分析表明,GdRpS3a与玉米根萤叶甲Diabrotica virgifera virgifera RpS3a的亲缘关系最近,其氨基酸序列一致性最高为54.10%。采用qPCR技术检测该基因在沙葱萤叶甲不同发育阶段(卵、1~3龄幼虫、预蛹、蛹及成虫羽化3、7、10、15、25、40、60、80和100 d)和3日龄成虫在不同温度(0、5、10、15、20、25、30、35和40℃)处理1 h后的表达谱。结果表明:GdRpS3a在不同发育阶段的沙葱萤叶甲体内均有表达,在成虫滞育结束后表达量最高,在卵期和成虫滞育期间低表达。温度对GdRpS3a的表达有显著的影响,30℃下最高,0℃下最低。GdRps3a的表达与沙葱萤叶甲生长发育阶段及环境温度有关,可能在沙葱萤叶甲成虫夏滞育中起着重要作用。; 马红悦李玲乌亚汗田羽李艳艳庞保平; 关键词：核糖体蛋白基因克隆

杏褪绿卷叶植原体新疆分离物核糖体蛋白基因的克隆与序列分析被引量：2: 2021年; 【目的】了解杏褪绿卷叶植原体新疆分离物的系统发育关系及遗传分化,确定其分类地位。【方法】利用植原体核糖体蛋白(rp)基因的特异性引物rpF1/rpR1对新疆轮台县托克逊县杏褪绿卷叶病植株总DNA进行PCR扩增,并对部分扩增片段克隆、测序及序列分析。【结果】获得杏褪绿卷叶植原体新疆分离物rp基因片段大小为1196 bp,该片段包含部分rpS19以及rpL22和rpS3基因的全部序列。序列相似性和系统进化分析表明,杏褪绿卷叶植原体新疆分离物与16SrⅤ-rp亚组中的各代表性植原体的rp基因核苷酸序列相似性达到95.7%~99.3%,其中与rpⅤ-C亚组的甜樱桃绿化植原体和枣疯病植原体的相似性最高,核苷酸及氨基酸相似性分别达到99.2%~99.3%和98.3%~98.4%。进一步虚拟RFLP分析,发现杏褪绿卷叶植原新疆分离物rp基因的酶切图谱与rpⅤ-C亚组成员相似性最高,但在MseⅠ、SspⅠ和TaqⅠ的酶切位点上存在差异。综上初步判断其可能属于16SrⅤ组(榆树黄化组)中的一个新rp亚组。【结论】本研究首次报道了杏褪绿卷叶植原体新疆分离物的rp基因序列,确定了其分类地位,为杏褪绿卷叶病的早期诊断和检测提供了基础。; 韩剑陈杭艾克热木·买买提罗明罗明; 关键词：植原体核糖体蛋白基因

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