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黑龙江茴鱼种群遗传多样性及地理变异的微卫星分析: 2025年; 利用微卫星技术比较研究了黑龙江水系松花江上游支流松江河(SJ)、黑龙江上游支流根河(GH)与呼玛河(HM)及嫩江上游支流诺敏河(NM)4个地理种群的黑龙江茴鱼(Thymallus grubii)遗传结构,旨在了解黑龙江茴鱼的遗传多样性及地理变异信息。结果表明,黑龙江茴鱼表现出较高的遗传多样性水平,平均等位基因数17.4,平均观测杂合度0.8051。4个种群中GH遗传多样性水平最高,HM和NM其次,SJ最低。在地理分布上,黑龙江茴鱼的遗传多样性自北部黑龙江上游至南部的嫩江上游、松花江上游逐渐降低。根河与呼玛河种群间的遗传距离(Ds)最近(0.5463),NM与SJ最远(1.1828);NM与SJ种群间遗传分化系数(Fst)最大(0.0749),GH与HM最小(0.0231)。种群间的遗传变异为4.78%。研究表明,黑龙江水系中的黑龙江茴鱼种群存在一定程度的遗传分化,这可能是由其短距离洄游习性和地理距离所导致。建议将黑龙江上游(根河、呼玛河)、诺敏河,及松江河的种群划为3个管理单元,以制定相应的保护管理策略。; 彭文杰马波; 关键词：微卫星黑龙江茴鱼

基于微卫星分析黑龙江省南部小飞鼠种群的遗传多样性: 2025年; 小飞鼠(Pteromys volans)为树栖夜行滑行类啮齿动物,过去不合理的森林采伐已导致其生存受到一定威胁,亟需对其种群的遗传变化,特别是遗传多样性和近交衰退等种群遗传信息开展进一步评价,增强保护与管理的针对性。利用微卫星分子标记对黑龙江省南部4个小飞鼠种群进行遗传多样性分析。结果显示:8个微卫星位点检测出种群平均等位基因数为12.9(12.0~14.4)个,有效等位基因数为8.6(8.1~8.8)个,观测杂合度为0.887(0.832~0.925),期望杂合度为0.872(0.865~0.876),近交系数为-0.018(-0.066~0.046)。结果表明:小飞鼠种群遗传多样性丰富,其中,苇河种群遗传多样性最高,穆棱种群次之,方正和宾县种群较低。种群历史数量的下降与分布区的隔离影响着各局域种群的遗传多样性格局。种群内高比例的稀有等位基因显示,未来小飞鼠种群存在遗传多样性下降的风险。检测到近期方正和宾县种群存在遗传瓶颈效应与近亲繁殖情况。建议加大对小飞鼠的关注和保护力度,开展栖息地修复和生态廊道构建,从而实现该物种的种群增长与扩散。; 田新民孟訾靖白小珍石兰英; 关键词：微卫星

海南金鲳人工养殖群体遗传多样性与遗传结构的微卫星分析: 2024年; 为评估海南省金鲳(Trachinotus blochii)人工养殖群体的种质资源背景及群体遗传结构,研究利用16对微卫星标记对采集自海南东方基地(晨海群体, CH)、陵水基地(青利群体, QL)、三亚基地(蓝粮群体, LL)共3家繁育公司的210尾金鲳进行了群体遗传学分析。结果显示, 16个微卫星标记在3个群体中共检测到251个等位基因(N_(a)),平均观测杂合度(H_(o))、平均期望杂合度(He)及平均多态信息含量(PIC)分别为0.630、0.714及0.679,各位点的基因流(N_(m))平均为5.217。其中QL群体具有较高的遗传多态性。群体间的Nei’s遗传分化系数(F_(st))介于0.017—0.038, AMOVA结果显示个体间的遗传变异占总变异的87%。STRUCTURE遗传聚类分析将3个群体分为两个亚群(K=2), QL与LL构成遗传亚群I,而CH构成遗传亚群II。UPGMA聚类分析结果与STRUCTURE基本一致,并进一步揭示了CH群体与QL、LL群体之间在遗传结构上的差异。综上, 3个不同来源的海南省金鲳养殖群体尚保持较高的遗传多样性,且存在一定的遗传结构差异。研究结果可为金鲳种质资源的评价与利用提供一定的数据支撑。; 袁鑫宋飞彪姚富城桂建芳骆剑骆剑; 关键词：养殖群体微卫星标记

微卫星分析广西沙塘鳢群体遗传多样性: 2024年; 利用10对微卫星分析广西钦州市(QZ)、河池市(HC)及柳州市(LZ)沙塘鳢群体遗传多样性,结果表明:3个沙塘鳢群体样本均能获得清晰稳定的扩增条带,显示出不同程度的多态性。10个位点有效等位基因数量为0.9266~4.2130,平均为2.1621,期望杂合度为0.1068~0.8431,平均为0.4751,观测杂合度在0.1491~0.8034,平均为0.4868,多态性信息含量在0.0811~0.5984,平均为0.3310。3个群体的有效等位基因数量表现为HC>LZ>QZ,观测杂合度表现为HC>LZ>QZ,群体期望杂合度表现为HC>LZ>QZ,群体多态信息含量表现为HC>LZ>QZ。HC、LZ、QZ 3个不同群体存在中等遗传分化,平均基因分化系数为0.1003,表明有10.03%的遗传分化来自3个不同地理群体之间,89.97%的遗传分化来自沙塘鳢内部个体之间。; 陈子桂李华周大颜卢飞麟潘江旺卢维英刘羚; 关键词：沙塘鳢微卫星遗传多样性分析遗传分化

黄颡鱼养殖群体遗传多样性与遗传结构的微卫星分析被引量：3: 2023年; 为研究14个不同养殖群体的黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)遗传多样性及遗传结构,采用8对多态性微卫星引物对14个群体的209尾个体进行遗传多样性和遗传结构分析。结果显示:14个群体的平均等位基因数在8~10之间,平均有效等位基因在5.160~6.882之间,平均观测杂合度在0.633~0.717之间,平均期望杂合度在0.358~0.749之间,平均多态信息含量在0.594~0.681之间,均大于0.5。分子方差分析结果表明:3.69%的遗传变异来自群体间,3.93%来自群体内个体间,92.38%来自所有个体间,变异来源主要来自个体间,其中RB群体和WH群体的遗传分化最大(F_(st)=0.116),ZL群体和XB群体的遗传分化最小(F_(st)=-0.009)。基于遗传距离构建了UPGMA系统树,发现14个群体共分为5个聚类支,HJ、YZ、YH、YB 4个群体聚为一支,HQ和LG单独各自聚为一支,LZ和RB 2个群体聚为一支,DB、ZJ、WH、XH、XB和ZL 6个群体聚为一支。基于贝叶斯的Structure聚类分析同样支持14个黄颡鱼群体可分为5个聚类支,与聚类树的结果吻合。14个黄颡鱼群体的遗传多样性均处于高度多态水平,遗传分化处于低等分化水平。; 李燕平覃川杰吕云云龚全王均颉江文正勇; 关键词：养殖群体微卫星标记

乌龟选育世代遗传多样性及遗传结构的微卫星分析被引量：3: 2023年; 为研究乌龟(Mauremys reevesii)优良品种的选育效果,利用多态性微卫星(simplesequence repeat,SSR)标记分析了乌龟5个选育世代(基础群体F0代、F1~F4代)的遗传多样性和遗传结构。结果表明:在筛选的12个微卫星位点中,共检测到等位基因数为103个,平均等位基因数(N_(a))为8.58,期望杂合度(H_(e))为0.173~0.919,平均值为0.581,观测杂合度(H_(o))为0.054~0.862,平均值为0.479,多态信息含量(PIC)为0.165~0.914,平均值为0.541;12个微卫星位点中,有11个位点属于中度或高度多态位点,表明所选择的微卫星位点可作为乌龟选育世代遗传多样性及遗传结构分析的良好评价工具;乌龟5个选育世代的观测杂合度(H_(o))分别为0.491、0.494、0.497、0.458和0.453;遗传分化系数F_(st)及AMOVA分析显示,乌龟5个选育世代群体之间的F_(st)值为0.004~0.012,小于0.05。研究表明,乌龟选育世代的遗传多样性有所下降,遗传分化程度较小,乌龟选育群体还有进一步选育的潜力。; 徐昊旸杨雪莹倪未刘芳陈海港朱新平刘晓莉; 关键词：乌龟微卫星选育

基于微卫星分析大银鱼移植群体的遗传多样性和遗传结构: 2023年; 为研究移植大银鱼(Protosalanx chinensis)群体的遗传多样性和遗传结构,本研究从大银鱼基因组中筛选了18对多态微卫星引物,对2016—2020年采集的4个水系(8个水体)大银鱼共计281个样本进行群体遗传学分析。共得到172个等位基因,其中等位基因数(N_(a))为3~24,平均值为9.600;有效等位基因数(N_(e))为1.039~4.595,平均值为2.384;期望杂合数(H_(e))为0.035~0.804,平均值为0.507;多态信息含量(PIC)为0.034~0.775,平均值为0.469,其中10个位点属于高度多态位点(PIC>0.5)。群体平均等位基因数(N_(a))为3.389~5.389,多态信息含量(PIC)为0.373~0.479,8个水体的群体均处于中度多态水平(0.25分析(AMOVA)结果发现,大银鱼总变异中的84.54%来自群体内,15.46%来自群体间。主成分分析(PCA)和Structure分析结果均显示8个水体群体最有可能分为3个亚群;依据Nei氏遗传距离的UPGMA聚类树将8个水体分为2个大支;连环湖的5个相对独立的水体群体均为一大支,但群体间出现较大的分化,那什代(NS)和他拉红(TL)聚为一支后与二八股子(EB)聚为一支,大龙湖(DL)和阿木塔(AM)聚为一支;兴凯湖(XK)与新立城水库(XLC)聚为一支后与太湖(TH)聚为一支。研究表明,移植的大银鱼北方群体保持了较好的遗传多样性水平,不同水系群体间存在高度的遗传分化(F_(st)=0.1867>0.15)。为防止群体遗传衰退,建议将南方和北方作为不同群体进行保护,连环湖作为大银鱼的主要产地,应当进行重点保护。; 郑义鲁翠云郑先虎那荣滨唐富江; 关键词：大银鱼微卫星

用于微卫星分析的方法和系统: 本公开提供用于对样本中的微卫星和次要等位基因进行分类的方法和系统。此外，本公开提供用于基于微卫星位点生成针对病症的分类器和用于执行泛癌症测定的方法和系统。所述方法和系统可以涉及来自受试者的核酸样本的下一代测序和所述样本中...; 哈罗德·加纳; 文献传递

利用微卫星分析康西草原马匹种群的遗传多样性和群体结构被引量：4: 2022年; 旨在揭示康西草原马匹的品种来源以及群体遗传结构。本研究采集了当地60匹健康状况良好、体重适中、3~6岁之间不区分公母马的血液样品,试验分为6个种群并以纯血马等4个国外马品种、1个我国地方马品种作为对照,通过设计引物并提取基因组DNA结合微卫星扩增法对染色体上12个微卫星位点的等位基因进行检测,并对各种群遗传多样性参数、群体分化指数、瓶颈效应以及群体结构进行分析。试验按照群体个数为依据分为6组,每组1个重复,每个重复以该组样本量为标准。分析6个种群马的遗传参数结果表明,其中共检测到221个等位基因,平均Shannon指数为1.691;有效等位基因数(Ne)为3.649~5.397;期望杂合度(He)为0.681~0.798;观测杂合度(Ho)为0.632~0.780;平均多态信息含量(PIC)为0.643~0.772。这些结果表明,6个群体都具有很高的遗传多样性。通过微卫星DNA位点的连锁不平衡及哈迪-温伯格平衡分析发现,大多数位点的P值都大于校正值(P=0.0065),表示较多位点都处于哈迪-温伯格及连锁平衡状态。各群体间群体分化系数(Fst)表明,群体间分化程度较低(Fst<0.15)。基于Nei’s遗传距离与地理距离之间Mantel相关性检验显示二者之间呈现正相关性(R=0.502),但未达到显著水平(P=0.310);各马匹种群瓶颈效应分析表明,P值极显著(P(IAM)<0.01)说明该地区的马群体受到过瓶颈效应的影响且该马群体历史上数量有大规模的减少。通过FCA因子分析、基于Nei’s标准遗传距离UPGMA树状图以及Structure贝叶斯聚类分析发现,该地区马种群与纯血马和温血马聚为一类,说明该种群最有可能主要来源于温血马和纯血马。这些结果揭示,康西草原地区马匹具有较高的遗传多样性,该地马群体的血统与纯血马和温血马相近,这为当地马遗传资源评估以及开发利用打下了坚实的基础。; 康周才让刘宇王敏李颖毕晓昆李媛媛凌遥赵春江; 关键词：微卫星DNA标记

方斑东风螺3个选育世代遗传多样性和遗传结构的微卫星分析被引量：4: 2022年; 采用12个多态性微卫星标记对方斑东风螺(Babylonia areolata)泰国选育系TF4~TF6连续3代选育群体的遗传多样性与遗传结构进行了分析。3个群体的多态信息含量分别为0.730、0.717和0.708,均高于0.5,表现出较高的多态性。平均等位基因数(A)、有效等位基因数(Ae)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)和Shannon’s信息指数(I)的变化范围分别为11.667~12.583、6.334~6.915、0.658~0.672、0.737~0.787和1.837~2.003,整体呈降低趋势,但差异并不显著(P>0.05)。分子方差分析结果显示,群体间的遗传变异仅占总变异的0.95%;群体间的遗传分化系数(Fst)介于0.00569~0.01324,处于低等分化水平(Fst<0.05)。主坐标分析和STRUCTURE分析结果显示,3个群体呈现出相似的遗传背景和遗传结构。以上研究结果表明,经过连续多代的人工选育,方斑东风螺选育群体保持着较高的遗传多样性水平,遗传变异和遗传分化水平较低,遗传结构趋于稳定,仍具有较高的遗传选育潜力。; 梁园付敬强沈铭辉骆轩游伟伟柯才焕; 关键词：选育群体微卫星标记

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