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苍山潜穴虻线粒体基因组全序列测定与分析: 2025年; 【目的】了解苍山潜穴虻(Vermiophis cangshanensis Li, Zhao&Wang, 2024)的线粒体基因组特征,进一步确立苍山潜穴虻的分类归属,探究苍山潜穴虻与穴虻科其他昆虫的系统发育关系。【方法】利用Illumina Novaseq 6000二代测序技术测定苍山潜穴虻线粒体全部基因组,对其进行注释和分析;选取线粒体细胞色素氧化酶I基因(cox1)序列,应用贝叶斯法(Bayesian inference, BI)构建系统发育树。【结果】苍山潜穴虻线粒体基因组(GenBank登录号:PP454204)全长为17 428 bp,其中非编码区(D-Loop区)和编码区共编码37个基因,编码区共包括蛋白质编码基因13个,rRNA基因2个和tRNA基因22个。平均测序深度为3076.48 X,GC含量为20.0%,碱基含量分别为A 39.0%、C 12.0%、G 8.0%、T 41.0%。除trnS1外,其余21个tRNA的二级结构均为典型的三叶草结构。【结论】本研究结果支持穴虻科和潜穴虻属的单系性,苍山潜穴虻确应置于潜穴虻属。; 李佳玲黄星颖王义琳王吉申; 关键词：线粒体基因组系统发育

红带滑胸针蓟马(缨翅目:蓟马科)线粒体基因组全序列测定与分析: 2025年; 【目的】明确红带滑胸针蓟马(Selenothrips rubrocinctus)线粒体基因组结构特征,并基于线粒体基因组序列分析其系统发育关系,为滑胸针蓟马属昆虫的分子鉴定和系统发育研究提供分子生物学依据。【方法】利用第二代测序技术Illumina平台对红带滑胸针蓟马的线粒体基因组进行测序、组装和注释;基于18种蓟马科和1种管蓟马科外群昆虫的线粒体基因组13个蛋白质编码基因(PCGs)序列,采用最大似然法(ML)和贝叶斯法(BI)构建系统发育进化树,分析红带滑胸针蓟马与其他蓟马的系统发育关系。【结果】红带滑胸针蓟马线粒体基因组全长14984 bp,包含37个基因(13个PCGs、22个tRNA基因、2个rRNA基因)和1个控制区。基因间隔区有19处,最长间隔区长度为25 bp;基因重叠区有10处,最长重叠区长度为23 bp。基因组拥有缨翅目中大部分昆虫线粒体基因组的基因组成和排列顺序,AT含量为72.9%,具有明显的AT偏好性。13个PCGs中,除cox1以TTG为起始密码子外,其余均以ATN为起始密码子;nad6以TAG为终止密码子,nad2和cox2以不完整的T为终止密码子,其余10个基因以TAA为终止密码子。22个tRNA基因中,除trnR、trnS2和trnY缺少TΨC环,trnS1和trnV缺少DHU臂环外,其余17个基因具有完整的三叶草结构。系统发育分析结果显示,红带滑胸针蓟马与腹突皱针蓟马(Rhipiphorothrips cruentatus)聚在同一小分支上,二者的亲缘关系最近。【结论】红带滑胸针蓟马的线粒体基因组结构、组成和基因排列顺序较保守,与蓟马科其他物种线粒体基因组结构和排列一致。针蓟马亚科为单系性,其中,红带滑胸针蓟马与腹突皱针蓟马的亲缘关系最近。; 毛加梅李佳瑾王自然郭俊张宏瑞; 关键词：线粒体基因组系统发育

暗影饰皮夜蛾线粒体基因组全序列测定与分析: 2024年; 【目的】对薄壳山核桃Carya illinoensis害虫暗影饰皮夜蛾Garella ruficirra线粒体基因组进行测序和分析,并在基因组水平上探讨其在夜蛾科Noctuidae中的分类地位,为探索夜蛾科昆虫的系统发育关系以及演化进程提供参考。【方法】利用二代测序技术从头组装获取暗影饰皮夜蛾的线粒体基因组,并对线粒体基因组结构特点和碱基组成进行分析;同时,采用最大似然法和贝叶斯法联合构建了夜蛾科5个属、12个种的线粒体基因组系统发育树,分析暗影饰皮夜蛾在夜蛾科中的系统发育地位。【结果】暗影饰皮夜蛾线粒体基因组全长共为15294 bp,其中包括13个蛋白质编码基因、22个转运RNA基因、2个核糖体RNA基因以及鳞翅目Lepidoptera昆虫典型的腺嘌呤(A)+胸腺嘧啶(T),即A+T富含区,该区域的A+T含量为80.53%,具有明显的AT偏向性。暗影饰皮夜蛾的基因排列顺序为trnM-trnI-trnQ,与包括夜蛾科昆虫在内的大多数鳞翅目昆虫基因排列次序相符。13个蛋白质编码基因的起始密码子全部为ATN。22个tRNA基因中除trnS1的DHU臂缺失,其余均为典型的三叶草结构。对线粒体基因组研究发现:夜蛾科5个属之间,Garella与皮夜蛾属Nycteola亲缘关系最近,与饰夜蛾属Pseudoips亲缘关系最远。【结论】暗影饰皮夜蛾的线粒体基因组中出现了基因重排的现象,系统发育关系支持暗影饰皮夜蛾和Garella musculana聚为1个分支。; 李妍舒金平华克达张亚波应玥张威; 关键词：线粒体基因组系统发育关系基因重排

龟瓢虫(鞘翅目:瓢虫科)线粒体基因组全序列测定与分析被引量：1: 2023年; 【目的】明确龟瓢虫[Epiverta chelonia(Mader,1933)]线粒体基因组结构特征,分析其系统发育关系,为龟瓢虫的起源、分化和遗传多样性研究提供数据支持。【方法】利用Illumina二代测序技术测定龟瓢虫线粒体基因组,对基因组序列进行注释和分析;基于瓢虫科(Coccinellidae)3亚科[食植瓢虫亚科(Epilachninae)、瓢虫亚科(Coccinellinae)和小毛瓢虫亚科(Scymninae)]11种昆虫的线粒体基因组13个蛋白编码基因(Protein-coding genes,PCGs),采用最大似然法和贝叶斯法构建系统发育进化树。【结果】龟瓢虫线粒体基因组全长17347 bp,包含37个基因(13个PCGs、22个tRNA基因和2个rRNA基因)和1个非编码的控制区,基因重叠区域共11处,间隔区域共9处。基因组拥有鞘翅目昆虫典型线粒体基因组的基因组成和排列顺序,AT含量为75.77%,表现明显的AT偏向性。13个PCGs中除cox1基因以TTG为起始密码子外,其余均以ATN为起始密码子;nad1和nad3基因以TAG为终止密码子,其余11个基因以TAA为终止密码子。除trnS1基因外,其余21个tRNA的二级结构均为典型的三叶草结构,二级结构中出现少量的G-U碱基错配现象。系统发育进化分析结果表明,龟瓢虫与苜蓿瓢虫(Subcoccinella vigintiquatuorpunctata)处于同一分支上。【结论】龟瓢虫线粒体基因组符合瓢虫科昆虫线粒体基因组的一般特征;龟瓢虫与苜蓿瓢虫的亲缘关系较近,与传统的形态学分类相一致。; 张永科张利娟卢迎春何霞红张宏瑞; 关键词：线粒体基因组全序列测定

装饰短蚋线粒体全基因组序列测定与分析: 2023年; 目的测定和注释装饰短蚋(Simulium ornatum)线粒体全基因组序列,并在线粒体基因组水平上分析短蚋亚属与蚋亚属、纺蚋亚属之间的系统发育关系。方法采用长PCR扩增加引物步移法和总DNA测序法对装饰短蚋线粒体全基因组序列进行扩增测序,应用邻接法重建装饰短蚋与其近缘物种的系统发育关系。结果装饰短蚋线粒体基因组序列全长为15640 bp,包括13个蛋白质编码基因(PCGs)、2个rRNA基因、22个tRNA基因及1个控制区(CR),A、T、C、G碱基含量分别为38.1%、36.4%、14.7%、10.8%;基于13个PCGs序列构建的系统发育关系表示为{[(S.ornatum+S.variegatum)+S.maculatum]+S.aureohirtum}+S.quinquestriatum,基于DNA条码序列构建系统发育关系表示为{[(S.ornatum+S.variegatum)+S.quinquestriatum]+S.maculatum}+S.aureohirtum。结论短蚋亚属与蚋亚属杂色蚋组(variegatum group)的亲缘关系最近,利用线粒体全基因组进行系统发育分析DNA条码序列具有更高的分辨率。; 孙谦杨明温小军; 关键词：蛋白质编码基因系统发育关系 DNA条码

美国黄松和蓝粉云杉叶绿体基因组序列测定与分析被引量：1: 2022年; 采用高通量测序技术获得了美国黄松(Pinus ponderosa P. Lawson&C. Lawson)和蓝粉云杉(Picea pungens Engelm.)的叶绿体全基因组序列。结果显示,美国黄松和蓝粉云杉的叶绿体基因组大小分别为120 274和124 237 bp。美国黄松共注释到107个基因,其中包含70个蛋白编码基因,4个rRNA基因,33个tRNA基因;蓝粉云杉包含111个基因,其中71个蛋白编码基因,4个rRNA基因,36个tRNA基因。美国黄松和蓝粉云杉分别鉴定到18和32个简单重复序列单元。基于19个松科植物和2个外类群共有的73个叶绿体基因的系统发育分析结果,可将松科分为两大分支:第1分支包含了雪松属(Cedrus)、金钱松属(Pseudolarix)、铁杉属(Tsuga)、油杉属(Keteleeria)和冷杉属(Abies);第2分支包含了松属(Pinus)、银杉属(Cathaya)、云杉属(Picea)、落叶松属(Larix)和黄杉属(Pseudotsuga)。叶绿体基因组结构分析结果表明,松科不同属间发生了多次重排,并且是由包含trnS-GCU基因的小反向重复介导。研究结果说明叶绿体基因组序列可用于解决松科属间的系统发育关系。; 李佳李清; 关键词：松科美国黄松叶绿体基因组系统发育

1株柔嫩艾美耳球虫ITS-1部分序列测定与分析被引量：3: 2022年; 根据已发表的柔嫩(Eimeria tenella)、堆型(E.acervulina)、布氏(E.brunetti)、巨型(E.maxima)、和缓(E.mitis)、毒害(E.necatrix)、早熟(E.praecox)艾美耳球虫的ITS-1序列引物,对江苏泰州地区某养鸡场发病鸡粪便中分离的球虫卵囊进行PCR扩增、测序,并用DNAStar软件和MEGA5.05软件对获得的艾美耳球虫ITS-1序列与GenBank中的艾美耳球虫的ITS-1相应序列进行同源性分析和系统进化关系分析。结果显示,柔嫩艾美耳球虫的引物扩增出阳性条带,该分离株的ITS-1部分序列片段长度为279 bp,与已发表的柔嫩艾美耳球虫的ITS-1序列的相似性为99.6%~100%,在构建的系统发育进化树中和柔嫩艾美耳球虫形成一个小分支。; 魏冬霞袁橙刘剑华薛咏佩; 关键词：柔嫩艾美球虫 ITS-1 系统发育分析

广西华珊瑚蛇线粒体基因组全序列测定与分析: 2022年; 本研究对眼镜蛇科广西华珊瑚蛇(Sinomicrurus peinani)线粒体基因组序列进行测定与分析,并探究其与近缘种的系统发育关系。结果表明,广西华珊瑚蛇线粒体基因组是一条全长19477 bp的环状DNA,基因组碱基构成为A(33.4%)、T(28.1%)、C(26.6%)和G(11.9%)。共编码38个基因,包含2个核糖体RNA(rRNA)基因、22个转移RNA(tRNA)基因、13个蛋白质编码基因及1个线粒体基因控制区(D-loop)。13个蛋白质编码基因均采用AUG作为起始密码子,UAA和UGA作为终止密码子;蛋白质编码基因编码频率较高的氨基酸分别为亮氨酸(Leu)、异亮氨酸(Ile)、苏氨酸(Thr)和丝氨酸(Ser);相对密码子使用度(RSCU)频率最高的4个密码子依次是CGA、UGA、CUA和CCA。22个tRNA,除tRNASer(一臂两环)外其他均可形成典型三叶草结构。基于眼镜蛇科线粒体基因组系统发育分析结果表明,与广西华珊瑚蛇关系最密切的是中华珊瑚蛇(Sinomicrurus macclellandi),其次是孟加拉眼镜蛇(Naja kaouthia)与眼镜王蛇(Ophiophagus hannah)。; 周圣博孟佳瑶智歆然周滋航彭杰覃再林关萍; 关键词：线粒体基因组系统进化

云南微小扇头蜱线粒体基因组全序列测定与分析被引量：1: 2022年; 2017年9月采用布旗法在云南省临沧市耿马县采集游离的微小扇头蜱,提取蜱DNA,采用通用引物PCR扩增微小扇头蜱的16S rRNA、 12S rRNA、 nad1、 cox3基因片段,采用长PCR扩增上述4个基因区的长片段,产物纯化后采用步移法测序,拼接获得线粒体基因组全序列。结果显示,线粒体基因组全长14 763 bp,包含13个蛋白质编码基因、 2个r RNA基因、 22个t RNA和1个长度为264 bp的非编码区(D-Loop区),碱基组成为A 38.66%、 G 9.02%、 C 11.46%、 T 40.87%,(A+T) 79.53%。蛋白质编码基因起始密码子均为ATN;除COX2、 cox3、 NAD5使用不完整T作为终止密码子外,其余基因终止密码子均为TAA或TAG;基因重叠区有12处共95 bp,长度在1~24 bp;基因间隔区有18处共433 bp,长度在1~311 bp。22个t RNA中,除tRNA、tRNA、 tRNA以外均能形成典型的三叶草结构。; 刘雅芳陈彬芦新焱李光华杜春红姜丹丹杨兴; 关键词：线粒体基因组

血清10型禽腺病毒AHFY19株全基因组序列测定与分析被引量：1: 2022年; 禽腺病毒(Fowl Adenovirus,FAdV)是一组血清型众多及致病性多样的病原体,多数呈亚临诊性长期潜伏带毒,部分毒株可造成禽群包涵体肝炎、心包积液、肌胃糜烂症、产蛋下降、生长迟缓等病症,严重威胁养禽业健康发展。为分析血清10型禽腺病毒(FAdV-10)全基因组序列特征,本研究将分离自外表健康鸡泄殖腔拭子的FAdV-10 AHFY19株经卵黄囊途径接种8日龄SPF鸡胚扩繁,从死亡鸡胚肝组织中提取病毒基因组,采用illumina二代基因测序技术和特殊结构区二温式PCR扩增测定病毒全基因组并分析其遗传特征。结果显示,AHFY19株(103.1EID50/0.1 mL/枚)接种的鸡胚于18~21日龄全部死亡。全基因组测序显示,AHFY19株病毒基因组全长为45757 bp(GenBank登录号:MN542422),其G+C含量为54.63%,末端重复序列(ITR)长为56 bp,共有52个开放阅读框(ORF)。基因组比对分析显示,AHFY19株属I群FAdV C种FAdV-10型,与C2-B-FAdV-10株(MK572851)全基因组同源性最高(99.91%),但AHFY19株基因组多203 bp,差异位于fiber-1、fiber-2和ORF19A基因,然而这些差异并不存在于FAdV-10型C-2B株。AHFY19株与FAdV-4毒株全基因组核苷酸序列同源性在98.35%~98.58%之间。主要结构蛋白基因遗传进化分析显示,仅hexon基因发育进化树可区分C种FAdV-10型与FAdV-4型毒株。氨基酸分析显示,AHFY19株Hexon蛋白V188、Fiber-2蛋白G219和A380与FAdV-4型弱毒株一致。本研究为国内首次测定公布FAdV-10型病毒全基因组序列,其基因组分子特征为深入分析FAdV遗传演化提供了研究资料。; 赵磊张留君刘欣超刘畅张训海; 关键词：全基因组

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