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圆红冬孢酵母的密码子用法分析被引量：2: 2018年; 运用CodonW等软件,分析了圆红冬孢酵母Rhodosporidium toruloides基因组中191个蛋白质编码基因的密码子使用模式,包括密码子3个位置上的GC含量、有效密码子数和密码子使用频率。圆红冬孢酵母有效密码子数ENc值为38.9,密码子GC含量为63%,密码子第三位GC含量为78.3%,且偏好使用G或C结尾的密码子,确定了圆红冬孢酵母R. toruloides的21个高表达优越密码子。研究发现,圆红冬孢酵母与毕赤酵母、酿酒酵母、大肠杆菌和拟南芥在密码子使用频率上有较大差异,而与解脂耶氏酵母和果蝇差异相对较小。研究结果对提高外源基因在圆红冬孢酵母中表达效率及相关代谢工程和合成生物学研究有一定意义。; 张琦焦翔刘香健张月张素芳赵宗保; 关键词：密码子偏好性密码子使用频率

柿属植物叶绿体蛋白质编码基因密码子用法被引量：35: 2017年; 为给后续柿属植物叶绿体基因工程研究提供基础,利用Codon W、CUSP、SPSS软件对5个柿属植物叶绿体基因组中的55条蛋白质编码基因序列进行密码子使用模式分析。结果显示,柿属植物叶绿体基因组密码子第3位碱基GC含量为26.9%~27.8%,有效密码子数在49.58~50.18之间,密码子偏好性较弱;柿叶绿体基因组不同位置的有效密码子数不同,取值范围为32.36~59.64;中性绘图分析和ENC-plot绘图分析结果表明,柿叶绿体基因组的密码子偏好性主要受选择的影响;通过高频密码子和高表达优越密码子分析相结合的方法,筛选出23个柿属植物最优密码子,且这些密码子主要以A和U碱基结尾。; 傅建敏索玉静刘慧敏谭晓风; 关键词：柿属植物叶绿体密码子偏好性

柿属植物叶绿体蛋白质编码基因密码子用法: 为给后续柿属植物叶绿体基因工程研究提供基础，利用codonW、CUSP、SPSS软件对5个柿属植物叶绿体基因组中的55条蛋白质编码基因序列进行密码子使用模式分析.结果显示，柿属植物叶绿体基因组密码子第3位碱基GC含量为2...; 傅建敏索玉静刘慧敏谭晓风; 关键词：柿属植物叶绿体密码子偏好性

小麦麦谷蛋白亚基基因密码子用法特性分析: 2016年; 该文运用CodonW1.4.2和SPSS16.0软件对13个来源于小麦麦谷蛋白亚基基因的密码子用法特性进行分析。结果显示,除1Dy10基因ENC值小于40外,其余亚基基因ENC值均介于40~50之间;GC3含量均在0.38~0.45之间;1Bx14基因偏向于使用A或T结尾的密码子,其余12个亚基基因偏向于使用G或C结尾的密码子;1Dy10与其余12个亚基基因间距离系数较大,然而各组染色体麦谷蛋白x-型或y-型亚基基因间距离系数较小。结果表明,小麦麦谷蛋白亚基基因具有较强的密码子使用偏爱性,各基因密码子用法上具有相似性,每一种氨基酸均存在1~2个偏爱密码子。在密码子用法差异上表现为,除1By9和1Dy10之外,无论是A染色体组、B染色体组,还是D染色体组,各组染色体上麦谷蛋白x-型或y-型亚基基因间密码子使用频率差异最小。这一分析结果对小麦HMW-GS功能基因资源的高效利用和LMW-GS新基因的克隆具有一定的指导意义。; 曹兴芹任燕萍覃建兵; 关键词：小麦麦谷蛋白亚基密码子偏爱性

噬菌体Bp7尾丝蛋白gp38密码子用法及偏性分析: 2015年; 为了解噬菌体Bp7尾丝蛋白gp38的密码子使用特征,利用生物信息学方法对1株临床分离的多价烈性噬菌体Bp7尾丝蛋白gp38与其他5株T4类噬菌体进行密码子用法的分析比较。结果发现,Bp7尾丝蛋白gp38与其他5株T4类噬菌体密码子的使用模式差别大,Bp7尾丝蛋白gp38偏好于以C结尾的密码子,而其余5株噬菌体偏好A或U结尾;除了AUG(Met)和UGG(Trp)外,还确定了Bp7尾丝蛋白gp38使用的25种高频密码子;通过6株噬菌体gp38的密码子偏性比较发现,Bp7与任何一株噬菌体都存在较大差异;聚类分析的结果也表明,Bp7尾丝蛋白gp38与其余5株噬菌体不属于一类。总体上,噬菌体Bp7尾丝蛋白gp38在密码子使用上比较特殊,gp38基因密码子的分析将为进一步研究噬菌体Bp7的感染机制及扩宽其裂解谱奠定基础。; 孙虎芝任慧英张灿; 关键词：噬菌体密码子

珍珠鸟(Taeniopygia guttata)Z染色体基因表达的密码子用法: 2013年; 从EMBL数据库下载珍珠鸟(Taeniopygia guttata)Z染色体全部基因的cDNA序列,共有610个基因的CDS序列纳入统计分析。使用CodonW(1.4.2)对CDS序列进行密码子偏性研究,确定了UUC、CUC、CUG等28个密码子为珍珠鸟Z染色体基因表达的"最优"密码子。对应分析表明,影响珍珠鸟Z染色体基因表达的密码子用法的主要因素分别为GC3s(同义密码子第3位的G C频率)、CDS的GC含量以及基因的表达水平。据此推论,珍珠鸟Z染色体基因表达的密码子偏性是核苷酸组成和选择等因素综合作用的结果。; 王樟凤柴学文彭武林黄润红饶友生; 关键词：珍珠鸟 Z染色体密码子用法

多价噬菌体Bp7尾丝蛋白gp37基因密码子用法分析: <正>编码天然蛋白质20种氨基酸的密码子共有61种,每种氨基酸可由1-6个密码子编码,所以存在简并性。密码子的这种简并性特征造成了不同物种的密码子使用偏爱性不同,即同义密码子子在不同物种中具有不同的使用频率,而且不同种类...; 逯凯张灿刘文华邹玲任慧英; 关键词：噬菌体密码子使用频率丝蛋白用法分析; 文献传递

多价噬菌体Bp7尾丝蛋白gp37基因密码子用法分析: 抗生素的滥用和细菌耐药性不断提高，使得寻找新的抗细菌感染途径显得尤为迫切。噬菌体Bp7是具有宽裂解谱的烈性噬菌体，是进行噬菌体治疗及消毒的最佳选择之一。尾丝蛋白吸附细菌是噬菌体感染最重要的环节，利用对尾丝蛋白基因密码子的...; 逯凯张灿刘文华邹玲任慧英; 关键词：动物疾病噬菌体; 文献传递

药用植物人参和三七的密码子用法分析: 2012年; 采用高频密码子分析法,对人参属药用植物人参(Panax ginseng C.A.Mey.)和三七[PanaxNotoginseng(Burk.)F.H.Chen]的蛋白质编码基因序列(coding DNA sequence,CDS)进行了同义密码子相对使用频率(relative frequency of synonymous coden,RFSC)分析,确定了人参高频密码子6个和三七高频密码子7个。将人参和田七的密码子使用频率进行比较,结果显示两者的密码子偏爱性具有较高的一致性。分析结果为外源基因在人参和三七中的表达提供参考。; 倪志华; 关键词：人参密码子偏爱性

茶树密码子用法分析被引量：13: 2011年; 运用CodonW软件和CUSP程序对筛选的134个茶树蛋白质编码基因序列进行了分析、计算密码子使用频率,并将它与人、果蝇、酵母、大肠杆菌这4种代表性生物及拟南芥、大豆、棉花、水稻、小麦等单、双子叶植物进行比较。结果显示茶树密码子偏爱性与人、果蝇、酵母、大肠杆菌有不同程度的差异,与单子叶植物水稻、小麦的密码子使用频率差异较大,与双子叶植物拟南芥、大豆、棉花的密码子偏爱性一致,分析结果对茶树基因转化及高效表达系统的选择等具有重要指导意义。; 赵洋杨阳刘振杨培迪; 关键词：密码子用法密码子偏爱性

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