公共文化服务平台

搜索到6199篇“ 宏基因组“的相关文章

宏基因组学,让微观世界现形: 2025年; 基于二代测序的宏基因组学正在迅速发展,让科学家以全新视角认识和人类密切相关的丰富微生物。他们正在推动临床的感染检测,甚至让复杂菌群真正为我们所用。; 石云雷; 关键词：微生物宏基因组学

腹泻猪群肠道微生物宏基因组分析: 2025年; [目的]了解腹泻猪群病毒混合感染情况及病毒感染下肠道微生物群落结构变化。[方法]收集73份临床猪腹泻样品,使用单端100 bp读长(SE100)进行宏基因组测序。下机数据经FastQC工具质控获得clean data,利用BWA工具去除宿主序列获得unmapped data。使用Kraken 2工具将unmapped data比对到动物病原数据库进行物种分类注释并生成物种分类表。使用主成分分析(PCA)对数据降维处理,并使用每百万读数(RPM)进行数据归一化,利用Z-score统计方法生成热图进行差异分析可视化。使用MEGAHIT工具从头拼接病毒序列,使用BWA将unmapped data比对到contigs评估拼接效果,选择高质量contigs在NCBI上比对找到最相似序列,将ummapped data比对到该序列后提取一致序列,作为该病毒序列,使用IQ-TREE工具进行猪流行性腹泻病毒(PEDV)S基因和猪星状病毒(PAstV)ORF1a基因遗传进化分析。[结果]73份猪腹泻样品中检出多种病毒,阳性率分别为:PAstV 26.03%、猪嵴病毒(PKV)20.55%、猪轮状病毒(PoRV)19.18%、PEDV 19.18%、猪札幌病毒(PSaV)6.85%、猪德尔塔冠状病毒(PDCoV)4.11%。混合感染情况复杂,主要为PEDV+PAstV组合,在全部样品中占比为17.81%(13/73),在混合感染样品中占比为30.95%(13/42)。不同病毒感染下肠道微生物结构发生变化,PEDV阳性组样品乳杆菌属(Lactobacillus)相对丰度高于阴性组,PAstV阳性组样品梭菌属(Clostridium)和密螺旋体属(Treponema)相对丰度高于阴性组。拼接得到2条PEDV全基因组序列SE18和SE22,均属于GⅡa谱系,以及4条PAstV ORF1a基因组序列SE18、PE31、PE36和PE70,SE18为PAstV2型,其余3条序列与HAstV-HMO-B株亲缘关系较近。[结论]本研究通过宏基因组学技术揭示了临床腹泻猪群中PAstV和PEDV的高阳性率及混合感染情况,发现PEDV和PAstV感染显著改变了肠道微生物结构,为猪腹泻混合感染的防控提供了重要数据支持。; 张洁贾骁晔童泽宇马岩雷晨莹原霖田克恭; 关键词：腹泻宏基因组学

一种三代宏基因组测序文库的构建方法: 本发明涉及宏基因组及三代测序技术领域，具体提供一种三代宏基因组测序文库的构建方法。本发明通过T7内切酶处理将MDA扩增引入三代基因组测序中，保证满足三代建库的足够起始量，避免了宏基因组的核酸总量问题不适用于三代测序的问题...; 张雪川郑洪坤赵庆毕经德

蒙古牛瘤胃微生物的宏基因组学分析: 2025年; 试验旨在系统解析地域特色的蒙古牛瘤胃微生物结构、功能及其耐粗饲生物特性。选取冬季放牧的3~4岁、体重约460 kg的蒙古牛6头,经口采集瘤胃液样品,利用Nova-seq宏基因组测序技术分析蒙古牛瘤胃微生物群落结构及功能基因组成。结果显示:共获得525067826条有效序列,构建非冗余基因集后共获得8022168个基因;物种注释结果表明细菌占比丰度为95.25%,其余属于古菌、真菌、纤毛虫和病毒。蒙古牛瘤胃优势菌群依次为拟杆菌门(Bacteroidota)、厚壁菌门(Firmicutes)和广古菌门(Euryarchaeota);在属水平上相对丰度依次为拟杆菌属(Bacteroides)、普雷沃氏菌属(Prevotella)和梭菌属(Clostridium)等;在碳水化合物活性酶(CAZy)水平功能分析中,蒙古牛瘤胃微生物基因主要集中在糖苷水解酶(GH)中,其中GH2、GH3、GH31、GH51、GH97家族的基因丰度占比较高,且寡糖降解酶的基因数量最多;蒙古牛瘤胃微生物种与CAZy关联分析显示,GH家族是纤维素降解酶的主要来源,所注释的微生物主要有普雷沃氏菌(29.39%)、拟杆菌(26.69%)、梭菌(7.65%)和颤螺菌(2.21%)等;在KEGG分析中,碳水化合物代谢和氨基酸代谢通路的丰度最高。可见,蒙古牛瘤胃富含纤维素降解菌、相关酶类功能基因及代谢通路。; 马建飞徐均钊胡宗福吴白乙拉吴江鸿包呼格吉乐图白德日根牛化欣; 关键词：瘤胃微生物宏基因组蒙古牛

一种古代牙结石的宏基因组DNA提取方法: 本发明提供了一种古代牙结石的宏基因组DNA提取方法，属于基因工程技术领域。该方法包括样品预处理、DNA提取、纯化和质检等步骤，通过优化提取试剂和方法，能够在保持DNA完整性的同时，最大限度地减少外源污染，提高DNA提取效...; 何海峰杨阳陶乐沈曲

一种基于GPU加速的宏基因组物种定丰方法: 本发明公开了一种基于GPU加速的宏基因组物种定丰方法，首先分析用户输入的需求，根据用户的输入参数，确定计算的方式；随后进行初始化，检查文件的完整性和版本，以此来确保本发明的稳定运行；确保完稳定性后，进行数据准备，为后续的...; 徐韬王璇苏萌张译伊浩圆

宏基因组二代测序在肺部感染中的应用价值: 2025年; 目的评估宏基因组二代测序(mNGS)在肺部感染诊断中的应用价值,为患者精准治疗提供相应依据。方法选取阜阳市人民医院2022年1-12月住院期间行mNGS检查的106例疑似肺部感染患者为研究对象,3例因资料不齐全排除,共纳入103例患者进行研究。比较mNGS和常规检测结果,并对病原学结果进行分析。结果mNGS病原体阳性检出率为87.38%(90/103),高于常规检测方法的30.10%(31/103),差异有统计学意义(χ^(2)=18.733,P<0.05)。混合感染组与单一感染组在临床症状胸闷和影像学分布方面,差异均有统计学意义(χ^(2)=12.604、7.913,P均<0.05)。混合感染最常见的模式是细菌和细菌混合感染(6例,18.75%),其次是细菌、真菌、病毒混合感染(5例,15.63%)。mNGS对肺部感染诊断的敏感性为92.31%,明显高于常规检测方法的28.57%,差异有统计学意义(χ^(2)=83.042,P<0.05),特异性差异无统计学意义(50.00%vs.58.33%,χ^(2)=1.288,P>0.05)。结论mNGS对病原体检测的敏感性较高,是检测肺部感染特别是混合性肺部感染的一种有价值的工具。; 高丽刘斌; 关键词：肺部感染病原体检测

一种甲基化组学和宏基因组学分析方法: 本发明涉及生物信息技术领域，尤其涉及一种甲基化组学和宏基因组学分析方法。所述方法包括：针对待测样本的全基因组亚硫酸盐测序数据预处理后得到待分析数据；针对所述待分析数据进行甲基化分析、细菌和真菌微生态分析以及噬菌体分析。本...; 赵平森龙颖

多策略宏基因组分析系统、方法、设备及存储介质: 本发明属于计算机医学检测技术领域，解决了现有技术中生物信息学分析的工具存在扩展性差和灵活性低的问题，提供了一种多策略宏基因组分析系统、方法、设备及存储介质，包括应用层、分析层、支持层和资源层，应用层作为用户交互界面，用于...; 夏炎梁丽凤杨莹谢海亮

一种宏基因组质粒识别方法、系统、终端及存储介质: 本发明公开了一种宏基因组质粒识别方法、系统、终端及存储介质，涉及生物信息学DNA数据挖掘领域，所述方法包括：获取目标基因组重叠群，根据基因预测工具进行编码，得到输入特征向量，基于比对工具和预先构建的比对库，进行比对，得到...; 张艺博刘云刘富侯涛康冰段继鲁曹晓聪

加载更多 ∨

相关作者

用户反馈

相关作者

用户登录

用户反馈