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基于基因 表达 数据 库分析非酒精性脂肪性肝病炎症损伤相关核心基因 2025年 目的探究在非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)发展过程中发生显著变化的炎症损伤相关核心基因 。方法从基因 表达 数据 库(GEO)的GSE167523数据 集中选择98例NAFLD患者,通过基因 集变异分析(GSVA)计算炎症指数。设置高炎症指数和低炎症指数两组进行比较。使用R语言limma包识别组间差异表达 基因 (DEGs)。应用R语言ClusterProfiler包对DEGs进行基因 本体(GO)富集分析及京都基因 与基因 组百科全书(KEGG)富集分析。采用STRING数据 库进行蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络分析,确定核心基因 。同时,在数据 集GSE89632和GSE130970中进行基因 表达 量的验证。使用ROC曲线评价其诊断能力并进行miRNA和转录因子调控网络分析。结果共鉴定出308个DEGs,其中上调基因 243个,下调基因 65个。富集分析结果显示,DEGs主要富集在趋化因子信号通路、病毒蛋白与细胞因子和细胞因子受体的相互作用等途径中。通过对DEGs进行PPI网络分析,发现TOP2A、MKI67、CDC20、DLGAP5、MCM10等16个核心基因 。ROC曲线分析提示这16个核心基因 是NAFLD的潜在生物标志物。其中,11个核心基因 的表达 水平在数据 集GSE89632的对照组和NAFLD组,以及数据 集GSE130970的高炎症指数组和低炎症指数组之间差异均有统计学意义(P<0.05)。结论TOP2A、CDC20、HJURP等炎症损伤相关核心基因 有望成为NAFLD诊断与治疗的潜在靶点。 程呈 卢帅 陈蓉 李新萍 白睿峰 崔更力 陈烁 殷家伟 胡建鹏 汪垚卓 蒋协远 陈海翎关键词:非酒精性脂肪性肝病 炎症损伤 核心基因 一种基于PAM聚类算法的基因 表达 数据 分析方法 一种基于PAM聚类算法的基因 表达 数据 分析方法,涉及数据 分析领域。本发明包括:数据 获取、数据 预处理、基因 模块识别、GO富集分析、PPI网络构建、HUB基因 识别和HUB基因 验证。本发明在充分利用基因 表达 数据 包含信息的基础上,... 付聪 梁磊 张彦 易星丞 许彤基于基因 表达 数据 的阿尔兹海默预测模型建立方法及系统 本说明书实施例提供了一种基于基因 表达 数据 的阿尔兹海默预测模型建立方法及系统,其中,方法包括:获取脑部患者与健康人的脑部组织基因 表达 数据 集,对所述脑部组织基因 表达 数据 集进行预处理得到处理后的脑部组织基因 表达 数据 集;对所述处... 喻盈捷 黄磊 李政泰 吕祎彤 喻长远 李英骥一种基于扩散模型的单细胞基因 表达 数据 生成方法 本申请属于基因 表达 数据 生成技术领域。本申请提供一种基于扩散模型的单细胞基因 表达 数据 生成方法。本公开实施例基于扩散理论,利用深度生成网络对数据 集进行深度挖掘,以学习数据 中包含的丰富的生物信息,有效减少模拟过程中的信息损失,... 汪涛 赵辉 肖冰 陈婧 尚学群 彭佳杰基于高通量基因 表达 数据 库及生物信息学对坐骨神经痛差异表达 基因 的分析研究 2024年 目的基于高通量基因 表达 (GEO)数据 库及生物信息学筛选坐骨神经痛相关差异表达 基因 (DEGs),分析其生物学功能,为临床治疗坐骨神经痛提供参考。方法通过GEO数据 库获取坐骨神经痛基因 芯片(GSE124272)数据 集,经仙桃学术软件异质性分析获取坐骨神经痛相关DEGs,对坐骨神经痛相关DEGs进行基因 本体论(GO)、京都基因 与基因 组百科全书(KEGG)的通路富集分析。借助Cytoscape软件实施蛋白质互作网络(PPI)分析获取关键基因 ,经转录因子调控网络专用数据 库(TRRUST)确定关键基因 的主要调节转录因子及相应的调节关系。结果415个坐骨神经痛相关DEGs经PPI分析共获取15个关键基因 ,经TRRUST确定共12个TF协同参与检查点激酶1(CHEK1)、含杆状病毒IAP重复序列蛋白5(BIRC5)、细胞周期蛋白B2(CCNB2)、胸苷酸合成酶(TYMS)、细胞周期蛋白B1(CCNB1)关键基因 的调控。结论CHEK1、BIRC5、CCNB2、TYMS、CCNB1可作为坐骨神经痛的新治疗靶点和预防标志物。 曲艳平 贺文廷 王旭 董浩 范智东关键词:生物信息学 坐骨神经痛 差异表达基因 基于整合分析基因 表达 数据 筛选急性胰腺炎中差异表达 基因 2024年 目的了解急性胰腺炎(acute pancreatitis,AP)的生物学和分子发病机制,为预防和治疗AP提供依据。方法从基因 表达 总库数据 库获取基因 表达 数据 集GSE109227、GSE3644和GSE65146,其中包括AP小鼠和对照小鼠胰腺样本的基因 表达 谱。使用GEO2R鉴定所有差异表达 基因 (differentially expressed genes,DEGs),并使用基因 本体(gene ontology,GO)和京都基因 组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析进行注释。结果在GSE109227、GSE3644和GSE65146数据 集中发现38个共同的DEGs,将其构建成1个蛋白质-蛋白质相互作用(protein-proteininteraction,PPI)网络,确定了枢纽蛋白,并提取了功能模块。通过PPI网络分析确定参与粘连接头通路的3个基因 (Cdh1、Iqgap1和Actn4),可能为AP的诊断和治疗提供潜在的生物标志物。结论Cdh1、Iqgap1和Actn4基因 对AP的发生和发展有影响,这可能为AP的诊断和治疗提供新的靶点。 曾春艳 李俊 李俊关键词:急性胰腺炎 差异表达基因 蛋白质-蛋白质相互作用 生物标志物 基于高通量基因 表达 数据 库筛选系统性红斑狼疮妊娠并发先兆子痫的关键基因 2024年 目的应用生物信息学方法筛选系统性红斑狼疮(SLE)妊娠并发先兆子痫(PE)的关键基因 ,并分析其生物学功能。方法从高通量基因 表达 (GEO)数据 库下载SLE妊娠并发PE相关数据 集GSE108497,利用R软件筛选差异表达 基因 (DEGs)。采用在线分析工具对DEGs进行基因 本体(GO)功能注释和京都基因 与基因 组百科全书(KEGG)通路富集分析。利用蛋白质相互作用数据 库STRING构建DEGs编码蛋白的相互作用(PPI)网络,并筛选关键基因 。绘制受试者工作特征(ROC)曲线评估关键基因 对SLE妊娠并发PE的诊断效能。结果从GSE108497数据 集中筛选出162个DEGs,其中105个上调,57个下调。GO分析显示,DEGs主要参与T淋巴细胞活化与分化、中性粒细胞介导的免疫调节和脱颗粒等生物学过程。KEGG分析表明,DEGs主要调控原发性免疫缺陷、糖酵解和抗原呈递等通路。PPI网络分析获得9个关键基因 :HMGN2、EEFIB2、RPL32、BTF3、MRPLI1、EEFID、EEFIA1、RPL6和RPLPI。ROC曲线提示这些基因 对SLE妊娠并发PE具有较高诊断价值,ROC曲线下面积(AUCROC)均大于0.9。结论利用生物信息学方法从GEO数据 库筛选并鉴定出9个与SLE妊娠并发PE相关的关键基因 ,为该病的诊断和治疗提供了新的潜在标志物和靶点。 李红 穆姣 禹红关键词:系统性红斑狼疮 妊娠 先兆子痫 差异表达基因 基因 表达 数据 的聚类方法、装置、计算机设备及存储介质 本申请公开一种基因 表达 数据 的聚类方法、装置、计算机设备及存储介质,涉及人工智能领域,所述方法包括根据预设的权重算法,从待聚类基因 数据 集中选取至少一个候选点,取其中一个候选点作为参考点,并分别计算参考点与其余每个候选点之间... 王健宗 吴文启 瞿晓阳 彭俊清基于信息度量的基因 表达 数据 特征选择方法研究 随着测序技术的不断发展,基因 表达 数据 不断增加,为探究疾病的致病基因 、细胞类型精准分类等任务提供了丰富的数据 支撑,但同时也带来了较为沉重的计算负担。对基因 表达 数据 进行有效的特征选择能够降低数据 维度、提高细胞分类的精度,进而... 钟琦关键词:信息度量 基因表达数据 人工智能在肿瘤基因 表达 数据 中的应用研究进展 被引量:1 2024年 肿瘤是影响人类健康的严重疾病,早期诊断对提高治疗成功率和患者生存率至关重要。肿瘤基因 表达 数据 的研究已经成为揭示肿瘤疾病机制的主要工具,人工智能在肿瘤基因 表达 数据 分析中扮演着重要角色。本文从机器学习方法的角度,探讨监督式学习、无监督式学习和深度学习在肿瘤预测和分类中的潜在优势,特别关注特征选择算法对基因 筛选的影响及其在高维度基因 表达 数据 中的重要性。通过全面综述人工智能在肿瘤基因 表达 数据 分析中的应用与发展,旨在为未来的研究方向提供参考,促进进一步发展。 李坤鹏 王泽朋 周玉 李四海关键词:基因表达数据 人工智能
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李康 作品数:160 被引量:590 H指数:15 供职机构:哈尔滨医科大学 研究主题:代谢组学 基因表达数据 数据分析 高维 生物标志物 王文俊 作品数:13 被引量:28 H指数:4 供职机构:西安电子科技大学 研究主题:基因表达数据 特征提取 聚类 DNA微阵列 数据聚类分析 陆慧娟 作品数:145 被引量:449 H指数:12 供职机构:中国计量大学 研究主题:极限学习机 基因表达数据 数据库 计算机 计算机专业 陈晓云 作品数:99 被引量:524 H指数:11 供职机构:福州大学 研究主题:聚类 基因表达数据 时间序列 极限学习机 数据挖掘 蔡瑞初 作品数:325 被引量:443 H指数:10 供职机构:广东工业大学 研究主题:因果 神经网络 因果关系 因果网络 网络