搜索到17397篇“ 基因表达数据“的相关文章
基于基因表达数据库分析非酒精性脂肪性肝病炎症损伤相关核心基因
2025年
目的探究在非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)发展过程中发生显著变化的炎症损伤相关核心基因。方法从基因表达数据库(GEO)的GSE167523数据集中选择98例NAFLD患者,通过基因集变异分析(GSVA)计算炎症指数。设置高炎症指数和低炎症指数两组进行比较。使用R语言limma包识别组间差异表达基因(DEGs)。应用R语言ClusterProfiler包对DEGs进行基因本体(GO)富集分析及京都基因基因组百科全书(KEGG)富集分析。采用STRING数据库进行蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络分析,确定核心基因。同时,在数据集GSE89632和GSE130970中进行基因表达量的验证。使用ROC曲线评价其诊断能力并进行miRNA和转录因子调控网络分析。结果共鉴定出308个DEGs,其中上调基因243个,下调基因65个。富集分析结果显示,DEGs主要富集在趋化因子信号通路、病毒蛋白与细胞因子和细胞因子受体的相互作用等途径中。通过对DEGs进行PPI网络分析,发现TOP2A、MKI67、CDC20、DLGAP5、MCM10等16个核心基因。ROC曲线分析提示这16个核心基因是NAFLD的潜在生物标志物。其中,11个核心基因表达水平在数据集GSE89632的对照组和NAFLD组,以及数据集GSE130970的高炎症指数组和低炎症指数组之间差异均有统计学意义(P<0.05)。结论TOP2A、CDC20、HJURP等炎症损伤相关核心基因有望成为NAFLD诊断与治疗的潜在靶点。
程呈卢帅陈蓉李新萍白睿峰崔更力陈烁殷家伟胡建鹏汪垚卓蒋协远陈海翎
关键词:非酒精性脂肪性肝病炎症损伤核心基因
一种基于PAM聚类算法的基因表达数据分析方法
一种基于PAM聚类算法的基因表达数据分析方法,涉及数据分析领域。本发明包括:数据获取、数据预处理、基因模块识别、GO富集分析、PPI网络构建、HUB基因识别和HUB基因验证。本发明在充分利用基因表达数据包含信息的基础上,...
付聪梁磊张彦易星丞许彤
基于基因表达数据的阿尔兹海默预测模型建立方法及系统
本说明书实施例提供了一种基于基因表达数据的阿尔兹海默预测模型建立方法及系统,其中,方法包括:获取脑部患者与健康人的脑部组织基因表达数据集,对所述脑部组织基因表达数据集进行预处理得到处理后的脑部组织基因表达数据集;对所述处...
喻盈捷 黄磊 李政泰 吕祎彤 喻长远 李英骥
一种基于扩散模型的单细胞基因表达数据生成方法
本申请属于基因表达数据生成技术领域。本申请提供一种基于扩散模型的单细胞基因表达数据生成方法。本公开实施例基于扩散理论,利用深度生成网络对数据集进行深度挖掘,以学习数据中包含的丰富的生物信息,有效减少模拟过程中的信息损失,...
汪涛赵辉肖冰陈婧尚学群彭佳杰
基于高通量基因表达数据库及生物信息学对坐骨神经痛差异表达基因的分析研究
2024年
目的基于高通量基因表达(GEO)数据库及生物信息学筛选坐骨神经痛相关差异表达基因(DEGs),分析其生物学功能,为临床治疗坐骨神经痛提供参考。方法通过GEO数据库获取坐骨神经痛基因芯片(GSE124272)数据集,经仙桃学术软件异质性分析获取坐骨神经痛相关DEGs,对坐骨神经痛相关DEGs进行基因本体论(GO)、京都基因基因组百科全书(KEGG)的通路富集分析。借助Cytoscape软件实施蛋白质互作网络(PPI)分析获取关键基因,经转录因子调控网络专用数据库(TRRUST)确定关键基因的主要调节转录因子及相应的调节关系。结果415个坐骨神经痛相关DEGs经PPI分析共获取15个关键基因,经TRRUST确定共12个TF协同参与检查点激酶1(CHEK1)、含杆状病毒IAP重复序列蛋白5(BIRC5)、细胞周期蛋白B2(CCNB2)、胸苷酸合成酶(TYMS)、细胞周期蛋白B1(CCNB1)关键基因的调控。结论CHEK1、BIRC5、CCNB2、TYMS、CCNB1可作为坐骨神经痛的新治疗靶点和预防标志物。
曲艳平贺文廷王旭董浩范智东
关键词:生物信息学坐骨神经痛差异表达基因
基于整合分析基因表达数据筛选急性胰腺炎中差异表达基因
2024年
目的了解急性胰腺炎(acute pancreatitis,AP)的生物学和分子发病机制,为预防和治疗AP提供依据。方法从基因表达总库数据库获取基因表达数据集GSE109227、GSE3644和GSE65146,其中包括AP小鼠和对照小鼠胰腺样本的基因表达谱。使用GEO2R鉴定所有差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),并使用基因本体(gene ontology,GO)和京都基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析进行注释。结果在GSE109227、GSE3644和GSE65146数据集中发现38个共同的DEGs,将其构建成1个蛋白质-蛋白质相互作用(protein-proteininteraction,PPI)网络,确定了枢纽蛋白,并提取了功能模块。通过PPI网络分析确定参与粘连接头通路的3个基因(Cdh1、Iqgap1和Actn4),可能为AP的诊断和治疗提供潜在的生物标志物。结论Cdh1、Iqgap1和Actn4基因对AP的发生和发展有影响,这可能为AP的诊断和治疗提供新的靶点。
曾春艳李俊李俊
关键词:急性胰腺炎差异表达基因蛋白质-蛋白质相互作用生物标志物
基于高通量基因表达数据库筛选系统性红斑狼疮妊娠并发先兆子痫的关键基因
2024年
目的应用生物信息学方法筛选系统性红斑狼疮(SLE)妊娠并发先兆子痫(PE)的关键基因,并分析其生物学功能。方法从高通量基因表达(GEO)数据库下载SLE妊娠并发PE相关数据集GSE108497,利用R软件筛选差异表达基因(DEGs)。采用在线分析工具对DEGs进行基因本体(GO)功能注释和京都基因基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。利用蛋白质相互作用数据库STRING构建DEGs编码蛋白的相互作用(PPI)网络,并筛选关键基因。绘制受试者工作特征(ROC)曲线评估关键基因对SLE妊娠并发PE的诊断效能。结果从GSE108497数据集中筛选出162个DEGs,其中105个上调,57个下调。GO分析显示,DEGs主要参与T淋巴细胞活化与分化、中性粒细胞介导的免疫调节和脱颗粒等生物学过程。KEGG分析表明,DEGs主要调控原发性免疫缺陷、糖酵解和抗原呈递等通路。PPI网络分析获得9个关键基因:HMGN2、EEFIB2、RPL32、BTF3、MRPLI1、EEFID、EEFIA1、RPL6和RPLPI。ROC曲线提示这些基因对SLE妊娠并发PE具有较高诊断价值,ROC曲线下面积(AUCROC)均大于0.9。结论利用生物信息学方法从GEO数据库筛选并鉴定出9个与SLE妊娠并发PE相关的关键基因,为该病的诊断和治疗提供了新的潜在标志物和靶点。
李红穆姣禹红
关键词:系统性红斑狼疮妊娠先兆子痫差异表达基因
基因表达数据的聚类方法、装置、计算机设备及存储介质
本申请公开一种基因表达数据的聚类方法、装置、计算机设备及存储介质,涉及人工智能领域,所述方法包括根据预设的权重算法,从待聚类基因数据集中选取至少一个候选点,取其中一个候选点作为参考点,并分别计算参考点与其余每个候选点之间...
王健宗吴文启瞿晓阳彭俊清
基于信息度量的基因表达数据特征选择方法研究
随着测序技术的不断发展,基因表达数据不断增加,为探究疾病的致病基因、细胞类型精准分类等任务提供了丰富的数据支撑,但同时也带来了较为沉重的计算负担。对基因表达数据进行有效的特征选择能够降低数据维度、提高细胞分类的精度,进而...
钟琦
关键词:信息度量基因表达数据
人工智能在肿瘤基因表达数据中的应用研究进展被引量:1
2024年
肿瘤是影响人类健康的严重疾病,早期诊断对提高治疗成功率和患者生存率至关重要。肿瘤基因表达数据的研究已经成为揭示肿瘤疾病机制的主要工具,人工智能在肿瘤基因表达数据分析中扮演着重要角色。本文从机器学习方法的角度,探讨监督式学习、无监督式学习和深度学习在肿瘤预测和分类中的潜在优势,特别关注特征选择算法对基因筛选的影响及其在高维度基因表达数据中的重要性。通过全面综述人工智能在肿瘤基因表达数据分析中的应用与发展,旨在为未来的研究方向提供参考,促进进一步发展。
李坤鹏王泽朋周玉李四海
关键词:基因表达数据人工智能

相关作者

李康
作品数:160被引量:590H指数:15
供职机构:哈尔滨医科大学
研究主题:代谢组学 基因表达数据 数据分析 高维 生物标志物
王文俊
作品数:13被引量:28H指数:4
供职机构:西安电子科技大学
研究主题:基因表达数据 特征提取 聚类 DNA微阵列 数据聚类分析
陆慧娟
作品数:145被引量:449H指数:12
供职机构:中国计量大学
研究主题:极限学习机 基因表达数据 数据库 计算机 计算机专业
陈晓云
作品数:99被引量:524H指数:11
供职机构:福州大学
研究主题:聚类 基因表达数据 时间序列 极限学习机 数据挖掘
蔡瑞初
作品数:325被引量:443H指数:10
供职机构:广东工业大学
研究主题:因果 神经网络 因果关系 因果网络 网络