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蒙古牛生长、肉品质性状和血清生化指标全基因组扫描及其拷贝数变异图谱构建: 蒙古牛原产于蒙古高原地区,是当地牧民不可缺少的乳、肉之源,且役用能力大、持久力强,能吃苦耐劳的优良品种。锡林郭勒草原属温带大陆性气候,风大、干旱和寒冷是其主要气候特点。锡林郭勒盟年均气温3.4℃,寒冷期长达7个月,1月份...; 张剑; 关键词：蒙古牛基因芯片拷贝数变异

全基因组扫描定位一个先天性全白内障家系的致病基因被引量：2: 2020年; 目的定位一个先天性全白内障家系的致病基因。方法收集一个先天性全白内障家系中10个成员的外周血样本,提取基因组DNA。应用ABI-MD10试剂盒中的常染色体382个微卫星位点,对此家系进行全基因组扫描。MLINK软件进行两点连锁分析。结果发现在D13S263位点处提示存在连锁(最大LOD=1.20,重组率θ=0),进一步检测该位点附近若干其它的微卫星标记,经连锁分析其致病基因被定位到D13S175和D13S156之间的大约53.9厘摩(cM)区域上。结论该家系致病基因位点被定位到13号染色体的13q12.11-q22.1之间的大约53.9cM区域上。此研究为探讨遗传性全白内障的发病机制提供了有价值的信息,并为该家系今后开展产前诊断奠定了基础。; 赫红丹王丽齐艳华; 关键词：全基因组扫描

1株三型丁香假单胞菌猕猴桃致病变种细菌全基因组扫描图测序及分析被引量：2: 2020年; 丁香假单胞菌猕猴桃致病变种(Pseudomonas syringae pv.actinidiae,简称Psa)是引起猕猴桃细菌性溃疡病的病原菌。对从感染溃疡病的东红猕猴桃枝条中分离得到的1株Psa野生株(命名为GX05)进行全基因组测序,获得基因组草图,分析其中毒力基因、耐药基因和致病基因的情况。研究发现,多位点序列分型结果显示GX05为biovar 3,与毒力因子数据库比对,GX05携带99种毒力因子及692个相关毒力基因,同源性和匹配度最高的毒力因子是PvdL和Irp1;与综合抗生素抗性基因数据库比对,GX05携带336种耐药基因,与29种抗生素有关;与病原宿主互作数据库比对,不表达导致病原菌致病力减弱的基因数量最多,其中同源性和匹配度最高的是PvdL,此外与增强致病力相关的同源性和匹配度最高的基因是hrcC。通过全基因组测序信息初步分析了1株三型Psa菌株中存在的毒力、耐药及致病基因情况,对深入研究其致病机制和合理用药有重要意义。; 邓博涵刘丹蕾陈秋菊倪培恩张子蕾王大鹏纠松涛王磊马超张才喜王世平沈叶鑫鲍金平许文平; 关键词：猕猴桃细菌性溃疡病全基因组测序毒力基因耐药基因致病基因

木本高山花卉马缨杜鹃的全基因组扫描分析被引量：11: 2018年; 本研究采用高通量测序技术（Illumina Hiseq ^（TM）2000）首次对世界名贵园林花卉马缨杜鹃（Rhododendron delavayi）进行了基因组大小的测定,并评估了马缨杜鹃的GC含量、杂合率和序列重复度等信息参数,为马缨杜鹃全基因组测序策略的选择提供了有据参考。全基因组扫描结果如下：马缨杜鹃的基因组大小约为698 Mb,杂合率较高约为1.25%,GC含量约为39%,且具有一定的基因组序列重复度。研究表明：马缨杜鹃的全基因组测序分析不宜采用全基因组鸟枪法（WGS）,可尝试WGS与fosmid或BAC-to-BAC相结合的测序策略,亦或采用杂合组装软件进行序列拼装,以提高全基因组序列的拼装质量。; 张露李世峰李世峰解玮佳宋杰李树发解玮佳; 关键词：马缨杜鹃基因组大小 GC含量

七个巴基斯坦本地山羊品种的全基因组扫描及藏山羊的高海拔适应性候选基因分析: 山羊在不同气候条件下地区均有分布,从热带、亚热带到高山地区国家。在这些干旱、潮湿、寒冷地区,山羊经过选择仍然具有肉用、奶用、产绒和羊皮等经济价值。因此,这些山羊品种在形态特征和生产性能上的广泛多样性具有极大的选择和遗传改...; Kumar Chandar; 关键词：SNPS

限制性标记基因组扫描分析在前列腺腺癌基因组CpG岛的异常甲基化被引量：3: 2016年; 目的用限制性标记基因组扫描(RLGS)分析前列腺腺癌基因组Cp G岛的异常甲基化,为前列腺腺癌相关基因的甲基化研究奠定基础。方法采用激光捕获显微切割技术从20例前列腺腺癌和18例良性前列腺增生组织中捕获均一同质的腺体细胞,提取DNA,利用RLGS技术对这些样本基因组Cp G岛扫描,比较前列腺腺癌和良性前列腺增生的Cp G岛甲基化差异,筛选出参与前列腺腺癌发生的Cp G岛甲基化基因。将其上传至DAVID数据库进行GO分析,并对筛选出甲基化最显著的基因DPYS进行焦磷酸测序。结果前列腺腺癌和良性前列腺增生分别有10245个和8658个Cp G岛发生甲基化,甲基化发生率分别为37.2%和30.3%,其中超过60%为启动子区Cp G岛。前列腺腺癌与良性前列腺增生存在差异甲基化的Cp G岛有735个,其中高甲基化458个,去甲基化256个。筛选出DPYS、P16、APC、GSTP1、TMEM122、RARB、ARHGAP20等7个前列腺腺癌甲基化最显著的基因。生物信息学分析提示这些基因涉及多个分子功能和生物过程,其中DPYS参与了13个GO注释的生物功能,50种疾病的发生发展和47个蛋白间的相互作用。对Cp G岛7个位点进行焦磷酸测序,平均甲基化频率为32.7%。可能在前列腺腺癌发生发展中存在重要的意义。结论 RLGS发现前列腺腺癌和良性前列腺增生之间存在大量Cp G岛高甲基化和去甲基化改变。筛选出甲基化显著的基因DPYS在前列腺腺癌发生和发展中起重要作用,机制有待进一步研究。; 李东徐战平刘久敏蒲小勇罗耀雄郑祥光; 关键词：良性前列腺增生 DNA甲基化

两株脂肪酶产生菌基因组扫描分析与HS-BTLm合成及功能鉴定: 脂肪酶(lipase,EC3.1.1.3,triacylglycerolacylhydrolase,甘油三酰酯水解酶)是一类能催化长链脂肪酸甘油酯水解为长链脂肪酸和甘油的酶类。广泛存在于动物、植物和微生物中,微生物脂肪酶...; 李娜; 关键词：脂肪酶嗜热芽孢杆菌铜绿假单胞菌基因组扫描

瓯江彩鲤 '全红'与'粉玉'群体基因组扫描分析红、白体色的遗传机制以及鲤鱼FGF基因家族研究: 瓯江彩鲤是我国浙江省瓯江流域广泛养殖的一种地方性鲤鱼品系,具有较高的食用和观赏价值,近年来被推广为观赏鱼类养殖。随着鱼类育种与培育技术的发展,以体色和生长为指标对瓯江彩鲤进行平行选育,建立了五个配套选育系,目前已经逐步形...; 蒋立坤; 关键词：瓯江彩鲤单核苷酸多态性位点

全基因组扫描筛选德保矮马矮小性状相关候选基因: 引言德保矮马是世界矮马品种中较为古老的矮马资源,是我国西南地区狭窄的山路上托运货物而选育出来的矮马品种之一。它的矮小体型是长期驯化过程中人工选择和自然环境的结果。对德保矮马而言,矮小体型是优势性状,因此对德保矮马的长期培...; 阿地力江卡德尔董坤哲刘雪雪何晓红蒋琳马月辉; 关键词：分子遗传全基因组扫描性状相关候选基因

全基因组扫描筛选鉴别同卵双生子的DNA甲基化遗传标记: 目的:同卵双生个体(monozygotic twin，MZT)的鉴别在法医DNA分型领域仍是一个未解难题，当一些案件确定MZT为犯罪嫌疑人或被控父时，尚无科学可行的DNA检验手段将其有效甄别，不能为案件的侦破提供有价值的...; 杜情情; 关键词：同卵双生子 DNA甲基化全基因组扫描

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