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一起学校聚集性感染甲型H3N2流感病毒基因特征分析
2025年
目的分析2023年12月枣庄市某学校发生的甲型H3N2流感病毒聚集性疫情的流行病学特点和全基因特征,为流感防控提供参考依据。方法对流感样病例开展流行病学调查,并采集其咽拭子标本进行核酸检测,对阳性标本进行病毒分离。随后对分离得到的毒株进行全基因组测序,利用生物信息学软件分析基因进化特征。结果此次聚集性疫情共报告19例病例,其中16例(84.21%)核酸检测呈甲型H3N2流感病毒阳性,成功分离7株病毒毒株。7株分离株与疫苗株A/Darwin/6/2021同属3C.2a1b.2a2进化分支。与疫苗株A/Darwin/6/2021相比,7株分离株的8个基因节段核苷酸同源性为97.37%~99.50%,氨基酸同源性为94.90%~100.00%。7株分离株血凝素HA蛋白共发生17个氨基酸位点突变,其中4个突变位点位于抗原决定簇,神经氨酸酶NA蛋白发生3个氨基酸位点突变,但这些突变不涉及NA酶活性及其抑制剂耐药位点。此外,多个蛋白糖基化和磷酸化位点发生改变。结论引起本次学校聚集性疫情的病原体是甲型H3N2流感病毒,应加强学校疫情监测并严格执行防控措施。
张涛邱超张亮
关键词:聚集性疫情全基因组分析
LMX1B基因导致甲髌综合征1例的临床-病理-基因特征分析及文献复习
2025年
目的甲髌综合征(nail-patella syndrome,NPS)作为多系统受累的罕见疾病,临床诊断困难。本文通过介绍1例NPS儿童的临床、病理及基因特征,旨在提升对该病的临床诊断能力。方法回顾性分析了广州医科大学附属妇女儿童医疗中心收治的1例以“蛋白尿原因待查”9岁女性患儿病理,总结了该患儿的临床特征、肾脏活检结果及全外显子二代测序数据。结果体格检查发现患儿的体征异常包括:拇指指甲发育不全,尺侧显著,锁骨形态异常,右侧显著伴左肘关节不能外展。实验室检查异常主要有:血清白蛋白水平下降(30.4 g/L),胆固醇水平升高(6.14 mmol/L),肾病水平蛋白尿[55.6 mg/(kg·24h)],伴肾小球源性血尿。肾脏病理显示:光镜未见明显异常,电镜下节段性基底膜内可见胶原样结构,排列紊乱。全外显基因检测:LMX1B基因突变:Exon5,c.755T>Cp.该变异为错义突变:预计会使所编码的蛋白质第252位氨基酸由亮氨酸(Leu)变为脯氨酸(Pro)。出院后3个月随访,尿蛋白波动在+左右,血清白蛋白、胆固醇水平恢复正常。结论对于以肾脏表现为首发症状的患儿,详细的体格检查对发现多系统问题十分重要,基因检测和病理特征对明确NPS的诊断,降低漏诊误诊是非常必要的。
许自川李悦杨华彬邓会英高霞
关键词:病理基因
2016-2023年湖北省荆门市H3N2亚型流感病毒血凝素基因特征分析
2025年
目的了解2016—2023监测年度湖北省荆门市H3N2亚型流行性感冒(流感)病毒血凝素(HA)基因特征及抗原漂移情况。方法对2016—2023监测年度湖北省荆门市分离到的60株H3N2流感毒株进行全基因组测序,利用MEGA 11、UCSF Chimera1.18等软件对HA基因序列进行抗原变异分析和三维建模分析。结果2016—2023监测年度共计5个监测年度有H3N2亚型流感病毒检出,共有3C.2a1、3C.2a2、3C.2a3、3C.2a1b.1b、3C.2a1b.2a.1a、3C.2a1b.2a.2a.3a.1共计6个进化簇流行,优势毒株从2016年的3C.2a2簇逐步变更为2023年的3C.2a1b.2a.2a.3a.1簇,两者在HA蛋白抗原表位上存在差异的氨基酸突变位点达21个,有I140K等13处氨基酸突变位点在表面模式结构图中差异明显。结论2016—2023监测年度湖北省荆门市H3N2亚型流感病毒不断进化,发生了抗原漂移,应持续加强对H3N2亚型流感病毒的分子变异监测。
邓先群李冰清李雯严小雪杨芸
关键词:H3N2亚型流感病毒血凝素基因
科尔沁蒙古族刺绣艺术显性与隐性文化基因特征分析
2025年
为揭示科尔沁蒙古族刺绣独特的艺术特征与文化基因内涵,更好地促进该非遗文化在新时代的传承与发展,文章首先采用资料分析和田野调研方法,收集并整理刺绣样本共计456件,统计纹样共计796次。然后基于文化基因理论量化分析科尔沁蒙古族刺绣艺术的显性基因及其分类,并采用语义差异法提取其隐性基因。研究结果显示,科尔沁蒙古族刺绣艺术在显性基因方面展现出丰富的纹样造型、独特的构图布局、鲜明的色彩要素及精湛的工艺技法四类特征,而隐性基因也可凝聚为色彩、纹样和工艺三类评价因子。同时,刺绣、刻绣、盘绣与贴绣四类工艺技法与不同的隐性评价因子之间存在显著对应关系。
郭晓芳张晓娟
2023-2024监测年度山东省流感流行特征及流感病毒基因特征分析
2025年
目的分析2023-2024监测年度山东省流感流行特征、流感病毒病原学特征基因特征。方法收集2023-2024监测年度山东省哨点医院流感样病例监测数据,并进行描述性分析;从分离的病毒中挑选血凝滴度≥8的毒株进行抗原性分析、耐药监测、基因测序及进化分析。结果2023-2024监测年度山东省流感病毒阳性率为8.51%(23663/277995),以5~14岁年龄组的阳性率最高(15.78%,6073/38478),按周次以2023年第49周的阳性率最高(35.86%,2264/6313)。流感病毒优势株为A(H3N2)亚型毒株,抗原性分析和进化分析均显示,A(H1N1)pdm09亚型毒株和B(Victoria)系毒株与2023-2024监测年度疫苗株匹配效果较好、进化距离较近。A(H3N2)亚型毒株与2023-2024监测年度疫苗株匹配效果不好且进化距离较远,与2024-2025监测年度疫苗株进化距离较近。耐药监测发现,1株A(H1N1)pdm09亚型毒株对奥司他韦敏感性高度降低且发生了神经氨酸酶氨基酸H275Y位点变异。结论2023-2024监测年度山东省流感病毒流行高峰主要集中在冬、春季,5~14岁年龄组为重点防控对象,优势毒株为A(H3N2)亚型毒株,该亚型毒株与2023-2024监测年度疫苗株匹配效果不好,在耐药监测工作中发现1株A(H1N1)pdm09耐药株。后续防控工作应强化对流感病毒的流行特征基因变异和耐药特征的监测力度,及时了解流感病毒的流行趋势和变异规律,并及时发现流感病毒耐药株,推进流感疫苗接种,提高流感防控能力。
何玉洁孙林宋绍霞张淑吴巨龙董阳李忠王显军寇增强刘倜
关键词:流感基因特征
2022年嘉兴市手足口病病原构成及柯萨奇病毒CV-A4基因特征分析
2025年
目的分析嘉兴市2022年手足口病的病原学组成,并对柯萨奇病毒A4型(coxsackievirus A4,CV-A4)的基因特征进行研究,为手足口病防控提供依据。方法对2022年嘉兴市采集的585份临床诊断为手足口病的儿童肛拭子和咽拭子样本进行核酸检测肠道病毒(enterovirus,EV)、肠道病毒71型(enterovirus A71,EV-A71)、柯萨奇病毒A组16型(coxsackievirus A16,CV-A16)、柯萨奇病毒A组6型(coxsackievirus A6,CV-A6)、柯萨奇病毒A组10型(coxsackievirus A10,CV-A10)。未分出型别的样本开展基因测序,对CV-A4样本构建进化树以及进行核苷酸和氨基酸分析。结果2022年共收集到585份手足口病临床样本,其中检出CV-A6302份,CV-A1691份,CV-A1071份,分别占51.62%、15.56%和12.14%;非EV-A71/CV-A6/CV-A10/CV-A16的EV阳性样本78份,占13.33%。选择非EV-A71/CV-A6/CV-A10/CV-A16的EV阳性样本中的部分标本开展基因测序,检出CV-A412份。序列分析发现嘉兴市检出的CV-A4均属于C2基因亚型,VP1基因核苷酸同源性为90.7%~100.0%,氨基酸同源性为98.0%~100.0%。与原型株High_Point(AY421762.1)VP1基因相比较,12份CV-A4 VP1序列共存在12个变异位点。结论引起嘉兴市2022年手足口病流行的病原中CV-A6最多,其次为CV-A16和CV-A10。其他样本中发现CV-A4血清型也是引起手足口病的常见型别,需要密切关注其分子流行特征
吕沈聪吉季梅陈中文燕勇宋银朱国英
关键词:手足口病VP1区
2019-2023年青海省手足口病病原谱及CVA16和EV-A71基因特征分析
2025年
为了解2019-2023年青海省手足口病(Hand,foot and mouth disease,HFMD)的病原构成以及柯萨奇病毒A组16型(Coxsackievirus A16,CVA16)和肠道病毒A组71型(Enterovirus A71,EV-A71)的基因特征,本研究对青海省2019-2023年实验室确诊的2028名HFMD病例的核酸检测结果进行统计分析,利用RT-PCR方法对CVA16和EV-A71病毒毒株扩增VP1编码区并进行基因序列测定,使用MEGA、BioEdit等软件对CVA16和EV-A71进行分型与进化关系分析。结果发现,2021年开始,青海省HFMD病原构成的优势血清型别由CVA16和EV-A71转变成其他肠道病毒,在每年检出的病原体中占比均超过50.0%。对2019-2023年全省上送的CVA16及EV-A71阳性标本进行病毒分离,共收获122株CVA16毒株和36株EV-A71毒株。122株CVA16毒株均属于B1基因亚型,其中B1b亚型100株,B1a亚型22株。B1b亚型毒株VP1区的核苷酸同源性为92.8%~100%,氨基酸同源性为97.9%~100%,B1a亚型毒株VP1区的核苷酸同源性为95.9%~100%,氨基酸同源性为97.9%~100%。36株EV-A71分离株均属于C4基因亚型的C4a进化分支,VP1区核苷酸序列同源性为95.8%~100%,氨基酸序列同源性为97.6%~100%。氨基酸置换熵值分析发现,2019-2023年青海省CVA16分离株的VP1编码区无易突变氨基酸位点;EV-A71分离株的VP1编码区存在3个高度可变的氨基酸位点为VP1-164、VP1-241和VP1-262。VP1-164位点在2021年出现N突变,并在2023年取代D成为此位点优势氨基酸;VP1-241位点上,2020年开始出现T突变,并在2021年取代S成为优势突变(94.12%),2023年此位点又完全替换为S;VP1-262位点上,2020年开始I取代V成为此位点优势氨基酸(94.12%),2023年此位点又完全替换为V。本研究揭示了2019-2023年青海省HFMD病原谱的变化情况,探究了CVA16和EV-A71的分子遗传进化特征,为青海地区制定HFMD的预防控制策略提供了理论依据。
李倩兰赵生仓韩志萍李崇亥王晓彤周蕾于力恒张华一严冬梅范丽霞
关键词:手足口病柯萨奇病毒A组16型基因特征
2023年吉林省手足口病非EV-A71、非CV-A16肠道病毒基因特征分析
2025年
目的 探讨2023年吉林省非肠道病毒71型(EV-A71)、非柯萨奇病毒A组16型(CV-A16)肠道病毒流行特征,对病毒基因特征进行进化分析,为手足口病防治工作提供科学依据。方法 收集2023年吉林省手足口病例临床标本,通过病毒分离筛选出阳性分离株,鉴定病原体基因型,并对主要病原体VP1编码区基因组核苷酸序列进行测定和分析。结果 共获得206株分离株,其中7株CV-A16、169株CV-A6、8株CV-A10、22株未分型;CV-A6为D3基因亚型,43株CV-A6分离株与OR507503.1-2021HB2CA6亲缘关系较近,核苷酸同源性为93.6%~99.1%,其编码氨基酸同源性为98.6%~100.0%;CV-A10为C2基因型,6株CV-A10分离株与LC791352.1-YN-2022CA10亲缘关系最近,核苷酸同源性为95.6%~97.8%,其编码氨基酸同源性为98.3%~99.3%。结论 CV-A6已成为引起2023年吉林省手足口病流行的优势病原体,CV-A6分离株与OR507503.1-2021HB2CA6亲缘关系较近,CV-A10分离株与LC791352.1-YN-2022CA10亲缘关系较近。
魏雷雷王爽黄飚杨显达杨尧孙杨李响沈博
关键词:手足口病VP1编码区同源性分析
2022—2023年柳州市甲型流感病毒血凝素基因特征分析
2025年
目的研究2022—2023年柳州市甲型流行性感冒(流感)病毒血凝素基因特征,以了解柳州市甲型流感病毒变异情况及其与世界卫生组织(World Health Organization,WHO)推荐疫苗株的匹配性。方法对柳州市2022—2023年流感监测结果进行甲型流感病毒流行情况分析,随机抽取经Madin-Darby犬肾上皮细胞(Madin-Darby canine kidney cell,MDCK cell)分离获得的13株甲型H1N1流感病毒及20株H3N2流感病毒,采用高通量测序方法进行血凝素(hemagglutinin,HA)基因序列测定,利用DNAStar、MEGA等生物信息学软件对所得基因序列进行比对,构建基因进化树,分析同源性及氨基酸位点变异。结果2022年柳州市甲型流感病毒流行呈单峰流行特点,均为甲型H3N2流感病毒流行,流行高峰集中在5—6月;2023年柳州市甲型流感病毒流行呈双峰流行特点,5—6月以甲型H1N1流感病毒流行为主,11—12月以甲型H3N2流感病毒流行为主;13株甲型H1N1流感病毒分离株与2023—2024年WHO疫苗推荐株同属6B.1A.5a.2a分支,核苷酸和氨基酸同源性分别为98.6%~98.8%和97.8%~98.5%,共有8个氨基酸位点发生变异,涉及2个抗原表位;2022年10株甲型H3N2流感病毒分离株与2021—2022年WHO疫苗推荐株A/Cambodia/E0826360/2020同属于3C.2a1b.2a.1a分支,核苷酸和氨基酸同源性分别为98.9%~99.0%和98.9%~99.3%,共有3个氨基酸位点发生变异,涉及B区抗原表位,在糖基化位点发生1处缺失;2023年10株甲型H3N2流感病毒分离株与2022—2024年WHO疫苗推荐株A/Darwin/9/2021同属于3C.2a1b.2a.2a分支,核苷酸和氨基酸同源性分别为97.5%~98.4%和94.7%~96.0%,共有15个氨基酸位点发生变异,涉及3个抗原表位及1个受体结合位点,糖基化位点变化存在4种模式。结论2023年柳州市甲型H1N1流感病毒HA基因变异较小,与同年WHO疫苗推荐株匹配性较好,2022—2023年甲型H3N2流感病毒HA基因变异呈现多样性,2022年甲型H3N2流感病毒与同年WHO疫苗推荐株匹配�
余钧池陈柳军刘一陈艺肖陈然琼居昱
关键词:甲型H1N1流感病毒血凝素基因特征
2015—2018年大连市流感监测及甲型H1N1流感病毒HA基因特征分析
2025年
目的本研究旨在了解2015—2018年大连市流感病毒的流行特征分析甲型H1N1流感病毒的血凝素(hemagglutinin,HA)基因的遗传变异情况,为流感防控提供参考。方法对2015年7月—2018年6月流感监测哨点医院采集的3936份流感样病例(influenza-like illness,ILI)标本,采用实时荧光定量PCR方法进行流感病毒核酸检测,检测结果用SPSS 22.0软件进行统计分析。核酸阳性标本使用犬肾(madin-darby canine kidney,MDCK)细胞进行病毒分离,并随机选取每年的甲型H1N1流感病毒毒株进行基因测序,使用MEGA 5.0软件分析其HA1基因特征。结果流感病毒核酸检测阳性共590份,阳性率总体呈上升趋势,2017—2018年流感病毒阳性率最高(20.1%),2015—2016年流感病毒阳性率最低(10.9%),不同年份流感病毒阳性率差异有统计学意义(χ^(2)=45.124,P<0.001)。共分离出甲型流感病毒H1N1亚型毒株94株,将随机选取的39株分离株的HA编码区与疫苗株及参考株的HA编码区进行比较,所有分离株均观察到P83S、D97N、K163Q、S185T、S203T和K283E位点突变。高比例的毒株(84.6%)具有S84N、S162N和I216T位点突变。结论系统发育分析证实,大多数在流行的毒株与上一流行季分离的参考株及疫苗株A/Michigan/45/2015亲缘关系较近,而与A/California/7/2009疫苗株的亲缘关系较远,揭示毒株积累氨基酸变异和形成新的系统发育群的趋势。
韩焱吕秋月纪颖刘大鹏滕雪孙楠
关键词:流感监测HA基因进化分析

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许文波
作品数:601被引量:4,268H指数:36
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研究主题:基因特征分析 麻疹病毒 手足口病 基因特征 基因型
田炳均
作品数:93被引量:236H指数:8
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研究主题:基因特征分析 手足口病 肠道病毒 VP1基因 健康儿童
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寸建萍
作品数:63被引量:295H指数:10
供职机构:云南省疾病预防控制中心
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