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一种HIV基因型耐药预测的方法、系统、设备及介质: 本发明公开了一种HIV基因型耐药预测的方法、系统、设备及介质，所述方法包括利用B亚型数据集对应的0‑1矩阵训练第一基础预测模型，再利用非B亚型数据集对应的0‑1矩阵调整；计算B亚型数据集和非B亚型数据集中氨基酸序列的PS...; 邢辉吴林寰廖玲洁曹丕冯毅范国梅阮玉华卢键郝静静张荐辕

基于慢病毒载体系统的新型HIV-1基因型耐药检测质控品的制备与评价: 2025年; 目的基于HIV-1慢病毒载体(LV)系统制备一种新型HIV-1基因型耐药检测质控品,并对其均一性和稳定性进行评价。方法采用改良的四质粒LV系统包装含有耐药突变K103 N的HIV-1假病毒(PsV)。通过RTPCR和测序方法鉴定携带耐药突变K103 N的HIV-1 PsV包装成功。使用HIV-1阴性血浆作为基质稀释HIV-1 PsV上清液制备HIV-1 PsV耐药检测质控品,并使用反转录数字PCR(RT-dPCR)和耐药位点检测方法对质控品的均一性和稳定性进行评价。结果RT-PCR可扩增出PsV颗粒中插入的含有耐药突变K103 N的pol区基因序列(2648 bp),对扩增产物的测序结果与预期结果一致。从PsV制备的质控品中随机抽取10份使用RT-dPCR检测VL,结果差异无统计学意义(P>0.05);并且使用耐药检测方法均可检出耐药突变K103 N,表明质控品具有良好的均一性。质控品分别在25℃、4℃、-20℃下保存28 d或反复冻融5次,RT-dPCR检测的VL无显著性下降,并且耐药检测均可检出耐药突变K103 N,表明质控品具有良好稳定性。结论基于改良的四质粒LV系统制备的新型HIV-1 PsV耐药质控品具有良好的均一性和稳定性,可以实现对HIV-1基因型耐药检测全过程的质量控制。; 韩頔张鑫姚均刘浩东赵志艳韩博学金聪; 关键词：慢病毒载体假病毒

一种基于HIV-1 PR和RT全长的基因型耐药检测的引物组合物及其应用: 本发明公开了一种基于HIV‑1PR和RT全长的基因型耐药检测的引物组合物及其应用。本发明提供的引物组，其由序列表的序列1所示DNA分子、序列表的序列2所示DNA分子、序列表的序列3所示DNA分子和序列表的序列4所示DNA...; 李林刘永健王晓蕊李韩平韩婧婉王晓林贾磊张伯寒李敬云

江苏省艾滋病治疗后高/低病毒血症病人的基因型耐药特征分析: 2024年; 目的了解江苏省艾滋病抗病毒治疗高病毒血症(high-level viremia,HLV)与低病毒血症(low-level viremia,LLV)病人的基因型耐药特征.方法收集2021年抗病毒治疗满6个月,血浆病毒载量≥50拷贝/毫升的样本,按50~999拷贝/毫升、≥1000拷贝/毫升分为LLV组和HLV组.In-house PCR方法扩增HIV-1 pol区蛋白酶和反转录酶区,并测序获取序列进行耐药突变分析和亚型鉴定.结果LLV组242人,耐药率为40.50%;HLV组598人,耐药率为51.34%.LLV组和HLV组亚型均以CRF01_AE和CRF07_BC为主,LLV组占比为38.84%和35.12%,HLV组占比为44.82%和22.75%,亚型构成有统计学差异.LLV组和HLV组蛋白酶耐药突变位点分别以M46(42.86%)和L33(28.57%)为主,核苷类反转录酶耐药突变位点均以M184(45.97%,31.92%)为主,非核苷类反转录酶耐药突变位点均以K103(26.14%%,23.56%)为主.两组耐药类别均以核苷类反转录酶抑制剂与非核苷类反转录酶抑制剂的复合型耐药为主,其次是非核苷类反转录酶抑制剂的单独耐药.结论应增加对艾滋病抗病毒治疗低病毒血症病人的耐药检测,及时发现耐药并逆转抗病毒治疗失败,以遏制艾滋病毒传播.; 周莹卢静徐晓琴张之孙琦胡海洋; 关键词：艾滋病毒基因型耐药病毒抑制

广州抗逆转录病毒治疗后低水平HIV-1病毒载量感染者基因型耐药特征分析: 2024年; 目的分析广州市抗逆转录病毒治疗(antiretroviral therapy,ART)后HIV-1病毒载量介于50~200 copies/mL的感染者基因型耐药发生特征。方法募集2023年1月至7月广州医科大学附属市八医院感染门诊接受ART满6个月,且HIV-1病毒载量介于50~200 copies/mL的感染者。用0.5 mL血浆于4℃超速离心浓缩病毒后提取RNA,经逆转录和巢式PCR扩增HIV-1 pol基因片段。获得基因序列经COMET HIV-1进行分型,并用Mega 11构建系统邻接法进化树验证亚型。经斯坦福HIV耐药数据库解析耐药发生情况。结果共随访11799例感染者,发现415例(3.5%)低水平病毒载量感染者。从完成检测的297例感染者中扩增获得154条pol基因片段序列(52.0%)。主要基因亚型为CRF01-AE(34.4%,53/154)和CRF07-BC(31.2%,48/154)。耐药相关突变(drug resistance mutations,DRMs)发生率为37.0%(57/154),最常见的DRMs为非核苷类逆转录酶抑制剂(NNRTIs)突变V179E(11.7%,18/154)和核苷类逆转录酶抑制剂(NRTIs)突变S68G(6.5%,10/154)和M184V(5.2%,8/154)。对任一药物耐药发生率为17.5%(27/154),其中NVP耐药率为11.7%(18/154),EFV耐药率为11.0%(17/154),RPV耐药率为10.4%(16/154)。结论广州ART后低水平病毒载量感染者耐药相关突变发生率较高(18.2%~37.0%),对我国常用的一线抗病毒药物存在不同程度耐药。应加强治疗后低病毒载量感染者的耐药监测,以优化治疗方案、改善临床结果。; 凌雪梅林雅晴李凌华李俊彬李全敏曾琨张楚瑜兰芸; 关键词：人免疫缺陷病毒抗逆转录病毒治疗基因型耐药

河南省2018年至2022年抗反转录病毒治疗失败的人类免疫缺陷病毒感染/艾滋病患者基因型耐药的影响因素: 2024年; 目的分析河南省抗反转录病毒治疗(ART)失败的人类免疫缺陷病毒(HIV)感染/艾滋病(AIDS)患者基因型耐药的情况及其影响因素,为调整ART方案、减少耐药提供依据。方法纳入2018年1月至2022年12月河南省接受ART 24周以上并出现病毒学失败(HIV RNA≥500拷贝/mL)的HIV感染/AIDS患者,收集基线CD4+T淋巴细胞计数、ART方案等临床资料,并于郑州市第六人民医院进行HIV-1基因亚型及其耐药序列突变检测,将序列提交美国斯坦福大学HIV耐药解释系统比对检测结果,确定对核苷类反转录酶抑制剂(NRTI)、非核苷类反转录酶抑制剂(NNRTI)、蛋白酶抑制剂(PI)、整合酶抑制剂(INSTI)的基因型耐药结果。采用多因素logistic回归分析ART失败患者发生耐药的影响因素。结果982例HIV感染/AIDS患者中899例成功扩增获得序列,检出耐药737例,耐药率为81.98%(737/899),其中对NRTI、NNRTI、PI、INSTI的耐药率分别为71.97%(647/899)、79.31%(713/899)、5.23%(47/899)和2.72%(20/734)。737例耐药患者中发生2类药物同时耐药者最多,占79.78%(588/737),主要为NRTI+NNRTI耐药[79.10%(583/737)];99例(13.43%)仅发生1类药物耐药,48例(6.51%)发生3类药物同时耐药,2例(0.27%)对上述4类药物均耐药。共检测到10种HIV-1基因亚型,其中B亚型最多,占59.73%(537/899),其次为流行重组型(CRF)01AE亚型[21.91%(197/899)]和CRF07BC亚型[9.45%(85/899)]。基线CD4+T淋巴细胞计数、ART方案和HIV-1基因亚型是耐药发生的独立危险因素,基线CD4+T淋巴细胞计数<100/μL的患者发生耐药的风险是CD4+T淋巴细胞计数≥250/μL的4.55倍[95%可信区间(CI)2.69~7.70];使用2NRTIs+NNRTI方案的患者发生耐药的风险是使用2NRTIs+INSTI方案的4.51倍(95%CI 1.75~11.63);感染B亚型和CRF01AE亚型的患者发生耐药的风险分别是感染CRF07BC亚型的2.18倍(95%CI 1.10~4.29)和2.70倍(95%CI 1.26~5.78)。结论河南省ART失败的HIV感染/AIDS患者基因型耐药发生率较高,基线低C; 孙燕陈昭云霍玉奇冯梦瑶刘金瑾杨萱赵清霞张晓华赵淑娴张雪王艳; 关键词：人类免疫缺陷病毒感染抗逆转录病毒治疗基因型耐药影响因素

慢性乙型肝炎患者恩替卡韦基因型耐药突变模式及其结果分析: 2024年; 目的探讨慢性乙型肝炎(CHB)患者恩替卡韦(ETV)基因型耐药突变模式及其临床特征分析。方法2020年10月—2023年5月上海交通大学医学院附属瑞金医院无锡分院诊治的CHB患者121例,CHB诊断符合要求。耐药突变需要符合HBV耐药位点rtL180M、rtM204V阳性(或仅rtM204I阳性)并且rtV173、rtT184、rtS202、rtV169和rtV250中任一个或一个以上阳性;经过口服LAM(LAM)、替比夫定(Ldt)、阿德福韦酯(ADV)、ETV(ETV)及富马酸替诺福韦二吡呋酯(TDF)等至少一种抗病毒药物或序贯应用多种抗病毒药物治疗至少12个月后HBV DNA至少处于低病毒状态。研究中抗病毒方案接受NAs治疗包括单药治疗、联合治疗和序贯治疗。结果121例患者中ETV基因型耐药突变46例,耐药率为38.0%。具体耐药突变位点及其突变模式包括rtT184A/M204V/L180M 9例(19.6%)、rtT184L/M204V/L180M 8例(17.4%)、rtT184S/M204V/L180M 1例(2.2%)、rtS202G/M204V/L180M 18例(39.1%)、rtS202G/M204I/M240I 3例(6.5%)、rtM250V/M204V/L180M 3例(6.5%)、rtM250L/M204V/M204I 2例(4.3%)及rtT184/S202/M204V/L180M 2例(4.3%)。ETV基因型耐药突变患者使用NAs情况为LAM 17例(37.0%)、ADV 15例(32.6%)、Ldt 4例(8.7%)、ETV 3例(6.5%)、TDF 2例(4.3%),其余5例(10.7%)为联合或序贯治疗使用,以LAM、ADV为主。使用LAM耐药突变患者rtT184突变为11例(64.7%),显著高于ADV[3例(20.0%)],差异具有统计学意义(P<0.05)。结论ETV耐药患者的主要基因突变模式为rtS202G/L180M突变,患者在接受NAs药物治疗过程中应接受谨慎周密的临床评估,防止耐药株的产生。; 王章云王延丽何行昌; 关键词：慢性乙型肝炎恩替卡韦耐药

基于CRISPR/Cas9点突变技术构建HIV-1基因型耐药检测质控品: 2024年; 目的人外周血淋巴细胞株8E5可分泌无感染性HIV-1病毒颗粒,靶向于8E5细胞株基因组整合的HIV-1前病毒基因POL区,基于CRISPR/Cas9点突变技术构建含有POL区耐药突变位点的单克隆细胞株,可用于制备一种安全稳定的新型HIV-1基因型耐药检测质控品。方法设计构建小向导RNA(single guide RNA,sgRNA)和Cas9共表达载体以及携带有目标突变位点的供体单链寡核苷酸(donor single-stranded oligonucleotides,Donor ssODN)共转染8E5细胞,通过流式微孔板分选获得转染成功的阳性单克隆细胞株,通过Sanger测序确认定点突变的编辑效果。对定点突变编辑成功的单克隆细胞株培养至第3代、5代和7代的细胞及细胞分泌到上清中的HIV病毒颗粒进行Sanger测序,验证定点突变的编辑效果。结果成功构建双sgRNA和Cas9共表达载体,与携带有耐药突变位点Q151M的Donor ssODN共转染8E5细胞株的效果良好。对分选获得的共转染阳性单克隆细胞株进行靶位点测序,结果显示成功构建了携带有定点突变Q151M的纯合子单克隆细胞株8E5Q151M。细胞株8E5Q151M多次传代后的细胞及细胞分泌的无感染性HIV-1病毒颗粒可被持续检测出Q151M突变位点。结论利用CRISPR/Cas9点突变技术成功构建稳定携带有Q151M耐药突变位点的细胞株8E5Q151M,为制备HIV-1基因型耐药检测质控品提供新的技术平台。; 丁梦君张鑫王宇姚均金聪; 关键词：质控品

一种HIV基因型耐药预测的方法、系统、设备及介质: 本发明公开了一种HIV基因型耐药预测的方法、系统、设备及介质，所述方法包括利用B亚型数据集对应的0‑1矩阵训练第一基础预测模型，再利用非B亚型数据集对应的0‑1矩阵调整；计算B亚型数据集和非B亚型数据集中氨基酸序列的PS...; 邢辉吴林寰廖玲洁曹丕冯毅范国梅阮玉华卢键郝静静张荐辕

抗病毒治疗失败的HIV感染/AIDS老年患者基因型耐药特点分析被引量：2: 2023年; 目的分析抗病毒治疗失败的HIV感染/AIDS老年患者的耐药特点。方法回顾性分析2020年1月—2021年12月在四川省某地抗反转录病毒治疗(ART)失败并判定为耐药的HIV感染/AIDS老年患者,分析其基因型耐药特点。结果354例研究对象中,男性为主(74.3%);年龄中位数为66.6岁;基线CD4+T细胞<350个/μL为主(79.2%);ART中位时长26.6个月;初始ART方案与ART时长差异存在统计学意义(P<0.05)。各类药物耐药突变位点多样;亚型以CRF08_BC为主(40.7%);非核苷类反转录酶抑制剂(NNRTI)耐药率最高,其次为核苷类反转录酶抑制剂(NRTI),蛋白酶抑制剂(PI)耐药率最低;NRTI中,恩曲他滨(FTC)和拉米夫定(3TC)耐药率偏高,均为29.7%;NNRTI中,奈韦拉平(NVP)和依非韦伦(EFV)耐药率高,分别为92.4%和91.5%。Fisher确切概率法显示年龄与ART药物耐药模式差异存在统计学意义(P<0.05)。结论 ART失败的HIV感染/AIDS老年患者耐药情况复杂,需要加强ART管理,基线耐药检测可以为ART方案的选择提供依据,应该加强对HIV-1 RNA、CD4+T细胞等指标的基线及治疗过程中的监测,加强老年HIV感染/AIDS患者的随访管理,及时进行耐药检测。; 石世宇曹汴川黄秋玲赵越黄富礼黄永茂; 关键词：基因型耐药人类免疫缺陷病毒抗反转录病毒治疗

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