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2013—2022年安徽省人感染H9N2亚型禽流感病毒分子进化分析: 2024年; 目的分析2013—2022年安徽省人感染的H9N2亚型禽流感病毒与外环境毒株的遗传进化特点及分子特征,为人感染禽流感防控提供了监测经验。方法选取安徽省流感监测网络实验室中的外环境样本和人源样本,通过鸡胚分离得到63株病毒,采用RT-PCR法扩增后进行全基因组测序,对其生物信息进行分析,构建基因进化树并分析其遗传进化特征以及潜在糖基化位点。结果血凝素(HA)基因属于9.2.4.5支系,蛋白裂解位点绝大部分为"PSRSSR\GL",神经氨酸酶(NA)、碱性蛋白1(PB1)、酸性蛋白(PA)、非结构蛋白(NS)和核蛋白(NP)基因属于F/98支系,基质蛋白(MP)基因属于G1/97支系,碱性蛋白2(PB2)基因属于ST/7488支系。HA蛋白发生了T155N、R164Q、H183N、T189D/V、A190V/T和Q226L突变,NA蛋白发生了62~64位点缺失,PB2蛋白发生了T271A、I292V/M和E627V/L突变,PA蛋白发生了K356R和S409N突变。63株分离株存在6个潜在糖基化位点。结论2013—2022年安徽省外环境和人源采集的H9N2亚型禽流感病毒属于同一进化分支,氨基酸位点突变提示了病毒呈现出一种逐渐适应哺乳动物宿主环境的趋势,因而需进一步研究病毒的适应性进化情况以及开展相关的监测工作。; 夏艺丹杨思天胡敏昊周雪俞俊岭罗婉蓉方惟希何军; 关键词：H9N2 禽流感系统进化分子特征

侵染甘肃茉莉的茉莉T病毒鉴定及分子进化分析: 2024年; 以表现黄色环纹症状的8份茉莉叶片为试材,采用RT-PCR方法,研究了待测茉莉的病毒种类及茉莉T病毒(jasmine virus T,JaVT)外壳蛋白(coat protein,CP)基因序列遗传多样性,以期为茉莉病毒病的防治提供参考依据。结果表明:4份样品中检测到JaVT,并扩增出4条JaVT的外壳蛋白(CP)基因序列。4个JaVT分离物CP基因间核苷酸序列的一致性为92.20%~95.20%,与NCBI已发表的4个JaVT CP基因核苷酸序列一致性为91.40%~94.00%。基于8个JaVT CP基因全长序列进行系统发育分析,结果表明该研究中的4个JaVT分离物与来自中国的JaVT-MZ962345聚集在一起。8条JaVT全长CP基因序列中检测到3个重组事件。这是甘肃省首次报道茉莉T病毒。; 陈雅寒路云爽何志兰王骆凡; 关键词：茉莉病毒检测 CP 分子进化分析

2019-2021年安徽省外环境H9N2亚型禽流感病毒分子进化分析被引量：2: 2024年; 目的分析安徽省2019—2021年外环境监测中H9N2亚型禽流感病毒的遗传进化特征。方法选取禽流感外环境病原学监测H9N2亚型禽流感病毒阳性样本383份,使用鸡胚分离培养收获21株病毒,采用实时荧光定量PCR方法扩增后进行全基因组测序,用生物信息学软件构建基因进化树分析其遗传进化特征。结果21株H9N2亚型禽流感病毒均为G57基因型,血凝素(HA)基因片段属于JN/99基因型,神经氨酸酶(NA)基因属于G9基因型,基质蛋白(MP)基因属于G1基因型,内部核蛋白(NP)、非结构蛋白(NS)、酸性聚合酶蛋白(PA)、碱性聚合酶蛋白1(PB1)基因属于F/98基因型,碱性聚合酶蛋白2(PB2)基因片段属于ST/7488基因型毒株。HA裂解位点显示低致病性分子特征,存在重要氨基酸位点突变,HA蛋白发生了Q226L、H183N、T189D、A190T氨基酸突变;NA蛋白茎部均发生了62~64位点缺失;大部分毒株未发生PB2-E627K突变,所有毒株均未发生D701N突变;所有毒株PA蛋白具有356R和409N氨基酸突变,M2蛋白均发生S31N氨基酸突变。结论2019—2021年安徽省外环境分离得到的H9N2亚型禽流感病毒为多源重配病毒,且具有逐渐适应哺乳动物宿主相关的分子特征,需密切关注病毒的病原学演化。; 黄鑫儿周雪杨思天胡敏昊俞峻岭罗婉蓉方惟希何军; 关键词：H9N2亚型禽流感分子特征

2018-2022年辽宁省沈阳市季节性流感病毒流行特征及乙型流感病毒分子进化分析: 2024年; 目的通过研究2018—2022年辽宁省沈阳市监测周期中流感病毒的病原学监测情况,了解该市流感病毒的流行特征,同时,对乙型流感病毒的血凝素全长基因进行扩增,分析沈阳市流感病毒流行的分子特征及谱系进化特点。方法采集2018年10月1日至2022年3月31日沈阳市哨点医院门诊ILI咽拭子标本,应用实时荧光定量聚合酶链式反应(qPCR)方法确认流感病毒核酸阳性后进行病毒分离,选取部分乙型流感毒株,采用逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)方法对其血凝素全长基因进行扩增测序,使用Snapgene软件对测序结果进行拼接,Clustal W比对多重序列,最后使用MEGA 7.0软件构建进化树分析氨基酸突变位点。结果2018—2022监测周期中沈阳市流感病毒检出总阳性率为5.00%,主要以A/H1N1型病毒为主(44.38%),其次是A/H3N2病毒(28.37%)和B/Victoria(27.24%),未检测到B/Yamagata系毒株。在2020—2021和2021—2022两个流行季中B/Victoria系毒株占比分别为83.33%和86.66%,为绝对优势株,且人群分布中5~14岁年龄组易感。沈阳市分离到的B/Victoria系毒株其血凝素基因均在V1A分支上。与疫苗株相比,流行株在HA蛋白的120环、150环、160环及190螺旋等关键抗原决定簇部位有多个氨基酸位点突变。结论在2018—2022年监测周期中,流感病毒流行的亚型多样性减少,但B/Victoria系遗传多样性增加,而且在多个关键抗原决定簇上发生突变,因此,需对流感的流行特征和乙型流感分子进化情况作以持续的监测,为以流感为主的呼吸道传染病防控提供科学依据。; 陈玲韩雪丛实栗凡杨佳璎陈叶李希妍朱闻斐王冰; 关键词：乙型流感血凝素基因基因特征分子进化

湖南省首例人感染H3N8亚型禽流感病例的病毒分离及分子进化分析被引量：9: 2023年; 目的本研究从流感样病例样本中分离出湖南省首例人感染H3N8亚型AIV毒株,并对该毒株进行了分子进化分析,为人感染H3N8亚型禽流感病毒(Avian influenza virus,AIV)的防控提供实验室依据。方法通过实时荧光RT-PCR方法检测甲型流感病毒核酸、接种MDCK细胞进行病毒培养并通过血凝试验进行初步鉴定,继而对分离到的AIV进行高通量二代基因测序,并将测序结果进行相似性比较、基因特征和进化分析。结果鉴定出人感染H3N8亚型AIV分离株(A/Changsha/1000/2022(H3N8),相似性分析显示HA和NA基因序列与来自河南省的人感染AIV株A/Henan/4-10CNIC/2022(H3N8)相似性最高,6个内部基因(MP、NS、PB1、PB2、NP、PA)均来源于H9N2亚型AIV。HA蛋白裂解位点为PEKQTR/GLF,未出现连续重复碱性氨基酸,符合低致病性AIV的特征,NA基因出现了耐药位点I312V突变,可能对奥司他韦有耐药性改变。PB2基因出现E627V宿主适应性突变,M2蛋白出现S31N金刚烷胺耐药性位点突变。分子进化显示HA基因属于欧亚分支,NA基因属于北美分支,NS、PB2、MP和PB1基因与湖南省内来源的H9N2毒株亲缘关系密切。结论此次新发现的人源A/Changsha/1000/2022(H3N8)毒株所有基因片段均来源于禽类,属于新型重组低致病性AIV,有可能突破物种屏障发生禽到人之间的传播,建议完善流感/AIV监测网络系统,增加对H3亚型AIV的监测。; 裴瑞青张如胜叶文欧新华姚栋李灵之肖姗黄政; 关键词：禽流感分子进化突变

2015年人腺病毒C亚属辽宁分离株的全基因组序列特征及其分子进化分析: 2023年; 人腺病毒C亚属(Human mastadenovirus species C,HAdV-C)是呼吸系统疾病最常见的病原体。本文从辽宁省2015年急性弛缓性麻痹(AFP)监测病例的粪便标本中分离出一株HAdV-C的重组毒株LN2015,对其全基因组序列进行了测序和分析,并对HAdV-C的分子进化机制进行了研究。我们从GenBank数据库中选取了77条代表各个地区各个年份毒株的全(近)基因组序列,以猴腺病毒SAdV-40.1和SAdV-42.1为外类群,分别构建了基于邻接法和最大似然法的系统发育树,并用软件simplot3.5.1对基因组特征进行分析。结果表明,LN2015与北京株BJ09(MF315029)序列一致性最高,其Penton base、DBP、pV、pVI和HAdV-1相似,Hexon和Fiber为HAdV-2,3’端的E1B和5’的E4和HAdV-5相似,其基因型为P1H2F2。在两个系统发育树中,HAdV-2都聚为5个不同的谱系,每个谱系几乎都没有HAdV-6基因的参与,因此推测出HAdV-C的一条进化路线,即先由HAdV-5(或其共同祖先病毒)进化出HAdV-1,然后再进化出HAdV-2。HAdV-6和HAdV-2是HAdV-C两条独立的进化分支。未来有必要对HAdV-C的进化和变异进行更深入的研究。; 邵玉平王作虪任丽萍陈涛方兴; 关键词：全基因组分子进化

辽宁口岸淡色库蚊拟除虫菊酯击倒抗性基因的AS-PCR检测和分子进化分析: 2023年; 对辽宁地区大连、丹东、朝阳3个国境口岸淡色库蚊击倒抗性(Knockdown resistance, kdr)情况进行检测分析,了解其分子进化关系,评估其对拟除虫菊酯类杀虫剂的抗性风险。采用AS-PCR扩增技术检测淡色库蚊的kdr等位基因突变频率,对敏感型和抗性型淡色库蚊的特异性基因片段进行多序列比对及分子进化分析。在检测的300只淡色库蚊中,大连、丹东、朝阳国境口岸淡色库蚊的kdr等位基因突变频率分别为13.00%、19.50%、18.80%。多序列比对确定口岸抗性型淡色库蚊钠通道基因L1014位点碱基由“A”突变为“T”。系统进化树显示3个国境口岸淡色库蚊亲缘关系较近。大连、丹东和朝阳3个国境口岸的淡色库蚊对拟除虫菊酯类杀虫剂在不同程度上已产生了一定的抗药性,因此应合理使用拟除虫菊酯类杀虫剂,加强国境口岸媒介生物抗药性的监测,延缓抗性的快速发展,为建立辽宁口岸病媒生物抗药性数据库和蚊媒有针对性监管提供依据。; 曲世超毕秀欣李晶程晓兰麻丽丹徐文英齐欣; 关键词：淡色库蚊分子进化分析国境口岸

茄子斑驳皱缩病毒病病原物的鉴定及分子进化分析: 2023年; 为了鉴定引起茄子斑驳皱缩病毒病的病原物,利用siRNA高通量测序技术(Small interfering RNA,siRNA),结合生物信息学的方法发现2个表现斑驳和皱缩的茄子样品中存在蚕豆萎蔫病毒2号(Broad bean wilt virus,BBWV2)、葡萄A病毒(Grapevine virus A,GVA)和烟草花叶病毒(Tobacco mosaic virus,TMV)。采用RT-PCR技术对该结果进行验证,2个样品中均检测到BBWV2和TMV,未检测到GVA。通过对BBWV2外壳蛋白(Large coat protein,LCP)大亚基基因进行测序和分子进化分析,获得了2条1126 bp的BBWV2 LCP基因片段,2条BBWV2 LCP基因的核苷酸序列及其编码的氨基酸序列一致性分别为99.6%和99.3%;与NCBI中已发表的23个BBWV2 LCP基因核苷酸序列及其编码的氨基酸序列一致性分别为79.9%~95.2%和80.5%~97.2%。基于LCP基因核苷酸序列进行种群结构和遗传多样性分析,结果表明在系统发育进化树中,BBWV2可分为两大支。不同寄主BBWV2 LCP基因的遗传距离在0.049~0.332。; 邵宇纯仲健新路云爽宋美娜陈雅寒; 关键词：茄子

植物DXS基因的系统发育和分子进化分析被引量：3: 2022年; 为了解DXS基因的系统发育、密码子偏好性和分子进化等特性,选取44个代表性物种的DXS基因序列进行分析。结果表明:DXS基因家族具有较高的保守性,序列间的平均遗传距离为0.243;DXS基因的分化时间先于对应的物种分化,DXS基因树和对应物种树的拓扑结构基本一致;所选的裸子植物和单子叶植物及同科的双子叶植物均分别聚类在一块;DXS基因的密码子偏好性较低,平均有效密码子数、GC3和G+C含量分别为47.25、0.49和0.51;DXS基因在进化过程中主要受纯化选择作用,野大豆DXS基因受到的选择压最大为0.981,黍属DXS基因受到的选择压最小为0.001,平均选择压大小为0.094;在各模型中均未检测到后验概率大于0.95的受正向选择作用位点;DXS基因的有效密码子数、GC3和G+C含量与选择压的大小均无显著的相关性。研究为进一步了解DXS基因的功能及其在MEP途径中的调控机制提供一定的理论基础。; 毛积鹏黄林旺郝静刘天颐黄少伟; 关键词：系统发育分析密码子偏好性分子进化

临床分离CRKP耐药和毒力基因检测及分子进化分析被引量：1: 2022年; 目的了解临床耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)的耐药和毒力基因携带情况,为临床防治提供依据。方法收集某院2020年3月—2021年3月临床标本分离的CRKP 36株,对菌株进行药敏鉴定,采用聚合酶链反应(PCR)扩增检测耐药基因、荚膜血清型基因、毒力基因,采用多位点序列分型(MLST)方法对菌株进行序列分型(ST分型),基于wzi测序结果进行血清型分型和分子进化分析。结果36株CRKP均检出bla_(KPC)基因,未检出bla_(IMP)、bla_(VIM)、bla_(OXA-48)基因。黏液丝试验均为阴性,未检出K1、K2、K5、K20、K57五种常见荚膜血清型,36株CRKP rmp A2、wca G、ybt S、aerobactin、iut A、iro N、ycf、mrk D、mrk A、sil S、uge、P lvpk、fim H、wzi基因检出率为100%;Ter W为86.11%;fim A、mag A均为阴性。MLST结果分析显示,36株均为ST11型。仅32株成功测序wzi基因,wzi分型结果为K14.K6496.88%(31/32),K243.12%(1/32)。基于测序结果构建分子进化树,结果显示32株菌中31株100%同源,1株与浙江菌株KP1806999%同源。结论该院CRKP对碳青霉烯类耐药的主要机制是携带bla_(KPC)基因,优势ST分型为ST11,wzi分型以K14.K64为主,且携带了大量的毒力基因。分子进化树提示存在同源性感染,怀疑有输入性传播,应及时采取防控措施,防止耐碳青霉烯类高毒力肺炎克雷伯菌医院传播。; 陈祖阳徐令清何倩君; 关键词：耐药基因毒力基因分子进化树

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