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不同石斛生态位差异和分子特征分析: 2025年; 【目的】通过分析不同石斛生态位差异和分子特征,揭示不同石斛种间的遗传和生态关系,为石斛野生资源的保护及利用提供科学依据。【方法】选取3种代表性的石斛(霍山石斛、铁皮石斛和铜皮石斛)为研究对象,结合数据库和实地调查获取石斛在我国3个主要分布区的物种出现数据,从WorldClim数据库获取19个生态因子的数据,分析生态因子间的相关性,并计算3种石斛的特征生态位。对3种石斛的内部转录间隔区(ITS)序列进行PCR扩增和测序,并基于3种石斛的ITS序列相似性采用邻接法构建系统发育进化树,分析3种石斛间的系统发育关系。【结果】生态因子间的相关分析结果显示,7个主要的生态因子为年平均温度、月平均日温差、等温性、年温差、最旱季降水量和最暖季降水量。霍山石斛与铁皮石斛和铜皮石斛的生态位重叠度较低,分别为0.95%和1.87%,表明霍山石斛具有特定需求的生态位。铁皮石斛与铜皮石斛的生态位重叠度较高,达51.40%。对3种石斛进行两两比较时,生态位等价性的0假设未被拒绝(P>0.05),说明尽管3种石斛目前的生态位存在差异,但三者占据相似环境生态位的可能性不能被排除,表明田间混合栽培3种石斛存在一定可行性。铁皮石斛和铜皮石斛的重叠部分最多,说明二者的环境条件或资源共享程度最高,竞争最激烈。3种石斛样本的ITS序列的长度为690~710 bp。系统发育进化树分析结果显示,铁皮石斛独自形成1个支持度很高的类群,而铜皮石斛和霍山石斛的个体被归入到2个支持度较低的其他类群。【结论】相比铁皮石斛和铜皮石斛,霍山石斛对生态因子的要求更为特定,霍山石斛和铜皮石斛的亲缘关系较近。采用ITS序列分析能将铁皮石斛从铜皮石斛和霍山石斛中区分。; 周润洋刘思安; 关键词：石斛 ITS序列分子鉴定

草莓VPE基因家族的全基因组鉴定与分子特征分析: 2025年; 草莓是世界范围内重要的高效特色经济作物,其野生型和栽培种资源的基因组测序均已完成。液泡加工酶(VPE)是一类半胱氨酸蛋白酶,在植物液泡蛋白加工及激活过程中发挥重要作用,会诱发液泡破裂和启动蛋白水解级联介导植物细胞程序性死亡。基于草莓中有关VPE基因家族的相关报道仍鲜见。开展了草莓VPE基因的全基因组鉴定及其分子特征分析,通过系统发育分析,总共鉴定到54个草莓VPE基因,均分布在植物液泡内,结构多样化但都具有保守的Peptidase_C13结构域。另外在栽培草莓中鉴定到野生草莓所没有的顺式作用调控元件,推测栽培草莓的部分VPE基因经过了独自进化。对草莓VPE基因家族分子进行特征分析,发现其在液泡介导的细胞编程性死亡过程中发挥功能,为今后探索草莓VPE蛋白在草莓生长和果实品质调控技术以及逆境响应分子机制奠定基础。; 汪欣怡段可杨静倪迪安高清华; 关键词：草莓分子特征

2021-2022年中国5岁以下急性胃肠炎相关腺病毒分子特征分析: 2025年; 目的了解我国5岁以下急性胃肠炎患儿中人腺病毒(human adenovirus,HAdV)的分子特征和遗传进化规律,为疾病控制和预防提供基础数据。方法收集2021—2022年中国14省5岁以下因急性胃肠炎住院或门诊患儿粪便样本1321份,对样本进行HAdV实时荧光检测,对HAdV阳性样本和进行测序,利用BioAider 1.532、MEGA 11.0和BEAST 1.8软件对HAdV样本进行同源性、基因分型、系统发育分析。结果1321份样本中HAdV阳性74例(5.60%),包括4种HAdV亚型,HAdV-F占比高达89.19%,其次为HAdV-C(5.41%)、HAdV-A(4.05%)和HAdV-B(1.35%)。对占比最高的HAdV-F41基因型进行贝叶斯进化分析,HAdV-F41最近共同祖先时间约为1882年,平均进化率约为3.69×10^(-5)(HPD95%5.01×10^(-6)~8.41×10^(-5))替换/位点/年。结论我国5岁以下急性胃肠炎患儿中HAdV型别多样,HAdV-F41是最优势基因型,生物信息学分析结果显示我国HAdV进化速率较慢,且主要流行谱系暂未受到欧洲地区影响。对HAdV进行系统长期的监测有助于了解其在中国的多样性及其进化规律。; 董梦洁车如意熊光萍范佳欣唐晓苹张无敌李响周帅锋康倩傅忠燕曹冉冉唐梅荣李伟红王宇雷玥李静李楚楚王倩袁媛段招军李丹地; 关键词：人腺病毒基因型急性胃肠炎分子特征

2022—2023年山东部分地区鸭圆环病毒的遗传进化及分子特征分析: 2025年; 为了解山东地区鸭圆环病毒(DuCV)的流行情况并探究其分子特征,试验从山东省部分地区疑似感染鸭圆环病毒的病鸭中采集样品进行病原检测,初步判定为鸭圆环病毒感染,进一步采用常规PCR方法扩增出4株DuCV的全基因组序列,并进行遗传进化和分子特征分析。结果显示:4株病毒的全基因组序列相似性在96.6%~99.6%之间;4株病毒与代表株DQ100076位于同一分支,相似性在97%以上,属于DuCV-1b亚型;4株病毒的Cap蛋白虽然均属于DuCV-1b亚型,但SDJN/0723、SDLC/0311与代表株DQ100076位于同一分支,SDHZ/1021、SDENJ/0429位于另一分支,共有11处氨基酸突变;4株病毒的Rep蛋白较保守,氨基酸序列与代表株参考序列之间差异较小。研究表明,DuCV-1b亚型DuCV是2022—2023年山东地区鸭群中的优势流行基因型,并且病毒基因持续变异,结果为山东地区DuCV的防控提供了参考。; 曹凤阳郭晶王丙敬高林霄李旭勇; 关键词：鸭圆环病毒全基因组遗传进化分子特征

一株人-猪重配轮状病毒的全基因组分子特征分析: 2025年; 目的了解河北地区一株人轮状病毒的基因组特征和进化关系。方法收集我国病毒性腹泻监测网络采集的5岁以下腹泻住院儿童粪便标本,分型发现一株G9P[6]型轮状病毒感染的样本。通过探针捕获结合高通量测序、RT-PCR的方法,获得了这株G9P[6]毒株全基因组序列并进行了基因组特征分析。结果分析结果显示该毒株属于G9-P[6]-I5-R1-C1-M1-A8-N1-T1-E1-H1基因型。核苷酸序列同源性和系统发育分析表明,该病毒株的VP4、VP2、VP1、NSP4基因与人源毒株亲缘关系最近,最高同源性为95.6%~98.5%,其余7个基因与多株猪源毒株的亲缘关系较近,但相近的毒株谱系并不相同。其中,VP3与Panda/CH-1株和Human/LL3354株同源性最高,并且与Panda/CH-1株、人和猪来源的多个病毒株聚在一起;VP7与Human/LL51695株、Dog/SCCD-A株和Pig/TM-a-P1株处于同一进化支。VP6和NSP2则与Dog/SCCD-A株和Pig/SCMY-A3株显示出最高同源性,并归于同一进化分支。NSP1与多株猪来源轮状病毒具有较高同源性,并与其聚为同一进化分支。NSP3和NSP5与多株人和猪的轮状病毒显示较高同源性,并聚在一起。结论该病毒株可能是由源自人类与猪的病毒株之间发生跨种属传播后,经过基因重配而形成的一种新型A组轮状病毒毒株。该11个节段的型别组合尚属首次报道,丰富了我国轮状病毒基因型。; 何潆赵静张璐琦陈燕姜慧敏李金松孙晓曼李丹地段招军李利利; 关键词：轮状病毒基因重配基因型

2019年北京市昌平区某医院腹泻患者阪崎克罗诺杆菌分子特征分析: 2025年; 【目的】了解北京市昌平区腹泻患者阪崎克罗诺杆菌(简称“克罗诺杆菌”)感染现状及其分子流行特征,为该地区克罗诺杆菌腹泻病的预防控制提供科学依据。【方法】收集2019年北京市昌平区某哨点医院腹泻患者粪便样本760份,进行克罗诺杆菌、沙门菌、致泻性大肠埃希菌、副溶血弧菌检测,并对分离到的克罗诺杆菌进行药敏试验和脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型分析。【结果】760份样本中共检出20株(2.63%)克罗诺杆菌,其检出率低于沙门菌和副溶血弧菌(χ2=9.052,P=0.011),与致泻性大肠埃希菌的检出率差异无统计学意义(χ2=1.076,P=0.300)。季节特征分析显示,克罗诺杆菌在春(1.00%)、夏(4.17%)、秋(3.00%)、冬(1.67%)四季均有检出,差异有统计学意义(χ2=662.700,P<0.001)。PFGE分析显示,20株克罗诺杆菌具有20种PFGE带型,相似系数为56.30%~90.09%,其PFGE带型具有多样性。药敏试验结果显示,克罗诺杆菌对头孢唑林18株(90.00%)菌耐药,2株(10.00%)菌中介;对头孢西丁2株(10.00%)菌耐药,5株(25.00%)菌中介;对其他11种抗生素100.00%敏感。【结论】本研究中克罗诺杆菌四季检出,对头孢唑林耐药率高,无多重耐药菌出现,PFGE带型呈现多样性。; 张阳李东迅王维钧牛桓彩谷田舒高林; 关键词：腹泻耐药脉冲场凝胶电泳

2023年江苏省一起登革热疫情的病毒分子特征分析: 2025年; 目的对2023年江苏省出现的一起登革热本地疫情的病毒分子特征,为疫情的防控提供依据。方法采集疑似登革热患者急性期的血清样本,通过实时荧光定量RT-PCR(RT-qPCR)进行病毒检测和血清分型。阳性标本扩增全长基因组片段,并进行二代测序和相关进化分析。结果江苏省常州市在2023年10月18日至21日发现4例登革确诊病例,病例间存在流行病学关联,认定为一起登革热疫情。4例患者血清RT-qPCR结果均为登革热1型,其中3例获得了全基因组序列。E基因与全基因组进化树显示3个序列均位于基因型1-Ⅰ型的第3分支上,与2023年广东、云南两省的登革病毒流行株高度同源。氨基酸变异位点分析显示这3个病例序列共有16个分支特有的氨基酸位点的改变,其中C蛋白和prM蛋白各有1个变异位点,E蛋白有2个,非结构蛋白中NS5变异位点最多(9个)。结论此次江苏本地疫情是由登革热1型病毒引起,核苷酸序列与国内其他地区的毒株相似性较高,同时出现了氨基酸位点的改变。; 秦圆方张楠甄茜李志锋居豪朱立国付建光; 关键词：全基因组测序基因分型分子特征

兰州鲇皮肤与脾转录组比较及Galectin-3与LITAF基因分子特征分析: 2025年; 兰州鲇(Silurus lanzhouensis)是黄河中上游特有土著鱼类,其自然种群数量稀少,已被列入《中国物种红色名录》。为了解兰州鲇皮肤和脾2个重要免疫器官在免疫过程中发挥的不同功能,本研究以野生兰州鲇作为研究对象,对其皮肤和脾进行转录组测序分析。结果表明,兰州鲇的皮肤和脾中共有6627个差异表达基因(DEG)。KEGG富集分析结果表明,共有59个DEG富集到Toll样受体信号通路、RIG-I样受体信号通路等11个免疫相关通路中。这表明兰州鲇的皮肤与脾的免疫功能有较大差异。通过DEG分析,还发现半乳糖凝集素3(galectin-3)及脂多糖诱导的肿瘤坏死因子(LITAF)2个先天免疫相关基因发生了显著的差异性表达。组织表达模式分析结果表明,galectin-3是兰州鲇皮肤高表达基因,而LITAF基因在6个组织中均有表达,显示出galectin-3主要在兰州鲇皮肤屏障的先天免疫中发挥着重要的免疫防御作用,而LITAF则广泛参与兰州鲇机体的免疫防御。通过多序列比对及蛋白质结构预测可知,Galectin-3与LITAF的氨基酸序列在硬骨鱼中是保守的。; 朱子琳李锋刚张亚萌周继术杨元昊; 关键词：兰州鲇皮肤转录组 GALECTIN-3

儿童胶质瘤111例临床病理学及分子特征分析: 2024年; 目的探讨各类型儿童胶质瘤的临床病理及分子特征之间的差异及其临床意义, 丰富儿童胶质瘤的整合诊断经验。方法基于第5版WHO中枢神经系统肿瘤分类, 对2020年1月至2023年6月广州医科大学附属妇女儿童医疗中心诊断的儿童胶质瘤111例进行整合/分层诊断。收集111例患者的临床表现、影像学、组织病理学及分子检测结果进行分析, 并复习相关文献。结果 111例儿童胶质瘤患者年龄10 d至13岁, 平均年龄5.5岁。男56例, 女55例。临床表现, 出现症状持续时间5 d~8年, 癫痫16例, 颅内压增高48例, 神经功能损伤66例。磁共振成像(MRI)检查示肿物位于幕上43例, 幕下65例, 脊髓3例;实性占位性病变73例, 囊实性38例, 最大径1.4~10.6 cm。病理类型上, 111例胶质瘤中, 儿童型弥漫性低级别胶质瘤(pDLGG)6例, 局限性星形细胞胶质瘤(CAG)63例, 儿童型弥漫性高级别胶质瘤(pDHGG)42例。pDLGG和CAG的患者年龄低于pDHGG。pDLGG及CAG的发病率在幕下中线部位显著低于pDHGG, 并且更易通过手术完全切除。在pDLGG和CAG中, 有4例多形性黄色瘤样星形细胞瘤, 呈现高级别胶质瘤的组织学特征;而在高级别胶质瘤中, 有13例弥漫中线胶质瘤, 呈现低级别胶质瘤的组织学特征。免疫组织化学指标(H3K27M、H3K27ME3、p53、ATRX、BRAF V600E和Ki-67等)在pDLGG及CAG组与pDHGG组之间差异有统计学意义(P<0.01)。分子检测结果表明, pDLGG和CAG常见的分子变异为KIAA1549-BRAF融合和BRAF V600E突变, 而pDHGG常见的分子变异为HIST1H3B及H3F3A基因突变、染色体1q扩增及TP53基因突变。通过结合分子检测结果, 修正了2例病理诊断, 并明确了35.3%(12/34)组织学无法确诊的儿童型胶质瘤的病理分型。结论 pDLGG及CAG与pDHGG在临床表现、病理特征、分子变异及预后方面存在显著差异。结合组织形态和分子特征的整合诊断对于精准诊疗儿童胶质瘤具有重要意义。; 许辉牛会林王凤华许新科王蔚袁理陈凯高秋李丽萍夏健清郭仲明; 关键词：神经胶质瘤原位杂交荧光分子诊断技术

前列腺孤立性导管内癌的临床病理学和分子特征分析: 2024年; 目的探讨前列腺孤立性导管内癌(isolated intraductal carcinoma of the prostate,iIDC-P)的临床病理特征、分子改变、鉴别诊断及预后。方法回顾性收集宁波市临床病理诊断中心2016—2022年间的3例iIDC-P的临床病理学资料,进行光镜观察、免疫组织化学染色、高通量DNA靶向测序及随访,并复习相关文献。结果例1~3患者年龄分别为61、67、77岁,术前总前列腺特异性抗原(TPSA)水平分别为7.99、7.99、4.86μg/L。例1和例2包含前列腺穿刺和根治标本,例3为经尿道前列腺电切标本。镜下:例1穿刺标本仅1条组织见导管内癌(累及2个导管)、根治标本其中6张切片见导管内癌(病灶直径0.3~1.1 cm),其中1张切片见小灶低级别腺泡腺癌(病灶直径0.05 cm)。例2穿刺标本6条组织见导管内癌,根治标本其中13张切片见导管内癌(病灶直径0.5~1.6 cm),另外3张切片可见低级别腺泡腺癌(最大病灶直径0.6 cm)。例3电切标本其中5条组织见导管内癌。例1和例2导管内癌呈实性生长,导管-腺泡显著膨胀,核显著异型;例3呈致密筛状或疏松筛状结构,核显著异型,核仁明显。例2伴有粉刺样坏死,3例核分裂象均易见。导管内癌免疫表型:双标34βE12+P504s显示基底细胞表达34βE12/异型肿瘤细胞表达P540s,p63和CK5/6显示腺泡/导管周围基底细胞,肿瘤细胞表达NKX3.1、雄激素受体、前列腺特异性抗原、前列腺特异性酸性磷酸酶,不表达GATA3,导管内癌和腺泡腺癌均弱表达PTEN、不表达ERG。高通量DNA靶向测序:例2和例3伴有MAPK/PI3K通路基因改变(KRAS、MTOR和PTEN),例2伴有p53突变、例3伴有FOXA1突变。3例均未发现TMPRSS2::ERG融合,3例均显示微卫星稳定,肿瘤突变负荷低(2.1~3.1 muts/Mb)。随访16~91个月,均无生化复发及远处转移。结论iIDC-P是一种特殊的前列腺导管内癌,不同于伴有高级别前列腺癌的前列腺导管内癌,具有独特的分子改变,可能代表一种特殊类型前; 张慧芝王素英郭亚男赵明; 关键词：导管内癌前列腺癌分子生物学

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