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基于网络药理学和分子对接技术探讨姜黄素治疗溃疡性结肠炎的分子作用机制: 2025年; 目的基于网络药理学和分子对接技术探讨姜黄素治疗溃疡性结肠炎(UC)的分子作用机制。方法通过TCMSP和Swiss Target Prediction数据库获取姜黄素作用靶点,GeneCards和TTD数据库检索UC疾病靶点,并通过Sangerbox网站获得姜黄素治疗UC的共同靶点;利用R软件包clusterProfile将共同靶点进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析;通过STRING网站构建蛋白质相互作用(PPI)网络,设置中介中心性>30以及度值>30作为筛选条件筛选姜黄素治疗UC的核心靶点;使用ActoDock Vina软件将核心靶点与姜黄素进行分子对接,并利用PyMOL软件进行可视化处理。结果通过网络数据库挖掘获得UC疾病靶点2088个,姜黄素作用靶点69个,取交集后得到姜黄素治疗UC共同靶点29个。通过GO功能富集分析可知其涉及的生物过程(BP)共539个,包括化学反应、应激反应、细胞蛋白质代谢过程的调节、防御反应、炎症反应等;细胞组成(CC)16条,包括细胞溶胶、内质网系统、全膜、细胞质囊泡部分、神经元部分等;分子功能(MF)31条,包括催化活性、磷酸转移酶活性、激酶活性、蛋白激酶活性、蛋白磷酸酶结合等。KEGG通路富集分析得到32条信号通路,主要富集在癌症途径、HIF-1信号通路、表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂耐药性、前列腺癌、胰腺癌、结直肠癌、癌症中PD-L1的表达和PD-L1检查点通路、内分泌抵抗等。筛选得到5个姜黄素治疗UC核心靶点:表皮生长因子受体(EGFR)、前列腺素内过氧化物合酶2(PTGS2)、蛋白激酶B(Akt1)、信号转导及转录激活因子3(STAT3)、B细胞淋巴瘤/白血病-2(Bcl-2)。分子对接结果显示:姜黄素与上述5个核心靶点蛋白均对接良好,其中与STAT3结合能最低为-6.7 kcal/mol。结论姜黄素可能通过核心靶点EGFR、PTGS2、Akt1、STAT3、Bcl-2和癌症途径、HIF-1、表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂耐药性等信号通路对化学反应、应�; 张秀丽刘佳敏冯雅倩薛芳沁林尧; 关键词：溃疡性结肠炎分子对接网络药理学

汉麻籽多肽靶向抑制胰脂肪酶/胆固醇酯酶的分子作用机制: 2025年; 采用酶活动力学、联合抑制、荧光光谱、等温滴定量热法和分子对接等技术系统探究两种多肽(APAM和RLPA)对胰脂肪酶(pancreatic lipase,PL)和胆固醇酯酶(cholesterol esterase,CE)活性调控效果及分子结合机制。结果表明,RLPA对PL和CE具有更强的抑制活性,其半抑制浓度分别为(79.62±3.20)μmol/L和(301.27±14.40)μmol/L。抑制动力学分析表明APAM对两种酶的抑制机制为竞争性抑制,而RLPA则为混合性抑制。联合抑制表明APAM和RLPA在低浓度下均可与奥利司他协同抑制PL和CE,但在高浓度下协同作用减弱,甚至出现拮抗现象。荧光光谱结果表明两种多肽可以通过与PL和CE发生结合产生静态猝灭,改变了酶中脂肪族氨基酸的疏水环境。等温滴定量热法证明多肽与酶的结合过程是自发且放热,主要通过氢键和静电相互作用实现。分子对接模拟进一步分析表明氢键、盐桥和阳离子-π相互作用在多肽与酶的结合中起着至关重要的作用。这项研究丰富了对多肽与PL和CE的相互作用机制的认识,为开发基于汉麻籽蛋白的功能性食品提供了科学依据。; 尹浩朱将雄赵海云钟宇王丹凤邓云; 关键词：荧光光谱分子模拟

基于网络药理学探索苗药大血藤-飞龙掌血治疗糖尿病认知障碍的分子作用机制: 2025年; 目的:基于网络药理学研究苗药大血藤-飞龙掌血药对治疗糖尿病认知障碍(DCI)的分子作用机制。方法:基于TCMSP、HERB、PubChem等数据库筛选靶点基因,利用Venny 2.1.0软件取其交集,利用Cytoscape v3.9.1软件创建其药物-活性成分-基因靶点网络,使用STRING数据库建立蛋白相互作用(PPI)网络图,使用DAVID数据库和微生信进行GO功能富集分析及KEGG通路富集分析,使用Cytoscape v3.9.1软件建立靶点-通路网络图。结果:大血藤和飞龙掌血的有效成分分别为33个、21个,共同活性成分2个。药物-疾病交集靶点基因275个。核心基因包括ALB、AKT1、SRC、TNF、PPARG、PRKACA、EGFR、ESR1、APP、BCL2、MAPK3、PTGS2、STAT3、CASP3、GRIN2B、GSK3β、HSP90AA1、DRD2、HIF1A、NFKB1等。GO功能富集分析932个,包括磷酸化、对外源性刺激的反应、信号传导、凋亡过程的负调节、对缺氧/脂多糖的反应等。KEGG通路190个,集中在人类疾病、生物学及环境信息过程,包括糖尿病并发症、癌症、病毒感染、动脉粥样硬化、内分泌抵抗及AGE-RAGE、HIF-1、PI3K/Akt、催乳素、Ras、Relaxin信号通路等。结论:大血藤和飞龙掌血治疗DCI的共同活性成分为β-谷甾醇、绿原酸。药对通过调节ALB、AKT1、SRC、TNF、PPARG、PRKACA等靶点基因,调控糖尿病并发症、癌症、病毒感染、动脉粥样硬化、内分泌抵抗及AGE-RAGE、HIF-1、PI3K/Akt信号通路等实现抗癌、治疗糖尿病并发症、抗病毒感染、改善血液流变学、改善内分泌和代谢等,发挥治疗DCI作用。; 娄方丽田辉罗洁吴远华; 关键词：大血藤飞龙掌血网络药理学分子作用机制

Makorin环指蛋白3参与儿童中枢性性早熟的分子作用机制: 2025年; 中枢性性早熟(central precocious puberty,CPP)的发病机制是由于下丘脑-垂体-性腺轴功能的提前启动,而该轴由来自下丘脑的促性腺激素释放激素(gonadotrophin-releasing hormone,GnRH)调控,GnRH分泌增加会促进垂体分泌促性腺激素,从而导致生殖器官的发育和性激素的分泌。青春期启动的时间受到营养、环境和社会经济因素之间相互作用的影响。在致病基因的研究中,Makorin环指蛋白3(makorin ring finger protein 3,MKRN3)、lin-28同系物A和Delta-like 1同源物等基因的功能缺失性突变,均可导致青春发育期启动时间提前,其中MKRN3的功能丧失突变是家族性CPP最常见的单基因病因之一。自2013年首次在5个CPP家族中鉴定出MKRN 3突变以来,MKRN3在青春期中的作用逐渐被发现。MKRN3属于E3泛素连接酶家族成员,在多种真核生物的中枢神经系统中表达。MKRN3可能作为E3泛素连接酶发挥作用来抑制GnRH活性。最近,越来越多的研究探讨了MKRN3在CPP中的分子作用机制,揭示了多种与MKRN3相互作用的基因及蛋白质,利如MKRN3能抑制KISS1和TAC3活性,从而影响kisspeptin和神经激肽B表达以调控GnRH分泌;MKRN3还能通过泛素化PABPC1抑制GNRH 1 mRNA翻译;另外,还有MBD3、IGF2BP1及NPTX1等靶点,它们均在MKRN3下游参与GnRH调控过程。在MKRN 3上游,miR-30能与MKRN 3基因3′-非翻译区的3个位点结合,从而阻断MKRN 3转录。本文综述了MKRN3在CPP发病过程中的作用及其分子机制方面的研究进展,有助于更好地理解CPP的发病机制,也为进一步深入研究MKRN3分子作用机制奠定了理论基础。; 陈子琴张雪荣; 关键词：中枢性性早熟促性腺激素释放激素儿童

利用网络药理学方法探究天山雪莲药效成分治疗骨肉瘤的分子作用机制: 2025年; 目的:探讨天山雪莲药效成分在骨肉瘤治疗中的潜在机制。方法:利用传统中药系统药理学平台(TCMSP)筛选天山雪莲的药效成分和潜在靶点,并通过GEO数据库分析骨肉瘤的差异表达基因。通过韦恩图识别天山雪莲治疗骨肉瘤的潜在靶点,结合蛋白质相互作用(PPI)网络及拓扑学分析筛选核心靶点。随后进行分子对接分析,并通过实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)和蛋白质免疫印迹法(WB),验证重要药效成分对核心基因表达水平的影响。结果:识别天山雪莲与骨肉瘤的共同靶点67个,确定基质金属蛋白酶2(MMP2)为其中的核心基因。分子对接分析显示,槲皮素与MMP2蛋白具有较强的结合能力(结合能为8.9 kcal/mol)。实验进一步证实槲皮素显著抑制MMP2 mRNA在骨肉瘤细胞系U2OS(7.5μmol/L:t=9.30,P=0.0007;15μmol/L:t=11.97,P=0.0003)及HOS(7.5μmol/L:t=13.09,P=0.0002;15μmol/L:t=21.77,P<0.0001)中的表达水平。此外,槲皮素还显著下调了MMP2蛋白在U2OS(7.5μmol/L:t=9.14,P=0.0008;15μmol/L:t=11.97,P=0.0003)及HOS细胞中的表达(7.5μmol/L:t=20.55,P<0.0001;15μmol/L:t=41.88,P<0.0001)。结论:天山雪莲的关键成分槲皮素可靶向抑制骨肉瘤细胞中MMP2的表达水平,对骨肉瘤具有潜在的治疗价值。; 陈小雷孟繁琦李心乐张平; 关键词：天山雪莲槲皮素骨肉瘤基质金属蛋白酶2

基于分子动力学模拟的青藤碱凝胶剂处方筛选及分子作用机制研究: 目的:游离青藤碱主要存在于青风藤中,是治疗类风湿性关节炎的特效药,临床上主要为口服制剂,但因其半衰期短、生物利用度低、易产生胃肠道不良反应而受到限制。本课题以游离青藤碱经皮外用制剂为研究基础,拟对游离青藤碱凝胶剂处方进行...; 练海应; 关键词：分子动力学模拟分子作用机制

基于网络药理学和分子对接技术探讨甘松对心房颤动的分子作用机制被引量：1: 2024年; 目的:基于网络药理学和分子对接技术探讨甘松治疗心房颤动的作用靶点及通路,探讨甘松治疗心房颤动的作用机制。方法:应用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索甘松的活性成分,预测其作用靶点。检索DrugBank、GeneCards、OMIM和DisGeNET数据库,收集心房颤动治疗相关靶点,并得到甘松与心房颤动交集靶点。使用Cytoscape 3.7.2软件构建药物-活性成分-潜在作用靶点网络,得到甘松治疗心房颤动的关键成分。运用STRING数据库获取交集靶点的蛋白质-蛋白质相互作用网络,然后进行可视化分析,并筛选关键靶点。应用Metascape数据库进行基因本体论(GO)功能分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。最后使用PyMOL、AutoDock4.2.6和AutoDockTools1.5.7软件将关键成分与关键靶点进行分子对接验证。结果:甘松治疗心房颤动的关键成分有熊果酸、隐丹参酮、金合欢素等。通过蛋白质-蛋白质相互作用网络筛选获得半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶-3、白细胞介素(Interleukin,IL)-6、肿瘤坏死因子(Tumor Necrosis Factor,TNF)、细胞肿瘤抗原p53、血管内皮生长因子A(Vascular Endothelial Growth Factor A,VEGFA)等为重要靶点,KEGG富集分析结果提示甘松治疗心房颤动主要通过癌症通路、磷脂酰肌醇3激酶(Phosphatidylinositol 3-kinase,PI3K)-蛋白激酶B(Akt)信号通路、糖尿病并发症中的晚期糖基化终末产物-晚期糖基化终末产物受体信号通路、TNF信号通路以及IL-17信号通路等通路发挥作用。分子对接表明,甘松的主要活性成分能够很好地与关键核心靶点结合。结论:甘松基于多成分、多靶点、多通路治疗心房颤动,为后续开展实验研究进一步阐述其作用机制提供了科学依据。; 姜悦宫丽鸿; 关键词：心房颤动网络药理学分子对接

基于网络药理学和分子对接探讨养血安胎颗粒治疗复发性流产分子作用机制被引量：1: 2024年; 目的基于网络药理学和分子对接技术研究养血安胎颗粒治疗复发性流产(RSA)作用机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和中医药整合药理学研究平台(TCMIP)数据库收集养血安胎颗粒主要化学成分及其映射靶标,通过OMIM、GeneCards、Drugbank、PharmGkb、TTD数据库收集RSA疾病靶标,并通过在线工具draw venn diagram分析药物与疾病靶标交集,导入STRING数据库,分析共有靶标相互作用关系(PPI),并对其进行生物信息学分析。此外,根据Degree值分析养血安胎颗粒治疗RSA的核心靶标,采用分子对接技术,研究靶标与化学成分之间结合度,验证网络药理学分析结果。结果共收集养血安胎颗粒化学成分70个和靶标236个,疾病靶标去重后获得453个。通过交集分析共获得66分共有靶标。PPI互作分析发现IL6、MMP9、TNF、IL1B、IL10等靶标是养血安胎颗粒治疗RSA核心靶标。生物信息学富集分析发现,这些共有靶标主要作用于TNF信号通路、HIF-1信号通路、FoxO信号通路、雌激素信号通路等信号通路。进一步的分子对接结果表明,度值(degree)靠前的靶标MMP9与芍药苷、芝麻素、槲皮素和山柰酚对接良好。尤其是芍药苷对接结果优于阳性对照。结论通过网络药理学和分子对接分析,发现养血安胎颗粒中主要活性成分通过作用于MMP9影响多条信号通路发挥治疗RSA作用。; 李心蕾贡磊磊王晓霞张雪艳赵涵姚伟洁袁偲偲冯欣; 关键词：复发性流产网络药理学分子对接

基于网络药理学和分子对接探讨甲瘤消丸治疗甲状腺结节的分子作用机制: 2024年; 目的基于临床回顾性研究及网络药理学和分子对接技术探究甲瘤消丸(JLX)治疗甲状腺结节(TN)的作用及机制。方法收集并随访兰州大学第一医院2022年1月-2023年12月服用JLX的病例,评价JLX疗效及安全性;通过中药系统药理学数据库与分析平台和本草组鉴数据库收集JLX主要化学成分及其映射靶标,通过OMIM、GeneCards、Drugbank、PharmGk、DisGeNET和TTD数据库收集TN靶标。通过Image GP数据库对靶标基因本体和京都基因和基因组数据库富集分析,Cytoscape V3.11.0软件构建靶点-靶点及成分-靶点-通路相互作用。采用AutoDock vina软件分子对接核心成分和靶点。结果临床数据显示JLX安全有效;网络药理学和分子对接提示JLX中的活性成分槲皮素、山柰酚、维生素E、豆甾醇等通过调节核心靶标ESR1、AKT1、EGFR、PIK3CA、MAPK1、ERBB2等影响癌症信号通路、PI3KAkt信号通路、癌症蛋白多糖、促分裂原活化的蛋白质激酶信号通路发挥治疗TN的作用。结论临床研究结合网络药理学方法及分子对接技术研究表明JLX通过多成分、多靶点和多通路方式治疗TN,揭示了其潜在的药效物质和作用机制,为TN的药物开发和治疗靶点发现提供了依据。; 王兴东张国强徐芬靳永文魏玉辉; 关键词：甲状腺结节网络药理学分子对接

一种心脉舒一号口服液治疗心脏病的分子作用机制的分析方法: 本发明涉及中药研究技术领域，具体是一种心脉舒一号口服液治疗心脏病的分子作用机制的分析方法。通过收集各原料的主要化学成分及预测靶点，根据药动学参数筛选出中药活性成分。收集心脏病的主要靶点，并对药物和疾病的潜在靶点进行韦恩图...; 唐勇琛张洪平张亚洲樊玲凤杨玉竹

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