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基于细胞色素b和内转录间隔区基因序列的4个棕脊足螨地理种群遗传变异分析被引量：1: 2023年; 目的分析不同地理种群棕脊足螨(Gohieria fusca)遗传多样性和遗传分化。方法自安徽省芜湖市(WH)、蚌埠市(BB)、亳州市(BZ)和浙江省嘉兴市(JX)等4个地区采集螨虫标本并筛选出棕脊足螨,采用PCR技术扩增棕脊足螨线粒体细胞色素b(cytochrome b,Cytb)和核糖体DNA内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)基因并对扩增产物测序。采用Chromas 2和DNASTAR 1.00软件进行序列校对和拼接,采用DnaSP 5.10.00软件计算各种群单倍型多样性(Hd)、核苷酸多态性(Pi),应用MEGA 10.2软件包计算遗传分化指数(F_(st))和基因流(N_(m))。采用Arlequin 3.1软件计算Tajima’s D和Fu’s FS值,并进行中性检验和分子方差分析;采用Network 10.2软件基于Median-joining法构建单倍型网络图。结果棕脊足螨样本Cytb基因序列长度为372 bp、ITS基因序列长度为1301~1320 bp。基于线粒体Cytb基因和核糖体ITS基因序列分析发现,4个棕脊足螨地理种群均表现出较高遗传多样性(Hd=0.804,Pi=0.00691)。分子方差分析发现,4个棕脊足螨地理种群间存在遗传分化(F_(st)=0.20240,P<0.05),且遗传变异主要来自种群内(79.76%)。基因流分析发现,4个棕脊足螨地理种群间局部存在高水平基因流(N_(m)>1)。基于Cytb基因的中性检验发现,棕脊足螨WH种群Tajima’sD值和Fu’s FS值分别为-1.79631和-3.29398(P均<0.05),表明WH种群可能发生过历史扩张。单倍型网络图和系统发育树分析结果一致,均表明不同棕脊足螨地理种群无明显地理分布格局。基于ITS基因序列分析发现,4个棕脊足螨地理种群Hd与Pi均较高,整体值分别为0.985和0.01197,具有较高遗传多样性。分子方差分析发现,棕脊足螨Fst值为0.10462(P<0.05),种群间存在中等程度遗传分化。基于ITS基因的中性检验发现,棕脊足螨整体Tajima’s D值和Fu’s FS值分别为-6.08820和-1.93599(P均>0.05),无明显历史扩张。结论4个棕脊足螨地理种群遗传多样性较高,�; 陶香林马飞李政阚心蕊叶长江孙恩涛; 关键词：细胞色素B 内转录间隔区种群多样性基因流

河南省溪蟹体内并殖吸虫内转录间隔区2与环氧化酶1基因序列分析被引量：1: 2023年; 目的分析河南省溪蟹体内并殖吸虫囊蚴内转录间隔区2(internal transcribed spacer 2,ITS2)和环氧化酶1(cyclooxygenase 1,COX1)基因序列,鉴定并殖吸虫虫种,并分析其与国内其他省份并殖吸虫间的遗传学关系。方法2016—2021年,从河南省郑州市、洛阳市、平顶山市、南阳市及济源市等5个市8个调查点采集溪蟹,检出溪蟹中并殖吸虫囊蚴,计算溪蟹囊蚴感染率;提取囊蚴DNA进行PCR扩增并测序。使用DNASTAR软件拼接测序结果、进行基因序列比对,同时与GenBank数据库中并殖吸虫基因序列进行BLAST比对。以肝片吸虫为外群,使用MEGA 6.0软件,采用邻接法构建基于ITS2、COX1基因序列的系统进化树。结果河南省郑州市、洛阳市、平顶山市、南阳市及济源市等5个市8个调查点溪蟹并殖吸虫囊蚴感染率分别为6.83%(11/161)、50.82%(31/61)、18.52%(5/26)、8.76%(12/137)、14.29%(9/63)、17.76%(19/105)、18.50%(32/173)和42.71%(41/96),平均阳性率为19.46%(160/822),平均感染度为0.57个/g。PCR扩增结果显示,并殖吸虫ITS2、COX1基因片段长度分别约为500、450 bp。河南省8个调查点溪蟹并殖吸虫囊蚴ITS2基因序列与斯氏并殖吸虫(GenBank登录号:MW960209.1)同源性最高,为99.8%~100.0%;基因进化树中与四川省(GenBank登录号:AY618747.1)、广西壮族自治区(GenBank登录号:AY618729.1)、湖北省斯氏并殖吸虫(GenBank登录号:AY618751.1)以及福建(GenBank登录号:AY618741.1)和日本宫崎并殖吸虫(GenBank登录号:AB713405.1)聚为1个大分支。COX1基因序列与斯氏并殖吸虫(GenBank登录号:AY618798.1)同源性最高,为90.0%~100.0%;在进化树中与所有斯氏并殖吸虫聚为1个大分支,且与湖北省斯氏并殖吸虫(GenBank登录号:AY618782.1、AY618764.1)聚为1个小支。结论河南省溪蟹体内并殖吸虫虫种均为斯氏并殖吸虫,且与湖北省斯氏并殖吸虫基因序列同源性最高。本研究结果可望为河南省以及全国并殖吸虫研究提�; 陈伟奇蒋甜甜邓艳邓艳艾琳张雅兰王丹; 关键词：并殖吸虫

基于虫卵内转录间隔区2序列分析诊断麝猫后睾吸虫和华支睾吸虫感染被引量：2: 2023年; 目的通过小型吸虫虫卵形态学检测、虫卵内转录间隔区2(ITS-2)序列扩增测序和流行病学调查分析,诊断并区分麝猫后睾吸虫和华支睾吸虫感染。方法收集经改良加藤厚涂片法(Kato-Katz法)检出的6例吸虫虫卵阳性病例的流行病学资料,连续3 d采集阳性病例粪样,采用水洗沉淀法收集虫卵进行镜检。提取虫卵DNA,采用rDNA ITS-2区域的通用引物进行PCR扩增并测序,产物序列在NCBI数据库中进行比对以鉴定虫种,采用邻接法构建基于ITS-2序列的系统进化树。根据虫卵形态学、基因序列比对结果和流行病学调查结果进行分析诊断。结果镜下可见,病例1~3粪样中的虫卵在外壳、形态、颜色、卵盖、肩峰、毛蚴和虫卵底部小疣等均与病例4~6的虫卵极其相似。病例1~3粪样中的虫卵长、宽、长宽比分别为(26.94±2.28)μm、(14.43±1.22)μm、1.88±0.18,与病例4~6的(29.70±1.21)μm、(14.36±0.70)μm、2.07±0.14比较,长和长宽比差异有统计学意义(t=4.318、4.816,P<0.01);前者较后者短而宽,两种虫卵的浮德-梅勒尼指数(FMI)分别为5676.69±1317.97和6134.25±626.27(t=0.428,P>0.05)。PCR和测序结果显示,病例1~3粪样中虫卵分别扩增出长度为355、362、359 bp的ITS-2片段,与麝猫后睾吸虫(GenBank登录号为MK886663)序列一致性分别为99.14%、98.86%、99.39%;病例4~6粪样中虫卵分别扩增出长度为394、395、396 bp的ITS-2片段,与华支睾吸虫(GenBank登录号为OK103575.1)序列一致性分别为100%、99.49%、100%。构建的系统进化树结果显示,病例1~3的ITS-2序列与麝猫后睾吸虫聚在一个分支上,病例4~6的ITS-2序列与华支睾吸虫聚在一个分支上。流行病学调查结果显示,病例1~3均为来自柬埔寨的外籍移民妇女,从小有食用腌制河鱼的习惯;病例4~6均为本地居民。结合虫卵形态学、分子生物学和流行病学调查结果,确定病例1~3为输入性麝猫后睾吸虫感染,病例4~6为华支睾吸�; 蔡长煌张芝平卓鸣莺郭理平傅志辉刘亦若; 关键词：华支睾吸虫 PCR扩增

栽培丹参居群内转录间隔区(ITS)遗传多样性分析被引量：2: 2021年; 【目的】为了解栽培丹参rDNA内转录间隔区(ITS)的遗传多样性、系统发育关系和寻找其单核苷酸多态性(SNP)指纹用以准确快速鉴别丹参栽培居群。【方法】采用PCR技术扩增了国内33个地区的42个栽培丹参居群的ITS序列并进行了比较分析。【结果】丹参rDNA的ITS1、5.8SrDNA和ITS2区的长度分别为203~229、164和226~229 bp;其ITS1区长度变化较大,而ITS2区核苷酸变异较大。其SNP变异位点存在于ITS1和ITS2区,变异位点数分别为19和37个,变异率分别为8.30%和16.16%。【结论】基于ITS的SNP指纹只能鉴别3个栽培丹参居群;ITS系统发育树显示,丹参栽培居群之间的亲缘关系与地理来源关系不大。; 廖芳任瑞花孙涛孔德英王仲敏刘静远印丽萍李关荣; 关键词：丹参系统发育关系

一种鲽形目鳎科鱼类核糖体内转录间隔区2通用引物及设计和扩增方法: 本发明涉及一种可用于快速鉴别鲽形目鳎科鱼类的鲽形目鳎科鱼类核糖体内转录间隔区2通用引物及设计和扩增方法，所提供的鲽形目鳎科鱼类核糖体内转录间隔区2通用引物可以高效和特异地扩增弯鲽形目鳎科鱼类蛸的ITS2，并能够一次性对多...; 龚理孔晓瑜时伟; 文献传递

人参属不同栽培居群内转录间隔区(ITS)遗传多样性分析: 2020年; 为建立快速分子鉴别人参属栽培居群的方法,确定其亲缘关系,本研究对人参属34个栽培居群的核糖体DNA(ribosome DNA,rDNA)内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)片段进行了PCR扩增、测序、多重比对及遗传多样性分析,并构建了人参属居群的系统发育树.结果表明,人参和西洋参5.8S区分别为162 bp和160 bp,且ITS1、5.8S区和ITS2均存在人参和西洋参的分子鉴别指纹.人参与西洋参单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点主要集中分布在4个位点上,人参为(ITS1)A^(143)---(5.8S)A/G^(262)---(ITS2)C^(441)---(ITS2)T^(452),而西洋参为(ITS1)C^(143)---(5.8S)G^(262)---(ITS2)T^(441)---(ITS2)C^(452).基于人参和西洋参的ITS2序列可将西洋参完全聚为一小支,且将高丽参、林下参和园参区分成两个分离小支;所有29个人参居群的ITS2序列聚类,可将大部分的园参聚在一起,说明在种内人参与园参的亲缘关系较远.本研究为快速鉴定人参属的人参和西洋参提供了新方法,为人参属植物亲缘关系的进一步研究奠定了基础.; 刘伟孔德英廖芳任瑞花冯洁黄靖媛李关荣; 关键词：分子生物学人参属

基于内转录间隔区测序分析不同饲养方式对滩羊羔羊瘤胃真菌组成及多样性的影响被引量：7: 2020年; 为了研究放牧和舍饲2种不同的饲养方式对滩羊羔羊瘤胃真菌菌群的影响,本试验采用随机区组设计,选择体重接近、健康的刚出生放牧滩羊与舍饲滩羊羔羊各12只,放牧组羔羊随放牧哺乳母羊饲养,舍饲组随舍饲哺乳母羊饲养,2月龄时屠宰取瘤胃液,通过内转录间隔区(ITS)rDNA测序技术分析其真菌多样性及结构变化。结果表明:放牧组滩羊瘤胃中真菌多样性极显著高于舍饲组(P<0.01)。舍饲组与放牧组滩羊瘤胃真菌菌群共鉴定出6个门,其中舍饲组6个门,放牧组5个门。放牧组滩羊瘤胃中的新丽鞭毛菌门(Neocallimastigomycota)的相对丰度极显著高于舍饲组(P<0.01);舍饲组的子囊菌门(Ascomycota)的相对丰度极显著高于放牧组(P<0.01)。放牧组滩羊瘤胃液中优势菌门为子囊菌门和新丽鞭毛菌门,舍饲组优势菌门为子囊菌门。舍饲组与放牧组滩羊瘤胃真菌菌群共鉴定出69个属,其中放牧组55个属,舍饲组56个属。舍饲组的Kazachstania、赤霉菌属(Gibberella)、酵母属(Saccharomyces)的相对丰度均极显著高于放牧组(P<0.01),香蘑属(Lepista)的相对丰度显著高于放牧组(P<0.05)。而放牧组梨囊鞭菌属(Piromyces)、盲肠鞭菌属(Caecomyces)、新丽鞭菌属(Neocallimastix)、未分类新丽鞭菌科(Neocallimastigaceae_NA)、Chalastospora等的相对丰度均极显著高于舍饲组(P<0.01);放牧组未分类毕赤酵母科(Pichiaceae_NA)的相对丰度显著高于舍饲组(P<0.05)。放牧组优势菌属为Kazachstania和梨囊鞭菌属,舍饲组优势菌属为Kazachstania。综上所述,饲养方式对2月龄滩羊瘤胃真菌菌群结构的构建有显著影响。; 李娜张洁郭婷婷胡丹丹徐晓锋张力莉; 关键词：ITS序列瘤胃真菌

基于核糖体DNA第二内转录间隔区基因的9种蚊虫分子鉴定被引量：2: 2020年; 目的分析常见9种蚊虫核糖体DNA第二内转录间隔区(rDNA-ITS2)基因序列特征,为蚊虫种类分子鉴定方法探讨提供依据。方法在山东省济宁市采集淡色库蚊、三带喙库蚊、二带喙库蚊、白纹伊蚊、刺扰伊蚊、中华按蚊、骚扰阿蚊、常型曼蚊和黄色柯蚊成蚊,形态学种类鉴定后,提取上述9种蚊虫DNA,PCR扩增rDNA-ITS2基因并测序;在GenBank中进行同源性比对,采用Bioedit 7.0软件及DNAMAN软件对测序结果进行比对分析,通过DNASTAR、ClustalX 1.81和Mega6软件分析列特征并构建系统进化树探讨系统发生关系。结果9种蚊虫的rDNA-ITS2长度在343 bp与577 bp之间,共有59个保守位点、449个变异位点、235个简约信息位点和191个单态位点,9种蚊虫种间序列同源性为28.21%~53.76%;所有蚊虫的rDNA-ITS2基因分子鉴定与形态学鉴定吻合率100%,库蚊属的淡色库蚊、三带喙库蚊和二带喙库蚊聚成一类,伊纹属的白纹伊蚊和刺扰伊蚊聚成一类,不同种蚊虫为独立分支。结论核糖体DNA第二内转录间隔(rDNA-ITS2)基因可用于蚊虫属和种的鉴定。; 郭秀霞程鹏刘丽娟王海防王怀位张崇星; 关键词：蚊虫分子鉴定

我国不同利什曼病流行区利什曼原虫分离株核糖体内转录间隔区1的多态性分析被引量：9: 2019年; 目的分析我国不同利什曼病流行区的利什曼原虫分离株核糖体内转录间隔区1 (ITS-1)序列的多态性。方法实验室培养10个分离自我国不同利什曼病流行区的利什曼原虫分离株,包括四川/甘肃山丘型内脏利什曼病流行区的SC6和Cy分离株,新疆喀什人源型内脏利什曼病流行区的801和KS-2分离株,新疆伽师荒漠型内脏利什曼病流行区的JIASHI-1、 JIASHI-5、 XJ771分离株以及新疆克拉玛依皮肤利什曼病流行区的KXG-Xu、KXG-Liu和KXG-927分离株。收集利什曼原虫前鞭毛体,提取DNA, PCR扩增各利什曼原虫分离株的ITS-1并送测序,用GENEDOC软件对ITS-1序列进行比对分析,从GenBank下载利什曼原虫其他分离株的ITS-1序列,构建系统进化树,分析我国利什曼原虫分离株的亲缘关系。结果我国10个利什曼原虫分离株均扩增出单一的条带。序列分析结果显示, 801和KS-2分离株的ITS-1片段为316 bp,与MHOM/IN/80/DD8参照株比较其碱基突变率为0; JIASHI-1、 JIASHI-5和XJ771分离株为313 bp,碱基突变率为1.6%; KXG-Xu、 KXG-Liu和KXG-927分离株为312 bp,碱基突变率为1.6%; Cy和SC6分离株为318 bp,碱基突变率为0.6%。系统进化树显示,这10个利什曼原虫分离株ITS-1序列聚集成2个群和3个亚群,其中JIASHI-1、 JIASHI-5和XJ771分离株聚集为A亚群, KXG-Xu、 KXG-Liu和KXG-927分离株聚集为B亚群, A和B亚群聚集于群Ⅰ,为婴儿利什曼原虫; Cy、SC6、 801和KS2分离株聚集为C亚群,属群Ⅱ,为杜氏利什曼原虫。结论我国不同利什曼病流行区的利什曼原虫分离株的ITS-1序列存在多态性。; 程芳洲高春花杨玥涛汪俊云; 关键词：利什曼病利什曼原虫分离株

基于内转录间隔区序列鉴定浓香型大曲发酵表面霉菌被引量：1: 2018年; 浓香型大曲生产时曲块表面生长的霉菌很难通过形态学观察进行鉴定,为了确定大曲表面菌丝的生物学分类,该研究借助内转录间隔区(ITS)克隆文库的构建,对大曲表面霉菌进行了分子生物学鉴定。结果表明,曲块表面生长的菌丝体为米根霉(Rhizopus oryzae),是一种非常重要的酿酒微生物。; 何宏魁李静心丁锋王艳丽刘国英; 关键词：内转录间隔区浓香型大曲

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