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苍山潜穴虻线粒体基因组全序列测定与分析: 2025年; 【目的】了解苍山潜穴虻(Vermiophis cangshanensis Li, Zhao&Wang, 2024)的线粒体基因组特征,进一步确立苍山潜穴虻的分类归属,探究苍山潜穴虻与穴虻科其他昆虫的系统发育关系。【方法】利用Illumina Novaseq 6000二代测序技术测定苍山潜穴虻线粒体全部基因组,对其进行注释和分析;选取线粒体细胞色素氧化酶I基因(cox1)序列,应用贝叶斯法(Bayesian inference, BI)构建系统发育树。【结果】苍山潜穴虻线粒体基因组(GenBank登录号:PP454204)全长为17 428 bp,其中非编码区(D-Loop区)和编码区共编码37个基因,编码区共包括蛋白质编码基因13个,rRNA基因2个和tRNA基因22个。平均测序深度为3076.48 X,GC含量为20.0%,碱基含量分别为A 39.0%、C 12.0%、G 8.0%、T 41.0%。除trnS1外,其余21个tRNA的二级结构均为典型的三叶草结构。【结论】本研究结果支持穴虻科和潜穴虻属的单系性,苍山潜穴虻确应置于潜穴虻属。; 李佳玲黄星颖王义琳王吉申; 关键词：线粒体基因组系统发育

红带滑胸针蓟马(缨翅目:蓟马科)线粒体基因组全序列测定与分析: 2025年; 【目的】明确红带滑胸针蓟马(Selenothrips rubrocinctus)线粒体基因组结构特征,并基于线粒体基因组序列分析其系统发育关系,为滑胸针蓟马属昆虫的分子鉴定和系统发育研究提供分子生物学依据。【方法】利用第二代测序技术Illumina平台对红带滑胸针蓟马的线粒体基因组进行测序、组装和注释;基于18种蓟马科和1种管蓟马科外群昆虫的线粒体基因组13个蛋白质编码基因(PCGs)序列,采用最大似然法(ML)和贝叶斯法(BI)构建系统发育进化树,分析红带滑胸针蓟马与其他蓟马的系统发育关系。【结果】红带滑胸针蓟马线粒体基因组全长14984 bp,包含37个基因(13个PCGs、22个tRNA基因、2个rRNA基因)和1个控制区。基因间隔区有19处,最长间隔区长度为25 bp;基因重叠区有10处,最长重叠区长度为23 bp。基因组拥有缨翅目中大部分昆虫线粒体基因组的基因组成和排列顺序,AT含量为72.9%,具有明显的AT偏好性。13个PCGs中,除cox1以TTG为起始密码子外,其余均以ATN为起始密码子;nad6以TAG为终止密码子,nad2和cox2以不完整的T为终止密码子,其余10个基因以TAA为终止密码子。22个tRNA基因中,除trnR、trnS2和trnY缺少TΨC环,trnS1和trnV缺少DHU臂环外,其余17个基因具有完整的三叶草结构。系统发育分析结果显示,红带滑胸针蓟马与腹突皱针蓟马(Rhipiphorothrips cruentatus)聚在同一小分支上,二者的亲缘关系最近。【结论】红带滑胸针蓟马的线粒体基因组结构、组成和基因排列顺序较保守,与蓟马科其他物种线粒体基因组结构和排列一致。针蓟马亚科为单系性,其中,红带滑胸针蓟马与腹突皱针蓟马的亲缘关系最近。; 毛加梅李佳瑾王自然郭俊张宏瑞; 关键词：线粒体基因组系统发育

显著琼娜蟹(Jonas distinctus)线粒体基因组全序列测定及系统发育分析: 2024年; 短尾次目(Brachyura)物种蟹化现象是节肢动物进化史上十分重要的形态创新,但是也有少数种类在形态上表现出显著的去蟹化。为解析短尾次目去蟹化典型代表盔蟹总科(Corystoidea)物种的进化地位,以盔蟹科(Corystidae)显著琼娜蟹(Jonas distinctus)为对象,测定分析其线粒体基因组全序列特征,并基于13个蛋白质编码基因序列,构建短尾次目系统发育树。结果表明,显著琼娜蟹线粒体基因组全长为16038 bp,包含37个编码基因和一段长非编码区;与短尾次目祖先型线粒体基因排序相比,该线粒体基因组发生了明显重排,其控制区、ND2及6个tRNA基因(I、Q、M、W、C和Y)的相对位置与当前已报道的短尾次目线粒体基因排序不同,表现出一种全新的基因排序,并可用复制-随机丢失模型解释该重排现象;两种方法所得到系统发育树拓扑结构一致,均显示盔蟹科与菱蟹科(Parthenopidae)亲缘关系最近,而与同样具有去蟹化性状的蛙蟹总科(Raninoidea)(如蛙蟹科Raninidae和琵琶蟹科Lyreididae)关系较远,表明短尾次目独特的去蟹化现象经历了多次独立演化。显著琼娜蟹的线粒体基因组分析结果不仅丰富了短尾次目线粒体基因重排类型,同时也揭示了盔蟹科在短尾次目中系统发育关系,为更好地厘清短尾次目分类及其起源与演化提供了新的数据支撑和理论依据。; 张楠楠汪凯欣吴文超吕文拯吕振明龚理; 关键词：线粒体基因组基因重排系统进化

日本重盘吸虫和短肠重盘吸虫核糖体全序列测定及遗传特征分析: 林蛙是我国主要的两栖动物之一，黑龙江林蛙和东北林蛙主要分布在黑龙江省，具有极高的经济价值和极为重要生态学意义。由于林蛙能适应陆地和水域不同生存条件，生活环境多变使其感染寄生虫的可能性相应增加，寄生虫感染不仅威胁蛙类健康，...; 陈滢钰; 关键词：林蛙寄生虫病

济南市两株输入性登革热3型病例病毒基因组全序列测定及分析: 2024年; 目的对济南市两株输入性登革热病例进行血清学和基因检测,获取全基因数据并进行分子特征分析。方法采集济南市2例登革热疑似阳性病例的全血样本,通过Real-time PCR对病毒进行分型检测。离心分离血清,用于胶体金法检测登革病毒NS1抗原、IgM抗体和IgG抗体;同时扩增病毒全基因序列,将序列与国内外分离株序列进行比对,Mega 7.0软件构建进化树,RDP4软件进行基因重组分析。结果2例病例核酸分型检测结果为DENV3型,胶体金检测结果显示NS1抗原均为阳性,IgG抗体结果均为阴性;测序后拼接序列长度分别为10707 nt和10706 nt,两条序列仅在末端有6个核苷酸的差异,经系统进化分析,这两例病毒株属于DENV3型基因1型,与2017年孟加拉国流行株具有高度同源性。结论济南市登革热的防控依旧需要加强输入性病例的监测。; 韩莹焦海涛刘子薇武晶晶刘岚铮; 关键词：登革病毒全基因序列系统进化分析

三角鲤线粒体基因组全序列测定及分析被引量：1: 2024年; [目的]三角鲤(Cyprinus multitaeniata)是我国具有重要经济价值的鱼类之一,了解三角鲤线粒体基因的结构和特点,为三角鲤的种群遗传多样性研究提供基础资料。[方法]采用26对引物扩增三角鲤的线粒体全基因,通过生物软件识别和分析各基因和非编码序列的位置和特点,并通过与GeneBank数据库已发表鲤科鱼类序列进行比较和构建系统发育树进行分析。[结果]三角鲤线粒体全基因总长度为16 573 bp,碱基含量A为32.2%、T为24.9%、C为27.3%、G为15.6%;包括37个编码基因(编码蛋白基因13个、tRNA基因22个和rRNA基因2个)和2个非编码序列区(OL区和控制区)。13个蛋白编码基因中,COX1的起始密码子为GTG,其他均为ATG;终止密码子包括TAG(ATP8)、TA(COX3、ATP6)、T(ND2、COX2、ND3、ND4、Cty b)和TAA(ND1、COX1、ND4L、ND5、ND6)3种。22个tRNA基因中,除了tRNASer(AGC)外其余都能折叠成典型的三叶草结构;三角鲤控制区序列可以识别出3个典型保守区域;系统发育分析表明,三角鲤与大眼鲤(C.megalophthalmus)亲缘关系较近。[结论]三角鲤线粒体基因组成、长度和排列顺序与典型的脊椎动物相同,在亲缘关系上与大眼鲤最近;线粒体基因组序列适用于三角鲤的系统发育分析。; 李强李文俊韩崇鲁同富龚剑桂林; 关键词：三角鲤线粒体基因组全序列分析系统发育

暗影饰皮夜蛾线粒体基因组全序列测定与分析: 2024年; 【目的】对薄壳山核桃Carya illinoensis害虫暗影饰皮夜蛾Garella ruficirra线粒体基因组进行测序和分析,并在基因组水平上探讨其在夜蛾科Noctuidae中的分类地位,为探索夜蛾科昆虫的系统发育关系以及演化进程提供参考。【方法】利用二代测序技术从头组装获取暗影饰皮夜蛾的线粒体基因组,并对线粒体基因组结构特点和碱基组成进行分析;同时,采用最大似然法和贝叶斯法联合构建了夜蛾科5个属、12个种的线粒体基因组系统发育树,分析暗影饰皮夜蛾在夜蛾科中的系统发育地位。【结果】暗影饰皮夜蛾线粒体基因组全长共为15294 bp,其中包括13个蛋白质编码基因、22个转运RNA基因、2个核糖体RNA基因以及鳞翅目Lepidoptera昆虫典型的腺嘌呤(A)+胸腺嘧啶(T),即A+T富含区,该区域的A+T含量为80.53%,具有明显的AT偏向性。暗影饰皮夜蛾的基因排列顺序为trnM-trnI-trnQ,与包括夜蛾科昆虫在内的大多数鳞翅目昆虫基因排列次序相符。13个蛋白质编码基因的起始密码子全部为ATN。22个tRNA基因中除trnS1的DHU臂缺失,其余均为典型的三叶草结构。对线粒体基因组研究发现:夜蛾科5个属之间,Garella与皮夜蛾属Nycteola亲缘关系最近,与饰夜蛾属Pseudoips亲缘关系最远。【结论】暗影饰皮夜蛾的线粒体基因组中出现了基因重排的现象,系统发育关系支持暗影饰皮夜蛾和Garella musculana聚为1个分支。; 李妍舒金平华克达张亚波应玥张威; 关键词：线粒体基因组系统发育关系基因重排

二斑素瓢虫线粒体基因组全序列测定和分析被引量：4: 2023年; 【目的】在线粒体基因组水平探讨二斑素瓢虫[Illeis bistigmosa(Mulsant,1850)]完整的线粒体基因组结构特征,分析其在瓢虫科(Coccinellidae)内的分类地位,为揭示瓢虫科昆虫的系统发育和进化关系提供理论依据。【方法】通过Illumina二代测序技术对二斑素瓢虫线粒体基因组进行测序,对基因组序列进行拼装和注释,分析其结构特点和碱基组成;使用最大似然法和贝叶斯法构建瓢虫科16个种线粒体基因组的系统发育进化树,分析其在瓢虫科内的系统发育关系。【结果】二斑素瓢虫线粒体基因组序列全长17840 bp,包含13个蛋白质编码基因,22个tRNA基因,2个rRNA基因和1个A+T富含区(A+T rich region)。基因组全序列的AT含量为78.44%,表现明显的A+T偏向性。13个蛋白质编码基因中除cox1基因以TTG为起始密码子外,其余12个基因均以ATN为起始密码子;nad4、nad5、cox2和cox3基因的终止密码子以单独的T结尾。除trnS1和trnP基因外,其余20个tRNAs的二级结构均为典型的三叶草结构,二级结构中有U-U或U-G碱基错配现象。系统发育分析显示,瓢虫亚科的所有物种聚在同一分支,支持该亚科的单系性;二斑素瓢虫与素菌瓢虫属(Illeis)另外2个种[柯氏素菌瓢虫(I.koebelei)和素鞘瓢虫(I.cincta)]聚为一个分支,组成姐妹关系。【结论】获得了二斑素瓢虫的线粒体基因组全序列,二斑素瓢虫线粒体基因组符合瓢虫科昆虫线粒体基因组的一般特征;二斑素瓢虫与柯氏素菌瓢虫和素鞘瓢虫的亲缘关系较近,与传统的形态学分类相一致。; 朱国渊张永科孔祥东许丽月黎小清张小娇王进强段波; 关键词：线粒体基因组全序列测定系统发育关系

龟瓢虫(鞘翅目:瓢虫科)线粒体基因组全序列测定与分析被引量：1: 2023年; 【目的】明确龟瓢虫[Epiverta chelonia(Mader,1933)]线粒体基因组结构特征,分析其系统发育关系,为龟瓢虫的起源、分化和遗传多样性研究提供数据支持。【方法】利用Illumina二代测序技术测定龟瓢虫线粒体基因组,对基因组序列进行注释和分析;基于瓢虫科(Coccinellidae)3亚科[食植瓢虫亚科(Epilachninae)、瓢虫亚科(Coccinellinae)和小毛瓢虫亚科(Scymninae)]11种昆虫的线粒体基因组13个蛋白编码基因(Protein-coding genes,PCGs),采用最大似然法和贝叶斯法构建系统发育进化树。【结果】龟瓢虫线粒体基因组全长17347 bp,包含37个基因(13个PCGs、22个tRNA基因和2个rRNA基因)和1个非编码的控制区,基因重叠区域共11处,间隔区域共9处。基因组拥有鞘翅目昆虫典型线粒体基因组的基因组成和排列顺序,AT含量为75.77%,表现明显的AT偏向性。13个PCGs中除cox1基因以TTG为起始密码子外,其余均以ATN为起始密码子;nad1和nad3基因以TAG为终止密码子,其余11个基因以TAA为终止密码子。除trnS1基因外,其余21个tRNA的二级结构均为典型的三叶草结构,二级结构中出现少量的G-U碱基错配现象。系统发育进化分析结果表明,龟瓢虫与苜蓿瓢虫(Subcoccinella vigintiquatuorpunctata)处于同一分支上。【结论】龟瓢虫线粒体基因组符合瓢虫科昆虫线粒体基因组的一般特征;龟瓢虫与苜蓿瓢虫的亲缘关系较近,与传统的形态学分类相一致。; 张永科张利娟卢迎春何霞红张宏瑞; 关键词：线粒体基因组全序列测定

白纹方蟹线粒体基因组全序列测定及方蟹总科比较分析被引量：2: 2023年; 为探讨该总科内部亲缘关系及其与线粒体基因排序之间的相关性,研究以方蟹科(Grapsidae)白纹方蟹(Grapsus albolineatus)为代表种,测定其线粒体基因组全序列。其全长为15577 bp,包含13个蛋白编码基因,22个tRNA基因,2个rRNA基因和1个控制区。基因组碱基组成为33.4%A、12.0%G、20.6%C和34.0%T,具有明显的AT偏向性(67.4%)。除ATP8和ND1以GTG作为起始密码子外,其余蛋白编码基因均以ATN作为起始密码子;除COⅡ和Cyt b以T作为不完全终止密码子外,其余基因均以TAN作为终止密码子。亮氨酸(Leu)和半胱氨酸(Cys)分别是使用频率最高(15.28%)和最低(0.81%)的两种密码子。除tRNA-Ser1缺少DHU臂外,其余tRNA均能形成典型的三叶草结构。基于13个蛋白编码基因的核苷酸序列同时构建了方蟹总科的贝叶斯树(BI)和最大似然树(ML),两种方法构建的系统发育树扑拓结构一致,均显示所有方蟹科(Grapsidae)种类聚在一起,其中白纹方蟹与同属的细纹方蟹(G.tenuicrustatus)的亲缘关系最近;相手蟹科(Sesarmidae)与怪方蟹科(Xenograpsidae)形成姐妹群关系后与地蟹科(Gecarcinidae)聚为一支,三者与方蟹科互为姐妹群,弓蟹科(Varunidae)则为相对独立的一支。研究还比较分析了方蟹总科(Grapsoidea)的线粒体基因排序情况,并发现方蟹总科基因重排和系统发育有着明显的相关性。研究系统地阐述了方蟹总科的系统发育关系,为更好地理解基因重排和系统发育之间的关系提供了理论支撑。; 韦丽明陈健张莹吕振明龚理; 关键词：方蟹科基因重排系统进化

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