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基于全基因表达谱的中药组分川栀方抗巨噬细胞炎性损伤作用机制研究被引量：1: 2024年; 目的:分析中药组分川栀方(ZGC)对脂多糖(LPS)激活RAW264.7细胞炎性反应模型的全基因组表达谱影响,从整体水平探讨该方对巨噬细胞炎性损伤的可能作用机制及核心靶标。方法:构建LPS诱导RAW264.7细胞炎症模型,采用基因芯片技术检测ZGC干预对炎性巨噬细胞全基因组表达的影响,对各组间显著差异表达基因进行GO/KEGG富集分析。结果:全基因组表达谱芯片分析结果显示ZGC干预组相对LPS模型组,上调C4bp等5个基因的表达,抑制Mgat3、Psma6、Siglecg等22个基因的表达。GO富集分析结果显示ZGC主要参与白细胞介导免疫调节、前列腺素分泌调节、突触膜、唾液酸结合、免疫受体活性等发挥对抗细胞炎症作用。KEGG信号通路分析结果显示,ZGC主要通过细胞因子受体相互作用、C型凝集素受体(CTLs)信号通路等发挥作用。结论:ZGC可干预炎性巨噬细胞27个基因的异常表达,相关基因可能通过影响细胞因子受体相互作用、CTLs信号通路及TLR4/NF-κB等信号通路而发挥抗炎作用。; 江杰安婉丽杨智倩程文慧杨鸿; 关键词：RAW264.7细胞基因表达谱

不同强度急性运动对正常大鼠心肌全基因表达谱的影响: 研究目的:运动具有多种已知的益处,如改善睡眠质量、改善机体的代谢情况、提升大脑机能、降低癌症风险甚至延长寿命等。然而,对患有某些疾病或有潜在风险的人群而言,在进行强度过大的运动后可能会对机体造成不利的影响。可见,采用合适...; 马嘉成李顺昌王漫达庞笑丽; 关键词：不同强度运动 RNA-SEQ GO

急性大强度运动致正常大鼠心肌全基因表达谱变化的研究: 研究目的:本研究通过对正常大鼠施加大强度运动干预,基于RNA-seq高通量测序技术,在基因转录水平探讨正常大鼠m RNA表达水平的变化,并对大鼠心肌组织的表达量进行差异基因表达、差异表达基因功能注释和功能富集等表达水平分...; 庞笑丽李顺昌王漫达马嘉成; 关键词：大强度运动心肌时相转录组学

慢性粒细胞白血病T细胞TCRζ链表达上调后全基因表达谱改变的分析被引量：1: 2021年; 目的:分析表达上调TCRζ后慢性粒细胞白血病(CML)患者T细胞基因表达谱的变化特点,探讨转基因上调TCRζ后T细胞活性恢复的分子机制。方法:收集3例初发未治疗慢性期CML患者的外周血单个核细胞(PBMCs),利用MACS法分选获得CD3+T细胞;利用核转染技术转染TCRζ-IRES2-EGFP(实验组)和pIRES2-EGFP(对照组)质粒至T细胞中;应用AffymetrixGeneChip Human Gene 2.0 ST Array芯片对上调TCRζ链表达的CML T细胞和对照细胞基因表达谱进行检测,并对差异表达基因进行GO功能注释分析和KEGG通路的富集分析。结果:共筛选出2 248个差异表达基因,其中553个基因表达上调,1 695个基因表达下调(P <0.05);GO功能注释分析和KEGG通路的富集分析结果显示,参与T细胞免疫功能相关的生物学过程,如TCR信号通路、T细胞增殖和活化等的差异表达基因发生显著富集;TCR信号通路,T细胞增殖、活化和凋亡通路中促进T细胞增殖活化的部分核心基因表达明显上调,而抑制T细胞活化的部分核心基因表达则明显下调。结论:上调TCRζ后CML患者T细胞的活化和增殖能力明显改善,其分子机制可能与促进T细胞活化增殖的相关基因明显上调,抑制T细胞活化和促进细胞凋亡相关基因表达的下调有关。; 黎维丹练佳仪陈少华李扬秋查显丰; 关键词：T细胞受体慢性粒细胞白血病基因表达

白斑膏对外阴硬化性苔藓患者全基因表达谱影响的研究被引量：2: 2020年; 目的:研究白斑膏对外阴硬化性苔藓治疗前后外阴病变组织基因表达谱的影响,并为外阴硬化性苔藓的早期诊断及临床治疗提供理论依据。方法:以病理诊断为外阴硬化性苔藓的患者9例为研究对象,局部外涂白斑膏3个月。应用基因芯片技术,检测患者治疗前后同一部位外阴皮肤组织,并以周边正常处皮肤作为正常对照组,分析基因表达谱的变化,以FC及P值为研究指标,差异表达的标准为FC≥1.5,P<0.05。筛选差异表达基因,并进行GO分析和KEGG数据库基因通路分析。结果:与正常对照组比较,治疗前A组差异表达基因共22个,其中上调21个,下调1个;治疗前A组与治疗后B组比较,差异表达基因23个,均为上调。与白斑膏治疗相关的差异表达基因包括:TBK1、STAT1、ITGAM、VCAN、PRKACB、PROM1、PLAT、SERPINA1。GO分析显示:上调的差异基因主要集中在胞外体,胞浆、细胞外间隙、高尔基体等细胞组分,利用细胞代谢正调控、信号转导调节、细胞黏附等生物过程,起到蛋白结合、酶活性调节等分子功能。KEGG信号通路显示:差异表达基因明显富集于Toll样受体、NOD样受体、FcεRI等信号通路上,均为上调信号通路。其中Toll样受体、NOD样受体信号通路与本病关系最密切。结论:白斑膏对外阴硬化性苔藓治疗,可能是通过调节相关基因的表达,影响Toll样受体等信号通路转导,从而起到调节代谢,炎症和免疫反应等作用,而本研究所筛选出的通路及基因为今后研究本病提供方向。; 赵铭宇刘桂兰刘树辉石晶李灼; 关键词：外阴硬化性苔藓白斑膏全基因表达谱信号通路

转化生长因子β对人肾小管上皮细胞全基因表达谱的影响及其生物信息学分析被引量：1: 2019年; 目的本研究探讨转化生长因子-β(TGF-β)对人肾小管上皮细胞(HK-2)基因表达谱的影响及相关生物信息学分析,为深入探讨和研究TGF-β对肾功能的影响及作用机制提供理论依据和实验基础。方法将体外培养的HK-2细胞随机分为正常对照组和TGF-β诱导组,培养48h后取出,运用Illumina测序平台检测TGF-β对HK-2细胞基因表达谱的影响,并采用DAVID数据库对差异表达的基因(mRNA)进行其富集的GO功能和基于KEGG数据库的生物通路富集分析。实时定量RT-PCR用于验证基因表达谱结果。结果TGF-β处理HK-2细胞48h后,基因测序分析筛选出表达差异>1.5倍的基因共279个,其中上调121个,下调158个,包括钙离子结合、脂质代谢、细胞黏附、血管钙化、炎症反应等相关的基因。RT-PCR验证结果基因测序分析结果一致。结论TGF-β可能通过多条通路调控肾小管上皮的功能。; 王国平王建峰蔡国军吴佳丰; 关键词：TGF-Β 人肾小管上皮细胞基因表达谱

基于人类全基因表达谱探讨肾精亏虚证“异病同证”的分子机制: 目的:1.理论研究:肾藏精藏象理论是中医基础理论的重要命题,通过梳理肾藏精理论发展的历史源流,深刻认识肾藏精理论的历史渊源。肾藏精是肾的主要生理功能,基于肾藏精理论探讨“肾-骨-髓-脑”体系以及“肾精亏虚证”的理论基础。...; 辛华; 关键词：原发性骨质疏松症老年性痴呆基因芯片差异基因; 文献传递

基于人类全基因表达谱技术对“肾精亏虚证”原发性骨质疏松患者差异基因表达分析被引量：9: 2018年; 目的基于人类全基因表达谱芯片高通量测序技术,检测肾精亏虚证骨质疏松患者和同龄健康状态老年人血液中的差异基因表达,探讨肾精亏虚证骨质疏松症的发病机制,为中医药防治该病证提供可能的作用靶点。方法从辽宁中医药大学附属医院和上海中医药大学附属龙华医院门诊肾精亏虚证原发性骨质疏松症患者群中随机选择16例患者,男女各半,年龄60岁以上,作为OP组(OP group);同龄健康状态老年人24例,男女各半,年龄60岁以上,作为对照组。采用人类全基因表达谱芯片检测两组人群的差异基因表达,并对差异显著的基因表达进行荧光定量PCR验证。结果在肾精亏虚证OP患者中共有602个基因呈现差异性表达,其中上调基因579个,下调基因23个(FC≥1.5或FC≤0.667,q-value≤5%)。表达上调超过3倍的基因有7个,分别为S100P、SNX3、DEFA1、MMP9、ANXA3、IL1R2、PLSCR1;表达下调超过2倍的基因有3个,分别为CX3CR1、SPON2、GNLY。对以上10个差异显著的基因进行RT-PCR验证,结果与基因芯片检测结果一致。结论肾精亏虚证OP患者与同龄健康老年人比较,差异基因表达上调或下调显著,这些基因通过调控免疫应答、防御应答、趋化因子信号转导通路等方面在肾精亏虚证OP的发病过程中可能发挥着重要的作用。; 辛华谢晚晴蒋宁孙丽郑洪新; 关键词：肾精亏虚骨质疏松高通量差异基因

基于全基因表达谱揭示天灸药物白芥子散对哮喘大鼠免疫稳态重建的分子机制研究: 目的本实验在前期动物实验已确定古方天灸药物白芥子散穴位贴敷治疗哮喘最佳配比的基础上,确定应用古方天灸药物白芥子散进行穴位贴敷治疗对哮喘大鼠的气道炎症有显著地抑制作用和免疫调节作用,促使免疫功能恢复正常,即古方天灸药物白芥...; 闫兴柱; 关键词：白芥子散全基因组; 文献传递

基于全基因表达谱的骨关节炎软骨下骨转录因子预测及分析被引量：7: 2018年; 目的:利用生物信息分析方法对骨关节炎软骨下骨全基因表达谱进行转录因子预测及分析。方法 :下载基因芯片实验数据(GSE30322),使用软件包limma packagein R(版本:3.3.1)筛选差异表达基因,筛选差异基因的标准以基因表达上调或下调的倍数≥2为标准(P<0.05),进一步使用Cytoscape软件(版本:3.4.0)的i Regulon插件预测分析调控这些差异表达基因的转录因子,并分析预测的转录因子所调控的差异表达基因。结果:发现上调的差异表达基因可能相关15个转录因子及其相对应的靶基因:FOXN4,NANOS1,E2F6,RAD21,MECOM,ETS1,MEF2A,POU2F3,BRCA1,GATA3,ZNF706,ZBTB33,SUZ12,DBP,SETDB1等。发现下调的差异表达基因可能相关12个转录因子及其相对应的靶基因:ARID3A,YY1,RDBP,ATF1,CRX,TAF1,XBP1,SOX3,E2F4,PGR,TIMM8A,HOXA2等。结论:预测分析的转录因子可能在骨关节炎软骨下骨致病机制调控中起了重要作用,其有可能成为新的防治骨关节炎的靶点。; 张荣凯李国威江东张大卫于兵杨禄坤; 关键词：基因芯片骨关节炎转录因子

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