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云南省某鹅场鹅细小病毒检测与全基因组序列分析: 2025年; 2023年12月,云南省腾冲市某地鹅场雏鹅突然发病死亡,怀疑为鹅细小病毒(GPV)感染。为确定致病原,通过荧光定量PCR对临床病料样品进行了GPV核酸检测,并通过宏基因组测序对阳性样品全基因组进行了序列分析。结果显示;临床样品中检出GPV阳性核酸,将阳性样品命名为YN-2024;经测序,YN-2024基因组全长5049 bp,与GPV强毒株Virulent B和疫苗株SYG61v相比,有4段14 bp的基因缺失;进化树分析显示,YN-2024与鹅源分离株SQ0412、DY16、RC16、BD、DX的亲缘关系较近,与强毒株和鸭源细小病毒分离株的遗传关系较远。结果说明;该鹅场存在GPV弱毒株流行,流行毒株存在部分基因缺失,这可能会对病毒毒力和致病性产生影响。; 董路杜润何依蓉相德才赵珍曾邦权杨丽珠林尊诚段博芳; 关键词：鹅细小病毒小鹅瘟全基因组荧光定量PCR

2022年山东省鼠类汉坦病毒携带情况调查及其全基因组序列分析: 2025年; 目的分析2022年山东省淄博市鼠类携带汉坦病毒情况及病毒的遗传进化特征,为肾综合征出血热的科学防控提供参考依据。方法采用实时荧光定量RT-PCR检测试剂盒(Real-Time PCR Method)检测鼠肺中汉坦病毒核酸并鉴定汉坦病毒种类。设计引物,分节段扩增各基因片段,采用二代测序法对PCR扩增产物进行汉坦病毒全基因组测序。序列拼接采用DNA Star的子软件Seq Man 7.1.0.44进行,应用MEGA 7.0和Bioedit软件进行序列比对和进化分析。结果本次调查共捕获宿主动物270只,经检测共13份鼠肺样本为汉坦病毒阳性,带毒率为4.8%。成功获得4株汉坦病毒全基因组序列,均为汉城(SEOV)型。4份汉坦病毒阳性样本M基因核苷酸同源性较高,属于SEOV的S3亚型分离株,与河北、辽宁和北京的毒株具有高度相似性。核蛋白和糖蛋白免疫表位氨基酸序列与疫苗株Z37一致。结论本研究成功测定了山东省淄博市4株汉坦病毒的全基因组序列,其基因型以SEOV型为主,亚型为S3亚型,同亚型病毒基因同源性高,无明显变异。关键蛋白的免疫表位比对表明目前疫苗可能对当地流行株具有保护潜力,但仍需要进一步深入研究。; 刘昱薇姚明晓张金艳段青逄博翟文济李仁鹏寇增强; 关键词：汉坦病毒鼠类全基因组

2018-2024年上海市人腺病毒B亚属全基因组序列特征分析: 2025年; 为了解上海市人腺病毒B亚属(Human adenovirus species B,HAdV-B)基因序列及遗传进化特征,为人腺病毒(Human adenovirus,HAdV)相关疾病防控及疫苗研发提供科学依据,本研究选取了13例2018-2024年上海市HAdV-B感染病例样本进行全基因组序列测定并获得全基因组序列,利用生物信息学软件分析基因序列特征,解析HAdV-B基因突变情况及进化规律。基于主要抗原蛋白六邻体(Hexon)、五邻体(Penton)、纤维突蛋白(Fiber)基因及全基因组的进化关系树显示,13株HAdV-B中9株为HAdV-3型,4株为HAdV-7型,HAdV-3型与HAdV-7型型别内核苷酸相似度均高达99.9%。系统发育进化树显示本研究中9株HAdV-3型上海株与国内的参考毒株聚集于同一分支;4株HAdV-7型上海株与国内流行的HAdV-7d属于同一亚分支。选取代表株进行核苷酸相似度及重组分析,其中HAdV-3型与2018年北京株(MW748657)相似度最高为99.97%,HAdV-7型与2019年广州株(MT350344)相似度最高为99.95%,代表株中均未发现有明显重组现象。应对HAdV-B的进化和变异进行持续性监测研究。; 刘嘉婧张万菊崔晓青张靖翊房方皓陈敏滕峥; 关键词：全基因组序列分子特征

绿海龟丙肝病毒全基因组序列及其检测方法: 本发明提供了绿海龟丙肝病毒的全基因组序列及其检测方法，病毒全基因组序列全长为9430bp，GC含量为45％，此病毒基因组含有一个长的ORF，核苷酸位置在517‑9048，该ORF编码的前体多聚蛋白全长2843aa。绿海龟...; 吴山楠周宏史卫峰

水蜡A病毒丁香分离物的鉴定与全基因组序列分析: 2025年; 研究旨在明确侵染北京丁香(Syringa lindl)并引起褪绿、花叶、卷叶症状的病毒种类,以及其基因组分子特征和进化关系。利用小RNA深度测序和RT-PCR技术对病样进行检测分析。深度测序结果显示病样中检测到水蜡A病毒(ligustrum virus A,LVA)并获得该病毒序列全长。北京丁香分离物LVANXY的基因组序列全长8488 nt,北京丁香分离物LVA-HLG的基因组序列全长8478 nt。序列一致性分析表明,LVA-NXY、LVA-HLG基因组序列与中国沈阳市的东北连翘分离物LVA-DBLQ基因组序列相似度最高。未在已报道的7个LVA分离物中检测到重组事件。基于基因组序列的系统发育树显示LVANXY、LVA-HLG与LVA-DBLQ、沈阳紫丁香分离物LVA-DX共聚同一分支中,显示出较近的亲缘关系。本研究报道了侵染北京丁香的水蜡A病毒基因组的全长序列,探究了病毒基因组分子特征及进化关系,为该病毒遗传变异研究及丁香病毒病的防控提供理论依据。; 王昀轩刘丽孙春辉鲁书豪梁宇卿崔雯莉高佳仪李永强; 关键词：丁香小RNA 进化关系

1株Ⅱb型猴痘病毒全基因组序列分析: 2024年; 目的对1例猴痘病毒(MPXV)感染者疱疹液拭子样本进行全基因组测序分析,为MPXV感染疫情防控提供参考依据。方法对2023年7月浙江省温州市1例MPXV感染者疱疹液拭子样本使用第三代测序技术(TGS)进行全基因组测序,对得到的病毒序列进行同源性分析并构建进化树,分析变异位点等。结果该MPXV全基因组序列与参考株NC-063383.1相比相似性为99.92%,共有87个核苷酸位点发生变异、43个核苷酸位点删除并最终导致36个氨基酸变化。该序列在进化树上位于Ⅱb亚型进化分支,与中国其他地区通报的猴痘病毒分型一致。结论通过三代测序确定了一株属于Ⅱb进化分支C.1(B.1.3.1)谱系的MPXV,溯源分析显示其与同时期葡萄牙暴发的毒株位于同一个进化分支上。但该分支突变带来的影响尚不明确,仍需进一步研究。; 孟瑾王伟龙孙宝昌; 关键词：猴痘病毒全基因组测序进化分析

蛇足石杉内生真菌Shiraia sp.Slf14全基因组序列分析被引量：1: 2024年; 内生真菌Shiraia sp.Slf14是从植物蛇足石杉(Huperzia serrata)中分离出来的一株能产生石杉碱甲和竹红菌素A的菌株。为了解菌株Shiraia sp.Slf14的基因特征,对该菌株进行全基因组测序。基于二代测序技术对蛇足石杉内生真菌Shi-raia sp.Slf14的全基因组进行测序分析,通过生物信息学相关软件进行质量控制及组装、功能注释、比较基因组学分析及系统发育分析和次生代谢产物分析。内生真菌Shiraia sp.Slf14的基因组大小为32067383 bp,N50的值为525954 bp,G+C含量为47.96%;预测得到基因组中共有11242个编码序列(coding sequences,CDS)、106个tRNA和27个rRNA;在GO、KEGG、KOG和CAZY中分别注释到3822个、3223个、8837个和563个基因;系统发育结果表明内生真菌Shiraia sp.Slf14属于竹黄菌属(Shiraia)。预测结果表明,内生真菌Shiraia sp.Slf14中存在50个次生代谢产物合成基因簇,具有合成多种生物活性物质的潜在能力,包括核糖体合成和翻译后修饰肽(RiPP)、Ⅰ型聚酮合酶(T1PKS)和非核糖体多肽合成酶(NRPS)等,此外还预测到可能参与石杉碱甲和竹红菌素A生物合成的基因簇。; 范存忠邱兰兰吴晓东杨慧林张志斌颜日明朱笃; 关键词：内生真菌全基因组测序石杉碱甲

新疆地区鹅星状病毒的分离鉴定及全基因组序列分析: 2024年; 为了解新疆和田地区鹅星状病毒(goose astrovirus,GAstV)的感染情况和分子遗传学特征,无菌采集和田县、于田县和皮山县3个鹅场死亡雏鹅的内脏及肛拭子,通过RT-PCR对GAstV进行检测;应用LMH细胞进行病毒分离鉴定,并对分离株进行全基因组测序与遗传特征分析。结果显示:GAstV在上述地区的总阳性率为11.25%(65/578);通过病毒分离鉴定出2株GAstV,命名为GAstV/XJHT-1和GAstV/XJHT-2。序列测定显示2株病毒的基因组长为7190、7125bp;全基因组同源性分析显示2个分离株均与GAstV-1和GAstV-2的同源性均高于95%,与其他来源(鸡、鸭、火鸡)的同源性为54.1%~61.5%。遗传进化分析显示,分离的GAstV与河南和安徽的GAstV分离株遗传距离较近,表明分离株GAstV可能源于上述两地引进的雏鹅苗或鹅蛋。本试验为进一步研制疫苗或防控产品提供了依据。; 肖海侠张凌王燕马万鹏阿斯也木·亚森高锦苏战强; 关键词：全基因组测序同源性遗传进化

一种基于高通量测序的病毒全基因组序列组装分析方法: 本发明公开一种基于高通量测序的病毒全基因组序列组装分析方法，属于基因组序列组装分析方法技术领域。所述的方法是基于UNIX平台的开源软件对病毒基因组高通量测序下机序列数据进行组装分析，包括步骤：S1：准备参考基因组序列和待...; 薄志坚栾明春郎兴莹王越

甘肃省2023年输入性登革1型病毒全基因组序列分析: 2024年; 目的对甘肃省2023年2份输入性登革热病例血清样本进行全基因组测序,分析病毒分子生物学特征,为本省登革热研究积累基线数据并对输入疫情的防控提供科学依据。方法利用第三代测序平台对核酸检测为阳性的2份血清样本进行全基因组序列测定,将所获得序列进行系统进化分析、序列同源性分析以及氨基酸序列相似性分析和变异位点差异分析。结果通过三代测序获得2条登革病毒全基因组序列,序列全长分别为10715 bp和10714 bp,核苷酸相似性为99.11%,氨基酸相似性为99.59%。同源性和系统进化分析显示,2条序列均为登革1型病毒基因Ⅲ型,与新加坡、印度、尼泊尔及我国广州市的分离株高度同源,核苷酸相似性大于96.91%,氨基酸相似性大于98.70%。氨基酸位点差异分析显示,DENV-2023-GS001和DENV-2023-GS002的E蛋白分别有10个、14个突变位点,但与毒力相关的主要位点没有改变。结论2023年甘肃省2例输入性登革热病例均感染登革1型病毒基因Ⅲ型,病毒在基因进化关系上与新加坡、印度、尼泊尔等国家的病毒亲缘关系最近,甘肃省仍存在登革病毒输入传播的风险。; 武海卓梁舒董茂星姜中毅魏欢张晓曙; 关键词：登革热全基因组测序

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