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基于SNP芯片的川中黑山羊保 种 效果 评估 2025年 保 种 效果 ,使用山羊65K SNP芯片对307只川中黑山羊(25只公羊,282只母羊)进行了单核苷酸多态性(SNP)测定,采用Plink(V1.90)软件计算群体的多态性标记比例、期望杂合度、观测杂合度,SNe P(V1.1)软件计算有效群体含量;采用Plink软件构建状态同源(IBS)距离矩阵,GCTA(V1.94)软件构建基因组亲缘关系矩阵(G矩阵);采用Mega X(V10.0)分析了川中黑山羊保 种 群的家系结构;采用Plink软件计算每个样本的连续性纯合片段(ROH)的个数和长度,并计算基于ROH的近交系数。结果表明,川中黑山羊保 种 群体的有效群体含量(Ne)为43.700,多态标记比例(P_(N))为0.884;多态信息含量(PIC)、最小等位基因频率(MAF)分别为0.268、0.275;观察杂合度(Ho)、期望杂合度(He)分别为0.369、0.372;群体平均遗传距离为0.295 4±0.012 5,基于ROH的平均近交系数F_(ROH)为0.049±0.041,保 种 群体公羊可划分为12个家系,以满足保 种 场至少6个血缘的数量要求。综上所述,川中黑山羊保 种 群体遗传多样性丰富,近交程度低,保 种 效果 良好。关键词：保种效果 基于全基因组重测序数据评估信阳水牛保 种 效果 2025年 种 质资源现状,本研究利用全基因组重测序技术,对30头信阳水牛基因组遗传多样性、群体遗传结构和连续纯合片段(Runs of Homozygosity,ROH)等指标进行分析,评估其保 种 效果 。结果如下:信阳水牛遗传多样性丰富,最小等位基因频率为0.195,平均多态信息含量为0.277,平均期望杂合度为0.280,平均观察杂合度为0.269,平均核苷酸多样性为2.586。家系分析将30头信阳水牛分为6个家系;30头信阳水牛个体共检测到3578个ROH,长度在0~0.5Mb的ROH片段占比最多,基于ROH值计算的群体近交系数范围介于0.000 4~0.091 9,平均近交系数为0.020 1。综上,信阳水牛群体遗传多样性较为丰富,整体上保 持了较低的近交水平,保 种 效果 良好,建议后续适当引入新血缘与少数高近交水平个体交配。关键词：信阳水牛 基于全基因组重测序分析道州灰鹅保 种 效果 2025年 保 种 场鹅群的遗传结构、遗传多样性和亲缘关系,为后续道州灰鹅的保 种 工作提供参考。道州灰鹅保 种 场采用单父本家系轮配的保 种 模式进行保 种 ,共49个家系,每个家系中取一只200日龄左右的健康公鹅,采静脉血进行DNA抽提,对DNA样品进行全基因组重测序,根据每个家系公鹅的重测序数据,利用生物信息学软件对群体遗传结构和遗传多样性进行分析与评价。结果,共检测到道州灰鹅保 种 群体的SNPs位点15245050个,在过滤质控后得到SNPs位点14628485个。群体遗传多样性分析结果显示,群体的平均观测杂合度(Ho)为0.280,平均期望杂合度(He)为0.288,群体近亲系数(Fis)为0.070,平均多态信息含量(PIC)为0.262,基因多样性指数(Nei)为0.331。道州灰鹅保 种 群体共检测到802个连续纯合片段(ROH),基于ROH值计算得出的近交系数为0.010,近交程度较低。IBS距离矩阵、G矩阵的结果相似,只有少部分的个体间亲缘关系较近。群体渗透分析与主成分分析结果同样显示,大部分个体聚类为一个亚群,少部分个体聚类为2个小亚群。通过群体分化指数(Fst)的计算结果,2个小的亚群之间出现了中等程度的分化。总体而言,道州灰鹅保 种 群体的遗传多样性较为丰富,近交水平较低,保 种 效果 优良,建议减少亲缘关系过于接近的家系间的配种 ,以保 持遗传多样性和群体的长期健康。关键词：道州灰鹅 基于全基因组SNPs对太行鸡保 种 群保 种 效果 的评价 被引量：3 2024年 保 种 群的保 种 效果 进行评价。结果显示:天凯和宁晋保 种 群的多态性标记比例分别为83.26%和84.45%;平均期望杂合度H_(e)和平均观察杂合度H_(0)分别为0.256、0.260和0.259、0.263,表明2个群体遗传多样性较为丰富;基于连续性纯合片段值计算近交系数,2个群体分别为0.053 1和0.048 7,天凯群体显著高于宁晋群体;亲缘关系分析显示,天凯群体中存在亲缘关系为全同胞的个体。2个群体遗传相似系数为0.795,此值偏低,遗传距离为0.230,此值偏大,说明2个保 种 群遗传结构存在显著差异,推测可能与天凯保 种 场在进行禽白血病净化过程中采用了不完善的方案而导致全同胞个体进入保 种 群有关。遗传结构、PCA和种 系发生分析等的结果与上述结果一致,表明利用低深度重测序技术可更全面地评价保 种 效果 。根据结果,建议天凯保 种 场重新组建保 种 群,制定科学的保 种 方案。一种 基于低深度全基因组重测序技术对保 种 群保 种 效果 进行评价的方法 保 种 技术领域，公开了一种 基于低深度全基因组重测序技术对保 种 群保 种 效果 进行评价的方法，包括以下步骤：首先采集保 种 群的样本，并提取基因组DNA。然后通过低深度重测及相关生物信息学分析获得全基因组水平的合格有效...一种 基于低深度全基因组重测序技术对保 种 群保 种 效果 进行评价的方法 保 种 技术领域，公开了一种 基于低深度全基因组重测序技术对保 种 群保 种 效果 进行评价的方法，包括以下步骤：首先采集保 种 群的样本，并提取基因组DNA。然后通过低深度重测及相关生物信息学分析获得全基因组水平的合格有效...基于重测序数据评估南阳牛保 种 效果 2024年 保 种 效果 。本研究基于30头健康南阳牛的全基因组重测序数据,通过变异检测获得单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)信息,综合分析群体遗传多样性、群体结构、亲缘关系以及连续纯和片段(ROH)分布特征,对南阳牛保 种 群的保 种 效果 进行全面评估。结果显示:1)共检测到高质量SNPs位点数目是25929389个;2)保 种 群遗传多样性丰富,核苷酸多样性为0.0029,多态性标记比例为0.8887,最小等位基因频率为0.1861,期望杂合度为0.2749,观测杂合度为0.2557;3)世代有效群体含量在1000代前为2834头,在20代前为149头,呈逐年下降趋势;4)主成分分析结果显示南阳牛保 种 群没有明显分层;5)个体间的遗传距离介于0.80~0.89,平均遗传距离为0.83±0.02;6)30头南阳牛个体共分为7个家系,公牛可分为5个家系;7)共检测到ROH片段数目是4992个,平均每头南阳牛的ROH片段长度为约74.41 Mb,总长度为2.18 Gb,基于ROH的平均近交系数为0.031,0.5 Mb以下的ROH片段占比最多为75.72%,2~4 Mb的ROH片段占比最少为0.16%。综上所述,南阳牛保 种 群体遗传多样性丰富,没有出现明显分层,近交水平较低,但仍有个别个体近交较高。因此,未来的保 种 工作应加强选种 和选配管理,以促进群体的可持续发展。关键词：南阳牛 保种 基于全基因组重测序分析酃县白鹅保 种 效果 2024年 种 ,为了解酃县白鹅的保 种 效果 ,对保 种 场各家系进行保 种 工作的评估。【方法】从酃县白鹅保 种 场的42个家系中各选取1只公鹅,翅静脉采血,提取DNA,进行全基因组重测序。基于保 种 场42只酃县白鹅公鹅的重测序数据,对其群体遗传结构和遗传多样性进行分析与评价。【结果】检测到采样群体的SNPs位点14270647个,经数据质控和过滤筛选出13696453个SNPs位点。主成分分析(PCA)结果发现,42只公鹅个体可以明显聚为3个亚群;通过群体渗透分析发现,3个亚群之间未发生明显的杂化现象(K=3)。亚群1和亚群3的群体分化指数(Fst值)为0.0842。42只酃县白鹅共检测到832条连续性纯合片段(ROH),ROH片段长度都集中在0~2 Mb区间;基于ROH得到的近交系数F ROH值为0.0130。群体的期望杂合度为0.2918,观测杂合度为0.2968,群体近亲系数(Fis)为0.036,多态信息含量(PIC)为0.266,基因多样性指数(Nei)为0.336。【结论】酃县白鹅保 种 场的鹅遗传多样性比较丰富,群体近交程度比较低,观测杂合度略高于期望杂合度,并无显著性差异,说明群体处于平衡状态,但部分亚群出现了中度遗传分化,后续保 种 过程中要使这些亚群进行杂交,以减少酃县白鹅遗传分化的程度。基于全基因组重测序分析坝上长尾鸡遗传多样性与保 种 效果 2024年 保 种 效果 ,以更好地保 护和利用该遗传资源。研究采用基因组全测序技术检测37只坝上长尾鸡和40只巴布考克B380的基因组变异,通过群体遗传多样性、连续纯合子片段(Runs of Homozygosity,ROH)分布特征及连续不平衡衰减分析,对坝上长尾鸡保 种 效果 进行综合评估。结果显示,37只坝上长尾鸡个体共检测到11 382 746个高质量SNPs位点,平均观察杂合度为0.410±0.208,平均期望杂合度为0.344±0.130,与巴布考克B380相比,坝上长尾鸡群体基因组内连锁不平衡(Linkage Disequilibrium,LD)程度较低且遗传多样性较为丰富(P<0.001)。坝上长尾鸡群体平均状态同源(Identity by State,IBS)遗传距离为0.755,亲缘关系G矩阵结果与IBS距离矩阵结果一致,均显示坝上长尾鸡部分个体间亲缘关系较近(P<0.001);与巴布考克B380相比,坝上长尾鸡个体间平均遗传距离较大(P<0.001)。37只坝上长尾鸡个体共检测到7 002个基因组ROH,ROH平均长度为0.47 Mb,基于ROH的平均近交系数为0.458,表明坝上长尾鸡个体间存在一定程度的近交积累。本研究表明,与巴布考克B380相比,坝上长尾鸡群体遗传多样性较为丰富,但个体间存在近交风险,应加强选配以确保 坝上长尾鸡品种 资源的可持续性发展。基于SNP芯片的固原鸡遗传结构与保 种 效果 分析 2024年 保 种 效果 ,为更好地保 护和利用固原鸡这一重要地方种 质资源提供参考和帮助。从固原鸡群体中随机采集公鸡、母鸡各30只血样,采用“京芯一号”55K芯片技术对固原鸡进行保 种 分析。结果显示,固原鸡群体有效含量为8.9,多态标记比例为0.828,期望杂合度为0.360,观测杂合度为0.359,说明该群体遗传变异较小,整齐度较高;G矩阵表明该群体中存在近亲交配的趋势;在检测到的1431个长纯合片段(runs of homozygosity,ROH)中,ROH长度在50~100 Mb的个体数量最多,占比达36.67%,该群体平均近交系数为0.11。结合基因组亲缘关系分析和聚类分析结果,现有30只公鸡样本可以划分为10个家系,其中25只母鸡分别划入不同家系,另外5只母鸡和所检测的公鸡亲缘关系系数均小于0.1,亲缘关系都比较远,因此,将它们归入了“其他”分类中。综上所述,该保 种 固原鸡群体遗传变异较小,选育程度较高,为降低群体的近交增量,后期的保 种 过程中需考虑亲缘关系再进行配种 。关键词：固原鸡 亲缘关系
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